covidmvp-2023-11-10

Total sequences 528052
New sequences 1782
New lineages []
New mutations
intergenic g.C-25T BA.2.86.1
intergenic L92L BA.2.86.1
intergenic S135R BA.2.86.1
intergenic A211D BA.2.86.1
intergenic P361P BA.2.86.1
intergenic T842I BA.2.86.1
intergenic F924F BA.2.86.1
intergenic V1056L BA.2.86.1
intergenic G1307S BA.2.86.1
intergenic A1352A BA.2.86.1
intergenic A1397V BA.2.86.1
intergenic K1763R BA.2.86.1
intergenic K1973R BA.2.86.1
intergenic S2015S BA.2.86.1
intergenic S2103F BA.2.86.1
intergenic N2526S BA.2.86.1
intergenic T2676T BA.2.86.1
intergenic A2710T BA.2.86.1
intergenic L3027F BA.2.86.1
intergenic V3053V BA.2.86.1
intergenic T3090I BA.2.86.1
intergenic T3255I BA.2.86.1
intergenic D3311D BA.2.86.1
intergenic P3395H BA.2.86.1
intergenic V3593F BA.2.86.1
intergenic 3676del BA.2.86.1
intergenic F3677del BA.2.86.1
intergenic S3675del BA.2.86.1
intergenic L3711F BA.2.86.1
intergenic T4175I BA.2.86.1
intergenic L4184L BA.2.86.1
intergenic I4205I BA.2.86.1
intergenic N4358N BA.2.86.1
intergenic Y4430Y BA.2.86.1
intergenic P4715L BA.2.86.1
intergenic L5150L BA.2.86.1
intergenic S5164S BA.2.86.1
intergenic R5716C BA.2.86.1
intergenic I5967V BA.2.86.1
intergenic P6076P BA.2.86.1
intergenic T6564I BA.2.86.1
intergenic E6597E BA.2.86.1
intergenic H6701H BA.2.86.1
intergenic V16_N17insMPLF BA.2.86.1
intergenic TTR19ITT BA.2.86.1
intergenic L24_A27delinsS BA.2.86.1
intergenic S50L BA.2.86.1
intergenic H69del BA.2.86.1
intergenic V70del BA.2.86.1
intergenic V127F BA.2.86.1
intergenic G142_Y144delinsDV BA.2.86.1
intergenic FR157SG BA.2.86.1
intergenic N185T BA.2.86.1
intergenic N211_V213delinsIG BA.2.86.1
intergenic L216F BA.2.86.1
intergenic H245N BA.2.86.1
intergenic A264D BA.2.86.1
intergenic I332V BA.2.86.1
intergenic G339H BA.2.86.1
intergenic K356T BA.2.86.1
intergenic S371F BA.2.86.1
intergenic S373P BA.2.86.1
intergenic ST375FA BA.2.86.1
intergenic R403K BA.2.86.1
intergenic D405N BA.2.86.1
intergenic R408S BA.2.86.1
intergenic K417N BA.2.86.1
intergenic N440K BA.2.86.1
intergenic VG445HS BA.2.86.1
intergenic N450D BA.2.86.1
intergenic L452W BA.2.86.1
intergenic N460K BA.2.86.1
intergenic ST477NK BA.2.86.1
intergenic N481_E484delinsKGK BA.2.86.1
intergenic F486P BA.2.86.1
intergenic N501Y BA.2.86.1
intergenic Y505H BA.2.86.1
intergenic E554K BA.2.86.1
intergenic A570V BA.2.86.1
intergenic D614G BA.2.86.1
intergenic P621S BA.2.86.1
intergenic H655Y BA.2.86.1
intergenic N679K BA.2.86.1
intergenic P681R BA.2.86.1
intergenic N764K BA.2.86.1
intergenic S939F BA.2.86.1
intergenic Q954H BA.2.86.1
intergenic N969K BA.2.86.1
intergenic P1143L BA.2.86.1
intergenic D1146D BA.2.86.1
intergenic Y1215Y BA.2.86.1
intergenic T64T BA.2.86.1
intergenic T223I BA.2.86.1
intergenic T9I BA.2.86.1
intergenic D3H BA.2.86.1
intergenic G6V BA.2.86.1
intergenic Q19E BA.2.86.1
intergenic T30A BA.2.86.1
intergenic F53F BA.2.86.1
intergenic A63T BA.2.86.1
intergenic A104V BA.2.86.1
intergenic F112F BA.2.86.1
intergenic R20R BA.2.86.1
intergenic D61L BA.2.86.1
intergenic L18L BA.2.86.1
intergenic g.A-3T BA.2.86.1
intergenic P13L BA.2.86.1
intergenic E31_S33del BA.2.86.1
intergenic A35V BA.2.86.1
intergenic RG203KR BA.2.86.1
intergenic Q229K BA.2.86.1
intergenic S413R BA.2.86.1
intergenic C19C BA.2.86.1
intergenic g.CGAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTG29733C BA.2.86.1
intergenic g.C-25T BA.2.86.1,BA.4.1.8
intergenic R99C BA.4.1.8
intergenic H110Y BA.4.1.8
intergenic S135R BA.2.86.1,BA.4.1.8
intergenic K141_F143del BA.4.1.8
intergenic N188N BA.4.1.8
intergenic F536F BA.4.1.8
intergenic T753I BA.4.1.8
intergenic T842I BA.2.86.1,BA.4.1.8
intergenic F924F BA.2.86.1,BA.4.1.8
intergenic A1049V BA.4.1.8
intergenic G1125D BA.4.1.8
intergenic H1160Y BA.4.1.8
intergenic T1168I BA.4.1.8
intergenic K1304K BA.4.1.8
intergenic G1307S BA.2.86.1,BA.4.1.8
intergenic A1352A BA.2.86.1,BA.4.1.8
intergenic Y1354Y BA.4.1.8
intergenic P1692S BA.4.1.8
intergenic P1862L BA.4.1.8
ORF1a S2048A / NSP3
intergenic S2048A BA.4.1.8
intergenic P2055S BA.4.1.8
intergenic A2379V BA.4.1.8
intergenic C2445C BA.4.1.8
intergenic L3027F BA.2.86.1,BA.4.1.8
intergenic V3053V BA.2.86.1,BA.4.1.8
intergenic T3090I BA.2.86.1,BA.4.1.8
intergenic T3255I BA.2.86.1,BA.4.1.8
intergenic D3311D BA.2.86.1,BA.4.1.8
intergenic P3395H BA.2.86.1,BA.4.1.8
intergenic L3606F BA.4.1.8
intergenic 3676del BA.2.86.1,BA.4.1.8
intergenic F3677del BA.2.86.1,BA.4.1.8
intergenic S3675del BA.2.86.1,BA.4.1.8
intergenic V3690V BA.4.1.8
intergenic D3728D BA.4.1.8
intergenic Y3765Y BA.4.1.8
intergenic E3965E BA.4.1.8
intergenic I4205I BA.2.86.1,BA.4.1.8
intergenic P4220H BA.4.1.8
intergenic D4452D BA.4.1.8
intergenic Y4686Y BA.4.1.8
intergenic P4715L BA.2.86.1,BA.4.1.8
intergenic L5150L BA.2.86.1,BA.4.1.8
ORF1b R5228R / NSP12
intergenic R5228R BA.4.1.8
intergenic T5461T BA.4.1.8
intergenic C5633C BA.4.1.8
intergenic V5680V BA.4.1.8
intergenic R5716C BA.2.86.1,BA.4.1.8
ORF1b A5727V / NSP13
intergenic A5727V BA.4.1.8
intergenic Q5947H BA.4.1.8
intergenic I5967V BA.2.86.1,BA.4.1.8
intergenic V6016A BA.4.1.8
ORF1b H6113H / NSP14
intergenic H6113H BA.4.1.8
ORF1b L6334F / NSP14
intergenic L6334F BA.4.1.8
intergenic N6446N BA.4.1.8
ORF1b A6532V / NSP15
intergenic A6532V BA.4.1.8
intergenic T6564I BA.2.86.1,BA.4.1.8
intergenic E6597E BA.2.86.1,BA.4.1.8
ORF1b M6782I / NSP15
intergenic M6782I BA.4.1.8
intergenic G6953G BA.4.1.8
intergenic V3G BA.4.1.8
intergenic T19I BA.4.1.8
intergenic L24_A27delinsS BA.2.86.1,BA.4.1.8
intergenic H69del BA.2.86.1,BA.4.1.8
intergenic V70del BA.2.86.1,BA.4.1.8
intergenic G142D BA.4.1.8
intergenic V213G BA.4.1.8
intergenic G339D BA.4.1.8
intergenic R346T BA.4.1.8
intergenic S371F BA.2.86.1,BA.4.1.8
intergenic S373P BA.2.86.1,BA.4.1.8
intergenic ST375FA BA.2.86.1,BA.4.1.8
intergenic D405N BA.2.86.1,BA.4.1.8
intergenic R408S BA.2.86.1,BA.4.1.8
intergenic K417N BA.2.86.1,BA.4.1.8
intergenic N440K BA.2.86.1,BA.4.1.8
intergenic L452R BA.4.1.8
intergenic ST477NK BA.2.86.1,BA.4.1.8
intergenic E484A BA.4.1.8
intergenic F486V BA.4.1.8
intergenic N501Y BA.2.86.1,BA.4.1.8
intergenic Y505H BA.2.86.1,BA.4.1.8
intergenic F543F BA.4.1.8
intergenic N603N BA.4.1.8
intergenic D614G BA.2.86.1,BA.4.1.8
intergenic H655Y BA.2.86.1,BA.4.1.8
intergenic N679K BA.2.86.1,BA.4.1.8
intergenic P681H BA.4.1.8
intergenic N764K BA.2.86.1,BA.4.1.8
intergenic S939F BA.2.86.1,BA.4.1.8
intergenic Q954H BA.2.86.1,BA.4.1.8
intergenic N969K BA.2.86.1,BA.4.1.8
intergenic V1060I BA.4.1.8
intergenic D1146D BA.2.86.1,BA.4.1.8
intergenic E1202Q BA.4.1.8
intergenic G1251G BA.4.1.8
intergenic D27Y BA.4.1.8
intergenic S40P BA.4.1.8
intergenic T64T BA.2.86.1,BA.4.1.8
intergenic S180F BA.4.1.8
intergenic T223I BA.2.86.1,BA.4.1.8
intergenic M260K BA.4.1.8
intergenic T9I BA.2.86.1,BA.4.1.8
intergenic Q19E BA.2.86.1,BA.4.1.8
intergenic F53F BA.2.86.1,BA.4.1.8
intergenic A63T BA.2.86.1,BA.4.1.8
intergenic F112F BA.2.86.1,BA.4.1.8
intergenic T10T BA.4.1.8
intergenic R20R BA.2.86.1,BA.4.1.8
intergenic D61L BA.2.86.1,BA.4.1.8
intergenic L116F BA.4.1.8
intergenic L11fs BA.4.1.8
intergenic L18L BA.2.86.1,BA.4.1.8
intergenic I10I BA.4.1.8
intergenic A65V BA.4.1.8
intergenic g.A-3T BA.2.86.1,BA.4.1.8
intergenic P13L BA.2.86.1,BA.4.1.8
intergenic E31_S33del BA.2.86.1,BA.4.1.8
intergenic N75N BA.4.1.8
intergenic G85G BA.4.1.8
intergenic P151S BA.4.1.8
intergenic P151Y BA.4.1.8
N P151Y BA.4.1.8
intergenic RG203KR BA.2.86.1,BA.4.1.8
intergenic D341D BA.4.1.8
intergenic S413R BA.2.86.1,BA.4.1.8
intergenic g.CGAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTG29733C BA.2.86.1,BA.4.1.8
intergenic g.C-25T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14
intergenic H81Y BA.1.14
intergenic D144Y BA.1.14
intergenic K141_F143del BA.1.14
intergenic H388Y BA.1.14
intergenic E441E BA.1.14
intergenic A656V BA.1.14
intergenic A735A BA.1.14
intergenic K856R BA.1.14
intergenic F924F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14
intergenic Q998H BA.1.14
intergenic A1061T BA.1.14
ORF1a K1077N / NSP3
intergenic K1077N BA.1.14
intergenic P1158L BA.1.14
ORF1a K1315R / NSP3
intergenic K1315R BA.1.14
intergenic L1438L BA.1.14
intergenic A1707A BA.1.14
intergenic Y1770Y BA.1.14
ORF1a L1774R / NSP3
intergenic L1774R BA.1.14
intergenic P2046S BA.1.14
intergenic P2046L BA.1.14
intergenic S2083_L2084delinsI BA.1.14
ORF1a G2499D / NSP3
intergenic G2499D BA.1.14
intergenic A2557A BA.1.14
intergenic A2710T BA.2.86.1,BA.1.14
intergenic N2894N BA.1.14
intergenic T3255I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14
intergenic P3395H BA.1.14
intergenic L3606F BA.4.1.8,BA.1.14
intergenic A3620V BA.1.14
intergenic L3674_G3676del BA.1.14
ORF1a S3673_F3677delinsI / NSP6
intergenic S3673_F3677delinsI BA.1.14
intergenic I3758V BA.1.14
intergenic S3950S BA.1.14
intergenic Y3954Y BA.1.14
intergenic T4087I BA.1.14
intergenic T4174I BA.1.14
intergenic V4310V BA.1.14
intergenic P4715L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14
intergenic P4770P BA.1.14
intergenic N4992N BA.1.14
intergenic F5158F BA.1.14
intergenic P5498S BA.1.14
ORF1b G5530V / NSP13
intergenic G5530V BA.1.14
intergenic Q5947Q BA.1.14
intergenic I5967V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14
intergenic H6020Y BA.1.14
ORF1b D6057G / NSP14
intergenic D6057G BA.1.14
intergenic V6188V BA.1.14
intergenic V6536V BA.1.14
intergenic G6875R BA.1.14
intergenic A6990S BA.1.14
intergenic Y38Y BA.1.14
intergenic H69del BA.1.14
intergenic V70del BA.1.14
intergenic T95I BA.1.14
intergenic G142_Y145delinsD BA.1.14
intergenic N211_L212delinsI BA.1.14
intergenic D215_L216delinsEPEDF BA.1.14
S D215_L216delinsEPEDF BA.1.14
intergenic R214_D215insEPE BA.1.14
intergenic T240I BA.1.14
intergenic G339D BA.4.1.8,BA.1.14
intergenic S371L BA.1.14
intergenic S373P BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14
intergenic S375F BA.1.14
intergenic K417N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14
intergenic N440K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14
intergenic G446S BA.1.14
intergenic ST477NK BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14
intergenic E484A BA.4.1.8,BA.1.14
intergenic Q493R BA.1.14
intergenic G496S BA.1.14
intergenic N501Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14
intergenic Y505H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14
intergenic T547K BA.1.14
intergenic D614G BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14
intergenic T618T BA.1.14
intergenic Q628R BA.1.14
S Q628R BA.1.14
intergenic H655Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14
intergenic N679K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14
intergenic P681H BA.4.1.8,BA.1.14
intergenic A706V BA.1.14
intergenic N764K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14
intergenic T768I BA.1.14
intergenic I844I BA.1.14
intergenic N856K BA.1.14
intergenic A892S BA.1.14
intergenic A930A BA.1.14
intergenic S939F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14
intergenic Q954H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14
intergenic N969K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14
intergenic L981F BA.1.14
intergenic D1146D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14
intergenic T64T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14
intergenic A103P BA.1.14
ORF3a A103P BA.1.14
intergenic T9I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14
intergenic D3G BA.1.14
intergenic Q19E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14
intergenic F53F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14
intergenic A63T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14
intergenic R20R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14
intergenic D61D BA.1.14
intergenic H47Y BA.1.14
intergenic D69D BA.1.14
intergenic Y97_I100del BA.1.14
intergenic L18L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14
intergenic P36P BA.1.14
intergenic g.A-3T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14
intergenic P13L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14
intergenic E31_S33del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14
intergenic R68R BA.1.14
intergenic R149R BA.1.14
intergenic RG203KR BA.1.14
intergenic T332I BA.1.14
intergenic g.C-163T BA.2.12
intergenic g.C-25T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12
intergenic G82_V86del BA.2.12
intergenic M85del BA.2.12
intergenic S135R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12
intergenic K141_F143del BA.4.1.8,BA.2.12
intergenic G146S BA.2.12
intergenic V186V BA.2.12
intergenic C213C BA.2.12
intergenic Y229Y BA.2.12
intergenic K247N BA.2.12
ORF1a E553G / NSP2
intergenic E553G BA.2.12
intergenic A599V BA.2.12
intergenic L681F BA.2.12
intergenic D691D BA.2.12
intergenic T711T BA.2.12
intergenic I740I BA.2.12
intergenic T842I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12
intergenic V879V BA.2.12
intergenic T891I BA.2.12
intergenic F924F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12
intergenic P959S BA.2.12
intergenic T1001I BA.2.12
ORF1a V1056M / NSP3
intergenic V1056M BA.2.12
intergenic G1070G BA.2.12
intergenic H1113Y BA.2.12
intergenic T1168I BA.4.1.8,BA.2.12
intergenic K1281R BA.2.12
intergenic G1307S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12
intergenic T1322I BA.2.12
intergenic A1352A BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12
intergenic A1397V BA.2.86.1,BA.2.12
intergenic A1397A BA.2.12
ORF1a T1444T / NSP3
intergenic T1444T BA.2.12
ORF1a A1482A / NSP3
intergenic A1482A BA.2.12
intergenic K1720N BA.2.12
intergenic N1995N BA.2.12
intergenic S2015S BA.2.86.1,BA.2.12
intergenic S2048A BA.4.1.8,BA.2.12
intergenic N2272N BA.2.12
intergenic F2334F BA.2.12
intergenic Y2384Y BA.2.12
intergenic D2506D BA.2.12
intergenic N2603N BA.2.12
intergenic A2618V BA.2.12
intergenic P2685S BA.2.12
intergenic I2709I BA.2.12
intergenic H2794Y BA.2.12
intergenic T2836I BA.2.12
intergenic D2907D BA.2.12
intergenic A2909V BA.2.12
intergenic G2959D BA.2.12
intergenic T2967I BA.2.12
intergenic L3027F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12
intergenic I3052V BA.2.12
intergenic V3053V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12
intergenic T3090I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12
intergenic S3099L BA.2.12
intergenic L3180L BA.2.12
intergenic L3198L BA.2.12
intergenic L3201F BA.2.12
intergenic T3255I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12
intergenic D3311D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12
intergenic I3322I BA.2.12
intergenic K3353R BA.2.12
intergenic P3395H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12
intergenic V3420V BA.2.12
intergenic Q3507Q BA.2.12
intergenic L3535L BA.2.12
intergenic L3606F BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12
ORF1a N3609S / NSP6
intergenic N3609S BA.2.12
intergenic 3676del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12
intergenic F3677del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12
intergenic S3675del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12
intergenic L3717L BA.2.12
intergenic A3730A BA.2.12
intergenic L3796L BA.2.12
intergenic Y3803Y BA.2.12
ORF1a I3835I / NSP6
intergenic I3835I BA.2.12
intergenic A3837T BA.2.12
ORF1a E3906G / NSP7
intergenic E3906G BA.2.12
intergenic Q4015Q BA.2.12
intergenic L4070L BA.2.12
intergenic I4205I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12
intergenic L4284L BA.2.12
ORF1a C4294F / NSP10
intergenic C4294F BA.2.12
intergenic H4301H BA.2.12
intergenic F4321F BA.2.12
intergenic D4455Y BA.2.12
intergenic P4715L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12
intergenic F4811F BA.2.12
intergenic D4915D BA.2.12
ORF1b A4977V / NSP12
intergenic A4977V BA.2.12
intergenic Y5011Y BA.2.12
intergenic F5086Y BA.2.12
intergenic H5144H BA.2.12
intergenic L5150L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12
intergenic Y5355Y BA.2.12
intergenic N5370N BA.2.12
intergenic Y5388Y BA.2.12
intergenic T5451N BA.2.12
intergenic Y5541Y BA.2.12
intergenic A5626A BA.2.12
intergenic A5692V BA.2.12
intergenic R5716C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12
intergenic F5746F BA.2.12
intergenic P5853L BA.2.12
intergenic A5926S BA.2.12
intergenic I5967V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12
intergenic V6050F BA.2.12
intergenic D6069D BA.2.12
intergenic L6082F BA.2.12
intergenic D6097D BA.2.12
intergenic D6104D BA.2.12
intergenic P6128L BA.2.12
intergenic R6130R BA.2.12
intergenic T6131T BA.2.12
intergenic R6203R BA.2.12
intergenic L6308L BA.2.12
intergenic DRYP6315EGCH BA.2.12
intergenic N6463N BA.2.12
intergenic T6564I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12
intergenic E6597E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12
intergenic S6799S BA.2.12
intergenic I6838V BA.2.12
intergenic T6891T BA.2.12
intergenic L6924F BA.2.12
intergenic T6938I BA.2.12
intergenic L5F BA.2.12
intergenic T19I BA.4.1.8,BA.2.12
intergenic L24_A27delinsS BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12
intergenic H69del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12
intergenic V70del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12
intergenic T73T BA.2.12
intergenic G75V BA.2.12
intergenic L84I BA.2.12
intergenic T95A BA.2.12
intergenic G142D BA.4.1.8,BA.2.12
intergenic H146H BA.2.12
intergenic T208T BA.2.12
intergenic V213G BA.4.1.8,BA.2.12
intergenic S221S BA.2.12
intergenic N331N BA.2.12
S N331N BA.2.12
intergenic G339D BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12
intergenic S371F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12
intergenic S373P BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12
intergenic ST375FA BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12
intergenic D405N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12
intergenic R408S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12
intergenic K417N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12
intergenic N440K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12
intergenic N448S BA.2.12
intergenic L452Q BA.2.12
intergenic L452R BA.4.1.8,BA.2.12
intergenic ST477NK BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12
intergenic E484A BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12
intergenic F486V BA.4.1.8,BA.2.12
intergenic Q493R BA.1.14,BA.2.12
intergenic QS493RP BA.2.12
intergenic N501Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12
intergenic Y505H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12
intergenic P579P BA.2.12
intergenic T604I BA.2.12
intergenic D614G BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12
intergenic V620V BA.2.12
intergenic A623S BA.2.12
intergenic H655Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12
intergenic N679K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12
intergenic P681H BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12
intergenic S704L BA.2.12
intergenic T732I BA.2.12
intergenic N764K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12
intergenic Q954H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12
intergenic N969K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12
intergenic L1141L BA.2.12
intergenic D1146D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12
intergenic D1259D BA.2.12
intergenic F8F BA.2.12
intergenic V29I BA.2.12
intergenic F43F BA.2.12
intergenic G44R BA.2.12
intergenic T64T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12
intergenic H78Y BA.2.12
intergenic Q185H BA.2.12
intergenic Q213K BA.2.12
intergenic Y215H BA.2.12
intergenic T223I BA.2.12
intergenic S253S BA.2.12
intergenic T9I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12
intergenic Q19E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12
intergenic F53F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12
intergenic A63T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12
intergenic A69V BA.2.12
intergenic M109I BA.2.12
intergenic F112F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12
intergenic L124L BA.2.12
intergenic R20R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12
intergenic D61L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12
intergenic H47Y BA.1.14,BA.2.12
intergenic D51D BA.2.12
intergenic P84S BA.2.12
intergenic A15S BA.2.12
intergenic L18L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12
intergenic G66_K68delinsE BA.2.12
intergenic P70L BA.2.12
intergenic g.A-3T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12
intergenic P13L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12
intergenic S23P BA.2.12
intergenic E31_S33del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12
intergenic P67L BA.2.12
intergenic Y86Y BA.2.12
intergenic P117P BA.2.12
intergenic G175G BA.2.12
intergenic RG203KR BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12
intergenic T296I BA.2.12
intergenic E367E BA.2.12
intergenic K369I BA.2.12
N K369I BA.2.12
intergenic Q389H BA.2.12
intergenic F403F BA.2.12
intergenic S413R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12
intergenic g.G-15T BA.2.12
intergenic P10S BA.2.12
intergenic R24H BA.2.12
intergenic A28V BA.2.12
intergenic g.CGAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTG29733C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12
intergenic g.C-25T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17
intergenic G7S BA.1.17
intergenic K856R BA.1.14,BA.1.17
intergenic F924F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17
intergenic A1283V BA.1.17
intergenic T1581T BA.1.17
intergenic A1707A BA.1.14,BA.1.17
intergenic P1803S BA.1.17
intergenic V1887I BA.1.17
intergenic S2083_L2084delinsI BA.1.14,BA.1.17
intergenic T2152I BA.1.17
intergenic D2573D BA.1.17
intergenic A2690V BA.1.17
intergenic A2710T BA.2.86.1,BA.1.14,BA.1.17
ORF1a M2796T / NSP4
intergenic M2796T BA.1.17
intergenic S2797F BA.1.17
intergenic L3234L BA.1.17
intergenic T3255I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17
intergenic N3291N BA.1.17
intergenic P3395H BA.1.14,BA.1.17
intergenic L3674_G3676del BA.1.14,BA.1.17
intergenic I3758V BA.1.14,BA.1.17
intergenic V4310V BA.1.14,BA.1.17
intergenic S4398L BA.1.17
intergenic P4715L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17
intergenic V4722A BA.1.17
ORF1b R4975G / NSP12
intergenic R4975G BA.1.17
intergenic N4992N BA.1.14,BA.1.17
intergenic N5020N BA.1.17
intergenic P5371P BA.1.17
intergenic Y5541Y BA.2.12,BA.1.17
intergenic A5692V BA.2.12,BA.1.17
intergenic V5776V BA.1.17
intergenic I5967V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17
intergenic H69del BA.1.14,BA.1.17
intergenic V70del BA.1.14,BA.1.17
intergenic T95I BA.1.14,BA.1.17
intergenic G142_Y145delinsD BA.1.14,BA.1.17
intergenic M177I BA.1.17
intergenic N211_L212delinsI BA.1.14,BA.1.17
intergenic R214_D215insEPE BA.1.17
intergenic G339D BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17
intergenic S371L BA.1.14,BA.1.17
intergenic S373P BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17
intergenic S375F BA.1.14,BA.1.17
intergenic K417N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17
intergenic N440K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17
intergenic G446S BA.1.14,BA.1.17
intergenic ST477NK BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17
intergenic E484A BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17
intergenic Q493R BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17
intergenic G496S BA.1.14,BA.1.17
intergenic N501Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17
intergenic Y505H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17
intergenic H519H BA.1.17
intergenic T547K BA.1.14,BA.1.17
intergenic D614G BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17
intergenic F643L BA.1.17
intergenic H655Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17
intergenic N679K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17
intergenic P681H BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17
intergenic A701V BA.1.17
intergenic N764K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17
intergenic N856K BA.1.14,BA.1.17
intergenic Q954H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17
intergenic N969K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17
intergenic L981F BA.1.14,BA.1.17
intergenic D1146D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17
intergenic Q17H BA.1.17
intergenic I20I BA.1.17
intergenic T64T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17
intergenic T176I BA.1.17
intergenic T9I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17
intergenic V75L BA.1.17
intergenic D3G BA.1.14,BA.1.17
intergenic Q19E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17
intergenic A63T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17
intergenic R20R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17
intergenic L35I BA.1.17
intergenic D61D BA.1.14,BA.1.17
intergenic E95X BA.1.17
intergenic L18L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17
intergenic D113D BA.1.17
intergenic g.A-3T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17
intergenic P13L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17
intergenic E31_S33del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17
intergenic D103D BA.1.17
N D103D BA.1.17
intergenic A134A BA.1.17
intergenic RG203KR BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.1.17
intergenic T282T BA.1.17
intergenic Y298Y BA.1.17
intergenic g.C-147T BA.5.2.2
intergenic g.C-25T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2
intergenic G82S BA.5.2.2
intergenic G82_V86del BA.2.12,BA.5.2.2
intergenic H81H BA.5.2.2
intergenic S135R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2
intergenic P309L BA.5.2.2
intergenic G401G BA.5.2.2
intergenic S443F BA.5.2.2
intergenic L454L BA.5.2.2
intergenic K722K BA.5.2.2
ORF1a G780G / NSP2
intergenic G780G BA.5.2.2
intergenic IT841VI BA.5.2.2
ORF1a NIT840SVI / NSP3
intergenic NIT840SVI BA.5.2.2
intergenic T842I BA.5.2.2
intergenic T882I BA.5.2.2
intergenic F924F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2
intergenic S966P BA.5.2.2
intergenic G1307S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2
intergenic A1352A BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2
intergenic T1426T BA.5.2.2
intergenic L1438L BA.1.14,BA.5.2.2
intergenic N1439N BA.5.2.2
ORF1a D1440D / NSP3
intergenic D1440D BA.5.2.2
ORF1a E1461E / NSP3
intergenic E1461E BA.5.2.2
intergenic N1749N BA.5.2.2
intergenic A1809V BA.5.2.2
intergenic F1925F BA.5.2.2
intergenic T2016K BA.5.2.2
intergenic S2024L BA.5.2.2
ORF1a N2449N / NSP3
intergenic N2449N BA.5.2.2
intergenic T2648I BA.5.2.2
ORF1a V2680V / NSP3
intergenic V2680V BA.5.2.2
ORF1a E2946A / NSP4
intergenic E2946A BA.5.2.2
intergenic L3027F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2
intergenic V3053V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2
intergenic T3090I BA.5.2.2
intergenic L3191L BA.5.2.2
intergenic T3255I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2
intergenic D3311D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2
intergenic V3349L BA.5.2.2
intergenic K3353R BA.2.12,BA.5.2.2
intergenic K3353N BA.5.2.2
intergenic P3395H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2
intergenic A3454T BA.5.2.2
intergenic N3484N BA.5.2.2
intergenic D3492D BA.5.2.2
intergenic L3606F BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.5.2.2
intergenic T3646I BA.5.2.2
intergenic 3676del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2
intergenic F3677del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2
intergenic S3675del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2
intergenic E3965E BA.4.1.8,BA.5.2.2
intergenic Q4015Q BA.2.12,BA.5.2.2
intergenic I4205I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2
ORF1b T4668A / NSP12
intergenic T4668A BA.5.2.2
intergenic P4715F BA.5.2.2
intergenic P4715L BA.5.2.2
ORF1b V4816M / NSP12
intergenic V4816M BA.5.2.2
intergenic M4855I BA.5.2.2
intergenic F5086Y BA.2.12,BA.5.2.2
intergenic L5150L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2
intergenic A5270V BA.5.2.2
intergenic T5439I BA.5.2.2
intergenic T5451N BA.2.12,BA.5.2.2
ORF1b V5478V / NSP13
intergenic V5478V BA.5.2.2
intergenic T5538I BA.5.2.2
ORF1b F5549L / NSP13
intergenic F5549L BA.5.2.2
intergenic P5608P BA.5.2.2
intergenic A5645A BA.5.2.2
intergenic R5716C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2
intergenic T5923T BA.5.2.2
intergenic T5956I BA.5.2.2
intergenic I5967V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2
intergenic T6028T BA.5.2.2
intergenic T6144I BA.5.2.2
intergenic R6235R BA.5.2.2
intergenic D6256D BA.5.2.2
intergenic T6449I BA.5.2.2
intergenic T6564I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2
intergenic E6597E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2
intergenic Y6645Y BA.5.2.2
intergenic G6698S BA.5.2.2
intergenic V6772L BA.5.2.2
intergenic L6819L BA.5.2.2
intergenic A6976V BA.5.2.2
intergenic T19I BA.5.2.2
intergenic T19L BA.5.2.2
intergenic L24_A27delinsS BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2
intergenic H69del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2
intergenic V70del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2
intergenic V127F BA.2.86.1,BA.5.2.2
intergenic G142D BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2
intergenic V213G BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2
intergenic A262A BA.5.2.2
intergenic L296L BA.5.2.2
intergenic G339D BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2
intergenic R346I BA.5.2.2
intergenic S371F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2
intergenic S373P BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2
intergenic ST375FA BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2
intergenic D405N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2
intergenic R408S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2
intergenic K417N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2
intergenic N440K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2
intergenic L452R BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2
intergenic ST477NK BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2
intergenic E484A BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2
intergenic F486V BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2
intergenic N501Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2
intergenic Y505H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2
intergenic L518I BA.5.2.2
intergenic D614G BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2
intergenic H655Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2
intergenic N679K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2
intergenic P681H BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2
intergenic N764K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2
intergenic Q954H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2
intergenic N969K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2
intergenic D1146D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2
intergenic D1163Y BA.5.2.2
intergenic G1219C BA.5.2.2
intergenic C1253C BA.5.2.2
intergenic P42H BA.5.2.2
intergenic T64T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2
intergenic L106L BA.5.2.2
intergenic T223I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.5.2.2
intergenic V256del BA.5.2.2
intergenic g.G-18T BA.5.2.2
intergenic T9I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2
intergenic D3N BA.5.2.2
intergenic Q19E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2
intergenic L35L BA.5.2.2
intergenic A63T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2
intergenic Y179Y BA.5.2.2
intergenic P84L BA.5.2.2
intergenic L18L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2
intergenic g.C-5T BA.5.2.2
intergenic L60F BA.5.2.2
intergenic I71T BA.5.2.2
intergenic g.A-3T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2
intergenic G5R BA.5.2.2
N G5R BA.5.2.2
intergenic P13L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2
intergenic G19G BA.5.2.2
intergenic E31_S33del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2
intergenic I130I BA.5.2.2
intergenic A134A BA.1.17,BA.5.2.2
intergenic D144D BA.5.2.2
intergenic G178S BA.5.2.2
N G178S BA.5.2.2
intergenic RG203KR BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2
intergenic T245I BA.5.2.2
intergenic Y360Y BA.5.2.2
intergenic g.C-3T BA.5.2.2
intergenic R24C BA.5.2.2
intergenic g.CAAT29675C BA.5.2.2
intergenic g.A29700G BA.5.2.2
intergenic g.G29717A BA.5.2.2
intergenic g.CGAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTG29733C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2
intergenic g.T-129C BA.5.1.10
intergenic g.C-119T BA.5.1.10
intergenic g.C-63T BA.5.1.10
intergenic g.C-25T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic G49V BA.5.1.10
intergenic M85_V86del BA.5.1.10
intergenic S135R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic N189N BA.5.1.10
intergenic P305S BA.5.1.10
intergenic G334G BA.5.1.10
intergenic H374H BA.5.1.10
intergenic G379E BA.5.1.10
intergenic T403I BA.5.1.10
ORF1a E441D / NSP2
intergenic E441D BA.5.1.10
intergenic S481S BA.5.1.10
intergenic A540V BA.5.1.10
intergenic A591V BA.5.1.10
intergenic T614I BA.5.1.10
intergenic D644D BA.5.1.10
intergenic G728C BA.5.1.10
intergenic L730I BA.5.1.10
intergenic P748L BA.5.1.10
intergenic V839V BA.5.1.10
intergenic T842I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10
intergenic T882I BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic F924F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic P971S BA.5.1.10
intergenic T1001I BA.2.12,BA.5.1.10
intergenic G1307S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic A1352A BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic F1353fs BA.5.1.10
intergenic M1588T BA.5.1.10
ORF1a P1659S / NSP3
intergenic P1659S BA.5.1.10
ORF1a I1667V / NSP3
intergenic I1667V BA.5.1.10
intergenic N1673N BA.5.1.10
ORF1a L1725S / NSP3
intergenic L1725S BA.5.1.10
intergenic L1762I BA.5.1.10
intergenic A1851T BA.5.1.10
intergenic Y1873Y BA.5.1.10
intergenic S1905F BA.5.1.10
intergenic L2062F BA.5.1.10
intergenic N2147N BA.5.1.10
intergenic Y2168Y BA.5.1.10
intergenic V2776I BA.5.1.10
intergenic F2780S BA.5.1.10
intergenic M2796I BA.5.1.10
intergenic N2894N BA.1.14,BA.5.1.10
intergenic F2964F BA.5.1.10
intergenic L3027F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic V3053V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic T3090I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10
intergenic S3149F BA.5.1.10
intergenic A3209V BA.5.1.10
intergenic G3245G BA.5.1.10
intergenic T3255I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic D3311D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic P3359S BA.5.1.10
intergenic R3368R BA.5.1.10
intergenic T3374T BA.5.1.10
intergenic P3395H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic Y3424Y BA.5.1.10
intergenic L3585L BA.5.1.10
intergenic F3603F BA.5.1.10
intergenic L3606F BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic 3676del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic F3677del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic S3675del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic K3839R BA.5.1.10
intergenic I3853I BA.5.1.10
intergenic E3906E BA.5.1.10
intergenic E3965E BA.4.1.8,BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic Q3966R BA.5.1.10
intergenic Q4189H BA.5.1.10
intergenic I4205I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic I4291I BA.5.1.10
ORF1a N4338Y / NSP10
intergenic N4338Y BA.5.1.10
ORF1a D4344Y / NSP10
intergenic D4344Y BA.5.1.10
ORF1b C4446C / NSP12
intergenic C4446C BA.5.1.10
intergenic H4467H BA.5.1.10
intergenic T4477I BA.5.1.10
ORF1b L4578L / NSP12
intergenic L4578L BA.5.1.10
ORF1b Y4630Y / NSP12
intergenic Y4630Y BA.5.1.10
intergenic P4715L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.1.10
intergenic F4820F BA.5.1.10
intergenic A4835A BA.5.1.10
intergenic N4851N BA.5.1.10
intergenic Y4908Y BA.5.1.10
intergenic F4986F BA.5.1.10
intergenic D5128N BA.5.1.10
intergenic L5150L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic L5254L BA.5.1.10
intergenic P5310L BA.5.1.10
intergenic P5371L BA.5.1.10
intergenic Y5444Y BA.5.1.10
intergenic T5451I BA.5.1.10
intergenic P5496H BA.5.1.10
intergenic R5572K BA.5.1.10
intergenic R5716C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic L5762L BA.5.1.10
intergenic I5804I BA.5.1.10
intergenic T5825I BA.5.1.10
intergenic T5912I BA.5.1.10
intergenic T5941A BA.5.1.10
intergenic G5942W BA.5.1.10
intergenic I5967V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic V6106V BA.5.1.10
intergenic L6205L BA.5.1.10
intergenic H6380Y BA.5.1.10
intergenic T6564I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic E6597E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic S6739L BA.5.1.10
intergenic Y6845Y BA.5.1.10
intergenic L6924F BA.2.12,BA.5.1.10
intergenic Y6930Y BA.5.1.10
intergenic F6985F BA.5.1.10
intergenic PR7013LN BA.5.1.10
ORF1b T7032I / NSP16
intergenic T7032I BA.5.1.10
intergenic L5F BA.2.12,BA.5.1.10
intergenic T19I BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10
intergenic L24_A27delinsS BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic F32F BA.5.1.10
intergenic S60S BA.5.1.10
intergenic H69del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic I68_H69del BA.5.1.10
intergenic V70del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic V83V BA.5.1.10
intergenic S98F BA.5.1.10
intergenic I105V BA.5.1.10
intergenic G142D BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic Y145H BA.5.1.10
intergenic Q183R BA.5.1.10
intergenic V193L BA.5.1.10
intergenic V213E BA.5.1.10
intergenic V213G BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic S254S BA.5.1.10
intergenic D294D BA.5.1.10
intergenic G339D BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic R346T BA.4.1.8,BA.5.1.10
intergenic S359S BA.5.1.10
intergenic S371F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic S373P BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic ST375FA BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic D405N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic R408S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic K417N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic N440K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic L452R BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic ST477NK BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic E484A BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic F486V BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic N501Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic Y505H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic F543F BA.4.1.8,BA.5.1.10
intergenic E554G BA.5.1.10
intergenic N603N BA.4.1.8,BA.5.1.10
intergenic D614G BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic H655Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic N679K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic P681H BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic I692I BA.5.1.10
intergenic N710N BA.5.1.10
intergenic N764K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic Q954H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic N969K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic T1006T BA.5.1.10
intergenic F1062F BA.5.1.10
intergenic T1100T BA.5.1.10
intergenic I1114T BA.5.1.10
intergenic D1146D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic A1226A BA.5.1.10
intergenic G1251R BA.5.1.10
intergenic K21N BA.5.1.10
intergenic I37I BA.5.1.10
intergenic P42S BA.5.1.10
intergenic F43S BA.5.1.10
intergenic T64T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic L106L BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic Y113Y BA.5.1.10
intergenic C148C BA.5.1.10
intergenic T223I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic H247Y BA.5.1.10
intergenic T9I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic g.T-6C BA.5.1.10
intergenic D3N BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic Q19E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic L35L BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic A63T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic N121N BA.5.1.10
intergenic C15C BA.5.1.10
intergenic L18L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic g.C-5T BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic P36S BA.5.1.10
intergenic A55V BA.5.1.10
intergenic S67F BA.5.1.10
intergenic K68N BA.5.1.10
intergenic I71T BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic T87I BA.5.1.10
intergenic V114L BA.5.1.10
intergenic R115H BA.5.1.10
intergenic g.A-3T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic P13F BA.5.1.10
intergenic P13L BA.5.1.10
intergenic G25G BA.5.1.10
intergenic E31_S33del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic D63D BA.5.1.10
intergenic P67L BA.2.12,BA.5.1.10
intergenic F110F BA.5.1.10
intergenic N126S BA.5.1.10
intergenic A152S BA.5.1.10
intergenic N192N BA.5.1.10
intergenic S194P BA.5.1.10
intergenic RG203KR BA.1.14,BA.5.1.10
intergenic Y268Y BA.5.1.10
intergenic T271I BA.5.1.10
intergenic F274F BA.5.1.10
intergenic S310S BA.5.1.10
intergenic K347T BA.5.1.10
N K347T BA.5.1.10
intergenic S413R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10
intergenic g.C-10T BA.5.1.10
intergenic R24C BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic L37F BA.5.1.10
intergenic g.A29700G BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic g.CGAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTG29733C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic g.C-222T BA.4
intergenic g.C-63T BA.5.1.10,BA.4
intergenic g.C-25T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4
intergenic R24C BA.4
intergenic H45Y BA.4
intergenic V60I BA.4
intergenic G82_V86del BA.4
ORF1a H81N / NSP1
intergenic H81N BA.4
ORF1a H81_M85delinsNV / NSP1
intergenic H81_M85delinsNV BA.4
intergenic M85_V86del BA.4
intergenic V86F BA.4
intergenic S135R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4
intergenic K141_F143del BA.4.1.8,BA.2.12,BA.4
ORF1a S142_F143delinsHTM / NSP1
intergenic S142_F143delinsHTM BA.4
ORF1a E172E / NSP1
intergenic E172E BA.4
intergenic K210K BA.4
intergenic S216S BA.4
intergenic V378I BA.4
intergenic V378A BA.4
intergenic I396I BA.4
intergenic L454L BA.5.2.2,BA.4
intergenic K492K BA.4
intergenic S505S BA.4
intergenic T512T BA.4
ORF1a A540A / NSP2
intergenic A540A BA.4
intergenic A555V BA.4
intergenic Q556K BA.4
intergenic Y576C BA.4
intergenic L580F BA.4
intergenic N615N BA.4
intergenic Y621Y BA.4
intergenic V627I BA.4
intergenic L730L BA.4
ORF1a D795G / NSP2
intergenic D795G BA.4
intergenic T842I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4
intergenic F924F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4
intergenic A964T BA.4
intergenic A967V BA.4
ORF1a I1023T / NSP3
intergenic I1023T BA.4
intergenic A1043V BA.4
intergenic D1088D BA.4
intergenic D1179D BA.4
intergenic G1307S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4
intergenic A1352A BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4
ORF1a A1482T / NSP3
intergenic A1482T BA.4
intergenic P1541S BA.4
ORF1a P1659T / NSP3
intergenic P1659T BA.4
ORF1a N1672N / NSP3
intergenic N1673N BA.5.1.10,BA.4
intergenic Y1868Y BA.4
ORF1a S2048A / NSP3
intergenic T2121T BA.4
intergenic D2299D BA.4
intergenic M2365I BA.4
intergenic I2385I BA.4
intergenic V2421V BA.4
intergenic S2493G BA.4
intergenic Y2513Y BA.4
intergenic V2624V BA.4
intergenic S2625S BA.4
ORF1a E2681E / NSP3
intergenic E2681E BA.4
intergenic A2701A BA.4
ORF1a V2754I / NSP3
intergenic V2754I BA.4
intergenic H2799Y BA.4
intergenic F3018F BA.4
intergenic L3027F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4
intergenic V3053V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4
intergenic T3090I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4
intergenic L3092L BA.4
intergenic L3180L BA.2.12,BA.4
intergenic T3255I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4
intergenic T3284I BA.4
intergenic N3291N BA.1.17,BA.4
intergenic D3311D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4
intergenic K3353R BA.2.12,BA.5.2.2,BA.4
intergenic A3357A BA.4
intergenic R3368R BA.5.1.10,BA.4
intergenic P3395H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4
intergenic G3437G BA.4
intergenic F3486L BA.4
intergenic D3511D BA.4
intergenic L3585L BA.5.1.10,BA.4
intergenic A3625A BA.4
intergenic 3676del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4
intergenic F3677del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4
intergenic S3675del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4
intergenic P3952P BA.4
intergenic Y3954Y BA.1.14,BA.4
intergenic A3960A BA.4
intergenic E3965E BA.4.1.8,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4
intergenic V3976I BA.4
intergenic L4045L BA.4
intergenic L4064L BA.4
intergenic I4098T BA.4
intergenic C4163C BA.4
intergenic I4205I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4
intergenic L4209L BA.4
intergenic N4235N BA.4
intergenic L4284L BA.2.12,BA.4
intergenic C4330C BA.4
intergenic A4357V BA.4
intergenic R4387R BA.4
intergenic V4406V BA.4
intergenic M4588I BA.4
intergenic D4652D BA.4
ORF1b D4661E / NSP12
intergenic D4661E BA.4
intergenic P4715F BA.5.2.2,BA.4
intergenic P4715L BA.5.2.2,BA.4
intergenic P4715L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.1.10
intergenic Y4738H BA.4
intergenic L4779L BA.4
intergenic Y4847Y BA.4
intergenic A4972A BA.4
intergenic F5086Y BA.2.12,BA.5.2.2,BA.4
intergenic E5136D BA.4
intergenic L5150L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4
intergenic F5158F BA.1.14,BA.4
intergenic L5197L BA.4
intergenic L5230L BA.4
intergenic L5283L BA.4
intergenic A5342V BA.4
intergenic P5377S BA.4
intergenic G5378S BA.4
intergenic Y5541Y BA.2.12,BA.1.17,BA.4
ORF1b T5552T / NSP13
intergenic T5552T BA.4
intergenic A5620T BA.4
intergenic R5716C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4
intergenic S5748S BA.4
intergenic F5823F BA.4
intergenic P5828P BA.4
intergenic L5963L BA.4
intergenic I5967V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4
intergenic M6078I BA.4
intergenic V6314V BA.4
intergenic V6362V BA.4
intergenic T6564I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4
intergenic E6597E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4
intergenic T6854I BA.4
intergenic A6997A BA.4
intergenic P7034L BA.4
intergenic L5F BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4
intergenic T19I BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4
intergenic L24_A27delinsS BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4
intergenic H69del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4
intergenic V70del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4
intergenic G75V BA.2.12,BA.4
intergenic A93S BA.4
intergenic G142D BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4
intergenic K147_N148del BA.4
S K147_N148del BA.4
intergenic K182I BA.4
intergenic V213G BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4
intergenic L229L BA.4
intergenic V308V BA.4
S V308V BA.4
intergenic G339D BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4
intergenic G339V BA.4
S G339V BA.4
intergenic R346T BA.4.1.8,BA.5.1.10,BA.4
intergenic R346S BA.4
intergenic S371F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4
intergenic S373P BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4
intergenic ST375FA BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4
intergenic D405N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4
intergenic R408S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4
intergenic K417N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4
intergenic N440K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4
intergenic L452R BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4
intergenic ST477NK BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4
intergenic E484A BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4
intergenic F486V BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4
intergenic N501Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4
intergenic Y505H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4
intergenic D614G BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4
intergenic S640F BA.4
intergenic H655Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4
intergenic N658S BA.4
intergenic N679K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4
intergenic P681H BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4
intergenic N764K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4
intergenic Q804Q BA.4
intergenic D936N BA.4
intergenic S939F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14
intergenic Q954H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4
intergenic N969K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4
intergenic I1018I BA.4
intergenic A1020S BA.4
intergenic D1146D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4
intergenic G1251G BA.4.1.8,BA.4
intergenic F8F BA.2.12,BA.4
intergenic V55F BA.4
intergenic A59V BA.4
intergenic T64T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4
intergenic S74F BA.4
intergenic L84L BA.4
intergenic L94F BA.4
intergenic L108F BA.4
intergenic L140F BA.4
intergenic G172V BA.4
intergenic Y206Y BA.4
intergenic T223I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4
intergenic P240S BA.4
intergenic g.G-15T BA.4
intergenic T9I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4
intergenic D3N BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4
intergenic Q19E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4
intergenic C33C BA.4
intergenic F53F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12
intergenic L56L BA.4
intergenic A63T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4
intergenic F112F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.4
intergenic L124L BA.2.12,BA.4
intergenic V170V BA.4
intergenic R20R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.4
intergenic D61L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.4
intergenic g.C-5T BA.4
intergenic Y18H BA.4
ORF7a Y18H BA.4
intergenic V24L BA.4
intergenic Q62_F63delinsH BA.4
intergenic R80I BA.4
intergenic P84L BA.5.2.2,BA.4
intergenic V108_T111del BA.4
ORF7a V108_T111del BA.4
intergenic L11F BA.4
intergenic F19L BA.4
intergenic L18L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4
intergenic L32F BA.4
intergenic g.C-5T BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4
intergenic G66_K68delinsE BA.2.12,BA.4
intergenic F104L BA.4
intergenic F120fs BA.4
intergenic I121fs BA.4
intergenic g.A-3T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4
intergenic P6S BA.4
intergenic P13L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4
intergenic G19G BA.5.2.2,BA.4
intergenic E31_S33del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4
intergenic G30_S33delinsF BA.4
intergenic P142S BA.4
intergenic P151S BA.4
intergenic PA151SS BA.4
N PA151SS BA.4
intergenic I157I BA.4
intergenic E174E BA.4
intergenic S180I BA.4
intergenic N192N BA.5.1.10,BA.4
intergenic RG203KR BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4
intergenic RGT203KRN BA.4
N RGT203KRN BA.4
intergenic T332T BA.4
intergenic Y333Y BA.4
intergenic A336S BA.4
N A336S BA.4
intergenic S413R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4
intergenic g.C-12A BA.4
intergenic Q29X BA.4
intergenic g.TG29710T BA.4
intergenic g.CGAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTG29733C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic g.GAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTGT29734C BA.4
intergenic g.GAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTGT29734T BA.4
intergenic g.C-95A BA.5.2.34
intergenic g.T-57G BA.5.2.34
intergenic g.C-25T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic R24C BA.4,BA.5.2.34
intergenic K72K BA.5.2.34
intergenic M85del BA.5.2.34
intergenic L92L BA.2.86.1,BA.5.2.34
intergenic H110Y BA.4.1.8,BA.5.2.34
intergenic I114V BA.5.2.34
intergenic S135R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic K141_F143del BA.4.1.8,BA.2.12,BA.4,BA.5.2.34
intergenic P193L BA.5.2.34
intergenic D203N BA.5.2.34
intergenic L259L BA.5.2.34
intergenic F266F BA.5.2.34
intergenic Y304H BA.5.2.34
intergenic C341C BA.5.2.34
intergenic A385V BA.5.2.34
intergenic R402R BA.5.2.34
intergenic A427V BA.5.2.34
intergenic L454L BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34
intergenic D644D BA.5.1.10,BA.5.2.34
ORF1a A687D / NSP2
intergenic A687D BA.5.2.34
intergenic H712H BA.5.2.34
intergenic T727I BA.5.2.34
intergenic V757V BA.5.2.34
intergenic N786N BA.5.2.34
intergenic N811N BA.5.2.34
intergenic T842I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic F924F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
ORF1a D981G / NSP3
intergenic D981G BA.5.2.34
intergenic L1065L BA.5.2.34
intergenic G1073R BA.5.2.34
intergenic Y1174Y BA.5.2.34
intergenic L1186F BA.5.2.34
intergenic L1191L BA.5.2.34
intergenic T1246T BA.5.2.34
intergenic G1307S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic E1341E BA.5.2.34
intergenic A1352A BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic K1428K BA.5.2.34
intergenic N1439N BA.5.2.2,BA.5.2.34
intergenic L1523L BA.5.2.34
intergenic N1555N BA.5.2.34
intergenic V1629V BA.5.2.34
intergenic T1890I BA.5.2.34
intergenic Y2003Y BA.5.2.34
intergenic D2043D BA.5.2.34
intergenic L2146F BA.5.2.34
intergenic S2242F BA.5.2.34
intergenic G2342E BA.5.2.34
ORF1a S2378P / NSP3
intergenic S2378P BA.5.2.34
intergenic L2518F BA.5.2.34
intergenic P2537S BA.5.2.34
ORF1a H2794H / NSP4
intergenic H2794H BA.5.2.34
intergenic P2870P BA.5.2.34
intergenic L3027F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic V3053V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic T3090I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic S3099L BA.2.12,BA.5.2.34
intergenic A3209V BA.5.1.10,BA.5.2.34
intergenic T3255I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic D3311D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic I3341I BA.5.2.34
intergenic P3395H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic D3439D BA.5.2.34
intergenic A3529A BA.5.2.34
intergenic F3568F BA.5.2.34
intergenic H3580H BA.5.2.34
intergenic L3606F BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.5.2.34
intergenic 3676del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic F3677del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic S3675del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic S3742S BA.5.2.34
intergenic V3747I BA.5.2.34
intergenic T3750I BA.5.2.34
intergenic F3753V BA.5.2.34
intergenic N3801N BA.5.2.34
intergenic V3892A BA.5.2.34
intergenic E3965E BA.4.1.8,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic Q4015Q BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.2.34
intergenic L4064F BA.5.2.34
intergenic D4165N BA.5.2.34
intergenic I4205I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic T4258T BA.5.2.34
intergenic V4369A BA.5.2.34
intergenic P4486L BA.5.2.34
intergenic P4715L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.1.10,BA.5.2.34
ORF1b S4825S / NSP12
intergenic S4825S BA.5.2.34
ORF1b A4977S / NSP12
intergenic A4977S BA.5.2.34
intergenic N4992N BA.1.14,BA.1.17,BA.5.2.34
intergenic T5072T BA.5.2.34
intergenic F5086Y BA.2.12,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34
intergenic L5150L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic Y5220Y BA.5.2.34
intergenic T5451N BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.2.34
intergenic I5475I BA.5.2.34
intergenic S5490L BA.5.2.34
intergenic T5538I BA.5.2.2,BA.5.2.34
intergenic R5716C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic P5828S BA.5.2.34
intergenic L5932L BA.5.2.34
intergenic V5939L BA.5.2.34
intergenic I5967V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic G5969S BA.5.2.34
intergenic P5971P BA.5.2.34
intergenic V6188F BA.5.2.34
intergenic A6206V BA.5.2.34
intergenic C6307C BA.5.2.34
intergenic T6441I BA.5.2.34
ORF1b R6542K / NSP15
intergenic R6542K BA.5.2.34
intergenic T6564I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic E6597E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
ORF1b K6601N / NSP15
intergenic K6601N BA.5.2.34
intergenic R6658S BA.5.2.34
intergenic A6735A BA.5.2.34
intergenic R7014H BA.5.2.34
intergenic R7014R BA.5.2.34
ORF1b P7049S / NSP16
intergenic P7049S BA.5.2.34
intergenic I7088V BA.5.2.34
intergenic L5F BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic V11V BA.5.2.34
intergenic T19I BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic L24_A27delinsS BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic S60S BA.5.1.10,BA.5.2.34
intergenic H69del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic V70del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic G142D BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic G142_Y144delinsDV BA.2.86.1,BA.5.2.34
intergenic H146H BA.2.12,BA.5.2.34
intergenic V213G BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic D215E BA.5.2.34
intergenic G339D BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic R346T BA.4.1.8,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic S371F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic S373P BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic ST375FA BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic D405N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic R408S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic K417N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic N440K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic L452R BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic N460I BA.5.2.34
intergenic ST477NK BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic E484A BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic F486V BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic N501Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic Y505H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic F562F BA.5.2.34
intergenic D574N BA.5.2.34
intergenic D614G BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic H655Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic Q675Q BA.5.2.34
intergenic N679K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic P681H BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic A688V BA.5.2.34
intergenic N764K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic V826V BA.5.2.34
intergenic A879V BA.5.2.34
intergenic Q954H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic N969K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic V1104L BA.5.2.34
intergenic D1146D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic C1248F BA.5.2.34
intergenic P1263L BA.5.2.34
intergenic L46F BA.5.2.34
intergenic T64T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic H78Y BA.2.12,BA.5.2.34
intergenic L96L BA.5.2.34
intergenic M125I BA.5.2.34
intergenic T223I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic T9I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic R61L BA.5.2.34
intergenic D3N BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic Q19E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic F53F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.5.2.34
intergenic A63T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic L93L BA.5.2.34
intergenic L164L BA.5.2.34
intergenic G202G BA.5.2.34
intergenic V9V BA.5.2.34
intergenic D30D BA.5.2.34
intergenic C15S BA.5.2.34
ORF7a C15S BA.5.2.34
intergenic Y40Y BA.5.2.34
intergenic V104F BA.5.2.34
intergenic L18L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic E33X BA.5.2.34
intergenic L34L BA.5.2.34
intergenic g.C-5T BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic H17H BA.5.2.34
intergenic P36P BA.1.14,BA.5.2.34
intergenic P38P BA.5.2.34
intergenic S82S BA.5.2.34
intergenic g.A-3T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic P13L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34
intergenic G19G BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34
intergenic T24I BA.5.2.34
intergenic E31_S33del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic D103H BA.5.2.34
intergenic A155V BA.5.2.34
intergenic I157I BA.4,BA.5.2.34
intergenic RG203KR BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34
intergenic A273S BA.5.2.34
intergenic P302P BA.5.2.34
intergenic T334I BA.5.2.34
intergenic I337I BA.5.2.34
intergenic F346F BA.5.2.34
intergenic L353L BA.5.2.34
intergenic P383P BA.5.2.34
intergenic S413R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic P10S BA.2.12,BA.5.2.34
intergenic g.A29700G BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.5.2.34
intergenic g.CGAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTG29733C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.5.2.34
intergenic g.C-160T BA.5.1.24
intergenic g.T-98C BA.5.1.24
intergenic g.A-97G BA.5.1.24
intergenic g.T-89C BA.5.1.24
intergenic g.C-25T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic L27L BA.5.1.24
intergenic G49D BA.5.1.24
intergenic G49G BA.5.1.24
intergenic C51Y BA.5.1.24
intergenic Q66Q BA.5.1.24
intergenic G82_H83del BA.5.1.24
intergenic M85del BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic L88L BA.5.1.24
intergenic Y97Y BA.5.1.24
intergenic G98S BA.5.1.24
intergenic S135R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic K141_F143del BA.4.1.8,BA.2.12,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic D152G BA.5.1.24
intergenic V186V BA.2.12,BA.5.1.24
intergenic D203D BA.5.1.24
intergenic L204F BA.5.1.24
intergenic D220D BA.5.1.24
intergenic I257V BA.5.1.24
intergenic P271P BA.5.1.24
intergenic S302F BA.5.1.24
intergenic Y304Y BA.5.1.24
ORF1a L349V / NSP2
intergenic L349V BA.5.1.24
intergenic E381E BA.5.1.24
ORF1a G432C / NSP2
intergenic G432C BA.5.1.24
intergenic L454F BA.5.1.24
intergenic L454L BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic V491V BA.5.1.24
intergenic S538L BA.5.1.24
intergenic V559A BA.5.1.24
intergenic L580F BA.4,BA.5.1.24
intergenic L580L BA.5.1.24
intergenic I694I BA.5.1.24
intergenic T796T BA.5.1.24
intergenic F813F BA.5.1.24
intergenic T842I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic L864L BA.5.1.24
intergenic V886V BA.5.1.24
intergenic T891I BA.2.12,BA.5.1.24
intergenic F924F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
ORF1a T1000T / NSP3
intergenic T1000T BA.5.1.24
intergenic I1002T BA.5.1.24
intergenic V1099V BA.5.1.24
intergenic K1112K BA.5.1.24
intergenic P1213L BA.5.1.24
intergenic D1282G BA.5.1.24
intergenic V1299L BA.5.1.24
intergenic G1307S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic D1323D BA.5.1.24
intergenic A1352A BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic H1500Y BA.5.1.24
intergenic V1570L BA.5.1.24
intergenic D1600N BA.5.1.24
intergenic P1640L BA.5.1.24
intergenic L1680L BA.5.1.24
intergenic N1691N BA.5.1.24
intergenic T1731I BA.5.1.24
intergenic Y1734H BA.5.1.24
intergenic Y1868Y BA.4,BA.5.1.24
intergenic S1924R BA.5.1.24
intergenic C2041C BA.5.1.24
intergenic D2101D BA.5.1.24
intergenic L2113L BA.5.1.24
intergenic S2151G BA.5.1.24
intergenic M2374K BA.5.1.24
intergenic A2470A BA.5.1.24
intergenic P2480P BA.5.1.24
intergenic V2491I BA.5.1.24
intergenic L2609L BA.5.1.24
ORF1a I2634V / NSP3
intergenic I2634V BA.5.1.24
ORF1a C2691C / NSP3
intergenic C2691C BA.5.1.24
intergenic I2806I BA.5.1.24
intergenic L3027F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic V3053V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic T3090I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic D3222D BA.5.1.24
intergenic T3255I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic C3285C BA.5.1.24
intergenic D3311D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic I3341V BA.5.1.24
intergenic M3345I BA.5.1.24
intergenic K3353R BA.2.12,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.1.24
intergenic V3388V BA.5.1.24
intergenic P3395H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic D3511N BA.5.1.24
intergenic D3526G BA.5.1.24
intergenic L3535L BA.2.12,BA.5.1.24
intergenic F3568F BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic T3575I BA.5.1.24
ORF1a I3576T / NSP6
intergenic I3576T BA.5.1.24
intergenic L3636L BA.5.1.24
intergenic 3676del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic F3677del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic S3675del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic M3684V BA.5.1.24
intergenic Y3744Y BA.5.1.24
intergenic Y3765C BA.5.1.24
intergenic V3815V BA.5.1.24
intergenic L3829F BA.5.1.24
intergenic C3867C BA.5.1.24
intergenic V3871V BA.5.1.24
intergenic E3965E BA.4.1.8,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic T4083T BA.5.1.24
intergenic T4175I BA.2.86.1,BA.5.1.24
intergenic I4205I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic P4220L BA.5.1.24
intergenic L4284L BA.2.12,BA.4,BA.5.1.24
intergenic G4380G BA.5.1.24
intergenic R4447R BA.5.1.24
intergenic Q4473E BA.5.1.24
intergenic K4483E BA.5.1.24
intergenic P4715L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic D4769D BA.5.1.24
intergenic P4804P BA.5.1.24
intergenic V4887V BA.5.1.24
intergenic T4983I BA.5.1.24
intergenic R5113C BA.5.1.24
intergenic D5130Y BA.5.1.24
intergenic D5130D BA.5.1.24
intergenic L5150L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic D5152D BA.5.1.24
intergenic D5225D BA.5.1.24
intergenic A5232A BA.5.1.24
intergenic P5319S BA.5.1.24
intergenic S5360P BA.5.1.24
intergenic P5377S BA.4,BA.5.1.24
intergenic V5422F BA.5.1.24
intergenic L5454L BA.5.1.24
ORF1b T5465I / NSP13
intergenic T5465I BA.5.1.24
intergenic S5490L BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic T5538I BA.5.2.2,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic Y5548C BA.5.1.24
intergenic A5662V BA.5.1.24
intergenic V5672L BA.5.1.24
intergenic R5716C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic T5737I BA.5.1.24
intergenic T5755I BA.5.1.24
intergenic I5804I BA.5.1.10,BA.5.1.24
ORF1b A5926S / NSP14
intergenic A5926S BA.2.12,BA.5.1.24
intergenic D5955E BA.5.1.24
intergenic I5967V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
ORF1b I6012I / NSP14
intergenic I6012I BA.5.1.24
intergenic P6046S BA.5.1.24
ORF1b D6069Y / NSP14
intergenic D6069Y BA.5.1.24
intergenic P6368S BA.5.1.24
intergenic F6370F BA.5.1.24
intergenic T6564I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic V6573V BA.5.1.24
intergenic E6597E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic K6741N BA.5.1.24
intergenic F6985F BA.5.1.10,BA.5.1.24
intergenic L7042L BA.5.1.24
intergenic T19I BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic L24_A27delinsS BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic V47V BA.5.1.24
intergenic H69del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic V70del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic K97K BA.5.1.24
intergenic G142D BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic N165Y BA.5.1.24
S N165Y BA.5.1.24
intergenic K182N BA.5.1.24
intergenic V213G BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic G339D BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic S371F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic S373P BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic ST375FA BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic D405N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic R408S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic K417N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic N440K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic K444R BA.5.1.24
intergenic L452R BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic ST477NK BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic E484A BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic F486V BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic N501Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic Y505H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic L560L BA.5.1.24
intergenic D614G BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic L629L BA.5.1.24
intergenic A647S BA.5.1.24
intergenic H655Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic N657N BA.5.1.24
intergenic Q675H BA.5.1.24
intergenic N679K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic P681H BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic N764K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic Q954H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic N969K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic I1130M BA.5.1.24
intergenic D1146D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic K1205N BA.5.1.24
intergenic G18V BA.5.1.24
intergenic I20I BA.1.17,BA.5.1.24
intergenic R30H BA.5.1.24
intergenic T64T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic H78H BA.5.1.24
intergenic L94I BA.5.1.24
intergenic G100C BA.5.1.24
intergenic E102D BA.5.1.24
ORF3a E102D BA.5.1.24
intergenic H182H BA.5.1.24
intergenic T223I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic T9I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic V25V BA.5.1.24
intergenic D3N BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic Q19E BA.5.1.24
intergenic F53F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic A63T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic L93L BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic F100F BA.5.1.24
intergenic H148H BA.5.1.24
intergenic L181L BA.5.1.24
intergenic V5I BA.5.1.24
intergenic A12T BA.5.1.24
intergenic F22_D30del BA.5.1.24
intergenic Y31Y BA.5.1.24
intergenic K38K BA.5.1.24
intergenic g.C-5T BA.4,BA.5.1.24
intergenic C15C BA.5.1.10,BA.5.1.24
intergenic H19R BA.5.1.24
ORF7a H19R BA.5.1.24
intergenic H73Y BA.5.1.24
intergenic F101F BA.5.1.24
intergenic L116L BA.5.1.24
intergenic L18L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic g.C-5T BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic A14A BA.5.1.24
intergenic I121N BA.5.1.24
intergenic I121fs BA.5.1.24
intergenic g.A-3T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic Q9H BA.5.1.24
intergenic P13L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic E31_S33del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic D63Y BA.5.1.24
intergenic R89T BA.5.1.24
N R89T BA.5.1.24
intergenic P122S BA.5.1.24
intergenic RG203KR BA.1.14,BA.5.1.10,BA.5.1.24
intergenic T245I BA.5.2.2,BA.5.1.24
intergenic Q289Q BA.5.1.24
intergenic A311T BA.5.1.24
intergenic R319R BA.5.1.24
intergenic T325I BA.5.1.24
intergenic T362I BA.5.1.24
intergenic D377Y BA.5.1.24
intergenic A398V BA.5.1.24
intergenic D401N BA.5.1.24
intergenic S413R BA.5.1.24
intergenic C19C BA.2.86.1,BA.5.1.24
intergenic L37F BA.5.1.10,BA.5.1.24
intergenic g.CGAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTG29733C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic g.C-25T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic R24C BA.4,BA.5.2.34
ORF1a L39S / NSP1
intergenic L39S BA.5.2.3
intergenic R43C BA.5.2.3
intergenic L92L BA.2.86.1,BA.5.2.34
intergenic H110Y BA.4.1.8,BA.5.2.34
intergenic K120N BA.5.2.3
intergenic S135R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic K141_F143del BA.4.1.8,BA.2.12,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic R207C BA.5.2.3
intergenic R226K BA.5.2.3
intergenic S248S BA.5.2.3
intergenic T283I BA.5.2.3
ORF1a K292E / NSP2
intergenic K292E BA.5.2.3
intergenic P305S BA.5.1.10,BA.5.2.3
intergenic T350I BA.5.2.3
intergenic S376L BA.5.2.3
intergenic L454L BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic I473I BA.5.2.3
intergenic A474A BA.5.2.3
intergenic S549S BA.5.2.3
ORF1a T554N / NSP2
intergenic T554N BA.5.2.3
intergenic M584V BA.5.2.3
intergenic L590F BA.5.2.3
intergenic D644D BA.5.1.10,BA.5.2.34
intergenic V660V BA.5.2.3
intergenic K680K BA.5.2.3
intergenic T727I BA.5.2.34,BA.5.2.3
ORF1a P765L / NSP2
intergenic P765L BA.5.2.3
intergenic T842I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic A859A BA.5.2.3
intergenic A876T BA.5.2.3
intergenic F924F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic G1307S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic A1352A BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic N1436N BA.5.2.3
intergenic N1439N BA.5.2.2,BA.5.2.34,BA.5.2.3
intergenic H1500Y BA.5.1.24,BA.5.2.3
ORF1a S1520Y / NSP3
intergenic S1520Y BA.5.2.3
intergenic I1525V BA.5.2.3
ORF1a F1553L / NSP3
intergenic F1553L BA.5.2.3
intergenic T1572I BA.5.2.3
intergenic K1655N BA.5.2.3
intergenic Y1658Y BA.5.2.3
intergenic R1953R BA.5.2.3
intergenic T2021I BA.5.2.3
intergenic A2033V BA.5.2.3
ORF1a I2076M / NSP3
intergenic I2076M BA.5.2.3
ORF1a P2079R / NSP3
intergenic P2079R BA.5.2.3
intergenic K2143K BA.5.2.3
intergenic T2247I BA.5.2.3
ORF1a T2484T / NSP3
intergenic T2484T BA.5.2.3
intergenic A2584V BA.5.2.3
ORF1a D2592Y / NSP3
intergenic D2592Y BA.5.2.3
intergenic S2625S BA.4,BA.5.2.3
intergenic L2675L BA.5.2.3
intergenic N2708N BA.5.2.3
intergenic N2768del BA.5.2.3
intergenic D2833D BA.5.2.3
intergenic V2892F BA.5.2.3
intergenic L3027F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic V3053V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic A3061A BA.5.2.3
intergenic T3090I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic S3099L BA.2.12,BA.5.2.34
intergenic F3100F BA.5.2.3
intergenic A3209V BA.5.1.10,BA.5.2.34
intergenic T3255I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic F3271F BA.5.2.3
intergenic D3311D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic L3321L BA.5.2.3
intergenic P3395H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic P3447P BA.5.2.3
intergenic L3606F BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.2.3
intergenic 3676del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic F3677del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic S3675del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic L3829L BA.5.2.3
intergenic E3965E BA.4.1.8,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic Q4015Q BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.2.34,BA.5.2.3
intergenic P4197S BA.5.2.3
intergenic I4205I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic L4284L BA.2.12,BA.4,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic A4357V BA.4,BA.5.2.3
ORF1a G4374S / NSP10
intergenic G4374S BA.5.2.3
intergenic P4715L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic A4921V BA.5.2.3
intergenic I4928I BA.5.2.3
intergenic N4992N BA.1.14,BA.1.17,BA.5.2.34
intergenic F5086Y BA.2.12,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34
intergenic L5150L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic T5451N BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.2.34,BA.5.2.3
intergenic T5538I BA.5.2.2,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic Y5541Y BA.2.12,BA.1.17,BA.4,BA.5.2.3
intergenic A5692V BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.3
intergenic R5716C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
ORF1b R5716S / NSP13
intergenic R5716S BA.5.2.3
intergenic F5746F BA.2.12,BA.5.2.3
intergenic V5819V BA.5.2.3
intergenic I5967V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic P6076L BA.5.2.3
intergenic N6424N BA.5.2.3
intergenic T6564I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic E6597E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic S6693S BA.5.2.3
intergenic G6890S BA.5.2.3
intergenic K6958R BA.5.2.3
ORF1b D6977G / NSP16
intergenic D6977G BA.5.2.3
intergenic T7032T BA.5.2.3
intergenic P7034S BA.5.2.3
intergenic L5F BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic T19I BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic L24_A27delinsS BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic S60S BA.5.1.10,BA.5.2.34
intergenic H69del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic V70del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic G142D BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic G142_Y144delinsDV BA.2.86.1,BA.5.2.34
intergenic Y145_H146del BA.5.2.3
intergenic H146H BA.2.12,BA.5.2.34
intergenic M153I BA.5.2.3
intergenic V213G BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic L249S BA.5.2.3
intergenic G339D BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic R346T BA.4.1.8,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic R346S BA.4,BA.5.2.3
intergenic S371F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic S373P BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic ST375FA BA.5.2.3
intergenic ST375FA BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic D405N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic R408S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic K417N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic N440K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic K444R BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic L452R BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic ST477NK BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic E484A BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic E484V BA.5.2.3
intergenic F486V BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic N501Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic Y505H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic F543F BA.4.1.8,BA.5.1.10,BA.5.2.3
intergenic T547I BA.5.2.3
intergenic P561S BA.5.2.3
intergenic D614G BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic T618T BA.1.14,BA.5.2.3
intergenic A623V BA.5.2.3
intergenic H655Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic N679K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic P681H BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic A694A BA.5.2.3
intergenic N764K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic L878L BA.5.2.3
intergenic Q954H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic N969K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic D1146D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic P1162S BA.5.2.3
intergenic E1202Q BA.4.1.8,BA.5.2.3
intergenic A23V BA.5.2.3
intergenic Q38Q BA.5.2.3
intergenic S40L BA.5.2.3
intergenic L53L BA.5.2.3
intergenic T64T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic L71I BA.5.2.3
intergenic H78Y BA.2.12,BA.5.2.34
intergenic H93Q BA.5.2.3
intergenic A99S BA.5.2.3
intergenic P104L BA.5.2.3
intergenic V112V BA.5.2.3
intergenic T223I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic g.C-23T BA.5.2.3
intergenic T9I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic D3N BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic Q19E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3
intergenic F53F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic A63T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic I97V BA.5.2.3
intergenic H125N BA.5.2.3
intergenic I161I BA.5.2.3
intergenic L164L BA.5.2.34,BA.5.2.3
intergenic N207N BA.5.2.3
intergenic L4L BA.5.2.3
intergenic K23_Y31del BA.5.2.3
intergenic D61D BA.1.14,BA.1.17,BA.5.2.3
intergenic T28I BA.5.2.3
intergenic Y40Y BA.5.2.34,BA.5.2.3
intergenic Y75Y BA.5.2.3
intergenic L18L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic g.C-5T BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic P36P BA.1.14,BA.5.2.34
intergenic D119D BA.5.2.3
ORF8 D119D BA.5.2.3
intergenic g.A-8T BA.5.2.3
intergenic g.A-3T BA.5.2.3
intergenic g.CTA-5_-3TTT BA.5.2.3
intergenic g.A-3T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic N8T BA.5.2.3
intergenic P13L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic G19G BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3
intergenic E31_S33del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic Y86Y BA.2.12,BA.5.2.3
intergenic D128E BA.5.2.3
N D128E BA.5.2.3
intergenic A134A BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.2.3
intergenic I157I BA.4,BA.5.2.34
intergenic Y172Y BA.5.2.3
intergenic G175G BA.2.12,BA.5.2.3
intergenic RG203KR BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3
intergenic K299K BA.5.2.3
intergenic Y360Y BA.5.2.2,BA.5.2.3
intergenic S413R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3
intergenic g.C-13T BA.5.2.3
intergenic P10S BA.2.12,BA.5.2.34,BA.5.2.3
intergenic g.A29700G BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.5.2.34
intergenic g.CGAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTG29733C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic g.GAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTGTAC29734TAC BA.5.2.3
intergenic g.GAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTGTAC29734TAT BA.5.2.3
intergenic g.C-222T BA.4,BA.5
intergenic g.C-104T BA.5
intergenic g.G-67A BA.5
intergenic g.C-25T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5
intergenic R24C BA.4,BA.5.2.34
intergenic R24R BA.5
intergenic D25D BA.5
intergenic V26V BA.5
intergenic G32R BA.5
intergenic R43C BA.5.2.3,BA.5
intergenic G49D BA.5.1.24,BA.5
ORF1a K58_L61delinsM / NSP1
intergenic K58_L61delinsM BA.5
intergenic R73C BA.5
intergenic G82_M85delinsV BA.5
intergenic G82_V86del BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5
intergenic H83_M85del BA.5
intergenic M85del BA.2.12,BA.5
intergenic V84_V86del BA.5
intergenic M85del BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic L92L BA.2.86.1,BA.5.2.34
intergenic H110Y BA.4.1.8,BA.5.2.34
intergenic A117T BA.5
intergenic S135R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5
intergenic K141_F143del BA.4.1.8,BA.2.12,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5
intergenic V186V BA.2.12,BA.5.1.24,BA.5
intergenic L219L BA.5
ORF1a P271P / NSP2
intergenic P305S BA.5.1.10,BA.5.2.3
intergenic A421A BA.5
intergenic S443S BA.5
ORF1a E452K / NSP2
intergenic E452K BA.5
intergenic L454L BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5
intergenic G519S BA.5
ORF1a N522N / NSP2
intergenic N522N BA.5
ORF1a K527R / NSP2
intergenic K527R BA.5
intergenic F548S BA.5
intergenic Q556K BA.4,BA.5
intergenic L570L BA.5
intergenic L578L BA.5
intergenic L580F BA.4,BA.5.1.24
intergenic V606V BA.5
intergenic E622G BA.5
intergenic V627F BA.5
intergenic D644D BA.5.1.10,BA.5.2.34
intergenic W646L BA.5
ORF1a I652I / NSP2
ORF1a G661C / NSP2
intergenic G661C BA.5
intergenic I693T BA.5
intergenic Y717Y BA.5
intergenic T727I BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5
intergenic I740I BA.2.12,BA.5
intergenic V774V BA.5
intergenic T796T BA.5.1.24,BA.5
intergenic P820L BA.5
intergenic T842I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5
intergenic N869N BA.5
intergenic F871F BA.5
intergenic T882I BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic T891I BA.2.12,BA.5.1.24
intergenic F924F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5
ORF1a D930Y / NSP3
intergenic D930Y BA.5
intergenic P971L BA.5
intergenic T1001I BA.2.12,BA.5.1.10
ORF1a S1102R / NSP3
intergenic S1102R BA.5
intergenic H1141Y BA.5
intergenic P1213L BA.5.1.24,BA.5
intergenic D1273D BA.5
intergenic G1307S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5
intergenic Y1337Y BA.5
intergenic A1352A BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5
intergenic F1353fs BA.5.1.10,BA.5
intergenic A1397A BA.2.12,BA.5
intergenic L1438L BA.1.14,BA.5.2.2
intergenic N1439N BA.5.2.2,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5
intergenic T1444A BA.5
intergenic G1456G BA.5
intergenic N1487N BA.5
intergenic H1500Y BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic Y1658Y BA.5.2.3,BA.5
ORF1a M1771V / NSP3
intergenic M1771V BA.5
intergenic P1786L BA.5
intergenic C1847C BA.5
intergenic Y1868Y BA.4,BA.5.1.24
intergenic L1896L BA.5
intergenic V1915I BA.5
intergenic N1922N BA.5
intergenic H1974Y BA.5
intergenic T2007T BA.5
intergenic M2096L BA.5
ORF1a T2197I / NSP3
intergenic V2238V BA.5
intergenic I2244I BA.5
ORF1a F2328L / NSP3
intergenic F2328L BA.5
intergenic P2376P BA.5
intergenic Y2560Y BA.5
intergenic A2584V BA.5.2.3,BA.5
intergenic S2625S BA.4,BA.5.2.3
intergenic A2637T BA.5
intergenic L2675L BA.5.2.3,BA.5
intergenic A2710T BA.2.86.1,BA.1.14,BA.1.17,BA.5
ORF1a P2739P / NSP3
intergenic P2739P BA.5
intergenic M2796I BA.5.1.10,BA.5
ORF1a H2831H / NSP4
intergenic H2831H BA.5
intergenic P2870P BA.5.2.34,BA.5
intergenic N2894N BA.1.14,BA.5.1.10
intergenic S2900L BA.5
intergenic S2992S BA.5
intergenic F3018F BA.4,BA.5
intergenic L3027F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5
intergenic V3053V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5
intergenic Y3062Y BA.5
intergenic T3090I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5
intergenic S3099L BA.2.12,BA.5.2.34
intergenic A3209V BA.5.1.10,BA.5.2.34
intergenic T3255I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5
intergenic F3271F BA.5.2.3,BA.5
intergenic D3311D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5
intergenic H3327H BA.5
intergenic K3353R BA.2.12,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.1.24,BA.5
ORF1a T3361T / NSP5
intergenic T3361T BA.5
ORF1a P3371T / NSP5
intergenic P3371T BA.5
intergenic P3395H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5
intergenic P3395Y BA.5
intergenic G3437G BA.4,BA.5
intergenic P3504L BA.5
intergenic L3535L BA.2.12,BA.5.1.24
intergenic F3568F BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic L3585L BA.5.1.10,BA.4,BA.5
intergenic F3604L BA.5
intergenic L3606F BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5
intergenic M3627I BA.5
intergenic A3645A BA.5
intergenic 3676del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5
intergenic F3677del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5
intergenic S3675del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5
intergenic A3705A BA.5
intergenic L3796L BA.2.12,BA.5
intergenic L3828L BA.5
intergenic N3928N BA.5
intergenic N3937N BA.5
intergenic E3965E BA.4.1.8,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5
intergenic Q4015Q BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.2.34,BA.5.2.3
intergenic L4149L BA.5
intergenic N4173N BA.5
intergenic T4175I BA.2.86.1,BA.5.1.24
ORF1a G4178V / NSP9
intergenic I4205I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5
intergenic N4235N BA.4,BA.5
intergenic Y4283Y BA.5
intergenic L4284L BA.2.12,BA.4,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic T4355I BA.5
intergenic A4357V BA.4,BA.5.2.3
intergenic K4377N BA.5
intergenic L4391F BA.5
intergenic G4417G BA.5
intergenic L4482F BA.5
intergenic K4483R BA.5
ORF1b L4519I / NSP12
intergenic L4519I BA.5
intergenic N4560N BA.5
intergenic Y4567Y BA.5
intergenic A4568A BA.5
intergenic T4638T BA.5
intergenic R4641S BA.5
intergenic T4654I BA.5
intergenic P4715F BA.5.2.2,BA.4,BA.5
intergenic P4715L BA.5.2.2,BA.4,BA.5
intergenic P4715L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic S4843S BA.5
intergenic N4992N BA.1.14,BA.1.17,BA.5.2.34,BA.5
intergenic M4993I BA.5
intergenic N5020N BA.1.17,BA.5
intergenic T5036T BA.5
intergenic G5063C BA.5
intergenic F5086Y BA.2.12,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5
intergenic D5132Y BA.5
intergenic L5150L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5
ORF1b Y5180Y / NSP12
intergenic Y5180Y BA.5
intergenic H5208H BA.5
ORF1b Q5214L / NSP12
intergenic Q5214L BA.5
intergenic L5221F BA.5
intergenic Y5223Y BA.5
intergenic A5232A BA.5.1.24,BA.5
intergenic F5273F BA.5
intergenic D5302D BA.5
intergenic V5322V BA.5
intergenic C5332C BA.5
intergenic P5377S BA.4,BA.5.1.24
intergenic T5451N BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.2.34,BA.5.2.3
intergenic S5490L BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic T5538I BA.5.2.2,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic Y5541Y BA.2.12,BA.1.17,BA.4,BA.5.2.3,BA.5
intergenic I5658V BA.5
intergenic V5672L BA.5.1.24,BA.5
intergenic A5692V BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.3
intergenic R5716C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5
intergenic P5726P BA.5
intergenic F5746F BA.2.12,BA.5.2.3
intergenic I5804I BA.5.1.10,BA.5.1.24
intergenic T5805M BA.5
intergenic R5826R BA.5
ORF1b A5926S / NSP14
intergenic A5926S BA.2.12,BA.5.1.24
intergenic T5956I BA.5.2.2,BA.5
intergenic I5967V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5
intergenic D5973N BA.5
intergenic E6017E BA.5
intergenic A6044V BA.5
ORF1b P6083L / NSP14
intergenic P6083L BA.5
intergenic P6222L BA.5
intergenic D6249D BA.5
intergenic D6256D BA.5.2.2,BA.5
ORF1b S6282N / NSP14
intergenic S6282N BA.5
intergenic D6315G BA.5
intergenic DRYP6315EGCH BA.2.12,BA.5
intergenic Y6317Y BA.5
intergenic N6335N BA.5
intergenic L6393L BA.5
intergenic L6420L BA.5
intergenic M6425T BA.5
intergenic N6446N BA.4.1.8,BA.5
intergenic D6491N BA.5
intergenic L6509L BA.5
intergenic T6564I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5
intergenic V6573V BA.5.1.24,BA.5
intergenic D6576D BA.5
intergenic E6597E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5
intergenic G6598S BA.5
intergenic F6628F BA.5
intergenic G6738C BA.5
intergenic S6760S BA.5
intergenic T6777I BA.5
intergenic L6797L BA.5
intergenic A6832V BA.5
intergenic R6884K BA.5
intergenic L6924F BA.2.12,BA.5.1.10
intergenic T6938I BA.2.12,BA.5
intergenic G6953G BA.4.1.8,BA.5
intergenic K6958R BA.5.2.3,BA.5
intergenic F6985F BA.5.1.10,BA.5.1.24,BA.5
intergenic A6997A BA.4,BA.5
intergenic L7070S BA.5
intergenic L5F BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic S12_T20del BA.5
S S12_T20del BA.5
intergenic T19I BA.5
intergenic T19I BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic L24_A27delinsS BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5
intergenic D53D BA.5
intergenic S60S BA.5.1.10,BA.5.2.34
intergenic H69del BA.1.14,BA.1.17,BA.5
intergenic V70del BA.1.14,BA.1.17,BA.5
intergenic H69del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic V70del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic V127F BA.2.86.1,BA.5.2.2
intergenic D138_Y144del BA.5
intergenic G142D BA.5
intergenic G142_Y144delinsDV BA.5
intergenic G142D BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic G142_Y144delinsDV BA.2.86.1,BA.5.2.34
intergenic H146Y BA.5
intergenic H146H BA.2.12,BA.5.2.34
intergenic S172S BA.5
S S172S BA.5
intergenic V213E BA.5.1.10,BA.5
intergenic V213G BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5
intergenic I231T BA.5
intergenic P251H BA.5
intergenic S255F BA.5
intergenic P272L BA.5
intergenic D294D BA.5.1.10,BA.5
intergenic L296L BA.5.2.2,BA.5
intergenic T299I BA.5
intergenic K304K BA.5
S K304K BA.5
intergenic F306L BA.5
S F306L BA.5
intergenic V327V BA.5
S V327V BA.5.5,BA.5
intergenic G339D BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5
intergenic R346T BA.4.1.8,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic R346S BA.4,BA.5.2.3
intergenic N354N BA.5
intergenic R357K BA.5
intergenic S371F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5
intergenic S373P BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5
intergenic ST375FA BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5
intergenic R403K BA.2.86.1,BA.5
intergenic D405N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5
intergenic R408S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5
intergenic K417N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5
intergenic C432C BA.5
intergenic N440K BA.5
intergenic N440R BA.5
intergenic N440K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic K444R BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic VG445AS BA.5
intergenic N448S BA.2.12,BA.5
intergenic L452R BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5
intergenic N460S BA.5
intergenic N460K BA.2.86.1,BA.5
intergenic ST477DK BA.5
S ST477DK BA.5
intergenic ST477NK BA.5
intergenic ST477NK BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic E484A BA.5
intergenic VE483RA BA.5
S VE483RA BA.5
intergenic E484A BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic F486V BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5
intergenic N501Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5
intergenic Y505H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5
intergenic F543F BA.4.1.8,BA.5.1.10,BA.5.2.3
intergenic T547I BA.5.2.3,BA.5
intergenic N603N BA.4.1.8,BA.5.1.10
intergenic D614G BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5
intergenic T618T BA.1.14,BA.5.2.3
intergenic L629V BA.5
S L629V BA.5
S L629L BA.5.1.24,BA.5.5,BF.9
intergenic H655Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5
intergenic P665P BA.5
intergenic N679K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5
intergenic P681H BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5
intergenic A684V BA.5
intergenic A688V BA.5.2.34,BA.5
intergenic V736I BA.5
S V736I BA.5
intergenic T739T BA.5
intergenic N764K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5
intergenic A879A BA.5
intergenic Q954H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5
intergenic N960N BA.5
intergenic N969K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5
S V1133V BA.2,BA.5.1.30
intergenic P1143S BA.5
intergenic D1146D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5
intergenic D1153Y BA.5
intergenic P1162S BA.5.2.3,BA.5
intergenic E1202Q BA.4.1.8,BA.5.2.3
intergenic M5T BA.5
intergenic I20I BA.1.17,BA.5.1.24
intergenic A23S BA.5
intergenic D27Y BA.4.1.8,BA.5
intergenic V55A BA.5
intergenic T64T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5
intergenic L71L BA.5
intergenic H78Y BA.2.12,BA.5.2.34
intergenic Y91Y BA.5
intergenic A99T BA.5
intergenic L106L BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic V112V BA.5.2.3,BA.5
intergenic C148C BA.5.1.10,BA.5
intergenic T170T BA.5
intergenic E194G BA.5
intergenic Y206Y BA.4,BA.5
intergenic T223I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5
intergenic S272S BA.5
intergenic T9I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5
intergenic V17V BA.5
intergenic L73L BA.5
intergenic D3N BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5
intergenic Q19E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5
intergenic L35L BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic F53F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic L56L BA.4,BA.5
intergenic A63T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5
intergenic L93L BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic L102L BA.5
intergenic L124L BA.2.12,BA.4,BA.5
intergenic H125Y BA.5
intergenic H148H BA.5.1.24,BA.5
M H148H BA.5.1.24,BA.5
intergenic L164L BA.5.2.34,BA.5.2.3
intergenic T172T BA.5
intergenic Y179Y BA.5.2.2,BA.5
intergenic L29L BA.5
intergenic Y31Y BA.5.1.24,BA.5
intergenic D61D BA.1.14,BA.1.17,BA.5.2.3
intergenic X62fs BA.5
ORF6 X62fs BA.5
intergenic g.-7_-4delAACG BA.5
ORF6 g.-7_-4delAACG BA.5
intergenic g.C-5T BA.4,BA.5.1.24
intergenic g.C-1T BA.5
intergenic T11K BA.5
intergenic C15C BA.5.1.10,BA.5.1.24,BA.5
intergenic T28I BA.5.2.3,BA.5
intergenic Y40Y BA.5.2.34,BA.5.2.3
intergenic H47N BA.5
intergenic Q62X BA.5
intergenic V74I BA.5
ORF7a V74I BA.5.2.20,BA.5
intergenic Y75C BA.5
intergenic P84L BA.5.2.2,BA.4,BA.5
intergenic L116L BA.5.1.24,BA.5
intergenic L18L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5
intergenic Q35K BA.5
intergenic g.C-5T BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5
intergenic H17H BA.5.2.34,BA.5
intergenic Q18X BA.5
intergenic P36L BA.5
intergenic P36P BA.1.14,BA.5.2.34
intergenic E59E BA.5
intergenic A65V BA.4.1.8,BA.5
intergenic I71T BA.5.2.2,BA.5.1.10
ORF8 H112H BA.2.3,BA.5.1.30
intergenic I121fs BA.5
intergenic g.A-3T BA.5.2.3,BA.5
intergenic g.CTA-5_-3TTT BA.5.2.3,BA.5
intergenic g.A-3T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic G5E BA.5
intergenic P13L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5
intergenic G19G BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5
intergenic G25V BA.5
N G25V BA.5
intergenic N27N BA.5
intergenic E31_S33del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5
intergenic G30_S33delinsF BA.4,BA.5
intergenic T49I BA.5
intergenic K65R BA.5
intergenic P67L BA.2.12,BA.5.1.10
intergenic D82D BA.5
intergenic Y86Y BA.2.12,BA.5.2.3
intergenic A119S BA.5
intergenic A134A BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.2.3
intergenic H145H BA.5
intergenic P151S BA.4,BA.5
intergenic P151L BA.5
intergenic I157I BA.4,BA.5.2.34
intergenic L161F BA.5
intergenic G175G BA.2.12,BA.5.2.3
intergenic P199S BA.5
intergenic RG203KR BA.1.14,BA.5.1.10,BA.5.1.24
intergenic RG203KR BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5
intergenic L219F BA.5
intergenic G243G BA.5
intergenic T245I BA.5.2.2,BA.5.1.24
intergenic E253E BA.5
intergenic Y268Y BA.5.1.10,BA.5
intergenic F274F BA.5.1.10,BA.5
N Q289Q BA.5.1.24,BA.5.1.30
intergenic H300H BA.5
intergenic P302S BA.5
intergenic D341D BA.4.1.8,BA.5
intergenic Y360Y BA.5.2.2,BA.5.2.3
intergenic T366T BA.5
intergenic S413R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5
intergenic V6I BA.5
intergenic P10S BA.2.12,BA.5.2.34,BA.5.2.3
intergenic C19C BA.2.86.1,BA.5.1.24,BA.5
intergenic M21I BA.5
ORF10 M21I BA.5
intergenic S23F BA.5
intergenic R24C BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic L37F BA.5.1.10,BA.5.1.24,BA.5
intergenic g.T29685G BA.5
intergenic g.G29692T BA.5
intergenic g.A29700G BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.5.2.34
intergenic g.CGAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTG29733C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic g.GAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTGTAC29734TAC BA.5.2.3,BA.5
intergenic g.GAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTGTAC29734TAG BA.5
intergenic g.C-80T BA.5.1.1
intergenic g.C-25T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1
intergenic E36E BA.5.1.1
intergenic G82_M85delinsV BA.5,BA.5.1.1
intergenic G82_V86del BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5,BA.5.1.1
intergenic M85_V86del BA.5.1.1
intergenic M85del BA.2.12,BA.5,BA.5.1.1
intergenic V111A BA.5.1.1
intergenic V121F BA.5.1.1
intergenic S135R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1
intergenic K141_F143del BA.4.1.8,BA.2.12,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1
intergenic I222V BA.5.1.1
intergenic S279F BA.5.1.1
intergenic S318L BA.5.1.1
intergenic P361P BA.2.86.1,BA.5.1.1
intergenic L454L BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1
intergenic A498V BA.5.1.1
intergenic A599A BA.5.1.1
intergenic V606V BA.5,BA.5.1.1
intergenic G618S BA.5.1.1
intergenic T727I BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1
intergenic G817G BA.5.1.1
intergenic IT841VI BA.5.1.1
intergenic T842I BA.5.1.1
intergenic T842I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5
intergenic T882I BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic F924F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1
intergenic E929E BA.5.1.1
intergenic T1001I BA.2.12,BA.5.1.10
ORF1a K1124Q / NSP3
intergenic K1124Q BA.5.1.1
intergenic G1307S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1
intergenic A1352A BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1
ORF1a Y1536C / NSP3
intergenic Y1536C BA.5.1.1
intergenic S1743F BA.5.1.1
ORF1a M2254R / NSP3
intergenic M2254R BA.5.1.1
intergenic T2274I BA.5.1.1
intergenic D2299D BA.4,BA.5.1.1
intergenic A2325A BA.5.1.1
intergenic L2524S BA.5.1.1
intergenic S2631S BA.5.1.1
intergenic A2784V BA.5.1.1
intergenic N2894N BA.1.14,BA.5.1.10
intergenic V3024I BA.5.1.1
intergenic L3027F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1
intergenic V3053V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1
intergenic T3090I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1
intergenic T3255I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1
intergenic D3311D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1
intergenic R3368R BA.5.1.10,BA.4,BA.5.1.1
intergenic P3395H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1
intergenic L3430L BA.5.1.1
intergenic D3439D BA.5.2.34,BA.5.1.1
intergenic T3459T BA.5.1.1
intergenic L3495F BA.5.1.1
intergenic L3606F BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5
ORF1a A3625T / NSP6
intergenic A3625T BA.5.1.1
intergenic 3676del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1
intergenic F3677del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1
intergenic S3675del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1
intergenic V3708V BA.5.1.1
intergenic I3853I BA.5.1.10,BA.5.1.1
intergenic N3896N BA.5.1.1
intergenic E3965E BA.4.1.8,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1
ORF1a T4079I / NSP8
intergenic T4079I BA.5.1.1
intergenic T4083M BA.5.1.1
intergenic G4178V BA.5.1.1
intergenic I4205I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1
intergenic P4220L BA.5.1.24,BA.5.1.1
intergenic N4235N BA.4,BA.5,BA.5.1.1
intergenic V4372I BA.5.1.1
ORF1a M4390T / NSP10
intergenic M4390T BA.5.1.1
intergenic L4639L BA.5.1.1
intergenic T4640T BA.5.1.1
intergenic P4715L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1
intergenic Y4871Y BA.5.1.1
ORF1b L4906F / NSP12
intergenic L4906F BA.5.1.1
intergenic G5063S BA.5.1.1
intergenic L5150L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1
intergenic N5182N BA.5.1.1
intergenic A5660T BA.5.1.1
intergenic R5716C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1
intergenic I5967V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1
intergenic V6016V BA.5.1.1
intergenic T6564I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1
intergenic E6597E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1
intergenic H6686Y BA.5.1.1
ORF1b Q6696R / NSP15
intergenic Q6696R BA.5.1.1
intergenic V6772L BA.5.2.2,BA.5.1.1
intergenic P6860P BA.5.1.1
intergenic T6918I BA.5.1.1
intergenic L6924F BA.2.12,BA.5.1.10
intergenic A6997A BA.4,BA.5,BA.5.1.1
intergenic G7011N BA.5.1.1
intergenic L5F BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.1
intergenic T19I BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1
intergenic L24_A27delinsS BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1
intergenic D53D BA.5,BA.5.1.1
intergenic H69del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1
intergenic V70del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1
intergenic G72G BA.5.1.1
intergenic D80H BA.5.1.1
intergenic D80D BA.5.1.1
intergenic G142D BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1
intergenic H146del BA.5.1.1
intergenic V213G BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1
intergenic D215H BA.5.1.1
intergenic G261V BA.5.1.1
intergenic I285I BA.5.1.1
intergenic G339D BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1
intergenic R346T BA.4.1.8,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34
intergenic S371F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1
intergenic S373P BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1
intergenic ST375FA BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5,BA.5.1.1
intergenic D405N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1
intergenic R408S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1
intergenic K417N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1
intergenic N440K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1
intergenic L452R BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1
intergenic ST477NK BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1
intergenic E484A BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1
intergenic F486V BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1
intergenic N501Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1
intergenic Y505H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1
intergenic F543F BA.4.1.8,BA.5.1.10,BA.5.2.3
intergenic N603N BA.4.1.8,BA.5.1.10
intergenic D614G BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1
intergenic H655Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1
intergenic N679K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1
intergenic P681H BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1
intergenic Q690L BA.5.1.1
S Q690L BA.5.1.1
intergenic N764K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1
intergenic A846A BA.5.1.1
intergenic R847K BA.5.1.1
S R847K BA.5.1.1
intergenic Q954H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1
intergenic N969K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1
intergenic D1146D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1
intergenic I1169I BA.5.1.1
intergenic E1195E BA.5.1.1
S E1195E BA.5.1.1
intergenic Y1215Y BA.2.86.1,BA.5.1.1
intergenic C1236S BA.5.1.1
S C1236S BA.5.1.1
intergenic S1252P BA.5.1.1
intergenic K21N BA.5.1.10,BA.5.1.1
intergenic V48F BA.5.1.1
intergenic T64T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1
intergenic L94I BA.5.1.24,BA.5.1.1
intergenic L95F BA.5.1.1
intergenic L106L BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic T223I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1
intergenic T9I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1
intergenic V25V BA.5.1.24,BA.5.1.1
intergenic D3N BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1
intergenic Q19E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1
intergenic L35L BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic A63T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1
intergenic L124L BA.2.12,BA.4,BA.5,BA.5.1.1
intergenic H125Y BA.5,BA.5.1.1
intergenic V143V BA.5.1.1
intergenic g.C-6T BA.5.1.1
intergenic L16L BA.5.1.1
intergenic C15C BA.5.1.10,BA.5.1.24,BA.5,BA.5.1.1
intergenic T39I BA.5.1.1
intergenic L18L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1
intergenic g.C-5T BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1
intergenic I71T BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic Y105Y BA.5.1.1
intergenic I121fs BA.5,BA.5.1.1
intergenic g.A-3T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.1.1
intergenic P13L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1
intergenic D22G BA.5.1.1
intergenic G25D BA.5.1.1
intergenic E31_S33del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1
intergenic P67L BA.2.12,BA.5.1.10
intergenic A182T BA.5.1.1
intergenic RG203KR BA.1.14,BA.5.1.10,BA.5.1.24
intergenic RG203KR BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1
intergenic H300Y BA.5.1.1
intergenic F315F BA.5.1.1
intergenic S413R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1
intergenic C19C BA.2.86.1,BA.5.1.24,BA.5,BA.5.1.1
intergenic R24C BA.5.2.2,BA.5.1.10
intergenic L37F BA.5.1.10,BA.5.1.24,BA.5,BA.5.1.1
intergenic g.A29700G BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.5.2.34
intergenic g.CGAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTG29733C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.1.1
intergenic g.C-25T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18
intergenic A735A BA.1.14,BA.1.18
intergenic K856R BA.1.14,BA.1.17,BA.1.18
intergenic F924F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18
intergenic A964A BA.1.18
intergenic A1707A BA.1.14,BA.1.17,BA.1.18
intergenic N1709N BA.1.18
intergenic T1822I BA.1.18
intergenic S2083_L2084delinsI BA.1.14,BA.1.17,BA.1.18
intergenic A2710T BA.2.86.1,BA.1.14,BA.1.17,BA.5,BA.1.18
intergenic L3180L BA.2.12,BA.4,BA.1.18
intergenic T3255I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18
intergenic P3395H BA.1.14,BA.1.17,BA.1.18
intergenic L3674_G3676del BA.1.14,BA.1.17,BA.1.18
intergenic I3758V BA.1.14,BA.1.17,BA.1.18
intergenic V4310V BA.1.14,BA.1.17,BA.1.18
intergenic P4715L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18
intergenic N4992N BA.1.14,BA.1.17,BA.5.2.34,BA.5,BA.1.18
intergenic I5967V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18
ORF1b P6519S / NSP15
intergenic P6519S BA.1.18
intergenic V11V BA.5.2.34,BA.1.18
intergenic H69del BA.1.14,BA.1.17,BA.5,BA.1.18
intergenic V70del BA.1.14,BA.1.17,BA.5,BA.1.18
intergenic T95I BA.1.14,BA.1.17,BA.1.18
intergenic G142_Y145delinsD BA.1.14,BA.1.17,BA.1.18
intergenic N211_L212delinsI BA.1.14,BA.1.17,BA.1.18
intergenic R214_D215insEPE BA.1.17,BA.1.18
intergenic G339D BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18
intergenic R346K BA.1.18
intergenic S371L BA.1.14,BA.1.17,BA.1.18
intergenic S373P BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18
intergenic S375F BA.1.14,BA.1.17,BA.1.18
intergenic K417N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18
intergenic N440K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18
intergenic G446S BA.1.14,BA.1.17,BA.1.18
intergenic ST477NK BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18
intergenic E484A BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18
intergenic Q493R BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.1.18
intergenic G496S BA.1.14,BA.1.17,BA.1.18
intergenic N501Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18
intergenic Y505H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18
intergenic T547K BA.1.14,BA.1.17,BA.1.18
intergenic D614G BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18
intergenic H655Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18
intergenic N679K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18
intergenic P681H BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18
intergenic N764K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18
intergenic N856K BA.1.14,BA.1.17,BA.1.18
intergenic Q954H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18
intergenic N969K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18
intergenic L981F BA.1.14,BA.1.17,BA.1.18
intergenic D1146D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18
intergenic T64T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18
intergenic D155Y BA.1.18
intergenic T9I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18
intergenic D3G BA.1.14,BA.1.17,BA.1.18
intergenic Q19E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18
intergenic A63T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18
intergenic R20R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.4,BA.1.18
intergenic L18L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18
intergenic g.A-3T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.1.1,BA.1.18
intergenic P13L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18
intergenic E31_S33del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18
intergenic RG203KR BA.1.14,BA.5.1.10,BA.5.1.24,BA.1.18
intergenic R24L BA.1.18
intergenic g.C29774T BA.1.18
intergenic g.C-49T BA.5.2.8
intergenic g.C-25T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8
intergenic G49C BA.5.2.8
intergenic G49D BA.5.1.24,BA.5,BA.5.2.8
intergenic G82_V86del BA.5.2.8
intergenic M85_E87delinsK BA.5.2.8
intergenic S135R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8
intergenic G137G BA.5.2.8
intergenic K141_F143del BA.4.1.8,BA.2.12,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8
intergenic V378I BA.4,BA.5.2.8
intergenic N449N BA.5.2.8
intergenic L454L BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8
intergenic V459V BA.5.2.8
intergenic T842I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.2.8
intergenic E913G BA.5.2.8
intergenic F924F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8
intergenic H1108H BA.5.2.8
intergenic H1141Y BA.5,BA.5.2.8
intergenic Q1227Q BA.5.2.8
intergenic G1307S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8
intergenic A1352A BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8
intergenic F1353fs BA.5.1.10,BA.5,BA.5.2.8
intergenic T1597T BA.5.2.8
intergenic K1781K BA.5.2.8
intergenic P1786S BA.5.2.8
intergenic V1931V BA.5.2.8
intergenic S1978F BA.5.2.8
intergenic A2033V BA.5.2.3,BA.5.2.8
intergenic S2242F BA.5.2.34,BA.5.2.8
intergenic D2299D BA.4,BA.5.1.1,BA.5.2.8
intergenic T2335T BA.5.2.8
intergenic N2678N BA.5.2.8
intergenic L2869F BA.5.2.8
intergenic G2941S BA.5.2.8
intergenic S2960P BA.5.2.8
intergenic L3027F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8
intergenic V3053V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8
intergenic T3090I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8
intergenic L3198L BA.2.12,BA.5.2.8
intergenic T3255I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8
intergenic T3258T BA.5.2.8
intergenic F3271F BA.5.2.3,BA.5,BA.5.2.8
intergenic D3311D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8
intergenic P3395H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8
intergenic D3479D BA.5.2.8
intergenic L3606F BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.2.8
intergenic 3676del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8
intergenic F3677del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8
intergenic S3675del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8
intergenic I3738I BA.5.2.8
intergenic Y3803Y BA.2.12,BA.5.2.8
intergenic A3856A BA.5.2.8
intergenic L3887L BA.5.2.8
intergenic E3965E BA.4.1.8,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8
intergenic L3984L BA.5.2.8
intergenic Q4015Q BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5.2.8
intergenic L4037F BA.5.2.8
ORF1a Q4151R / NSP9
intergenic Q4151R BA.5.2.8
intergenic I4205I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8
intergenic V4372V BA.5.2.8
intergenic K4483N BA.5.2.8
intergenic Y4555Y BA.5.2.8
intergenic T4617T BA.5.2.8
intergenic T4638T BA.5,BA.5.2.8
ORF1b D4661D / NSP12
intergenic D4661D BA.5.2.8
intergenic P4715L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8
intergenic T4786M BA.5.2.8
ORF1b G5062V / NSP12
intergenic G5062V BA.5.2.8
intergenic Y5140Y BA.5.2.8
intergenic L5150L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8
intergenic T5195I BA.5.2.8
intergenic L5349L BA.5.2.8
intergenic P5371L BA.5.1.10,BA.5.2.8
intergenic T5451N BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5.2.8
intergenic R5453K BA.5.2.8
intergenic K5463K BA.5.2.8
intergenic A5620S BA.5.2.8
intergenic R5716C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8
intergenic D5725D BA.5.2.8
intergenic I5804I BA.5.1.10,BA.5.1.24,BA.5.2.8
intergenic I5967V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8
intergenic D6051D BA.5.2.8
ORF1b F6108L / NSP14
intergenic F6108L BA.5.2.8
ORF1b I6200T / NSP14
intergenic I6200T BA.5.2.8
ORF1b V6207C / NSP14
intergenic V6207C BA.5.2.8
intergenic N6347N BA.5.2.8
intergenic T6564I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8
intergenic E6597E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8
intergenic L6614F BA.5.2.8
ORF1b M6670K / NSP15
intergenic M6670K BA.5.2.8
ORF1b L6697L / NSP15
intergenic L6697L BA.5.2.8
intergenic Y6794Y BA.5.2.8
intergenic L6819L BA.5.2.2,BA.5.2.8
intergenic L6898F BA.5.2.8
intergenic T19I BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.5.2.8
intergenic L24_A27delinsS BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8
intergenic F59S BA.5.2.8
intergenic S60S BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.2.8
intergenic H69del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.5.2.8
intergenic V70del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.5.2.8
intergenic L84L BA.5.2.8
intergenic K97N BA.5.2.8
intergenic V130V BA.5.2.8
intergenic G142D BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.5.2.8
intergenic E180G BA.5.2.8
intergenic V213G BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8
intergenic G339D BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8
intergenic S371F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8
intergenic S373P BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8
intergenic ST375FA BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8
intergenic D405N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8
intergenic R408S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8
intergenic K417N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8
intergenic N440K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8
intergenic L452R BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8
intergenic ST477NK BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8
intergenic E484A BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8
intergenic F486V BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8
intergenic N501Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8
intergenic Y505H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8
intergenic D614G BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8
intergenic P631P BA.5.2.8
intergenic H655Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8
intergenic N658D BA.5.2.8
S N658D BA.5.2.8
intergenic P665P BA.5,BA.5.2.8
intergenic N679K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8
intergenic P681H BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8
intergenic N764K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8
intergenic F855F BA.5.2.8
intergenic Q954H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8
intergenic N969K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8
intergenic A1020S BA.4,BA.5.2.8
intergenic D1146D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8
intergenic A51T BA.5.2.8
intergenic T64T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8
intergenic P138P BA.5.2.8
intergenic S180P BA.5.2.8
ORF3a S180P BA.5.2.8
intergenic Y211Y BA.5.2.8
intergenic T223I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8
intergenic I249I BA.5.2.8
intergenic P258L BA.5.2.8
intergenic T9I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8
intergenic D3N BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8
intergenic Q19E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8
intergenic A63T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8
intergenic M84V BA.5.2.8
M M84V BA.5.2.8
intergenic L93L BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.8
intergenic V122V BA.5.2.8
intergenic P132P BA.5.2.8
intergenic L164L BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5.2.8
intergenic T21I BA.5.2.8
intergenic P34L BA.5.2.8
intergenic S36_T39del BA.5.2.8
ORF7a S36_T39del BA.5.2.8
intergenic Y40Y BA.5.2.8
intergenic D69D BA.1.14,BA.5.2.8
intergenic H73Y BA.5.1.24,BA.5.2.8
intergenic L77S BA.5.2.8
intergenic P99S BA.5.2.8
intergenic L18L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8
intergenic g.C-5T BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8
intergenic C25S BA.5.2.8
intergenic g.A-3T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8
intergenic P13L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8
intergenic G19G BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.2.8
intergenic E31_S33del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8
intergenic F110F BA.5.1.10,BA.5.2.8
intergenic A134A BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.2.3,BA.5.2.8
intergenic S194L BA.5.2.8
intergenic RG203KR BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8
intergenic K248K BA.5.2.8
N K248K BA.5.2.8
intergenic A376A BA.5.2.8
intergenic S413R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8
intergenic P10S BA.2.12,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5.2.8
intergenic g.C29696T BA.5.2.8
intergenic g.CGAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTG29733C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.1.1,BA.5.2.8
intergenic g.C-25T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20
intergenic G82_M85delinsV BF.20
intergenic G112G BF.20
intergenic S135R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20
intergenic L454L BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20
ORF1a T677A / NSP2
intergenic T677A BF.20
intergenic T842I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.2.8,BF.20
intergenic F924F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20
ORF1a D978N / NSP3
intergenic D978N BF.20
ORF1a S984I / NSP3
intergenic S984I BF.20
intergenic K1231E BF.20
intergenic G1307S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20
intergenic A1352A BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20
intergenic P1921S BF.20
intergenic V2238V BA.5,BF.20
ORF1a T2274N / NSP3
intergenic T2274N BF.20
intergenic G2987G BF.20
intergenic L3027F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20
intergenic V3053V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20
intergenic T3090I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20
intergenic T3255I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20
intergenic D3311D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20
intergenic P3395H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20
intergenic 3676del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20
intergenic F3677del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20
intergenic S3675del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20
intergenic E3965E BA.4.1.8,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20
intergenic I4205I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20
intergenic P4715L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20
intergenic L5150L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20
intergenic D5271G BF.20
intergenic R5716C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20
intergenic I5967V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20
intergenic T6564I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20
intergenic E6597E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20
intergenic T19I BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20
intergenic L24_A27delinsS BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20
intergenic H69del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20
intergenic V70del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20
intergenic G142D BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20
intergenic V213G BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20
intergenic G339D BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20
intergenic S371F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20
intergenic S373P BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20
intergenic ST375FA BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20
intergenic D405N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20
intergenic R408S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20
intergenic K417N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20
intergenic N440K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20
intergenic L452R BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20
intergenic ST477NK BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20
intergenic E484A BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20
intergenic F486V BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20
intergenic N501Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20
intergenic Y505H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20
intergenic D614G BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20
intergenic H655Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20
intergenic N679K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20
intergenic P681H BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20
intergenic N764K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20
intergenic Q954H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20
intergenic N969K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20
intergenic D1146D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20
intergenic T64T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20
intergenic T223I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20
intergenic T9I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20
intergenic D3N BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20
intergenic Q19E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20
intergenic L35L BA.5.2.2,BA.5.1.10,BF.20
intergenic A63T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20
intergenic T172T BA.5,BF.20
intergenic P57L BF.20
intergenic L18L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20
intergenic g.C-5T BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20
intergenic g.A-3T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20
intergenic P13L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20
intergenic G19G BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.2.8,BF.20
intergenic E31_S33del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20
intergenic RG203KR BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20
intergenic S413R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20
intergenic A419A BF.20
intergenic g.C29686G BF.20
intergenic g.C-25T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2
intergenic H13Y BA.5.1.2
intergenic L16L BA.5.1.2
intergenic S17_L18delinsM BA.5.1.2
intergenic M85del BA.5.1.2
intergenic M85del BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic S135R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2
intergenic K141_F143del BA.4.1.8,BA.2.12,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BA.5.1.2
intergenic P153L BA.5.1.2
intergenic S166G BA.5.1.2
intergenic V186V BA.2.12,BA.5.1.24,BA.5
intergenic P271S BA.5.1.2
intergenic P309Q BA.5.1.2
intergenic G334C BA.5.1.2
ORF1a K394N / NSP2
intergenic K394N BA.5.1.2
intergenic L446F BA.5.1.2
intergenic L454L BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20
intergenic L580F BA.4,BA.5.1.24
intergenic A591V BA.5.1.10,BA.5.1.2
intergenic V665V BA.5.1.2
intergenic A698V BA.5.1.2
intergenic F741F BA.5.1.2
intergenic T842I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2
intergenic A872A BA.5.1.2
intergenic T891I BA.2.12,BA.5.1.24
intergenic F924F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2
intergenic A967S BA.5.1.2
intergenic P971L BA.5,BA.5.1.2
intergenic L1097L BA.5.1.2
intergenic G1155C BA.5.1.2
intergenic I1203I BA.5.1.2
intergenic G1307S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2
intergenic Y1337Y BA.5,BA.5.1.2
intergenic K1350R BA.5.1.2
intergenic A1352A BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2
intergenic F1353fs BA.5.1.10,BA.5,BA.5.2.8,BA.5.1.2
intergenic L1445L BA.5.1.2
intergenic L1643L BA.5.1.2
intergenic T1760I BA.5.1.2
intergenic C1847C BA.5,BA.5.1.2
intergenic Y1868Y BA.4,BA.5.1.24
intergenic D2101D BA.5.1.24,BA.5.1.2
intergenic T2183I BA.5.1.2
ORF1a T2197I / NSP3
intergenic T2197I BA.5.1.2
intergenic S2242F BA.5.2.34,BA.5.2.8,BA.5.1.2
intergenic C2445C BA.4.1.8,BA.5.1.2
intergenic N2523N BA.5.1.2
ORF1a G2842G / NSP4
intergenic G2842G BA.5.1.2
intergenic G2871G BA.5.1.2
intergenic L3027F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2
intergenic N3029N BA.5.1.2
intergenic V3053V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2
intergenic I3055I BA.5.1.2
intergenic T3090I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2
intergenic N3239N BA.5.1.2
intergenic T3255I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2
intergenic S3273S BA.5.1.2
intergenic N3291N BA.1.17,BA.4,BA.5.1.2
intergenic D3311D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2
intergenic K3351R BA.5.1.2
intergenic K3353R BA.2.12,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.1.24,BA.5
intergenic P3359S BA.5.1.10,BA.5.1.2
intergenic P3395H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2
intergenic L3535L BA.2.12,BA.5.1.24
ORF1a M3539I / NSP5
intergenic M3539I BA.5.1.2
intergenic F3568F BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic A3615V BA.5.1.2
intergenic D3671D BA.5.1.2
intergenic T3672N BA.5.1.2
intergenic 3676del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2
intergenic F3677del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2
intergenic S3675del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2
intergenic D3897D BA.5.1.2
intergenic L3919F BA.5.1.2
intergenic D3936D BA.5.1.2
intergenic E3965E BA.4.1.8,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2
intergenic D4020D BA.5.1.2
intergenic T4083M BA.5.1.1,BA.5.1.2
intergenic Y4172Y BA.5.1.2
intergenic T4175I BA.2.86.1,BA.5.1.24,BA.5.1.2
intergenic I4205I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2
intergenic T4217I BA.5.1.2
intergenic L4284L BA.2.12,BA.4,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic A4396V BA.5.1.2
intergenic P4715L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2
intergenic D4769D BA.5.1.24,BA.5.1.2
intergenic N4992N BA.1.14,BA.1.17,BA.5.2.34,BA.5,BA.1.18,BA.5.1.2
ORF1b L5055L / NSP12
intergenic L5055L BA.5.1.2
intergenic D5130D BA.5.1.24,BA.5.1.2
intergenic L5150L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2
intergenic Y5220Y BA.5.2.34,BA.5.1.2
intergenic A5232A BA.5.1.24,BA.5,BA.5.1.2
ORF1b M5298I / NSP12
intergenic M5298I BA.5.1.2
intergenic P5377S BA.4,BA.5.1.24
ORF1b T5385N / NSP13
intergenic T5385N BA.5.1.2
intergenic Y5388Y BA.2.12,BA.5.1.2
intergenic S5404G BA.5.1.2
intergenic S5490L BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic T5538I BA.5.2.2,BA.5.2.34,BA.5.1.24
intergenic Y5541Y BA.2.12,BA.1.17,BA.4,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.2
intergenic S5701S BA.5.1.2
intergenic R5716C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2
intergenic I5804I BA.5.1.10,BA.5.1.24,BA.5.2.8
intergenic V5819V BA.5.2.3,BA.5.1.2
intergenic P5828S BA.5.2.34,BA.5.1.2
intergenic T5871A BA.5.1.2
ORF1b A5926S / NSP14
intergenic A5926S BA.2.12,BA.5.1.24
intergenic I5967V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2
intergenic D6270G BA.5.1.2
intergenic P6376S BA.5.1.2
intergenic N6443N BA.5.1.2
intergenic T6564I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2
intergenic E6597D BA.5.1.2
intergenic E6597E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2
intergenic V6638V BA.5.1.2
intergenic H6686Y BA.5.1.1,BA.5.1.2
intergenic L6819L BA.5.2.2,BA.5.2.8,BA.5.1.2
intergenic A6914V BA.5.1.2
intergenic D6931D BA.5.1.2
intergenic F6985F BA.5.1.10,BA.5.1.24,BA.5
intergenic L5F BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.1,BA.5.1.2
intergenic T19I BA.5.2.2,BA.5.1.2
intergenic T19L BA.5.2.2,BA.5.1.2
intergenic T19I BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20
intergenic L24_A27delinsS BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2
intergenic T29I BA.5.1.2
intergenic F32F BA.5.1.10,BA.5.1.2
intergenic H69del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2
intergenic V70del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2
intergenic V83V BA.5.1.10,BA.5.1.2
intergenic G142D BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2
intergenic D178N BA.5.1.2
intergenic F186F BA.5.1.2
intergenic V213G BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2
intergenic S256L BA.5.1.2
intergenic T299I BA.5,BA.5.1.2
intergenic T307I BA.5.1.2
intergenic G339D BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2
intergenic S371F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2
intergenic S373P BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2
intergenic ST375FA BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2
intergenic D405N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2
intergenic R408S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2
intergenic K417N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2
intergenic D427D BA.5.1.2
intergenic N440K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2
intergenic N450I BA.5.1.2
intergenic L452R BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2
intergenic ST477NK BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2
intergenic E484A BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2
intergenic F486V BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2
intergenic N501Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2
intergenic Y505H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2
intergenic D614G BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2
intergenic P621P BA.5.1.2
S P621P BA.5.1.2
intergenic H655Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2
intergenic N679K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2
intergenic P681H BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2
intergenic N764K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2
intergenic D936D BA.5.1.2
intergenic Q954H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2
intergenic N969K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2
intergenic D1146D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2
intergenic T9K BA.5.1.2
intergenic I20I BA.1.17,BA.5.1.24
intergenic S60S BA.5.1.2
intergenic T64T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2
intergenic L73L BA.5.1.2
intergenic S177I BA.5.1.2
intergenic F207F BA.5.1.2
intergenic Y211C BA.5.1.2
intergenic T223I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2
intergenic P240L BA.5.1.2
intergenic T9I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2
intergenic L19L BA.5.1.2
intergenic S55F BA.5.1.2
intergenic N66N BA.5.1.2
intergenic AD2VN BA.5.1.2
intergenic D3N BA.5.1.2
intergenic D3N BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20
intergenic Q19E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2
intergenic L35L BA.5.2.2,BA.5.1.10,BF.20,BA.5.1.2
intergenic F53F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3
intergenic A63T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2
intergenic L93L BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.8
intergenic V5I BA.5.1.24,BA.5.1.2
intergenic L16L BA.5.1.1,BA.5.1.2
intergenic g.C-5T BA.4,BA.5.1.24
intergenic C15C BA.5.1.10,BA.5.1.24,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.1.2
intergenic L31L BA.5.1.2
intergenic F54L BA.5.1.2
intergenic L86L BA.5.1.2
intergenic L116F BA.4.1.8,BA.5.1.2
intergenic L18L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2
intergenic g.C-5T BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2
intergenic A51V BA.5.1.2
intergenic S69P BA.5.1.2
intergenic P70T BA.5.1.2
ORF8 P70T BA.5.1.2
intergenic S103L BA.5.1.2
intergenic E106X BA.5.1.2
intergenic F120F BA.5.1.2
intergenic g.A-3T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2
intergenic P13L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2
intergenic E31_S33del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2
intergenic T54T BA.5.1.2
intergenic S78S BA.5.1.2
intergenic G114G BA.5.1.2
intergenic D128D BA.5.1.2
intergenic A134A BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.2.3,BA.5.2.8,BA.5.1.2
intergenic N140N BA.5.1.2
intergenic A152S BA.5.1.10,BA.5.1.2
intergenic A155V BA.5.2.34,BA.5.1.2
intergenic G178G BA.5.1.2
intergenic S197S BA.5.1.2
intergenic RG203KR BA.1.14,BA.5.1.10,BA.5.1.24,BA.1.18
intergenic RG203KR BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2
intergenic T245I BA.5.2.2,BA.5.1.24
intergenic S413R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2
intergenic g.G-5T BA.5.1.2
intergenic C19C BA.2.86.1,BA.5.1.24,BA.5,BA.5.1.1
intergenic L37F BA.5.1.10,BA.5.1.24,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.1.2
intergenic g.A29700G BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.2
intergenic g.G29706A BA.5.1.2
intergenic g.CGAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTG29733C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BA.5.1.2
intergenic g.C-25T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41
intergenic S135R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41
ORF1a L204L / NSP2
intergenic L204L BF.41
intergenic S443F BA.5.2.2,BF.41
intergenic L454L BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BF.41
intergenic T842I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41
intergenic F924F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41
intergenic S944L BF.41
intergenic N1094_G1095delinsR BF.41
intergenic P1158S BF.41
intergenic I1232I BF.41
intergenic G1307S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41
intergenic A1352A BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41
intergenic H1818Y BF.41
intergenic S2389L BF.41
intergenic Y2560Y BA.5,BF.41
intergenic L3027F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41
intergenic V3053V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41
intergenic T3090I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41
intergenic T3255I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41
intergenic D3311D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41
intergenic F3329F BF.41
intergenic P3371S BF.41
intergenic P3395H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41
intergenic L3591I BF.41
intergenic 3676del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41
intergenic F3677del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41
intergenic S3675del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41
intergenic E3965E BA.4.1.8,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41
intergenic I4205I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41
intergenic P4715L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41
ORF1b F4834fs / NSP12
intergenic F4834fs BF.41
intergenic L5150L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41
intergenic R5716C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41
intergenic F5958F BF.41
intergenic I5967V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41
intergenic Y5989Y BF.41
intergenic T6564I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41
intergenic E6597E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41
intergenic T19I BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BF.41
intergenic L24_A27delinsS BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41
intergenic H69del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41
intergenic V70del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41
intergenic G142D BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41
intergenic V213G BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41
intergenic G257V BF.41
intergenic G339D BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41
intergenic S371F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41
intergenic S373P BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41
intergenic ST375FA BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41
intergenic D405N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41
intergenic R408S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41
intergenic K417N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41
intergenic N440K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41
intergenic L452R BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41
intergenic ST477NK BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41
intergenic E484A BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41
intergenic F486V BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41
intergenic N501Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41
intergenic Y505H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41
intergenic D614G BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41
intergenic H655Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41
intergenic N679K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41
intergenic P681H BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41
intergenic N764K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41
intergenic N777N BF.41
intergenic Q954H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41
intergenic N969K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41
intergenic H1101Y BF.41
intergenic D1146D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41
intergenic T64T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41
intergenic K192K BF.41
intergenic T223I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41
intergenic T9I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41
intergenic D3N BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BF.41
intergenic Q19E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41
intergenic A63T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41
intergenic T172T BA.5,BF.20,BF.41
ORF6 A12V BF.41
intergenic D61D BA.1.14,BA.1.17,BA.5.2.3,BF.41
intergenic L18L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41
intergenic A43V BF.41
intergenic g.C-5T BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41
intergenic V62L BF.41
intergenic g.A-3T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41
intergenic P13L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41
intergenic G19G BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.2.8,BF.20,BF.41
intergenic S21S BF.41
intergenic E31_S33del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41
intergenic S193T BF.41
intergenic RG203KR BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41
intergenic S413R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41
intergenic g.C-25T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9
intergenic g.CGTC-25_-22TGTT BF.9
intergenic V35V BF.9
intergenic G133G BF.9
intergenic S135R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9
intergenic V186V BA.2.12,BA.5.1.24,BA.5,BF.9
intergenic D264D BF.9
intergenic S302F BA.5.1.24,BF.9
intergenic L454L BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BF.41,BF.9
intergenic I473I BA.5.2.3,BF.9
intergenic I502V BF.9
intergenic A516V BF.9
intergenic M584V BA.5.2.3,BF.9
intergenic V606I BF.9
intergenic I616I BF.9
ORF1a P777L / NSP2
intergenic P777L BF.9
intergenic T842I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9
intergenic F924F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9
ORF1a T1001N / NSP3
intergenic T1001N BF.9
intergenic G1307S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9
intergenic E1340D BF.9
intergenic A1352A BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9
intergenic T1521I BF.9
ORF1a F1527L / NSP3
intergenic F1527L BF.9
intergenic T1543I BF.9
intergenic T1597I BF.9
ORF1a V1661V / NSP3
intergenic V1661V BF.9
intergenic T1665T BF.9
intergenic G1764S BF.9
intergenic Y1873Y BA.5.1.10,BF.9
ORF1a S2048Y / NSP3
intergenic S2048Y BF.9
intergenic G2091G BF.9
intergenic D2101D BA.5.1.24,BA.5.1.2,BF.9
intergenic S2103F BA.2.86.1,BF.9
intergenic S2193F BF.9
intergenic V2238V BA.5,BF.20,BF.9
ORF1a R2267K / NSP3
intergenic R2267K BF.9
intergenic G2322G BF.9
intergenic V2324F BF.9
ORF1a A2733A / NSP3
intergenic A2733A BF.9
intergenic S2803L BF.9
intergenic A2856V BF.9
intergenic R2985R BF.9
intergenic L3027F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9
intergenic V3053V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9
intergenic T3090I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9
intergenic F3100F BA.5.2.3,BF.9
intergenic T3255I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9
intergenic N3291N BA.1.17,BA.4,BA.5.1.2,BF.9
intergenic D3311D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9
intergenic P3395H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9
ORF1a Q3596H / NSP6
intergenic Q3596H BF.9
intergenic L3606F BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.2.8,BF.9
intergenic L3644F BF.9
intergenic 3676del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9
intergenic F3677del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9
intergenic S3675del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9
ORF1a V3708L / NSP6
intergenic V3708L BF.9
intergenic F3785F BF.9
intergenic Y3813Y BF.9
intergenic E3965E BA.4.1.8,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9
intergenic I4205I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9
intergenic D4317D BF.9
intergenic P4619L BF.9
intergenic T4638I BF.9
intergenic P4715L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9
intergenic D4769D BA.5.1.24,BA.5.1.2,BF.9
intergenic P4897P BF.9
intergenic L5150L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9
intergenic Y5276Y BF.9
intergenic A5342V BA.4,BF.9
intergenic A5532V BF.9
intergenic A5713V BF.9
intergenic R5716C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9
intergenic A5727S BF.9
ORF1b T5873A / NSP13
intergenic T5873A BF.9
intergenic I5967V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9
intergenic T6038I BF.9
ORF1b V6241F / NSP14
intergenic V6241F BF.9
ORF1b P6545P / NSP15
intergenic P6545P BF.9
intergenic T6564I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9
intergenic E6597E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9
ORF1b D6734Y / NSP15
intergenic D6734Y BF.9
intergenic S6740F BF.9
intergenic T19I BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BF.41,BF.9
intergenic L24_A27delinsS BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9
intergenic F55F BF.9
intergenic H69del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9
intergenic V70del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9
intergenic G142D BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9
intergenic H146H BA.2.12,BA.5.2.34,BF.9
intergenic N185S BF.9
intergenic V213G BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9
intergenic P272S BF.9
intergenic G339D BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9
intergenic S371F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9
intergenic S373P BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9
intergenic ST375FA BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9
intergenic D405N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9
intergenic R408S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9
intergenic K417N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9
intergenic N440K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9
intergenic L452R BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9
intergenic ST477NK BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9
intergenic E484A BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9
intergenic F486V BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9
intergenic N501Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9
intergenic Y505H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9
intergenic D614G BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9
intergenic L629L BA.5.1.24,BF.9
S L629L BA.5.1.24,BA.5.5,BF.9
intergenic H655Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9
intergenic N679K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9
intergenic P681H BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9
intergenic T734T BF.9
intergenic N764K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9
intergenic R847R BF.9
intergenic Q954H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9
intergenic S967S BF.9
intergenic N969K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9
intergenic G1124V BF.9
intergenic D1146D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9
intergenic N1192D BF.9
intergenic Q57H BF.9
intergenic T64T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9
intergenic L73F BF.9
intergenic L94F BA.4,BF.9
intergenic L101L BF.9
intergenic T223I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9
intergenic T9I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9
intergenic g.T-26C BF.9
intergenic g.A-9G BF.9
intergenic D3N BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BF.41,BF.9
intergenic Q19E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9
intergenic N41N BF.9
intergenic A63T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9
intergenic T172T BA.5,BF.20,BF.41,BF.9
intergenic V29A BF.9
intergenic Y40Y BA.5.2.34,BA.5.2.3,BF.9
intergenic L18L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9
intergenic W29L BF.9
intergenic E33G BF.9
intergenic g.C-5T BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9
intergenic C37R BF.9
ORF8 C37R BF.9
intergenic I121fs BA.5,BA.5.1.1,BF.9
intergenic g.A-3T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9
intergenic P13L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9
intergenic G19G BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.2.8,BF.20,BF.41,BF.9
intergenic T24I BA.5.2.34,BF.9
intergenic E31_S33del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9
intergenic N126N BF.9
intergenic N140N BA.5.1.2,BF.9
intergenic H145L BF.9
N H145L BF.9
intergenic RG203KR BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9
intergenic S235S BF.9
intergenic F274F BA.5.1.10,BA.5,BF.9
intergenic S327L BF.9
intergenic S413R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9
intergenic g.T29680C BF.9
intergenic g.CGAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTG29733C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BA.5.1.2,BF.9
intergenic g.C-25T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1
intergenic G82_V86del BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5,BA.5.1.1,BA.4.1
intergenic M85del BA.2.12,BA.5,BA.5.1.1,BA.4.1
intergenic S135R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1
intergenic K141_F143del BA.4.1.8,BA.2.12,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BA.5.1.2,BA.4.1
intergenic N162N BA.4.1
intergenic S166G BA.5.1.2,BA.4.1
intergenic N188N BA.4.1.8,BA.4.1
intergenic D220D BA.5.1.24,BA.4.1
intergenic C231C BA.4.1
intergenic T333M BA.4.1
intergenic G442C BA.4.1
intergenic G519S BA.5,BA.4.1
ORF1a R542R / NSP2
intergenic R542R BA.4.1
intergenic V627F BA.5,BA.4.1
intergenic L642F BA.4.1
ORF1a K669T / NSP2
intergenic K669T BA.4.1
intergenic Y717Y BA.5,BA.4.1
intergenic A776T BA.4.1
intergenic T842I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1
intergenic F924F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1
intergenic P971S BA.5.1.10,BA.4.1
intergenic T1035I BA.4.1
intergenic N1059N BA.4.1
intergenic A1060V BA.4.1
intergenic G1125D BA.4.1.8,BA.4.1
intergenic H1160Y BA.4.1.8,BA.4.1
intergenic G1307S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1
intergenic A1352A BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1
intergenic P1541P BA.4.1
ORF1a N1672N / NSP3
intergenic N1672N BA.4.1
intergenic Y1700Y BA.4.1
intergenic P1803L BA.4.1
intergenic T1822I BA.1.18,BA.4.1
intergenic N1917N BA.4.1
intergenic H1974H BA.4.1
ORF1a S2048A / NSP3
ORF1a V2051L / NSP3
intergenic V2051L BA.4.1
intergenic A2139T BA.4.1
ORF1a T2283T / NSP3
intergenic T2283T BA.4.1
ORF1a T2300A / NSP3
intergenic T2300A BA.4.1
intergenic F2351F BA.4.1
ORF1a K2511K / NSP3
intergenic K2511K BA.4.1
intergenic K2810K BA.4.1
intergenic R2949R BA.4.1
intergenic L3027F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1
intergenic V3053V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1
intergenic I3055I BA.5.1.2,BA.4.1
intergenic T3090I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1
ORF1a N3159N / NSP4
intergenic N3159N BA.4.1
intergenic A3179A BA.4.1
intergenic L3191L BA.5.2.2,BA.4.1
intergenic Y3250Y BA.4.1
intergenic T3255I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1
intergenic M3280I BA.4.1
intergenic D3311D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1
intergenic L3321L BA.5.2.3,BA.4.1
intergenic A3333T BA.4.1
intergenic R3368R BA.5.1.10,BA.4,BA.5.1.1,BA.4.1
intergenic P3395H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1
intergenic N3494N BA.4.1
intergenic L3606F BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.2.8,BF.9,BA.4.1
intergenic L3636L BA.5.1.24,BA.4.1
intergenic 3676del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1
intergenic F3677del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1
intergenic S3675del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1
intergenic T3750I BA.5.2.34,BA.4.1
intergenic G3757S BA.4.1
ORF1a L3808L / NSP6
intergenic L3808L BA.4.1
intergenic K3839K BA.4.1
intergenic D3864D BA.4.1
intergenic N3928N BA.5,BA.4.1
intergenic E3965E BA.4.1.8,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1
intergenic L4045L BA.4,BA.4.1
intergenic P4058P BA.4.1
intergenic I4205I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1
intergenic T4412A BA.4.1
intergenic P4656S BA.4.1
intergenic R4677H BA.4.1
intergenic N4689N BA.4.1
intergenic P4715L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1
intergenic F4820F BA.5.1.10,BA.4.1
intergenic S4843I BA.4.1
intergenic N4992N BA.1.14,BA.1.17,BA.5.2.34,BA.5,BA.1.18,BA.5.1.2,BA.4.1
intergenic F5086Y BA.2.12,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5,BA.4.1
intergenic H5117H BA.4.1
intergenic T5131I BA.4.1
intergenic L5150L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1
intergenic L5283L BA.4,BA.4.1
intergenic A5660T BA.5.1.1,BA.4.1
intergenic R5716C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1
intergenic I5967V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1
intergenic P6065S BA.4.1
intergenic D6069D BA.2.12,BA.4.1
intergenic L6102L BA.4.1
intergenic D6249D BA.5,BA.4.1
ORF1b D6270D / NSP14
intergenic D6270D BA.4.1
intergenic DRYP6315EGCH BA.2.12,BA.5,BA.4.1
intergenic T6564I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1
intergenic E6597E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1
intergenic D6724D BA.4.1
intergenic K6958R BA.5.2.3,BA.5,BA.4.1
intergenic L6959L BA.4.1
intergenic P7034S BA.5.2.3,BA.4.1
intergenic I7035I BA.4.1
intergenic V3G BA.4.1.8,BA.4.1
intergenic T19I BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BF.41,BF.9,BA.4.1
intergenic L24_A27delinsS BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1
intergenic H69del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1
intergenic V70del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1
intergenic T73T BA.2.12,BA.4.1
intergenic G107G BA.4.1
intergenic G142D BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1
intergenic G142_Y144delinsDV BA.2.86.1,BA.5.2.34,BA.4.1
intergenic V213G BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1
intergenic G339D BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1
intergenic S371F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1
intergenic S373P BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1
intergenic ST375FA BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1
intergenic D405N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1
intergenic R408S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1
intergenic K417N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1
intergenic N440K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1
intergenic L452R BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1
intergenic ST477NK BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1
intergenic E484A BA.5,BA.4.1
intergenic VE483IA BA.4.1
intergenic F486V BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1
intergenic N501Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1
intergenic Y505H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1
intergenic Y508Y BA.4.1
intergenic D614G BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1
intergenic T632T BA.4.1
intergenic H655Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1
intergenic A672V BA.4.1
S A672V BA.4.1
intergenic N679K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1
intergenic P681H BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1
intergenic A701V BA.1.17,BA.4.1
intergenic T732T BA.4.1
intergenic N764K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1
intergenic N824N BA.4.1
intergenic D867D BA.4.1
intergenic S939F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14
intergenic Q954H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1
intergenic N969K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1
intergenic T1077T BA.4.1
intergenic D1146D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1
intergenic E1182D BA.4.1
S E1182D BA.4.1
intergenic A1222A BA.4.1
intergenic L41F BA.4.1
intergenic T64T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1
intergenic Y189Y BA.4.1
intergenic E194E BA.4.1
intergenic T223I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1
intergenic F4F BA.4.1
intergenic T9I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1
intergenic TG9IC BA.4.1
intergenic Q19E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1
intergenic F53F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.4.1
intergenic A63T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1
intergenic F112F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.4,BA.4.1
intergenic T175M BA.4.1
intergenic R20R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.4,BA.1.18,BA.4.1
intergenic E55K BA.4.1
intergenic P57P BA.4.1
intergenic D61L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.4,BA.4.1
intergenic R25T BA.4.1
intergenic L31L BA.5.1.2,BA.4.1
intergenic K32N BA.4.1
intergenic P34L BA.5.2.8,BA.4.1
intergenic F46I BA.4.1
ORF7a F46I BA.4.1
intergenic A64S BA.4.1
intergenic Q76H BA.4.1
intergenic I110del BA.4.1
intergenic L11F BA.4,BA.4.1
intergenic L18L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1
intergenic A65V BA.4.1.8,BA.5,BA.4.1
intergenic Y105Y BA.5.1.1,BA.4.1
intergenic g.A-3T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1
intergenic P13L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1
intergenic E31_S33del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1
intergenic T54T BA.5.1.2,BA.4.1
intergenic L56L BA.4.1
intergenic A134A BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.2.3,BA.5.2.8,BA.5.1.2,BA.4.1
intergenic P151S BA.4.1.8,BA.4.1
intergenic S193T BF.41,BA.4.1
intergenic S202C BA.4.1
intergenic RG203KR BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1
intergenic G212C BA.4.1
N G212C BA.4.1
intergenic M234I BA.4.1
intergenic P302P BA.5.2.34,BA.4.1
intergenic P309P BA.4.1
intergenic T362I BA.5.1.24,BA.4.1
intergenic A381T BA.4.1
N A381T BA.4.1
intergenic P383S BA.4.1
intergenic S410S BA.4.1
intergenic S413R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1
intergenic I13T BA.4.1
intergenic C19C BA.2.86.1,BA.5.1.24,BA.5,BA.5.1.1,BA.4.1
intergenic R24C BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4.1
intergenic g.CGAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTG29733C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BA.5.1.2,BF.9
intergenic g.GAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTGTAC29734TAC BA.5.2.3,BA.5,BA.4.1
intergenic g.GAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTGTAC29734TAT BA.5.2.3,BA.4.1
intergenic g.C-25T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic V14V BA.5.1.30
intergenic G82_M85delinsV BA.5,BA.5.1.1,BA.5.1.30
intergenic G82_V86del BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5,BA.5.1.1,BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic M85_V86del BA.5.1.1,BA.5.1.30
intergenic V84V BA.5.1.30
intergenic S135R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic K141_F143del BA.4.1.8,BA.2.12,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BA.5.1.2,BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic N189N BA.5.1.10,BA.5.1.30
intergenic C341C BA.5.2.34,BA.5.1.30
intergenic P361P BA.2.86.1,BA.5.1.1,BA.5.1.30
intergenic F411F BA.5.1.30
intergenic N447S BA.5.1.30
intergenic I475V BA.5.1.30
intergenic S505S BA.4,BA.5.1.30
intergenic S549S BA.5.2.3,BA.5.1.30
intergenic T592I BA.5.1.30
intergenic A656V BA.1.14,BA.5.1.30
intergenic T842I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic S918S BA.5.1.30
intergenic F924F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic E939G BA.5.1.30
ORF1a T945N / NSP3
intergenic T945N BA.5.1.30
intergenic G1070V BA.5.1.30
intergenic A1082V BA.5.1.30
intergenic T1168I BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.30
intergenic G1307S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic A1352A BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic L1438L BA.1.14,BA.5.2.2,BA.5.1.30
intergenic N1439N BA.5.2.2,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.30
intergenic L1441L BA.5.1.30
intergenic L1627L BA.5.1.30
intergenic P1640L BA.5.1.24,BA.5.1.30
intergenic M1732I BA.5.1.30
intergenic S1743F BA.5.1.1,BA.5.1.30
intergenic P1921S BF.20,BA.5.1.30
intergenic P1977P BA.5.1.30
intergenic D2026A BA.5.1.30
intergenic S2114F BA.5.1.30
intergenic T2153I BA.5.1.30
intergenic S2303F BA.5.1.30
intergenic T2306T BA.5.1.30
intergenic T2319T BA.5.1.30
intergenic C2445C BA.4.1.8,BA.5.1.2,BA.5.1.30
ORF1a S2462S / NSP3
intergenic S2462S BA.5.1.30
intergenic S2500F BA.5.1.30
intergenic L2518L BA.5.1.30
intergenic N2523N BA.5.1.2,BA.5.1.30
intergenic M2674V BA.5.1.30
intergenic D2693D BA.5.1.30
intergenic L3027F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic V3053V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic T3090I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic S3099L BA.2.12,BA.5.2.34,BA.5.1.30
intergenic V3107I BA.5.1.30
ORF1a M3129L / NSP4
intergenic M3129L BA.5.1.30
intergenic T3150I BA.5.1.30
ORF1a A3230S / NSP4
intergenic A3230S BA.5.1.30
intergenic T3255I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic D3311D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic P3395H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic G3578S BA.5.1.30
intergenic L3606F BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.2.8,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic 3676del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic F3677del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic S3675del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic I3738I BA.5.2.8,BA.5.1.30
intergenic F3769F BA.5.1.30
intergenic I3853I BA.5.1.10,BA.5.1.1,BA.5.1.30
intergenic L3899L BA.5.1.30
intergenic A3907A BA.5.1.30
ORF1a S3950T / NSP8
intergenic S3950T BA.5.1.30
intergenic E3965E BA.4.1.8,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic R4017R BA.5.1.30
intergenic P4058P BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic A4168A BA.5.1.30
intergenic I4205I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic T4302N BA.5.1.30
intergenic L4386F BA.5.1.30
intergenic R4387R BA.4,BA.5.1.30
intergenic A4394S BA.5.1.30
intergenic S4398L BA.1.17,BA.5.1.30
intergenic A4577V BA.5.1.30
intergenic P4715L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic T4736I BA.5.1.30
intergenic G4878G BA.5.1.30
intergenic G5063S BA.5.1.1,BA.5.1.30
intergenic L5150L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic C5353C BA.5.1.30
intergenic Y5388Y BA.2.12,BA.5.1.2,BA.5.1.30
intergenic Y5541Y BA.2.12,BA.1.17,BA.4,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.2,BA.5.1.30
intergenic A5692V BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.3,BA.5.1.30
intergenic R5716C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic L5762L BA.5.1.10,BA.5.1.30
intergenic N5883N BA.5.1.30
intergenic L5932L BA.5.2.34,BA.5.1.30
intergenic I5967L BA.5.1.30
intergenic I5967V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic G5969G BA.5.1.30
intergenic D6051D BA.5.2.8,BA.5.1.30
intergenic D6183N BA.5.1.30
intergenic K6274N BA.5.1.30
intergenic L6420L BA.5,BA.5.1.30
intergenic T6564I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic D6584D BA.5.1.30
intergenic E6597E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30
ORF1b S6659S / NSP15
intergenic S6659S BA.5.1.30
intergenic A6707S BA.5.1.30
ORF1b A6808T / NSP16
intergenic A6808T BA.5.1.30
intergenic N7084N BA.5.1.30
intergenic T19I BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic L24_A27delinsS BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic F58F BA.5.1.30
intergenic H69del BA.5.1.30
intergenic I68_H69del BA.5.1.30
intergenic V70del BA.5.1.30
intergenic P82T BA.5.1.30
S P82T BA.5.1.30
intergenic G142D BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic G142_Y144delinsDV BA.2.86.1,BA.5.2.34,BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic L176F BA.5.1.30
intergenic V213G BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic L276L BA.5.1.30
intergenic L296L BA.5.2.2,BA.5,BA.5.1.30
intergenic T307S BA.5.1.30
intergenic G339D BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic S371F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic S373P BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic ST375FA BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic D405N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic R408S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic K417N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic N440K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic L452R BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic ST477NK BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic E484A BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.5.1.30
intergenic F486V BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic N501Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic Y505H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic D614G BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic H655Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic N679K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic P681H BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic A688V BA.5.2.34,BA.5,BA.5.1.30
intergenic S698L BA.5.1.30
intergenic S758I BA.5.1.30
S S758I BA.5.1.30
intergenic N764K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic Q954H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic N969K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic E988E BA.5.1.30
intergenic V1133V BA.5.1.30
S V1133V BA.2,BA.5.1.30
intergenic N1134N BA.5.1.30
S N1134N BA.5.1.30
intergenic D1146D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic I1169I BA.5.1.1,BA.5.1.30
intergenic Y1215Y BA.2.86.1,BA.5.1.1,BA.5.1.30
intergenic F43L BA.5.1.30
intergenic T64T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic V90F BA.5.1.30
intergenic L94P BA.5.1.30
ORF3a L94P BA.5.1.30
intergenic P104S BA.5.1.30
intergenic T175I BA.5.1.30
intergenic T223I BA.2.12,BA.5.1.30
intergenic V256del BA.5.2.2,BA.5.1.30
intergenic F4F BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic T9I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic D3N BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BF.41,BF.9,BA.5.1.30
intergenic Q19E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic F53F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic A63T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic L145L BA.5.1.30
intergenic D160N BA.5.1.30
M D160N BA.5.1.30
intergenic P165P BA.5.1.30
intergenic N203N BA.5.1.30
intergenic N207N BA.5.2.3,BA.5.1.30
intergenic D6G BA.5.1.30
intergenic V24I BA.5.1.30
intergenic L5F BA.5.1.30
intergenic C15C BA.5.1.10,BA.5.1.24,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.1.2,BA.5.1.30
intergenic V93F BA.5.1.30
intergenic P99L BA.5.1.30
intergenic T120A BA.5.1.30
ORF7a T120A BA.5.1.30
intergenic F19L BA.4,BA.5.1.30
intergenic L18L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic N38I BA.5.1.30
intergenic g.C-5T BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.5.1.30
intergenic V33F BA.5.1.30
intergenic V49A BA.5.1.30
intergenic S67F BA.5.1.10,BA.5.1.30
intergenic H112H BA.5.1.30
ORF8 H112H BA.2.3,BA.5.1.30
intergenic F120F BA.5.1.30
intergenic FI120VL BA.5.1.30
intergenic I121I BA.5.1.30
intergenic g.A-3T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic P13L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic E31_S33del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic T49I BA.5,BA.5.1.30
intergenic T54T BA.5.1.2,BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic L56L BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic K65E BA.5.1.30
N K65E BA.5.1.30
intergenic D128D BA.5.1.2,BA.5.1.30
intergenic A134A BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.2.3,BA.5.2.8,BA.5.1.2,BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic G200C BA.5.1.30
intergenic RG203KR BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic Q289Q BA.5.1.24,BA.5.1.30
N Q289Q BA.5.1.24,BA.5.1.30
intergenic H300Y BA.5.1.1,BA.5.1.30
intergenic F315F BA.5.1.1,BA.5.1.30
intergenic S413R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30
intergenic g.A-11T BA.5.1.30
intergenic L37F BA.5.1.10,BA.5.1.24,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.1.2,BA.5.1.30
intergenic g.CGAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTG29733C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BA.5.1.2,BF.9,BA.5.1.30
intergenic g.C-25T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8
intergenic G49D BA.5.1.24,BA.5,BA.5.2.8,BQ.1.1.8
intergenic D75N BQ.1.1.8
intergenic G82_V86del BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5,BA.5.1.1,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8
intergenic M85del BA.2.12,BA.5,BA.5.1.1,BA.4.1,BQ.1.1.8
intergenic S135R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8
intergenic T224I BQ.1.1.8
ORF1a T265A / NSP2
intergenic T265A BQ.1.1.8
intergenic S318L BA.5.1.1,BQ.1.1.8
ORF1a I368V / NSP2
intergenic I368V BQ.1.1.8
intergenic H374Y BQ.1.1.8
intergenic V459V BA.5.2.8,BQ.1.1.8
intergenic D466D BQ.1.1.8
intergenic S481S BA.5.1.10,BQ.1.1.8
intergenic Q556K BA.4,BA.5,BQ.1.1.8
ORF1a L590S / NSP2
intergenic L590S BQ.1.1.8
intergenic T609I BQ.1.1.8
ORF1a G638G / NSP2
intergenic G638G BQ.1.1.8
intergenic K669K BQ.1.1.8
intergenic A690A BQ.1.1.8
intergenic T842I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8
intergenic L897L BQ.1.1.8
intergenic F924F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8
intergenic L969F BQ.1.1.8
intergenic V1025V BQ.1.1.8
ORF1a N1037S / NSP3
intergenic N1037S BQ.1.1.8
intergenic A1049V BA.4.1.8,BQ.1.1.8
intergenic G1070G BA.2.12,BQ.1.1.8
ORF1a I1206L / NSP3
intergenic I1206L BQ.1.1.8
intergenic D1273D BA.5,BQ.1.1.8
intergenic G1307S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8
intergenic M1312I BQ.1.1.8
intergenic Y1337Y BA.5,BA.5.1.2,BQ.1.1.8
intergenic A1352A BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8
intergenic S1433S BQ.1.1.8
ORF1a Y1516H / NSP3
intergenic Y1516H BQ.1.1.8
intergenic T1589T BQ.1.1.8
ORF1a T1605I / NSP3
intergenic T1605I BQ.1.1.8
intergenic H1652H BQ.1.1.8
intergenic A1677T BQ.1.1.8
intergenic Y1700Y BA.4.1,BQ.1.1.8
intergenic I1714I BQ.1.1.8
intergenic Y1734Y BQ.1.1.8
intergenic Q1758Q BQ.1.1.8
intergenic T2007T BA.5,BQ.1.1.8
intergenic V2019I BQ.1.1.8
ORF1a L2119L / NSP3
intergenic L2119L BQ.1.1.8
intergenic T2124I BQ.1.1.8
intergenic S2132G BQ.1.1.8
ORF1a T2137A / NSP3
intergenic T2137A BQ.1.1.8
intergenic F2172F BQ.1.1.8
intergenic L2211L BQ.1.1.8
intergenic Y2245Y BQ.1.1.8
intergenic A2508A BQ.1.1.8
intergenic P2605S BQ.1.1.8
intergenic N2714N BQ.1.1.8
ORF1a Q2749Q / NSP3
intergenic Q2749Q BQ.1.1.8
intergenic A2759V BQ.1.1.8
intergenic H2799H BQ.1.1.8
intergenic N2829N BQ.1.1.8
intergenic T2836I BA.2.12,BQ.1.1.8
intergenic P2870P BA.5.2.34,BA.5,BQ.1.1.8
intergenic Y2897Y BQ.1.1.8
intergenic A2994V BQ.1.1.8
intergenic Y3011Y BQ.1.1.8
intergenic L3027F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8
intergenic V3053V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8
intergenic I3055I BA.5.1.2,BA.4.1,BQ.1.1.8
intergenic N3081N BQ.1.1.8
intergenic T3090I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8
intergenic E3176E BQ.1.1.8
intergenic T3255I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8
intergenic D3311D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8
intergenic P3395H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8
intergenic T3432T BQ.1.1.8
ORF1a S3570S / NSP6
intergenic S3570S BQ.1.1.8
intergenic H3580H BA.5.2.34,BQ.1.1.8
intergenic V3595V BQ.1.1.8
intergenic H3631H BQ.1.1.8
intergenic 3676del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8
intergenic F3677del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8
intergenic S3675del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8
intergenic V3700V BQ.1.1.8
intergenic D3728D BA.4.1.8,BQ.1.1.8
intergenic L3829F BA.5.1.24,BQ.1.1.8
intergenic D3897D BA.5.1.2,BQ.1.1.8
intergenic L3914L BQ.1.1.8
intergenic S3949N BQ.1.1.8
intergenic L3951F BQ.1.1.8
intergenic E3965E BA.4.1.8,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8
intergenic L4070L BA.2.12,BQ.1.1.8
intergenic Y4080H BQ.1.1.8
intergenic T4202T BQ.1.1.8
intergenic I4205I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8
intergenic L4209L BA.4,BQ.1.1.8
intergenic L4252L BQ.1.1.8
intergenic V4266V BQ.1.1.8
intergenic H4467H BA.5.1.10,BQ.1.1.8
ORF1b F4549F / NSP12
intergenic F4549F BQ.1.1.8
intergenic Y4665H BQ.1.1.8
intergenic P4715L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8
intergenic T4948T BQ.1.1.8
intergenic A4977A BQ.1.1.8
intergenic T4996T BQ.1.1.8
intergenic F5086Y BA.2.12,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5,BA.4.1,BQ.1.1.8
intergenic L5150L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8
intergenic F5158F BA.1.14,BA.4,BQ.1.1.8
intergenic E5194E BQ.1.1.8
intergenic S5424S BQ.1.1.8
intergenic M5557I BQ.1.1.8
intergenic N5592S BQ.1.1.8
intergenic R5716C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8
intergenic A5778V BQ.1.1.8
ORF1b D5907D / NSP13
intergenic D5907D BQ.1.1.8
intergenic P5949L BQ.1.1.8
intergenic I5967V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8
intergenic P5995S BQ.1.1.8
intergenic Y6122Y BQ.1.1.8
intergenic P6128S BQ.1.1.8
intergenic T6175I BQ.1.1.8
intergenic S6299S BQ.1.1.8
intergenic L6308L BA.2.12,BQ.1.1.8
ORF1b I6559M / NSP15
intergenic I6559M BQ.1.1.8
intergenic T6564I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8
intergenic D6584D BA.5.1.30,BQ.1.1.8
intergenic R6590H BQ.1.1.8
intergenic E6597E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8
ORF1b E6672K / NSP15
intergenic E6672K BQ.1.1.8
ORF1b V6688V / NSP15
intergenic V6688V BQ.1.1.8
intergenic Y6730Y BQ.1.1.8
intergenic M6840T BQ.1.1.8
intergenic L6852L BQ.1.1.8
intergenic R7014N BQ.1.1.8
intergenic T19I BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8
intergenic L24_A27delinsS BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8
intergenic D53D BA.5,BA.5.1.1,BQ.1.1.8
intergenic A67_V70delinsSI BQ.1.1.8
intergenic H69del BQ.1.1.8
intergenic V70del BQ.1.1.8
intergenic T95A BA.2.12,BQ.1.1.8
S T95A BA.2.12,BQ.1.1.8
intergenic G142D BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8
intergenic G142_Y144delinsDV BA.2.86.1,BA.5.2.34,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8
intergenic W152R BQ.1.1.8
intergenic G184S BQ.1.1.8
intergenic F186F BA.5.1.2,BQ.1.1.8
intergenic R190K BQ.1.1.8
intergenic V213G BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8
intergenic L229V BQ.1.1.8
S L229V BQ.1.1.8
intergenic P230P BQ.1.1.8
S P230P BQ.1.1.8
intergenic S254A BQ.1.1.8
S S254A BQ.1.1.8
intergenic S255F BA.5,BQ.1.1.8
intergenic T286I BQ.1.1.8
intergenic T307I BA.5.1.2,BQ.1.1.8
intergenic G339D BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8
intergenic R346T BA.4.1.8,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BQ.1.1.8
intergenic S371F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8
intergenic S373P BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8
intergenic ST375FA BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8
intergenic D405N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8
intergenic R408S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8
intergenic I410I BQ.1.1.8
intergenic K417N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8
intergenic N440K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8
intergenic K444T BQ.1.1.8
intergenic L452R BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8
intergenic N460K BA.2.86.1,BA.5,BQ.1.1.8
intergenic ST477NK BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8
intergenic E484A BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.5.1.30,BQ.1.1.8
intergenic F486V BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8
intergenic N501Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8
intergenic Y505H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8
intergenic T547K BA.1.14,BA.1.17,BA.1.18,BQ.1.1.8
intergenic D614G BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8
intergenic T638I BQ.1.1.8
S T638I BQ.1.1.8
intergenic H655Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8
intergenic N679K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8
intergenic P681H BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8
intergenic S735L BQ.1.1.8
intergenic N764K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8
intergenic N856N BQ.1.1.8
intergenic T883T BQ.1.1.8
intergenic F888F BQ.1.1.8
intergenic D936Y BQ.1.1.8
intergenic Q954H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8
intergenic N969K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8
intergenic P1143L BA.2.86.1,BQ.1.1.8
intergenic D1146D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8
intergenic P1162L BQ.1.1.8
intergenic D1165Y BQ.1.1.8
intergenic N1178N BQ.1.1.8
intergenic G18V BA.5.1.24,BQ.1.1.8
intergenic D22Y BQ.1.1.8
intergenic G49C BQ.1.1.8
intergenic L65I BQ.1.1.8
intergenic T64T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8
intergenic V112V BA.5.2.3,BA.5,BQ.1.1.8
intergenic C130C BQ.1.1.8
intergenic I169I BQ.1.1.8
intergenic T223I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BQ.1.1.8
intergenic P240S BA.4,BQ.1.1.8
intergenic T9I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8
intergenic D3N BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BF.41,BF.9,BA.5.1.30,BQ.1.1.8
intergenic Q19E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8
intergenic A63T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8
intergenic L119L BQ.1.1.8
intergenic G202G BA.5.2.34,BQ.1.1.8
intergenic R20S BQ.1.1.8
ORF6 R20S BQ.1.1.8
intergenic K53E BQ.1.1.8
intergenic T120I BQ.1.1.8
intergenic S5I BQ.1.1.8
intergenic L18L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8
intergenic H42Q BQ.1.1.8
intergenic g.C-5T BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.5.1.30,BQ.1.1.8
intergenic I76V BQ.1.1.8
intergenic FI120VL BA.5.1.30,BQ.1.1.8
intergenic g.A-3T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8
intergenic R10R BQ.1.1.8
intergenic P13L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8
intergenic P20S BQ.1.1.8
intergenic E31_S33del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8
intergenic F110F BA.5.1.10,BA.5.2.8,BQ.1.1.8
intergenic T115T BQ.1.1.8
intergenic E136D BQ.1.1.8
intergenic D144N BQ.1.1.8
intergenic L161F BA.5,BQ.1.1.8
intergenic S183S BQ.1.1.8
intergenic S187P BQ.1.1.8
N S187P BQ.1.1.8
intergenic RG203KR BA.1.14,BA.5.1.10,BA.5.1.24,BA.1.18,BQ.1.1.8
intergenic Q242Q BQ.1.1.8
intergenic S255T BQ.1.1.8
N S255T BQ.1.1.8
intergenic S255Y BQ.1.1.8
N S255Y BQ.1.1.8
intergenic S327S BQ.1.1.8
intergenic Y360Y BA.5.2.2,BA.5.2.3,BQ.1.1.8
intergenic E367E BA.2.12,BQ.1.1.8
intergenic S413R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8
intergenic g.G-15T BA.2.12,BQ.1.1.8
intergenic g.GAC-15_-13TAT BQ.1.1.8
intergenic g.A29700G BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.2,BQ.1.1.8
intergenic g.CGAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTG29733C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BA.5.1.2,BF.9,BA.5.1.30,BQ.1.1.8
intergenic g.C-119T BA.5.1.10,DV.7.1
intergenic g.C-25T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1
intergenic K47R DV.7.1
intergenic G82_H83del DV.7.1
intergenic G82_M85delinsV DV.7.1
intergenic M85_V86del DV.7.1
intergenic M85del DV.7.1
intergenic E113E DV.7.1
intergenic K129R DV.7.1
intergenic S135R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1
intergenic K141_F143del BA.4.1.8,BA.2.12,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BA.5.1.2,BA.4.1,BA.5.1.30,DV.7.1
intergenic N162N BA.4.1,DV.7.1
intergenic N188N BA.4.1.8,BA.4.1,DV.7.1
intergenic R226K BA.5.2.3,DV.7.1
intergenic V228V DV.7.1
intergenic N310D DV.7.1
intergenic R402R BA.5.2.34,DV.7.1
intergenic H417H DV.7.1
intergenic V424V DV.7.1
intergenic A427V BA.5.2.34,DV.7.1
intergenic D448D DV.7.1
intergenic G519S BA.5,BA.4.1,DV.7.1
intergenic A540V BA.5.1.10,DV.7.1
intergenic T568I DV.7.1
intergenic T654T DV.7.1
intergenic A656V BA.1.14,BA.5.1.30,DV.7.1
intergenic A690V DV.7.1
intergenic Y717Y BA.5,BA.4.1,DV.7.1
intergenic S723S DV.7.1
intergenic T753I BA.4.1.8,DV.7.1
intergenic V757I DV.7.1
intergenic S771N DV.7.1
intergenic L791L DV.7.1
intergenic T842I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1
intergenic P885S DV.7.1
intergenic F924F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1
intergenic A964T BA.4,DV.7.1
intergenic D992D DV.7.1
intergenic T1001I BA.2.12,BA.5.1.10,DV.7.1
intergenic D1044D DV.7.1
intergenic V1057I DV.7.1
intergenic V1118V DV.7.1
intergenic V1177V DV.7.1
intergenic Q1198K DV.7.1
intergenic P1213L BA.5.1.24,BA.5,DV.7.1
intergenic S1221L DV.7.1
intergenic K1247K DV.7.1
intergenic I1257I DV.7.1
intergenic I1276V DV.7.1
intergenic G1307S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1
intergenic A1352A BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1
intergenic L1379L DV.7.1
intergenic A1397A BA.2.12,BA.5,DV.7.1
intergenic T1426T BA.5.2.2,DV.7.1
intergenic L1441L BA.5.1.30,DV.7.1
intergenic H1500R DV.7.1
intergenic Y1619Y DV.7.1
intergenic P1640S DV.7.1
intergenic G1819S DV.7.1
intergenic S2030L DV.7.1
intergenic M2036V DV.7.1
intergenic S2242F BA.5.2.34,BA.5.2.8,BA.5.1.2,DV.7.1
intergenic F2351F BA.4.1,DV.7.1
intergenic I2385I BA.4,DV.7.1
intergenic N2523S DV.7.1
intergenic A2584V BA.5.2.3,BA.5,DV.7.1
intergenic V2651I DV.7.1
intergenic L2778F DV.7.1
intergenic T2872M DV.7.1
intergenic T2988T DV.7.1
intergenic L3027F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1
intergenic I3035I DV.7.1
intergenic V3053V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1
intergenic I3055I BA.5.1.2,BA.4.1,BQ.1.1.8,DV.7.1
intergenic T3090I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1
intergenic A3143V DV.7.1
intergenic R3163R DV.7.1
intergenic S3173S DV.7.1
intergenic L3201F BA.2.12,DV.7.1
intergenic T3255I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1
intergenic D3311D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1
intergenic K3353R BA.2.12,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.1.24,BA.5,DV.7.1
intergenic P3395H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1
intergenic D3416D DV.7.1
intergenic D3439D BA.5.2.34,BA.5.1.1,DV.7.1
intergenic A3548V DV.7.1
intergenic L3606F BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.2.8,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,DV.7.1
intergenic V3660V DV.7.1
intergenic 3676del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1
intergenic F3677del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1
intergenic S3675del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1
intergenic A3688V DV.7.1
intergenic I3731V DV.7.1
intergenic V3782F DV.7.1
intergenic L3828L BA.5,DV.7.1
intergenic L3829F BA.5.1.24,BQ.1.1.8,DV.7.1
intergenic L3829P DV.7.1
intergenic Q3859H DV.7.1
intergenic I3927M DV.7.1
intergenic Y3954Y BA.1.14,BA.4,DV.7.1
intergenic N4060S DV.7.1
intergenic L4070L BA.2.12,BQ.1.1.8,DV.7.1
intergenic S4112C DV.7.1
intergenic T4175I BA.2.86.1,BA.5.1.24,BA.5.1.2,DV.7.1
intergenic I4205I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1
intergenic L4237L DV.7.1
intergenic L4365I DV.7.1
intergenic C4373C DV.7.1
intergenic Y4541Y DV.7.1
intergenic D4546Y DV.7.1
intergenic L4578L BA.5.1.10,DV.7.1
intergenic D4586G DV.7.1
intergenic G4620G DV.7.1
intergenic D4652D BA.4,DV.7.1
intergenic T4668M DV.7.1
intergenic P4715L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1
intergenic R4905R DV.7.1
intergenic A4921V BA.5.2.3,DV.7.1
intergenic G5063S BA.5.1.1,BA.5.1.30,DV.7.1
intergenic G5104G DV.7.1
intergenic D5109D DV.7.1
intergenic L5150L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1
intergenic D5152D BA.5.1.24,DV.7.1
intergenic Y5220Y BA.5.2.34,BA.5.1.2,DV.7.1
intergenic D5271D DV.7.1
intergenic T5477N DV.7.1
intergenic Y5541Y BA.2.12,BA.1.17,BA.4,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.2,BA.5.1.30,DV.7.1
intergenic M5598I DV.7.1
intergenic R5716C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1
intergenic A5727A DV.7.1
intergenic A5829V DV.7.1
intergenic A5846A DV.7.1
intergenic H5951Y DV.7.1
intergenic I5967V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1
intergenic P5995P DV.7.1
intergenic P6066T DV.7.1
intergenic V6107I DV.7.1
intergenic T6131T BA.2.12,DV.7.1
intergenic G6173S DV.7.1
intergenic V6242I DV.7.1
intergenic H6380Y BA.5.1.10,DV.7.1
intergenic Y6423Y DV.7.1
intergenic K6541R DV.7.1
intergenic T6564I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1
intergenic D6580A DV.7.1
intergenic E6597E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1
intergenic I6663I DV.7.1
intergenic P6805S DV.7.1
intergenic Q6826R DV.7.1
intergenic V6894A DV.7.1
intergenic V6937V DV.7.1
intergenic T19I BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1
intergenic L24_A27delinsS BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1
intergenic L54L DV.7.1
intergenic N99N DV.7.1
intergenic G142D BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1
intergenic K147E DV.7.1
intergenic W152R BQ.1.1.8,DV.7.1
intergenic E180D DV.7.1
intergenic Q183K DV.7.1
intergenic N185D DV.7.1
intergenic I210V DV.7.1
intergenic V213G BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1
intergenic T240I BA.1.14,DV.7.1
intergenic G257S DV.7.1
intergenic A292T DV.7.1
intergenic L296L BA.5.2.2,BA.5,BA.5.1.30,DV.7.1
intergenic G339H BA.2.86.1,DV.7.1
intergenic R346T BA.4.1.8,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BQ.1.1.8,DV.7.1
intergenic I358I DV.7.1
intergenic S371F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1
intergenic S373P BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1
intergenic ST375FA BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1
intergenic V382V DV.7.1
intergenic R403K BA.2.86.1,BA.5,DV.7.1
intergenic D405N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1
intergenic R408S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1
intergenic K417N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1
intergenic N440K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1
intergenic K444T BQ.1.1.8,DV.7.1
intergenic G446S BA.1.14,BA.1.17,BA.1.18,DV.7.1
intergenic L452R BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1
intergenic LF455FL DV.7.1
intergenic N460K BA.2.86.1,BA.5,BQ.1.1.8,DV.7.1
intergenic ST477NK BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1
intergenic E484A BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1
intergenic F486S DV.7.1
intergenic N501Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1
intergenic Y505H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1
intergenic N603N BA.4.1.8,BA.5.1.10,DV.7.1
intergenic D614G BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1
intergenic V622V DV.7.1
intergenic D627D DV.7.1
intergenic H655Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1
intergenic N679K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1
intergenic P681H BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1
intergenic I692F DV.7.1
intergenic S698L BA.5.1.30,DV.7.1
intergenic N764K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1
intergenic P812L DV.7.1
intergenic E819E DV.7.1
intergenic L858I DV.7.1
intergenic Q954H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1
intergenic N969K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1
intergenic L981I DV.7.1
intergenic P1143P DV.7.1
intergenic D1146D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1
intergenic D1184Y DV.7.1
intergenic L1200F DV.7.1
intergenic F8F BA.2.12,BA.4,DV.7.1
intergenic T32I DV.7.1
intergenic F43S BA.5.1.10,DV.7.1
intergenic S60S BA.5.1.2,DV.7.1
intergenic L65F DV.7.1
intergenic T64T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1
intergenic A72T DV.7.1
intergenic A110V DV.7.1
intergenic L115S DV.7.1
intergenic S177N DV.7.1
intergenic Y189Y BA.4.1,DV.7.1
intergenic D210D DV.7.1
intergenic T223F DV.7.1
intergenic T223I DV.7.1
intergenic T9I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1
intergenic T11A DV.7.1
intergenic Q19E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1
intergenic A63T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1
intergenic S108S DV.7.1
intergenic F112F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.4,BA.4.1,DV.7.1
intergenic L129L DV.7.1
intergenic R146H DV.7.1
intergenic R150R DV.7.1
intergenic I151V DV.7.1
intergenic M1? DV.7.1
intergenic D6_F7del DV.7.1
intergenic R20Q DV.7.1
intergenic R20R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.4,BA.1.18,BA.4.1,DV.7.1
intergenic D61F DV.7.1
intergenic D61L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.4,BA.4.1,DV.7.1
intergenic T28I BA.5.2.3,BA.5,DV.7.1
intergenic E121Q DV.7.1
intergenic A15A DV.7.1
intergenic L18L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1
intergenic T11K DV.7.1
intergenic P36P BA.1.14,BA.5.2.34,DV.7.1
intergenic P38P BA.5.2.34,DV.7.1
intergenic H40Y DV.7.1
intergenic S67F BA.5.1.10,BA.5.1.30,DV.7.1
intergenic g.A-3T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1
intergenic P13L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1
intergenic D22G BA.5.1.1,DV.7.1
intergenic T24A DV.7.1
intergenic S26I DV.7.1
intergenic E31_S33del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1
intergenic A35S DV.7.1
intergenic R41R DV.7.1
intergenic D63D BA.5.1.10,DV.7.1
intergenic N75N BA.4.1.8,DV.7.1
intergenic D82D BA.5,DV.7.1
intergenic D128D BA.5.1.2,BA.5.1.30,DV.7.1
intergenic T135A DV.7.1
intergenic K143K DV.7.1
intergenic T166I DV.7.1
intergenic RG203KR BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,DV.7.1
intergenic A217S DV.7.1
intergenic L219F BA.5,DV.7.1
intergenic V270L DV.7.1
intergenic F274F BA.5.1.10,BA.5,BF.9,DV.7.1
intergenic D348H DV.7.1
intergenic T366I DV.7.1
intergenic S413R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1
intergenic D415D DV.7.1
intergenic g.C29686T DV.7.1
intergenic g.CGAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTG29733C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BA.5.1.2,BF.9,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1
intergenic g.C29769T DV.7.1
intergenic g.T29793A DV.7.1
intergenic g.C-166T BA.5.2.20
intergenic g.C-149T BA.5.2.20
intergenic g.A-131G BA.5.2.20
intergenic g.A-88T BA.5.2.20
intergenic g.C-44T BA.5.2.20
intergenic g.C-25T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20