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| S | N165Y BA.5.1.24 |
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| intergenic | N969K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24 |
| intergenic | I1130M BA.5.1.24 |
| intergenic | D1146D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24 |
| intergenic | K1205N BA.5.1.24 |
| intergenic | G18V BA.5.1.24 |
| intergenic | I20I BA.1.17,BA.5.1.24 |
| intergenic | R30H BA.5.1.24 |
| intergenic | T64T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24 |
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| ORF3a | E102D BA.5.1.24 |
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| intergenic | g.C-5T BA.4,BA.5.1.24 |
| intergenic | C15C BA.5.1.10,BA.5.1.24 |
| intergenic | H19R BA.5.1.24 |
| ORF7a | H19R BA.5.1.24 |
| intergenic | H73Y BA.5.1.24 |
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| intergenic | L18L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24 |
| intergenic | g.C-5T BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24 |
| intergenic | A14A BA.5.1.24 |
| intergenic | I121N BA.5.1.24 |
| intergenic | I121fs BA.5.1.24 |
| intergenic | g.A-3T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24 |
| intergenic | Q9H BA.5.1.24 |
| intergenic | P13L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24 |
| intergenic | E31_S33del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24 |
| intergenic | D63Y BA.5.1.24 |
| intergenic | R89T BA.5.1.24 |
| N | R89T BA.5.1.24 |
| intergenic | P122S BA.5.1.24 |
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| intergenic | T245I BA.5.2.2,BA.5.1.24 |
| intergenic | Q289Q BA.5.1.24 |
| intergenic | A311T BA.5.1.24 |
| intergenic | R319R BA.5.1.24 |
| intergenic | T325I BA.5.1.24 |
| intergenic | T362I BA.5.1.24 |
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| intergenic | g.CGAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTG29733C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24 |
| intergenic | g.C-25T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3 |
| intergenic | R24C BA.4,BA.5.2.34 |
| ORF1a | L39S / NSP1 |
| intergenic | L39S BA.5.2.3 |
| intergenic | R43C BA.5.2.3 |
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| intergenic | H110Y BA.4.1.8,BA.5.2.34 |
| intergenic | K120N BA.5.2.3 |
| intergenic | S135R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3 |
| intergenic | K141_F143del BA.4.1.8,BA.2.12,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3 |
| intergenic | R207C BA.5.2.3 |
| intergenic | R226K BA.5.2.3 |
| intergenic | S248S BA.5.2.3 |
| intergenic | T283I BA.5.2.3 |
| ORF1a | K292E / NSP2 |
| intergenic | K292E BA.5.2.3 |
| intergenic | P305S BA.5.1.10,BA.5.2.3 |
| intergenic | T350I BA.5.2.3 |
| intergenic | S376L BA.5.2.3 |
| intergenic | L454L BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3 |
| intergenic | I473I BA.5.2.3 |
| intergenic | A474A BA.5.2.3 |
| intergenic | S549S BA.5.2.3 |
| ORF1a | T554N / NSP2 |
| intergenic | T554N BA.5.2.3 |
| intergenic | M584V BA.5.2.3 |
| intergenic | L590F BA.5.2.3 |
| intergenic | D644D BA.5.1.10,BA.5.2.34 |
| intergenic | V660V BA.5.2.3 |
| intergenic | K680K BA.5.2.3 |
| intergenic | T727I BA.5.2.34,BA.5.2.3 |
| ORF1a | P765L / NSP2 |
| intergenic | P765L BA.5.2.3 |
| intergenic | T842I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3 |
| intergenic | A859A BA.5.2.3 |
| intergenic | A876T BA.5.2.3 |
| intergenic | F924F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3 |
| intergenic | G1307S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3 |
| intergenic | A1352A BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3 |
| intergenic | N1436N BA.5.2.3 |
| intergenic | N1439N BA.5.2.2,BA.5.2.34,BA.5.2.3 |
| intergenic | H1500Y BA.5.1.24,BA.5.2.3 |
| ORF1a | S1520Y / NSP3 |
| intergenic | S1520Y BA.5.2.3 |
| intergenic | I1525V BA.5.2.3 |
| ORF1a | F1553L / NSP3 |
| intergenic | F1553L BA.5.2.3 |
| intergenic | T1572I BA.5.2.3 |
| intergenic | K1655N BA.5.2.3 |
| intergenic | Y1658Y BA.5.2.3 |
| intergenic | R1953R BA.5.2.3 |
| intergenic | T2021I BA.5.2.3 |
| intergenic | A2033V BA.5.2.3 |
| ORF1a | I2076M / NSP3 |
| intergenic | I2076M BA.5.2.3 |
| ORF1a | P2079R / NSP3 |
| intergenic | P2079R BA.5.2.3 |
| intergenic | K2143K BA.5.2.3 |
| intergenic | T2247I BA.5.2.3 |
| ORF1a | T2484T / NSP3 |
| intergenic | T2484T BA.5.2.3 |
| intergenic | A2584V BA.5.2.3 |
| ORF1a | D2592Y / NSP3 |
| intergenic | D2592Y BA.5.2.3 |
| intergenic | S2625S BA.4,BA.5.2.3 |
| intergenic | L2675L BA.5.2.3 |
| intergenic | N2708N BA.5.2.3 |
| intergenic | N2768del BA.5.2.3 |
| intergenic | D2833D BA.5.2.3 |
| intergenic | V2892F BA.5.2.3 |
| intergenic | L3027F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3 |
| intergenic | V3053V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3 |
| intergenic | A3061A BA.5.2.3 |
| intergenic | T3090I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3 |
| intergenic | S3099L BA.2.12,BA.5.2.34 |
| intergenic | F3100F BA.5.2.3 |
| intergenic | A3209V BA.5.1.10,BA.5.2.34 |
| intergenic | T3255I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3 |
| intergenic | F3271F BA.5.2.3 |
| intergenic | D3311D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3 |
| intergenic | L3321L BA.5.2.3 |
| intergenic | P3395H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3 |
| intergenic | P3447P BA.5.2.3 |
| intergenic | L3606F BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.2.3 |
| intergenic | 3676del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3 |
| intergenic | F3677del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3 |
| intergenic | S3675del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3 |
| intergenic | L3829L BA.5.2.3 |
| intergenic | E3965E BA.4.1.8,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3 |
| intergenic | Q4015Q BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.2.34,BA.5.2.3 |
| intergenic | P4197S BA.5.2.3 |
| intergenic | I4205I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3 |
| intergenic | L4284L BA.2.12,BA.4,BA.5.1.24,BA.5.2.3 |
| intergenic | A4357V BA.4,BA.5.2.3 |
| ORF1a | G4374S / NSP10 |
| intergenic | G4374S BA.5.2.3 |
| intergenic | P4715L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3 |
| intergenic | A4921V BA.5.2.3 |
| intergenic | I4928I BA.5.2.3 |
| intergenic | N4992N BA.1.14,BA.1.17,BA.5.2.34 |
| intergenic | F5086Y BA.2.12,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34 |
| intergenic | L5150L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3 |
| intergenic | T5451N BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.2.34,BA.5.2.3 |
| intergenic | T5538I BA.5.2.2,BA.5.2.34,BA.5.1.24 |
| intergenic | Y5541Y BA.2.12,BA.1.17,BA.4,BA.5.2.3 |
| intergenic | A5692V BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.3 |
| intergenic | R5716C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3 |
| ORF1b | R5716S / NSP13 |
| intergenic | R5716S BA.5.2.3 |
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| intergenic | V5819V BA.5.2.3 |
| intergenic | I5967V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3 |
| intergenic | P6076L BA.5.2.3 |
| intergenic | N6424N BA.5.2.3 |
| intergenic | T6564I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3 |
| intergenic | E6597E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3 |
| intergenic | S6693S BA.5.2.3 |
| intergenic | G6890S BA.5.2.3 |
| intergenic | K6958R BA.5.2.3 |
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| intergenic | D6977G BA.5.2.3 |
| intergenic | T7032T BA.5.2.3 |
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| intergenic | L5F BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34 |
| intergenic | T19I BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3 |
| intergenic | L24_A27delinsS BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3 |
| intergenic | S60S BA.5.1.10,BA.5.2.34 |
| intergenic | H69del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3 |
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| intergenic | H146H BA.2.12,BA.5.2.34 |
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| intergenic | V213G BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3 |
| intergenic | L249S BA.5.2.3 |
| intergenic | G339D BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3 |
| intergenic | R346T BA.4.1.8,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34 |
| intergenic | R346S BA.4,BA.5.2.3 |
| intergenic | S371F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3 |
| intergenic | S373P BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3 |
| intergenic | ST375FA BA.5.2.3 |
| intergenic | ST375FA BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24 |
| intergenic | D405N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3 |
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| intergenic | K417N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3 |
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| intergenic | K444R BA.5.1.24,BA.5.2.3 |
| intergenic | L452R BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3 |
| intergenic | ST477NK BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3 |
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| intergenic | E484V BA.5.2.3 |
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| intergenic | N501Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3 |
| intergenic | Y505H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3 |
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| intergenic | T547I BA.5.2.3 |
| intergenic | P561S BA.5.2.3 |
| intergenic | D614G BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3 |
| intergenic | T618T BA.1.14,BA.5.2.3 |
| intergenic | A623V BA.5.2.3 |
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| intergenic | N679K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3 |
| intergenic | P681H BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3 |
| intergenic | A694A BA.5.2.3 |
| intergenic | N764K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3 |
| intergenic | L878L BA.5.2.3 |
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| intergenic | N969K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3 |
| intergenic | D1146D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3 |
| intergenic | P1162S BA.5.2.3 |
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| intergenic | L53L BA.5.2.3 |
| intergenic | T64T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3 |
| intergenic | L71I BA.5.2.3 |
| intergenic | H78Y BA.2.12,BA.5.2.34 |
| intergenic | H93Q BA.5.2.3 |
| intergenic | A99S BA.5.2.3 |
| intergenic | P104L BA.5.2.3 |
| intergenic | V112V BA.5.2.3 |
| intergenic | T223I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3 |
| intergenic | g.C-23T BA.5.2.3 |
| intergenic | T9I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3 |
| intergenic | D3N BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3 |
| intergenic | Q19E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3 |
| intergenic | F53F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3 |
| intergenic | A63T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3 |
| intergenic | I97V BA.5.2.3 |
| intergenic | H125N BA.5.2.3 |
| intergenic | I161I BA.5.2.3 |
| intergenic | L164L BA.5.2.34,BA.5.2.3 |
| intergenic | N207N BA.5.2.3 |
| intergenic | L4L BA.5.2.3 |
| intergenic | K23_Y31del BA.5.2.3 |
| intergenic | D61D BA.1.14,BA.1.17,BA.5.2.3 |
| intergenic | T28I BA.5.2.3 |
| intergenic | Y40Y BA.5.2.34,BA.5.2.3 |
| intergenic | Y75Y BA.5.2.3 |
| intergenic | L18L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3 |
| intergenic | g.C-5T BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3 |
| intergenic | P36P BA.1.14,BA.5.2.34 |
| intergenic | D119D BA.5.2.3 |
| ORF8 | D119D BA.5.2.3 |
| intergenic | g.A-8T BA.5.2.3 |
| intergenic | g.A-3T BA.5.2.3 |
| intergenic | g.CTA-5_-3TTT BA.5.2.3 |
| intergenic | g.A-3T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24 |
| intergenic | N8T BA.5.2.3 |
| intergenic | P13L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3 |
| intergenic | G19G BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3 |
| intergenic | E31_S33del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3 |
| intergenic | Y86Y BA.2.12,BA.5.2.3 |
| intergenic | D128E BA.5.2.3 |
| N | D128E BA.5.2.3 |
| intergenic | A134A BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.2.3 |
| intergenic | I157I BA.4,BA.5.2.34 |
| intergenic | Y172Y BA.5.2.3 |
| intergenic | G175G BA.2.12,BA.5.2.3 |
| intergenic | RG203KR BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3 |
| intergenic | K299K BA.5.2.3 |
| intergenic | Y360Y BA.5.2.2,BA.5.2.3 |
| intergenic | S413R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3 |
| intergenic | g.C-13T BA.5.2.3 |
| intergenic | P10S BA.2.12,BA.5.2.34,BA.5.2.3 |
| intergenic | g.A29700G BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.5.2.34 |
| intergenic | g.CGAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTG29733C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24 |
| intergenic | g.GAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTGTAC29734TAC BA.5.2.3 |
| intergenic | g.GAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTGTAC29734TAT BA.5.2.3 |
| intergenic | g.C-222T BA.4,BA.5 |
| intergenic | g.C-104T BA.5 |
| intergenic | g.G-67A BA.5 |
| intergenic | g.C-25T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5 |
| intergenic | R24C BA.4,BA.5.2.34 |
| intergenic | R24R BA.5 |
| intergenic | D25D BA.5 |
| intergenic | V26V BA.5 |
| intergenic | G32R BA.5 |
| intergenic | R43C BA.5.2.3,BA.5 |
| intergenic | G49D BA.5.1.24,BA.5 |
| ORF1a | K58_L61delinsM / NSP1 |
| intergenic | K58_L61delinsM BA.5 |
| intergenic | R73C BA.5 |
| intergenic | G82_M85delinsV BA.5 |
| intergenic | G82_V86del BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5 |
| intergenic | H83_M85del BA.5 |
| intergenic | M85del BA.2.12,BA.5 |
| intergenic | V84_V86del BA.5 |
| intergenic | M85del BA.5.2.34,BA.5.1.24 |
| intergenic | L92L BA.2.86.1,BA.5.2.34 |
| intergenic | H110Y BA.4.1.8,BA.5.2.34 |
| intergenic | A117T BA.5 |
| intergenic | S135R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5 |
| intergenic | K141_F143del BA.4.1.8,BA.2.12,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5 |
| intergenic | V186V BA.2.12,BA.5.1.24,BA.5 |
| intergenic | L219L BA.5 |
| ORF1a | P271P / NSP2 |
| intergenic | P305S BA.5.1.10,BA.5.2.3 |
| intergenic | A421A BA.5 |
| intergenic | S443S BA.5 |
| ORF1a | E452K / NSP2 |
| intergenic | E452K BA.5 |
| intergenic | L454L BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5 |
| intergenic | G519S BA.5 |
| ORF1a | N522N / NSP2 |
| intergenic | N522N BA.5 |
| ORF1a | K527R / NSP2 |
| intergenic | K527R BA.5 |
| intergenic | F548S BA.5 |
| intergenic | Q556K BA.4,BA.5 |
| intergenic | L570L BA.5 |
| intergenic | L578L BA.5 |
| intergenic | L580F BA.4,BA.5.1.24 |
| intergenic | V606V BA.5 |
| intergenic | E622G BA.5 |
| intergenic | V627F BA.5 |
| intergenic | D644D BA.5.1.10,BA.5.2.34 |
| intergenic | W646L BA.5 |
| ORF1a | I652I / NSP2 |
| ORF1a | G661C / NSP2 |
| intergenic | G661C BA.5 |
| intergenic | I693T BA.5 |
| intergenic | Y717Y BA.5 |
| intergenic | T727I BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5 |
| intergenic | I740I BA.2.12,BA.5 |
| intergenic | V774V BA.5 |
| intergenic | T796T BA.5.1.24,BA.5 |
| intergenic | P820L BA.5 |
| intergenic | T842I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5 |
| intergenic | N869N BA.5 |
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| intergenic | H69del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3 |
| intergenic | V70del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3 |
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| intergenic | G142D BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3 |
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| S | S172S BA.5 |
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| S | F306L BA.5 |
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| S | V327V BA.5.5,BA.5 |
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| intergenic | C432C BA.5 |
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| intergenic | N440R BA.5 |
| intergenic | N440K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3 |
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| intergenic | ST477DK BA.5 |
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| S | VE483RA BA.5 |
| intergenic | E484A BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3 |
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| M | H148H BA.5.1.24,BA.5 |
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| ORF6 | g.-7_-4delAACG BA.5 |
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| intergenic | g.C-1T BA.5 |
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| intergenic | g.CTA-5_-3TTT BA.5.2.3,BA.5 |
| intergenic | g.A-3T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24 |
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| intergenic | P13L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5 |
| intergenic | G19G BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5 |
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| intergenic | D3311D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1 |
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| ORF1a | A3625T / NSP6 |
| intergenic | A3625T BA.5.1.1 |
| intergenic | 3676del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1 |
| intergenic | F3677del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1 |
| intergenic | S3675del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1 |
| intergenic | V3708V BA.5.1.1 |
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| ORF1a | T4079I / NSP8 |
| intergenic | T4079I BA.5.1.1 |
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| intergenic | P4220L BA.5.1.24,BA.5.1.1 |
| intergenic | N4235N BA.4,BA.5,BA.5.1.1 |
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| ORF1a | M4390T / NSP10 |
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| intergenic | P4715L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1 |
| intergenic | Y4871Y BA.5.1.1 |
| ORF1b | L4906F / NSP12 |
| intergenic | L4906F BA.5.1.1 |
| intergenic | G5063S BA.5.1.1 |
| intergenic | L5150L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1 |
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| intergenic | N440K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18 |
| intergenic | G446S BA.1.14,BA.1.17,BA.1.18 |
| intergenic | ST477NK BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18 |
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| intergenic | P681H BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18 |
| intergenic | N764K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18 |
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| intergenic | Q954H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18 |
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| intergenic | E31_S33del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18 |
| intergenic | RG203KR BA.1.14,BA.5.1.10,BA.5.1.24,BA.1.18 |
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| intergenic | S135R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8 |
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| intergenic | L454L BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8 |
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| intergenic | T842I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.2.8 |
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| intergenic | F924F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8 |
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| intergenic | A1352A BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8 |
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| intergenic | 3676del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8 |
| intergenic | F3677del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8 |
| intergenic | S3675del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8 |
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| intergenic | D4661D BA.5.2.8 |
| intergenic | P4715L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8 |
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| ORF1b | G5062V / NSP12 |
| intergenic | G5062V BA.5.2.8 |
| intergenic | Y5140Y BA.5.2.8 |
| intergenic | L5150L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8 |
| intergenic | T5195I BA.5.2.8 |
| intergenic | L5349L BA.5.2.8 |
| intergenic | P5371L BA.5.1.10,BA.5.2.8 |
| intergenic | T5451N BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5.2.8 |
| intergenic | R5453K BA.5.2.8 |
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| intergenic | A5620S BA.5.2.8 |
| intergenic | R5716C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8 |
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| intergenic | I5804I BA.5.1.10,BA.5.1.24,BA.5.2.8 |
| intergenic | I5967V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8 |
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| intergenic | N6347N BA.5.2.8 |
| intergenic | T6564I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8 |
| intergenic | E6597E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8 |
| intergenic | L6614F BA.5.2.8 |
| ORF1b | M6670K / NSP15 |
| intergenic | M6670K BA.5.2.8 |
| ORF1b | L6697L / NSP15 |
| intergenic | L6697L BA.5.2.8 |
| intergenic | Y6794Y BA.5.2.8 |
| intergenic | L6819L BA.5.2.2,BA.5.2.8 |
| intergenic | L6898F BA.5.2.8 |
| intergenic | T19I BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.5.2.8 |
| intergenic | L24_A27delinsS BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8 |
| intergenic | F59S BA.5.2.8 |
| intergenic | S60S BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.2.8 |
| intergenic | H69del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.5.2.8 |
| intergenic | V70del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.5.2.8 |
| intergenic | L84L BA.5.2.8 |
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| intergenic | V130V BA.5.2.8 |
| intergenic | G142D BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.5.2.8 |
| intergenic | E180G BA.5.2.8 |
| intergenic | V213G BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8 |
| intergenic | G339D BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8 |
| intergenic | S371F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8 |
| intergenic | S373P BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8 |
| intergenic | ST375FA BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8 |
| intergenic | D405N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8 |
| intergenic | R408S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8 |
| intergenic | K417N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8 |
| intergenic | N440K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8 |
| intergenic | L452R BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8 |
| intergenic | ST477NK BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8 |
| intergenic | E484A BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8 |
| intergenic | F486V BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8 |
| intergenic | N501Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8 |
| intergenic | Y505H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8 |
| intergenic | D614G BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8 |
| intergenic | P631P BA.5.2.8 |
| intergenic | H655Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8 |
| intergenic | N658D BA.5.2.8 |
| S | N658D BA.5.2.8 |
| intergenic | P665P BA.5,BA.5.2.8 |
| intergenic | N679K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8 |
| intergenic | P681H BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8 |
| intergenic | N764K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8 |
| intergenic | F855F BA.5.2.8 |
| intergenic | Q954H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8 |
| intergenic | N969K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8 |
| intergenic | A1020S BA.4,BA.5.2.8 |
| intergenic | D1146D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8 |
| intergenic | A51T BA.5.2.8 |
| intergenic | T64T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8 |
| intergenic | P138P BA.5.2.8 |
| intergenic | S180P BA.5.2.8 |
| ORF3a | S180P BA.5.2.8 |
| intergenic | Y211Y BA.5.2.8 |
| intergenic | T223I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8 |
| intergenic | I249I BA.5.2.8 |
| intergenic | P258L BA.5.2.8 |
| intergenic | T9I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8 |
| intergenic | D3N BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8 |
| intergenic | Q19E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8 |
| intergenic | A63T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8 |
| intergenic | M84V BA.5.2.8 |
| M | M84V BA.5.2.8 |
| intergenic | L93L BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.8 |
| intergenic | V122V BA.5.2.8 |
| intergenic | P132P BA.5.2.8 |
| intergenic | L164L BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5.2.8 |
| intergenic | T21I BA.5.2.8 |
| intergenic | P34L BA.5.2.8 |
| intergenic | S36_T39del BA.5.2.8 |
| ORF7a | S36_T39del BA.5.2.8 |
| intergenic | Y40Y BA.5.2.8 |
| intergenic | D69D BA.1.14,BA.5.2.8 |
| intergenic | H73Y BA.5.1.24,BA.5.2.8 |
| intergenic | L77S BA.5.2.8 |
| intergenic | P99S BA.5.2.8 |
| intergenic | L18L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8 |
| intergenic | g.C-5T BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8 |
| intergenic | C25S BA.5.2.8 |
| intergenic | g.A-3T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8 |
| intergenic | P13L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8 |
| intergenic | G19G BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.2.8 |
| intergenic | E31_S33del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8 |
| intergenic | F110F BA.5.1.10,BA.5.2.8 |
| intergenic | A134A BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.2.3,BA.5.2.8 |
| intergenic | S194L BA.5.2.8 |
| intergenic | RG203KR BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8 |
| intergenic | K248K BA.5.2.8 |
| N | K248K BA.5.2.8 |
| intergenic | A376A BA.5.2.8 |
| intergenic | S413R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8 |
| intergenic | P10S BA.2.12,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5.2.8 |
| intergenic | g.C29696T BA.5.2.8 |
| intergenic | g.CGAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTG29733C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.1.1,BA.5.2.8 |
| intergenic | g.C-25T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | G82_M85delinsV BF.20 |
| intergenic | G112G BF.20 |
| intergenic | S135R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | L454L BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20 |
| ORF1a | T677A / NSP2 |
| intergenic | T677A BF.20 |
| intergenic | T842I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | F924F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20 |
| ORF1a | D978N / NSP3 |
| intergenic | D978N BF.20 |
| ORF1a | S984I / NSP3 |
| intergenic | S984I BF.20 |
| intergenic | K1231E BF.20 |
| intergenic | G1307S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | A1352A BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | P1921S BF.20 |
| intergenic | V2238V BA.5,BF.20 |
| ORF1a | T2274N / NSP3 |
| intergenic | T2274N BF.20 |
| intergenic | G2987G BF.20 |
| intergenic | L3027F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | V3053V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | T3090I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | T3255I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | D3311D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | P3395H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | 3676del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | F3677del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | S3675del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | E3965E BA.4.1.8,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | I4205I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | P4715L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | L5150L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | D5271G BF.20 |
| intergenic | R5716C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | I5967V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | T6564I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | E6597E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | T19I BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | L24_A27delinsS BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | H69del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | V70del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | G142D BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | V213G BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | G339D BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | S371F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | S373P BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | ST375FA BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | D405N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | R408S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | K417N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | N440K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | L452R BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | ST477NK BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | E484A BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | F486V BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | N501Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | Y505H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | D614G BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | H655Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | N679K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | P681H BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | N764K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | Q954H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | N969K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | D1146D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | T64T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | T223I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | T9I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | D3N BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | Q19E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | L35L BA.5.2.2,BA.5.1.10,BF.20 |
| intergenic | A63T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | T172T BA.5,BF.20 |
| intergenic | P57L BF.20 |
| intergenic | L18L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | g.C-5T BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | g.A-3T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | P13L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | G19G BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | E31_S33del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | RG203KR BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | S413R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | A419A BF.20 |
| intergenic | g.C29686G BF.20 |
| intergenic | g.C-25T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2 |
| intergenic | H13Y BA.5.1.2 |
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| intergenic | S17_L18delinsM BA.5.1.2 |
| intergenic | M85del BA.5.1.2 |
| intergenic | M85del BA.5.2.34,BA.5.1.24 |
| intergenic | S135R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2 |
| intergenic | K141_F143del BA.4.1.8,BA.2.12,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BA.5.1.2 |
| intergenic | P153L BA.5.1.2 |
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| intergenic | V186V BA.2.12,BA.5.1.24,BA.5 |
| intergenic | P271S BA.5.1.2 |
| intergenic | P309Q BA.5.1.2 |
| intergenic | G334C BA.5.1.2 |
| ORF1a | K394N / NSP2 |
| intergenic | K394N BA.5.1.2 |
| intergenic | L446F BA.5.1.2 |
| intergenic | L454L BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20 |
| intergenic | L580F BA.4,BA.5.1.24 |
| intergenic | A591V BA.5.1.10,BA.5.1.2 |
| intergenic | V665V BA.5.1.2 |
| intergenic | A698V BA.5.1.2 |
| intergenic | F741F BA.5.1.2 |
| intergenic | T842I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2 |
| intergenic | A872A BA.5.1.2 |
| intergenic | T891I BA.2.12,BA.5.1.24 |
| intergenic | F924F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2 |
| intergenic | A967S BA.5.1.2 |
| intergenic | P971L BA.5,BA.5.1.2 |
| intergenic | L1097L BA.5.1.2 |
| intergenic | G1155C BA.5.1.2 |
| intergenic | I1203I BA.5.1.2 |
| intergenic | G1307S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2 |
| intergenic | Y1337Y BA.5,BA.5.1.2 |
| intergenic | K1350R BA.5.1.2 |
| intergenic | A1352A BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2 |
| intergenic | F1353fs BA.5.1.10,BA.5,BA.5.2.8,BA.5.1.2 |
| intergenic | L1445L BA.5.1.2 |
| intergenic | L1643L BA.5.1.2 |
| intergenic | T1760I BA.5.1.2 |
| intergenic | C1847C BA.5,BA.5.1.2 |
| intergenic | Y1868Y BA.4,BA.5.1.24 |
| intergenic | D2101D BA.5.1.24,BA.5.1.2 |
| intergenic | T2183I BA.5.1.2 |
| ORF1a | T2197I / NSP3 |
| intergenic | T2197I BA.5.1.2 |
| intergenic | S2242F BA.5.2.34,BA.5.2.8,BA.5.1.2 |
| intergenic | C2445C BA.4.1.8,BA.5.1.2 |
| intergenic | N2523N BA.5.1.2 |
| ORF1a | G2842G / NSP4 |
| intergenic | G2842G BA.5.1.2 |
| intergenic | G2871G BA.5.1.2 |
| intergenic | L3027F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2 |
| intergenic | N3029N BA.5.1.2 |
| intergenic | V3053V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2 |
| intergenic | I3055I BA.5.1.2 |
| intergenic | T3090I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2 |
| intergenic | N3239N BA.5.1.2 |
| intergenic | T3255I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2 |
| intergenic | S3273S BA.5.1.2 |
| intergenic | N3291N BA.1.17,BA.4,BA.5.1.2 |
| intergenic | D3311D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2 |
| intergenic | K3351R BA.5.1.2 |
| intergenic | K3353R BA.2.12,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.1.24,BA.5 |
| intergenic | P3359S BA.5.1.10,BA.5.1.2 |
| intergenic | P3395H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2 |
| intergenic | L3535L BA.2.12,BA.5.1.24 |
| ORF1a | M3539I / NSP5 |
| intergenic | M3539I BA.5.1.2 |
| intergenic | F3568F BA.5.2.34,BA.5.1.24 |
| intergenic | A3615V BA.5.1.2 |
| intergenic | D3671D BA.5.1.2 |
| intergenic | T3672N BA.5.1.2 |
| intergenic | 3676del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2 |
| intergenic | F3677del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2 |
| intergenic | S3675del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2 |
| intergenic | D3897D BA.5.1.2 |
| intergenic | L3919F BA.5.1.2 |
| intergenic | D3936D BA.5.1.2 |
| intergenic | E3965E BA.4.1.8,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2 |
| intergenic | D4020D BA.5.1.2 |
| intergenic | T4083M BA.5.1.1,BA.5.1.2 |
| intergenic | Y4172Y BA.5.1.2 |
| intergenic | T4175I BA.2.86.1,BA.5.1.24,BA.5.1.2 |
| intergenic | I4205I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2 |
| intergenic | T4217I BA.5.1.2 |
| intergenic | L4284L BA.2.12,BA.4,BA.5.1.24,BA.5.2.3 |
| intergenic | A4396V BA.5.1.2 |
| intergenic | P4715L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2 |
| intergenic | D4769D BA.5.1.24,BA.5.1.2 |
| intergenic | N4992N BA.1.14,BA.1.17,BA.5.2.34,BA.5,BA.1.18,BA.5.1.2 |
| ORF1b | L5055L / NSP12 |
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| intergenic | D5130D BA.5.1.24,BA.5.1.2 |
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| intergenic | E31_S33del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2 |
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| intergenic | g.CGAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTG29733C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BA.5.1.2 |
| intergenic | g.C-25T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41 |
| intergenic | S135R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41 |
| ORF1a | L204L / NSP2 |
| intergenic | L204L BF.41 |
| intergenic | S443F BA.5.2.2,BF.41 |
| intergenic | L454L BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BF.41 |
| intergenic | T842I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41 |
| intergenic | F924F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41 |
| intergenic | S944L BF.41 |
| intergenic | N1094_G1095delinsR BF.41 |
| intergenic | P1158S BF.41 |
| intergenic | I1232I BF.41 |
| intergenic | G1307S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41 |
| intergenic | A1352A BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41 |
| intergenic | H1818Y BF.41 |
| intergenic | S2389L BF.41 |
| intergenic | Y2560Y BA.5,BF.41 |
| intergenic | L3027F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41 |
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| intergenic | T3090I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41 |
| intergenic | T3255I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41 |
| intergenic | D3311D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41 |
| intergenic | F3329F BF.41 |
| intergenic | P3371S BF.41 |
| intergenic | P3395H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41 |
| intergenic | L3591I BF.41 |
| intergenic | 3676del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41 |
| intergenic | F3677del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41 |
| intergenic | S3675del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41 |
| intergenic | E3965E BA.4.1.8,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41 |
| intergenic | I4205I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41 |
| intergenic | P4715L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41 |
| ORF1b | F4834fs / NSP12 |
| intergenic | F4834fs BF.41 |
| intergenic | L5150L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41 |
| intergenic | R5716C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41 |
| intergenic | F5958F BF.41 |
| intergenic | I5967V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41 |
| intergenic | Y5989Y BF.41 |
| intergenic | T6564I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41 |
| intergenic | E6597E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41 |
| intergenic | T19I BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BF.41 |
| intergenic | L24_A27delinsS BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41 |
| intergenic | H69del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41 |
| intergenic | V70del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41 |
| intergenic | G142D BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41 |
| intergenic | V213G BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41 |
| intergenic | G257V BF.41 |
| intergenic | G339D BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41 |
| intergenic | S371F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41 |
| intergenic | S373P BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41 |
| intergenic | ST375FA BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41 |
| intergenic | D405N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41 |
| intergenic | R408S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41 |
| intergenic | K417N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41 |
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| intergenic | E484A BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41 |
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| intergenic | N501Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41 |
| intergenic | Y505H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41 |
| intergenic | D614G BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41 |
| intergenic | H655Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41 |
| intergenic | N679K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41 |
| intergenic | P681H BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41 |
| intergenic | N764K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41 |
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| intergenic | H1101Y BF.41 |
| intergenic | D1146D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41 |
| intergenic | T64T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41 |
| intergenic | K192K BF.41 |
| intergenic | T223I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41 |
| intergenic | T9I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41 |
| intergenic | D3N BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BF.41 |
| intergenic | Q19E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41 |
| intergenic | A63T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41 |
| intergenic | T172T BA.5,BF.20,BF.41 |
| ORF6 | A12V BF.41 |
| intergenic | D61D BA.1.14,BA.1.17,BA.5.2.3,BF.41 |
| intergenic | L18L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41 |
| intergenic | A43V BF.41 |
| intergenic | g.C-5T BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41 |
| intergenic | V62L BF.41 |
| intergenic | g.A-3T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41 |
| intergenic | P13L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41 |
| intergenic | G19G BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.2.8,BF.20,BF.41 |
| intergenic | S21S BF.41 |
| intergenic | E31_S33del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41 |
| intergenic | S193T BF.41 |
| intergenic | RG203KR BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41 |
| intergenic | S413R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41 |
| intergenic | g.C-25T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9 |
| intergenic | g.CGTC-25_-22TGTT BF.9 |
| intergenic | V35V BF.9 |
| intergenic | G133G BF.9 |
| intergenic | S135R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9 |
| intergenic | V186V BA.2.12,BA.5.1.24,BA.5,BF.9 |
| intergenic | D264D BF.9 |
| intergenic | S302F BA.5.1.24,BF.9 |
| intergenic | L454L BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BF.41,BF.9 |
| intergenic | I473I BA.5.2.3,BF.9 |
| intergenic | I502V BF.9 |
| intergenic | A516V BF.9 |
| intergenic | M584V BA.5.2.3,BF.9 |
| intergenic | V606I BF.9 |
| intergenic | I616I BF.9 |
| ORF1a | P777L / NSP2 |
| intergenic | P777L BF.9 |
| intergenic | T842I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9 |
| intergenic | F924F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9 |
| ORF1a | T1001N / NSP3 |
| intergenic | T1001N BF.9 |
| intergenic | G1307S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9 |
| intergenic | E1340D BF.9 |
| intergenic | A1352A BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9 |
| intergenic | T1521I BF.9 |
| ORF1a | F1527L / NSP3 |
| intergenic | F1527L BF.9 |
| intergenic | T1543I BF.9 |
| intergenic | T1597I BF.9 |
| ORF1a | V1661V / NSP3 |
| intergenic | V1661V BF.9 |
| intergenic | T1665T BF.9 |
| intergenic | G1764S BF.9 |
| intergenic | Y1873Y BA.5.1.10,BF.9 |
| ORF1a | S2048Y / NSP3 |
| intergenic | S2048Y BF.9 |
| intergenic | G2091G BF.9 |
| intergenic | D2101D BA.5.1.24,BA.5.1.2,BF.9 |
| intergenic | S2103F BA.2.86.1,BF.9 |
| intergenic | S2193F BF.9 |
| intergenic | V2238V BA.5,BF.20,BF.9 |
| ORF1a | R2267K / NSP3 |
| intergenic | R2267K BF.9 |
| intergenic | G2322G BF.9 |
| intergenic | V2324F BF.9 |
| ORF1a | A2733A / NSP3 |
| intergenic | A2733A BF.9 |
| intergenic | S2803L BF.9 |
| intergenic | A2856V BF.9 |
| intergenic | R2985R BF.9 |
| intergenic | L3027F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9 |
| intergenic | V3053V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9 |
| intergenic | T3090I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9 |
| intergenic | F3100F BA.5.2.3,BF.9 |
| intergenic | T3255I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9 |
| intergenic | N3291N BA.1.17,BA.4,BA.5.1.2,BF.9 |
| intergenic | D3311D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9 |
| intergenic | P3395H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9 |
| ORF1a | Q3596H / NSP6 |
| intergenic | Q3596H BF.9 |
| intergenic | L3606F BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.2.8,BF.9 |
| intergenic | L3644F BF.9 |
| intergenic | 3676del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9 |
| intergenic | F3677del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9 |
| intergenic | S3675del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9 |
| ORF1a | V3708L / NSP6 |
| intergenic | V3708L BF.9 |
| intergenic | F3785F BF.9 |
| intergenic | Y3813Y BF.9 |
| intergenic | E3965E BA.4.1.8,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9 |
| intergenic | I4205I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9 |
| intergenic | D4317D BF.9 |
| intergenic | P4619L BF.9 |
| intergenic | T4638I BF.9 |
| intergenic | P4715L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9 |
| intergenic | D4769D BA.5.1.24,BA.5.1.2,BF.9 |
| intergenic | P4897P BF.9 |
| intergenic | L5150L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9 |
| intergenic | Y5276Y BF.9 |
| intergenic | A5342V BA.4,BF.9 |
| intergenic | A5532V BF.9 |
| intergenic | A5713V BF.9 |
| intergenic | R5716C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9 |
| intergenic | A5727S BF.9 |
| ORF1b | T5873A / NSP13 |
| intergenic | T5873A BF.9 |
| intergenic | I5967V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9 |
| intergenic | T6038I BF.9 |
| ORF1b | V6241F / NSP14 |
| intergenic | V6241F BF.9 |
| ORF1b | P6545P / NSP15 |
| intergenic | P6545P BF.9 |
| intergenic | T6564I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9 |
| intergenic | E6597E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9 |
| ORF1b | D6734Y / NSP15 |
| intergenic | D6734Y BF.9 |
| intergenic | S6740F BF.9 |
| intergenic | T19I BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BF.41,BF.9 |
| intergenic | L24_A27delinsS BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9 |
| intergenic | F55F BF.9 |
| intergenic | H69del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9 |
| intergenic | V70del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9 |
| intergenic | G142D BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9 |
| intergenic | H146H BA.2.12,BA.5.2.34,BF.9 |
| intergenic | N185S BF.9 |
| intergenic | V213G BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9 |
| intergenic | P272S BF.9 |
| intergenic | G339D BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9 |
| intergenic | S371F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9 |
| intergenic | S373P BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9 |
| intergenic | ST375FA BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9 |
| intergenic | D405N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9 |
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| intergenic | K417N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9 |
| intergenic | N440K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9 |
| intergenic | L452R BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9 |
| intergenic | ST477NK BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9 |
| intergenic | E484A BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9 |
| intergenic | F486V BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9 |
| intergenic | N501Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9 |
| intergenic | Y505H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9 |
| intergenic | D614G BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9 |
| intergenic | L629L BA.5.1.24,BF.9 |
| S | L629L BA.5.1.24,BA.5.5,BF.9 |
| intergenic | H655Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9 |
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| N | H145L BF.9 |
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| intergenic | A5660T BA.5.1.1,BA.4.1 |
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| intergenic | I5967V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1 |
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| intergenic | T842I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30 |
| intergenic | S918S BA.5.1.30 |
| intergenic | F924F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30 |
| intergenic | E939G BA.5.1.30 |
| ORF1a | T945N / NSP3 |
| intergenic | T945N BA.5.1.30 |
| intergenic | G1070V BA.5.1.30 |
| intergenic | A1082V BA.5.1.30 |
| intergenic | T1168I BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.30 |
| intergenic | G1307S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30 |
| intergenic | A1352A BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30 |
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| intergenic | T3090I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30 |
| intergenic | S3099L BA.2.12,BA.5.2.34,BA.5.1.30 |
| intergenic | V3107I BA.5.1.30 |
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| intergenic | M3129L BA.5.1.30 |
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| ORF1a | A3230S / NSP4 |
| intergenic | A3230S BA.5.1.30 |
| intergenic | T3255I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30 |
| intergenic | D3311D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30 |
| intergenic | P3395H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30 |
| intergenic | G3578S BA.5.1.30 |
| intergenic | L3606F BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.2.8,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30 |
| intergenic | 3676del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30 |
| intergenic | F3677del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30 |
| intergenic | S3675del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30 |
| intergenic | I3738I BA.5.2.8,BA.5.1.30 |
| intergenic | F3769F BA.5.1.30 |
| intergenic | I3853I BA.5.1.10,BA.5.1.1,BA.5.1.30 |
| intergenic | L3899L BA.5.1.30 |
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| ORF1a | S3950T / NSP8 |
| intergenic | S3950T BA.5.1.30 |
| intergenic | E3965E BA.4.1.8,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30 |
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| intergenic | T4302N BA.5.1.30 |
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| intergenic | R4387R BA.4,BA.5.1.30 |
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| intergenic | A4577V BA.5.1.30 |
| intergenic | P4715L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30 |
| intergenic | T4736I BA.5.1.30 |
| intergenic | G4878G BA.5.1.30 |
| intergenic | G5063S BA.5.1.1,BA.5.1.30 |
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| intergenic | A5692V BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.3,BA.5.1.30 |
| intergenic | R5716C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30 |
| intergenic | L5762L BA.5.1.10,BA.5.1.30 |
| intergenic | N5883N BA.5.1.30 |
| intergenic | L5932L BA.5.2.34,BA.5.1.30 |
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| intergenic | I5967V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30 |
| intergenic | G5969G BA.5.1.30 |
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| intergenic | L6420L BA.5,BA.5.1.30 |
| intergenic | T6564I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30 |
| intergenic | D6584D BA.5.1.30 |
| intergenic | E6597E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30 |
| ORF1b | S6659S / NSP15 |
| intergenic | S6659S BA.5.1.30 |
| intergenic | A6707S BA.5.1.30 |
| ORF1b | A6808T / NSP16 |
| intergenic | A6808T BA.5.1.30 |
| intergenic | N7084N BA.5.1.30 |
| intergenic | T19I BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30 |
| intergenic | L24_A27delinsS BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30 |
| intergenic | F58F BA.5.1.30 |
| intergenic | H69del BA.5.1.30 |
| intergenic | I68_H69del BA.5.1.30 |
| intergenic | V70del BA.5.1.30 |
| intergenic | P82T BA.5.1.30 |
| S | P82T BA.5.1.30 |
| intergenic | G142D BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30 |
| intergenic | G142_Y144delinsDV BA.2.86.1,BA.5.2.34,BA.4.1,BA.5.1.30 |
| intergenic | L176F BA.5.1.30 |
| intergenic | V213G BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30 |
| intergenic | L276L BA.5.1.30 |
| intergenic | L296L BA.5.2.2,BA.5,BA.5.1.30 |
| intergenic | T307S BA.5.1.30 |
| intergenic | G339D BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30 |
| intergenic | S371F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30 |
| intergenic | S373P BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30 |
| intergenic | ST375FA BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30 |
| intergenic | D405N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30 |
| intergenic | R408S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30 |
| intergenic | K417N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30 |
| intergenic | N440K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30 |
| intergenic | L452R BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30 |
| intergenic | ST477NK BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30 |
| intergenic | E484A BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.5.1.30 |
| intergenic | F486V BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30 |
| intergenic | N501Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30 |
| intergenic | Y505H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30 |
| intergenic | D614G BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30 |
| intergenic | H655Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30 |
| intergenic | N679K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30 |
| intergenic | P681H BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30 |
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| S | S758I BA.5.1.30 |
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| intergenic | Q954H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30 |
| intergenic | N969K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30 |
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| S | N1134N BA.5.1.30 |
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| ORF3a | L94P BA.5.1.30 |
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| intergenic | D3N BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BF.41,BF.9,BA.5.1.30 |
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| intergenic | F53F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.4.1,BA.5.1.30 |
| intergenic | A63T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30 |
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| intergenic | g.C-5T BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.5.1.30 |
| intergenic | V33F BA.5.1.30 |
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| intergenic | S67F BA.5.1.10,BA.5.1.30 |
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| ORF8 | H112H BA.2.3,BA.5.1.30 |
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| intergenic | I121I BA.5.1.30 |
| intergenic | g.A-3T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30 |
| intergenic | P13L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30 |
| intergenic | E31_S33del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30 |
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| intergenic | L56L BA.4.1,BA.5.1.30 |
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| N | K65E BA.5.1.30 |
| intergenic | D128D BA.5.1.2,BA.5.1.30 |
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| N | Q289Q BA.5.1.24,BA.5.1.30 |
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| intergenic | g.A-11T BA.5.1.30 |
| intergenic | L37F BA.5.1.10,BA.5.1.24,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.1.2,BA.5.1.30 |
| intergenic | g.CGAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTG29733C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BA.5.1.2,BF.9,BA.5.1.30 |
| intergenic | g.C-25T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8 |
| intergenic | G49D BA.5.1.24,BA.5,BA.5.2.8,BQ.1.1.8 |
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| intergenic | G82_V86del BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5,BA.5.1.1,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8 |
| intergenic | M85del BA.2.12,BA.5,BA.5.1.1,BA.4.1,BQ.1.1.8 |
| intergenic | S135R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8 |
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| intergenic | T265A BQ.1.1.8 |
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| intergenic | I368V BQ.1.1.8 |
| intergenic | H374Y BQ.1.1.8 |
| intergenic | V459V BA.5.2.8,BQ.1.1.8 |
| intergenic | D466D BQ.1.1.8 |
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| intergenic | L590S BQ.1.1.8 |
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| intergenic | G638G BQ.1.1.8 |
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| intergenic | L897L BQ.1.1.8 |
| intergenic | F924F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8 |
| intergenic | L969F BQ.1.1.8 |
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| intergenic | V3053V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8 |
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| intergenic | T3255I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8 |
| intergenic | D3311D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8 |
| intergenic | P3395H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8 |
| intergenic | T3432T BQ.1.1.8 |
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| intergenic | S3570S BQ.1.1.8 |
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| intergenic | L4862L BA.5.2.20 |
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| intergenic | I5967V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20 |
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| intergenic | R102R BF.28 |
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| intergenic | R190R BF.28 |
| S | R190R BF.28 |
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| S | S161S CH.1.1.28 |
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| S | P337P BF.26 |
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| intergenic | D3311D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13 |
| intergenic | A3357A BA.4,BQ.1.13 |
| intergenic | P3395H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13 |
| intergenic | A3497V BQ.1.13 |
| intergenic | L3606F BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.2.8,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,DV.7.1,BA.5.2.20,BE.1.1,BF.26,BQ.1.13 |
| intergenic | L3644F BF.9,BQ.1.13 |
| intergenic | 3676del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13 |
| intergenic | F3677del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13 |
| intergenic | S3675del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13 |
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| intergenic | L3840L BQ.1.13 |
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| ORF1a | I4114V / NSP8 |
| intergenic | I4114V BQ.1.13 |
| intergenic | I4205I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13 |
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| intergenic | A4324A BQ.1.13 |
| intergenic | D4335N BQ.1.13 |
| intergenic | Y4665H BQ.1.1.8,BQ.1.13 |
| intergenic | P4715L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13 |
| intergenic | A4972A BA.4,BQ.1.13 |
| intergenic | H5117H BA.4.1,BQ.1.13 |
| intergenic | L5150L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13 |
| ORF1b | C5191C / NSP12 |
| intergenic | C5191C BQ.1.13 |
| intergenic | M5557I BQ.1.1.8,BE.1.1,BQ.1.13 |
| intergenic | N5592S BQ.1.1.8,BQ.1.13 |
| intergenic | L5619L BQ.1.13 |
| intergenic | R5716C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13 |
| intergenic | I5967V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13 |
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| intergenic | P6164P BQ.1.13 |
| intergenic | H6298Y BQ.1.13 |
| ORF1b | S6299S / NSP14 |
| intergenic | S6299S BQ.1.1.8,BQ.1.13 |
| intergenic | F6302F BQ.1.13 |
| intergenic | V6314V BA.4,BQ.1.13 |
| intergenic | L6418F BQ.1.13 |
| intergenic | E6508E BQ.1.13 |
| intergenic | V6529V BQ.1.13 |
| intergenic | Y6540Y BQ.1.13 |
| intergenic | T6564I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13 |
| intergenic | E6597E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13 |
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| intergenic | I6674I BQ.1.13 |
| ORF1b | W6784L / NSP15 |
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| ORF1b | V6842V / NSP16 |
| intergenic | V6842V BQ.1.13 |
| intergenic | N6853N BQ.1.13 |
| intergenic | L6961F BQ.1.13 |
| intergenic | T19I BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13 |
| intergenic | L24_A27delinsS BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13 |
| intergenic | L48L BQ.1.13 |
| intergenic | F58F BA.5.1.30,BQ.1.13 |
| intergenic | H69del BQ.1.13 |
| intergenic | I68_V70delinsT BQ.1.13 |
| intergenic | V70del BQ.1.13 |
| intergenic | G72R BQ.1.13 |
| intergenic | G142D BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13 |
| intergenic | G142_Y144delinsDV BA.2.86.1,BA.5.2.34,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,BF.28,BF.26,BQ.1.13 |
| intergenic | P174S BQ.1.13 |
| intergenic | N211_V213delinsIG BA.2.86.1,BQ.1.13 |
| intergenic | V213G BQ.1.13 |
| intergenic | S255F BA.5,BQ.1.1.8,BE.1.1,BQ.1.13 |
| intergenic | G339D BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,BF.26,BQ.1.13 |
| intergenic | R346T BA.4.1.8,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13 |
| intergenic | S371F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13 |
| intergenic | S373P BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13 |
| intergenic | ST375FA BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13 |
| intergenic | D405N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13 |
| intergenic | R408S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13 |
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| intergenic | N501Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13 |
| intergenic | Y505H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13 |
| intergenic | D614G BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13 |
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| intergenic | N764K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13 |
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| S | I1232F BQ.1.13 |
| intergenic | C1235F BQ.1.13 |
| intergenic | P36P BQ.1.13 |
| intergenic | T64T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13 |
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| intergenic | T9I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13 |
| intergenic | D3N BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BF.41,BF.9,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,BF.26,BQ.1.13 |
| intergenic | Q19E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13 |
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| intergenic | L18L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13 |
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| intergenic | I121fs BQ.1.13 |
| intergenic | g.A-3T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13 |
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| intergenic | S413R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13 |
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| intergenic | ST375FA BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10 |
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| S | L1063L BF.10 |
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| intergenic | g.CGAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTG29733C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BA.5.1.2,BF.9,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,DV.7.1.2,BF.10 |
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| intergenic | g.C-25T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5 |
| ORF1a | A76V / NSP1 |
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| intergenic | G82_M85delinsV BA.5,BA.5.1.1,BA.5.1.30,BE.1.1,BA.5.5 |
| intergenic | G82_V86del BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5,BA.5.1.1,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,BE.1.1,BF.26,BQ.1.13,BF.10,BA.5.5 |
| intergenic | S135R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5 |
| intergenic | L140L CH.1.1.28,BQ.1.13,BA.5.5 |
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| intergenic | F924F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5 |
| intergenic | A1049V BA.4.1.8,BQ.1.1.8,BA.5.5 |
| intergenic | N1059N BA.4.1,BQ.1.13,BA.5.5 |
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| intergenic | N1080S BA.5.5 |
| intergenic | G1125C BA.5.5 |
| ORF1a | H1160H / NSP3 |
| intergenic | H1160H BA.5.5 |
| intergenic | I1232I BF.41,BA.5.5 |
| intergenic | D1273D BA.5,BQ.1.1.8,BA.5.5 |
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| intergenic | L3027F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5 |
| intergenic | V3053V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5 |
| intergenic | I3055I BA.5.1.2,BA.4.1,BQ.1.1.8,DV.7.1,DV.7.1.2,BA.5.5 |
| intergenic | T3090I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5 |
| intergenic | F3153F BA.5.5 |
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| intergenic | T3255I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5 |
| intergenic | D3311D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5 |
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| intergenic | D3479D BA.5.2.8,BA.5.5 |
| intergenic | R3542C BA.5.2.20,BA.5.5 |
| intergenic | L3606F BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.2.8,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,DV.7.1,BA.5.2.20,BE.1.1,BF.26,BQ.1.13,BA.1.15,BF.10,BA.5.5 |
| intergenic | A3615V BA.5.1.2,BF.26,BA.5.5 |
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| intergenic | L3644F BF.9,BQ.1.13,BA.5.5 |
| intergenic | A3648V BA.5.2.20,BA.5.5 |
| intergenic | 3676del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5 |
| intergenic | F3677del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5 |
| intergenic | S3675del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5 |
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| intergenic | L3828L BA.5,DV.7.1,BA.5.5 |
| intergenic | L3829F BA.5.1.24,BQ.1.1.8,DV.7.1,BE.1.1,BQ.1.13,BA.5.5 |
| intergenic | K3839K BA.4.1,BA.5.2.20,BA.5.5 |
| intergenic | E3965E BA.4.1.8,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,BF.26,BQ.1.13,BF.10,BA.5.5 |
| intergenic | G4178S BA.5.5 |
| intergenic | I4205I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5 |
| intergenic | A4248A BA.5.5 |
| intergenic | T4249I BQ.1.13,BA.5.5 |
| intergenic | N4358N BA.2.86.1,BF.26,BA.5.5 |
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| intergenic | T4443I BA.5.5 |
| intergenic | R4447R BA.5.1.24,BA.5.5 |
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| intergenic | P4486L BA.5.2.34,BF.26,BA.5.5 |
| ORF1b | P4504P / NSP12 |
| intergenic | P4504P BA.5.5 |
| intergenic | F4584F CH.1.1.28,BA.5.5 |
| intergenic | T4638I BF.9,BA.5.5 |
| ORF1b | V4707G / NSP12 |
| intergenic | V4707G BA.5.5 |
| intergenic | P4715L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5 |
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| intergenic | L4779L BA.4,BE.1.1,BA.5.5 |
| intergenic | N4795N BA.5.2.20,DV.7.1.2,BA.5.5 |
| intergenic | N4851N BA.5.1.10,BA.5.5 |
| intergenic | D4915D BA.2.12,BA.5.5 |
| intergenic | A4921V BA.5.2.3,DV.7.1,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5 |
| intergenic | N4992N BA.1.14,BA.1.17,BA.5.2.34,BA.5,BA.1.18,BA.5.1.2,BA.4.1,BA.5.2.20,BA.1.15,BA.5.5 |
| ORF1b | V5067I / NSP12 |
| intergenic | V5067I BA.5.5 |
| intergenic | F5086Y BA.2.12,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5,BA.4.1,BQ.1.1.8,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,BF.26,BF.10,BA.5.5 |
| intergenic | L5150L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5 |
| intergenic | S5170S BA.5.5 |
| intergenic | V5481L BF.28,BA.5.5 |
| intergenic | G5530C BA.5.5 |
| intergenic | Y5541Y BA.2.12,BA.1.17,BA.4,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.2,BA.5.1.30,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,BF.26,BF.10,BA.5.5 |
| ORF1b | V5545F / NSP13 |
| intergenic | V5545F BA.5.5 |
| intergenic | A5636A BF.10,BA.5.5 |
| intergenic | E5665D BA.5.5 |
| intergenic | E5689D BE.1.1,BA.5.5 |
| intergenic | R5716C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,BF.10,BA.5.5 |
| intergenic | P5726P BA.5,BA.5.5 |
| intergenic | H5806H BA.5.5 |
| intergenic | T5941I BA.5.5 |
| intergenic | I5967V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5 |
| intergenic | D6097D BA.2.12,BA.5.2.20,BA.5.5 |
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| ORF1b | I6322I / NSP14 |
| intergenic | I6322I BA.5.5 |
| intergenic | Y6436Y BA.5.5 |
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| intergenic | Q19E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5 |
| intergenic | N41N BF.9,BA.5.5 |
| intergenic | A63T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5 |
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| intergenic | L18L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5 |
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| intergenic | P13L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BA.5.5 |
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| intergenic | g.A29700G BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.2,BQ.1.1.8,BE.1.1,BQ.1.13,BF.10,BA.5.5 |
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| intergenic | A1352A BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2 |
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| intergenic | T3255I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2 |
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| intergenic | N3494N BA.4.1,CK.2 |
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| intergenic | F3677del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2 |
| intergenic | S3675del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2 |
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| intergenic | P4715L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2 |
| intergenic | L5150L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2 |
| intergenic | T5451N BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5.2.8,BA.5.2.20,CK.2 |
| intergenic | R5716C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,BF.10,BA.5.5,CK.2 |
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| intergenic | S3675del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1 |
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| intergenic | L18L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1 |
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| intergenic | g.A-3T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1 |
| intergenic | N8N BF.10,EG.10.1 |
| intergenic | P13L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BA.5.5,CK.2,EG.10.1 |
| intergenic | E31_S33del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BF.28,BE.1.1,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1 |
| intergenic | P42P EG.10.1 |
| intergenic | RG203KR BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,DV.7.1,BA.5.2.20,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1 |
| intergenic | Y298Y BA.1.17,BE.1.1,EG.10.1 |
| intergenic | S413R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1 |
| intergenic | N25N EG.10.1 |
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| intergenic | M85I BA.4.6 |
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| intergenic | I114T BA.4.6 |
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| intergenic | K141_F143del BA.4.1.8,BA.2.12,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BA.5.1.2,BA.4.1,BA.5.1.30,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,BA.4.6 |
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| intergenic | F924F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6 |
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| intergenic | T1881I BA.4.6 |
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| intergenic | L3027F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6 |
| intergenic | V3053V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6 |
| intergenic | T3090I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6 |
| ORF1a | T3090S / NSP4 |
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| intergenic | L3238L BA.5.2.20,BF.26,BQ.1.13,BA.4.6 |
| intergenic | T3255I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6 |
| intergenic | D3311D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6 |
| intergenic | R3368R BA.5.1.10,BA.4,BA.5.1.1,BA.4.1,BA.5.2.20,BE.1.1,BA.4.6 |
| intergenic | P3395H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6 |
| ORF1a | L3440L / NSP5 |
| intergenic | L3440L BA.4.6 |
| intergenic | F3568F BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.4.6 |
| intergenic | L3583L BA.4.6 |
| intergenic | L3606F BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.2.8,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,DV.7.1,BA.5.2.20,BE.1.1,BF.26,BQ.1.13,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,BA.4.6 |
| intergenic | I3663V BA.4.6 |
| intergenic | 3676del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6 |
| intergenic | F3677del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6 |
| intergenic | S3675del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6 |
| intergenic | Y3744Y BA.5.1.24,BA.4.6 |
| intergenic | L3829F BA.5.1.24,BQ.1.1.8,DV.7.1,BE.1.1,BQ.1.13,BA.5.5,BA.4.6 |
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| intergenic | E3965E BA.4.1.8,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,BF.26,BQ.1.13,BF.10,BA.5.5,CK.2,BA.4.6 |
| intergenic | L4070L BA.2.12,BQ.1.1.8,DV.7.1,BE.1.1,BA.4.6 |
| intergenic | T4161I BF.26,BA.4.6 |
| intergenic | A4168A BA.5.1.30,BA.4.6 |
| intergenic | L4169L BA.4.6 |
| intergenic | I4205I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6 |
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| intergenic | D3311D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3 |
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| intergenic | 3676del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3 |
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| intergenic | E3965E BA.4.1.8,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,BF.26,BQ.1.13,BF.10,BA.5.5,CK.2,BA.4.6,BQ.1.2.3 |
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| intergenic | N4795N BA.5.2.20,DV.7.1.2,BA.5.5,BQ.1.2.3 |
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| intergenic | M5557I BQ.1.1.8,BE.1.1,BQ.1.13,BQ.1.2.3 |
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| intergenic | T5691T BQ.1.2.3 |
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| intergenic | A63T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3 |
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| intergenic | T891I BA.2.12,BA.5.1.24,BQ.1.2.3,FL.1.5 |
| intergenic | F924F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5 |
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| intergenic | P3395H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5 |
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| intergenic | S3675del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5 |
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| intergenic | E6597E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5 |
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| intergenic | R346T BA.4.1.8,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5 |
| intergenic | L368I EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5 |
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| intergenic | P3395H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7 |
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| intergenic | S3675del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7 |
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| intergenic | S3675del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3 |
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| intergenic | L368I EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3 |
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| N | G236V XBB.1.5.15,FL.2.3 |
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| intergenic | A2856V BF.9,EG.5.1 |
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| intergenic | N4795N BA.5.2.20,DV.7.1.2,BA.5.5,BQ.1.2.3,EG.5.1 |
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| intergenic | E5136E EG.5.1 |
| intergenic | L5150L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1 |
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| ORF1b | V5571V / NSP13 |
| intergenic | A5636A BF.10,BA.5.5,EG.5.1 |
| intergenic | R5716C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1 |
| intergenic | A5727V BA.4.1.8,EG.5.1.8 |
| intergenic | K5784R FL.2.3,EG.5.1 |
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| intergenic | I5889I EG.5.1 |
| intergenic | H5951Y DV.7.1,EG.5.1.3 |
| intergenic | I5967V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1 |
| intergenic | T6028T BA.5.2.2,BE.1.1,EG.5.1.3 |
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| S | A288S EG.5.1 |
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| intergenic | N969K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1 |
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| intergenic | N38N EU.1.1 |
| intergenic | g.C-1T EU.1.1 |
| intergenic | G8X EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1 |
| intergenic | A51V BA.5.1.2,EU.1.1 |
| intergenic | V62V BA.5.2.20,BE.1.1,EG.5.1.4,EU.1.1 |
| intergenic | R115C EU.1.1 |
| intergenic | F120F BA.5.1.2,BF.26,FL.1.5,EU.1.1 |
| intergenic | g.A-3T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1 |
| intergenic | P13F BA.5.1.10,BF.10,EU.1.1 |
| intergenic | P13L BA.5.1.10,EU.1.1 |
| intergenic | E31_S33del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BF.28,BE.1.1,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1 |
| intergenic | G60G EU.1.1 |
| intergenic | L159L EU.1.1 |
| intergenic | A173V BA.5.2.20,BA.4.6,EG.7,EG.5.1.4,EU.1.1 |
| intergenic | G178D EU.1.1 |
| intergenic | RG203KR BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,DV.7.1,BA.5.2.20,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1 |
| intergenic | A267V EU.1.1 |
| intergenic | T271I BA.5.1.10,EU.1.1 |
| intergenic | S310G EU.1.1 |
| intergenic | S413R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1 |
| intergenic | P10P EU.1.1 |
| intergenic | g.CGAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTG29733C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BA.5.1.2,BF.9,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,DV.7.1.2,BF.10,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EU.1.1 |
| intergenic | g.T29793A DV.7.1,EU.1.1 |
| intergenic | g.C-25T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14 |
| intergenic | K47R DV.7.1,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14 |
| intergenic | S135R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14 |
| ORF1a | N348D / NSP2 |
| intergenic | N348D FL.14 |
| intergenic | G392G FL.14 |
| intergenic | I396V FL.14 |
| intergenic | S531N FL.14 |
| intergenic | A591V BA.5.1.10,BA.5.1.2,FL.14 |
| ORF1a | K636N / NSP2 |
| intergenic | K636N FL.14 |
| intergenic | T842I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14 |
| intergenic | F924F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14 |
| ORF1a | N1076S / NSP3 |
| intergenic | N1076S FL.14 |
| intergenic | G1307S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14 |
| intergenic | A1352A BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14 |
| ORF1a | R1703R / NSP3 |
| intergenic | R1703R BQ.1.2.3,FL.14 |
| intergenic | G1819S DV.7.1,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.14 |
| intergenic | L2062F BA.5.1.10,BF.26,FL.2.3,FL.14 |
| intergenic | C2160Y FL.14 |
| intergenic | L3027F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14 |
| intergenic | V3053V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14 |
| intergenic | T3090I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14 |
| intergenic | L3201F BA.2.12,DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14 |
| intergenic | T3255I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14 |
| intergenic | D3311D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14 |
| intergenic | P3395H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14 |
| intergenic | 3676del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14 |
| intergenic | F3677del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14 |
| intergenic | S3675del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14 |
| intergenic | D3897D BA.5.1.2,BQ.1.1.8,FL.1.5,FL.2.3,EU.1.1,FL.14 |
| intergenic | T4175I BA.2.86.1,BA.5.1.24,BA.5.1.2,DV.7.1,BA.5.2.20,BE.1.1,BF.26,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,FL.14 |
| intergenic | I4205I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14 |
| ORF1a | C4343C / NSP10 |
| intergenic | C4343C FL.14 |
| intergenic | Y4424Y FL.1.5,FL.14 |
| intergenic | P4715L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14 |
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| intergenic | S373P BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14 |
| intergenic | ST375FA BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14 |
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| intergenic | F486P BA.2.86.1,EG.10.1,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14 |
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| S | V534I FL.14 |
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| intergenic | L86L BA.5.1.2,FL.1.5.2 |
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| intergenic | D3311D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1 |
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| intergenic | F3603F BA.5.1.10,FL.2.3,EU.1.1,FK.1.1 |
| intergenic | L3606F BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.2.8,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,DV.7.1,BA.5.2.20,BE.1.1,BF.26,BQ.1.13,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,FK.1.1 |
| intergenic | 3676del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1 |
| intergenic | F3677del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1 |
| intergenic | S3675del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1 |
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| intergenic | L5150L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1 |
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| intergenic | R5716C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1 |
| intergenic | D5725D BA.5.2.8,FK.1.1 |
| intergenic | T5805M BA.5,FK.1.1 |
| intergenic | T5941I BA.5.5,FK.1.1 |
| ORF1b | G5942R / NSP14 |
| intergenic | G5942R FK.1.1 |
| intergenic | I5967V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.1.5.2,FK.1.1 |
| intergenic | V6026I FK.1.1 |
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| intergenic | V6107I DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.5.1,FK.1.1 |
| intergenic | T6131T BA.2.12,DV.7.1,EG.5.1.8,FK.1.1 |
| intergenic | V6188V BA.1.14,EG.5.1,FK.1.1 |
| intergenic | P6222S FK.1.1 |
| ORF1b | L6254I / NSP14 |
| intergenic | L6254I FK.1.1 |
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| intergenic | S373P BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1 |
| intergenic | ST375FA BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1 |
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| intergenic | N440K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1 |
| intergenic | K444T BQ.1.1.8,DV.7.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BQ.1.2.3,FK.1.1 |
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| intergenic | L452R BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,BA.4.6,BQ.1.2.3,FK.1.1 |
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| intergenic | ST477NK BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1 |
| intergenic | E484A BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1 |
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| intergenic | QD613HG FK.1.1 |
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| intergenic | H655Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1 |
| intergenic | N679K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1 |
| intergenic | P681H BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FK.1.1 |
| intergenic | N764K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1 |
| intergenic | A892V FK.1.1 |
| intergenic | G910G FK.1.1 |
| intergenic | Q954H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1 |
| intergenic | N969K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1 |
| intergenic | D1146D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1 |
| intergenic | A1190A FK.1.1 |
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| intergenic | 9 FK.1.1 |
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| intergenic | T9I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1 |
| intergenic | T11A DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1 |
| intergenic | g.-4delA FK.1.1 |
| intergenic | Q19E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1 |
| intergenic | L27L FK.1.1 |
| intergenic | L35L BA.5.2.2,BA.5.1.10,BF.20,BA.5.1.2,FK.1.1 |
| intergenic | A63T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1 |
| intergenic | F112F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.4,BA.4.1,DV.7.1,BA.5.2.20,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1 |
| intergenic | Y179Y BA.5.2.2,BA.5,BA.5.2.20,BF.26,FK.1.1 |
| intergenic | S212G FK.1.1 |
| intergenic | L16L BA.5.1.1,BA.5.1.2,FK.1.1 |
| intergenic | R20R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.4,BA.1.18,BA.4.1,DV.7.1,CH.1.1.28,BA.1.15,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1 |
| intergenic | D61L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.4,BA.4.1,DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1 |
| intergenic | K72N FK.1.1 |
| ORF7a | K72N FK.1.1 |
| intergenic | 19 EG.5.1.4,FK.1.1 |
| intergenic | g.A-3T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1 |
| intergenic | P13L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1 |
| intergenic | R32_G34del FK.1.1 |
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| intergenic | A134A BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.2.3,BA.5.2.8,BA.5.1.2,BA.4.1,BA.5.1.30,BA.5.2.20,BF.28,BA.1.15,FK.1.1 |
| intergenic | R191R FK.1.1 |
| intergenic | RG203KR BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,DV.7.1,BA.5.2.20,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1 |
| intergenic | D341G FK.1.1 |
| intergenic | S413R BA.5.1.24,FK.1.1 |
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| intergenic | g.CGAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTG29733C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BA.5.1.2,BF.9,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,DV.7.1.2,BF.10,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1 |
| intergenic | g.T-167C EG.6.1 |
| intergenic | g.C-63T BA.5.1.10,BA.4,EG.10.1,FL.1.5,EG.6.1 |
| intergenic | g.C-25T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1 |
| intergenic | K47R DV.7.1,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1 |
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| intergenic | K141_F143del BA.4.1.8,BA.2.12,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BA.5.1.2,BA.4.1,BA.5.1.30,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,BA.4.6,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.6.1 |
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| intergenic | A405A EG.6.1 |
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| intergenic | I567V EG.6.1 |
| intergenic | L570L BA.5,BA.4.6,EG.5.1.3,EG.6.1 |
| intergenic | L580F BA.4,BA.5.1.24,EG.6.1 |
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| intergenic | L681F BA.2.12,BQ.1.13,EG.6.1 |
| intergenic | A690V DV.7.1,BA.5.2.20,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,EG.5.1.4,EG.5.1,EG.6.1 |
| intergenic | T711T BA.2.12,EG.6.1 |
| intergenic | N810N BA.5.2.20,EG.6.1 |
| intergenic | T842I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1 |
| ORF1a | G865D / NSP3 |
| intergenic | P892S EG.5.1.3,EG.6.1 |
| intergenic | L897L EG.6.1 |
| intergenic | F924F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1 |
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| intergenic | 3676del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1 |
| intergenic | F3677del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1 |
| intergenic | S3675del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1 |
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| intergenic | I4205I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1 |
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| intergenic | P4715L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1 |
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| intergenic | L5150L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1 |
| intergenic | F5158F BA.1.14,BA.4,BQ.1.1.8,BF.26,BA.1.15,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1 |
| intergenic | D5225D BA.5.1.24,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1 |
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| intergenic | S5360P BA.5.1.24,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1 |
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| intergenic | D5584G EG.6.1 |
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| intergenic | V5834V BA.5.2.20,FL.14,EG.6.1 |
| intergenic | Y5865Y EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1 |
| intergenic | I5967V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1 |
| intergenic | D6069D BA.2.12,BA.4.1,EG.6.1 |
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| intergenic | K417N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1 |
| intergenic | N440K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1 |
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| S | C743C EG.6.1 |
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| S | R1107M FL.10.1 |
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| intergenic | F5158F BA.1.14,BA.4,BQ.1.1.8,BF.26,BA.1.15,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1 |
| intergenic | D5225D BA.5.1.24,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1 |
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| intergenic | S5360P BA.5.1.24,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1 |
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| intergenic | L5905F EG.5.1.4,FD.1.1 |
| intergenic | T5956I BA.5.2.2,BA.5,FD.1.1 |
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| intergenic | V6241I EG.5.1,FD.1.1 |
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| intergenic | N6259N FD.1.1 |
| intergenic | L6308L BA.2.12,BQ.1.1.8,EG.5.2.1,FL.1.5,FD.1.1 |
| intergenic | DRYP6315EGCH BA.2.12,BA.5,BA.4.1,BA.5.2.20,BF.26,BA.4.6,FD.1.1 |
| intergenic | P6354P EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1 |
| intergenic | G6406S FD.1.1 |
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| intergenic | T6500T FD.1.1 |
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| intergenic | A69S FD.1.1 |
| M | A69S FD.1.1 |
| intergenic | F112F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.4,BA.4.1,DV.7.1,BA.5.2.20,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1 |
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| intergenic | D61L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.4,BA.4.1,DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1 |
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| intergenic | S60_V74del FD.1.1 |
| ORF7a | S60_V74del FD.1.1 |
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| ORF7a | Q94N FD.1.1 |
| intergenic | P99L BA.5.1.30,FD.1.1 |
| intergenic | E3X FD.1.1 |
| intergenic | X122SextX? FD.1.1 |
| ORF7b | g.GATTG-136_-132CATTT FD.1.1 |
| intergenic | L18L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1 |
| intergenic | g.A-6T FD.1.1 |
| intergenic | G8X EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1 |
| intergenic | V32A FD.1.1 |
| intergenic | P85S FD.1.1 |
| intergenic | C102R EG.5.1.3,FD.1.1 |
| ORF8 | C102R FD.1.1 |
| intergenic | g.A-3T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1 |
| intergenic | P13L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FD.1.1 |
| intergenic | E31_S33del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BF.28,BE.1.1,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1 |
| intergenic | R40R FD.1.1 |
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| intergenic | S190G FD.1.1 |
| intergenic | RG203KR BA.1.14,BA.5.1.10,BA.5.1.24,BA.1.18,BQ.1.1.8,BF.28,BE.1.1,EG.5.1.9,EG.5.1.4,FD.1.1 |
| intergenic | RGT203KRI FD.1.1 |
| intergenic | Q240Q FD.1.1 |
| N | Q240Q FD.1.1 |
| intergenic | A254A FD.1.1 |
| intergenic | D377D FD.1.1 |
| intergenic | S413R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1 |
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| intergenic | g.GAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTGTAC29734TAT BA.5.2.3,BA.4.1,BA.5.2.20,BQ.1.13,EG.5.1.8,EG.5.1.3,EG.5.1.4,EG.5.1,FD.1.1 |
| intergenic | g.G-56T BA.5.6 |
| intergenic | g.C-25T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6 |
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| intergenic | K141_F143del BA.4.1.8,BA.2.12,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BA.5.1.2,BA.4.1,BA.5.1.30,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,BA.4.6,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6 |
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| intergenic | T861I BA.5.6 |
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| intergenic | D1184D BE.1.1,BA.5.6 |
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| ORF1a | Y1285Y / NSP3 |
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| intergenic | P1321P BA.5.6 |
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| intergenic | N1749N BA.5.2.2,BF.28,BF.10,BA.5.5,EG.5.1,FD.1.1,BA.5.6 |
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| intergenic | V3053V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6 |
| intergenic | T3090I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6 |
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| intergenic | T3255I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6 |
| intergenic | T3308T BA.5.6 |
| intergenic | D3311D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6 |
| intergenic | P3395H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6 |
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| intergenic | L3636L BA.5.1.24,BA.4.1,BA.5.5,BA.5.6 |
| intergenic | 3676del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6 |
| intergenic | F3677del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6 |
| intergenic | S3675del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6 |
| ORF1a | V3747L / NSP6 |
| intergenic | V3747L BA.5.6 |
| intergenic | F3769F BA.5.1.30,BF.26,FD.1.1,BA.5.6 |
| ORF1a | L3872L / NSP7 |
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| S | S316S BA.5.6 |
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| intergenic | K417N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6 |
| intergenic | N440K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6 |
| intergenic | L452R BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,BA.4.6,BQ.1.2.3,FK.1.1,BA.5.6 |
| intergenic | ST477NK BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6 |
| intergenic | E484A BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6 |
| intergenic | F486V BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,BF.26,BQ.1.13,BF.10,BA.5.5,CK.2,BA.4.6,BQ.1.2.3,BA.5.6 |
| intergenic | N501Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6 |
| intergenic | Y505H BA.5.6 |
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| intergenic | D614G BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6 |
| intergenic | E619K BQ.1.2.3,BA.5.6 |
| intergenic | H655Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6 |
| intergenic | N679K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FD.1.1,BA.5.6 |
| intergenic | P681H BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6 |
| intergenic | N764K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6 |
| intergenic | Q954H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6 |
| intergenic | N969K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6 |
| intergenic | D1146D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6 |
| intergenic | I7I CK.2,BA.5.6 |
| intergenic | G11_L15del BA.5.6 |
| ORF3a | G11_L15del BA.5.6 |
| intergenic | I20T BE.1.1,BA.5.6 |
| intergenic | T64T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6 |
| intergenic | L71L BA.5,BQ.1.13,BA.5.6 |
| intergenic | L73F BF.9,BA.5.6 |
| intergenic | T223I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BQ.1.1.8,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6 |
| intergenic | V225V BA.5.6 |
| ORF3a | V225V BA.5.6 |
| intergenic | T9I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6 |
| intergenic | D3N BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BF.41,BF.9,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,BF.26,BQ.1.13,BF.10,BA.5.5,CK.2,BQ.1.2.3,BA.5.6 |
| intergenic | Q19E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6 |
| intergenic | F53F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.4.1,BA.5.1.30,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.6 |
| intergenic | A63T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6 |
| intergenic | A68A BA.5.6 |
| intergenic | F112F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.4,BA.4.1,DV.7.1,BA.5.2.20,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6 |
| intergenic | N113N BA.5.6 |
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| intergenic | L368I EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2 |
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| intergenic | S373P BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2 |
| intergenic | ST375FA BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2 |
| intergenic | D405N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2 |
| intergenic | R408S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2 |
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| intergenic | N440K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2 |
| intergenic | VG445PS EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2 |
| intergenic | L452M FL.20.2 |
| intergenic | N460K BA.2.86.1,BA.5,BQ.1.1.8,DV.7.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,CK.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2 |
| intergenic | ST477NR CH.1.1.28,FL.20.2 |
| intergenic | E484A BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2 |
| intergenic | F486P BA.2.86.1,EG.10.1,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2 |
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| intergenic | D614G BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2 |
| intergenic | H655Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2 |
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| intergenic | D1146D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2 |
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| intergenic | V29I BA.2.12,FL.20.2 |
| intergenic | T64T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2 |
| intergenic | A72T DV.7.1,DV.7.1.2,FD.1.1,FL.20.2 |
| intergenic | S74F BA.4,DV.7.1.2,BF.10,FL.1.5,FL.20.2 |
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| intergenic | T223I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BQ.1.1.8,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2 |
| intergenic | V256del BA.5.2.2,BA.5.1.30,EG.5.1.3,FL.20.2 |
| intergenic | T9I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2 |
| intergenic | T11A DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2 |
| intergenic | Q19E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2 |
| intergenic | A63T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2 |
| intergenic | F112F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.4,BA.4.1,DV.7.1,BA.5.2.20,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2 |
| intergenic | R20R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.4,BA.1.18,BA.4.1,DV.7.1,CH.1.1.28,BA.1.15,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2 |
| intergenic | D61L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.4,BA.4.1,DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2 |
| intergenic | S81L EG.5.1,FL.20.2 |
| intergenic | F101_I103del FL.20.2 |
| intergenic | L18L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2 |
| intergenic | F19F FL.20.2 |
| intergenic | Q35X EU.1.1,FL.20.2 |
| intergenic | G8X EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2 |
| intergenic | g.A-3T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2 |
| intergenic | N8N BF.10,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,BA.5.6,FL.20.2 |
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| intergenic | E31_S33del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BF.28,BE.1.1,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2 |
| intergenic | L56L BA.4.1,BA.5.1.30,FL.20.2 |
| intergenic | RG203KR BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,DV.7.1,BA.5.2.20,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,BA.5.6,FL.20.2 |
| intergenic | T282T BA.1.17,FL.20.2 |
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| intergenic | C19C BA.2.86.1,BA.5.1.24,BA.5,BA.5.1.1,BA.4.1,BA.5.2.20,BF.28,BQ.1.13,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2 |
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| intergenic | T11A DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1 |
| intergenic | Q19E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1 |
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| intergenic | LF455FL DV.7.1,DV.7.1.2,EG.5.1.8,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.15.1.1 |
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| intergenic | L18L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1 |
| intergenic | G8X EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1 |
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| intergenic | L3041F EG.5.1.6 |
| intergenic | V3053V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6 |
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| intergenic | LF455FL DV.7.1,DV.7.1.2,EG.5.1.8,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6 |
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| intergenic | 3676del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8 |
| intergenic | F3677del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8 |
| intergenic | S3675del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8 |
| intergenic | M3712V FL.8 |
| intergenic | D3897D BA.5.1.2,BQ.1.1.8,FL.1.5,FL.2.3,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,FL.15.1.1,FL.8 |
| intergenic | V4073V FL.8 |
| intergenic | T4175I BA.2.86.1,BA.5.1.24,BA.5.1.2,DV.7.1,BA.5.2.20,BE.1.1,BF.26,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FL.20.2,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8 |
| intergenic | I4205I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8 |
| intergenic | L4252L BQ.1.1.8,FL.8 |
| intergenic | P4715L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8 |
| ORF1b | A4775A / NSP12 |
| intergenic | A4775A FL.8 |
| intergenic | G5063S BA.5.1.1,BA.5.1.30,DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8 |
| intergenic | L5150L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8 |
| intergenic | F5158F BA.1.14,BA.4,BQ.1.1.8,BF.26,BA.1.15,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8 |
| intergenic | D5225D BA.5.1.24,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8 |
| intergenic | A5232A BA.5.1.24,BA.5,BA.5.1.2,BF.26,EG.5.1.8,EG.5.1,FL.8 |
| intergenic | S5360P BA.5.1.24,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8 |
| intergenic | Y5541Y BA.2.12,BA.1.17,BA.4,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.2,BA.5.1.30,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,BF.26,BF.10,BA.5.5,BA.4.6,EG.5.1.3,EG.5.1.9,EG.5.1.4,EG.5.1,FL.14,FK.1.1,BA.5.6,FL.20.2,EG.5.1.6,FL.8 |
| intergenic | A5616A FL.8 |
| intergenic | R5716C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8 |
| intergenic | Y5865Y EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8 |
| intergenic | I5967V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8 |
| ORF1b | N6041D / NSP14 |
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| intergenic | N6333N FL.8 |
| intergenic | P6354P EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8 |
| intergenic | T6564I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8 |
| intergenic | E6597E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8 |
| intergenic | T19I BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8 |
| intergenic | L24_A27delinsS BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8 |
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| intergenic | V213E BA.5.1.10,BA.5,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8 |
| intergenic | G252V EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,EG.5.1.6,FL.8 |
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| intergenic | R346T BA.4.1.8,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8 |
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| S | I670I FL.8 |
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| intergenic | D1146D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8 |
| intergenic | M1237I BF.26,FL.8 |
| intergenic | F8F BA.2.12,BA.4,DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8 |
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| ORF3a | I62F FL.8 |
| intergenic | T64T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8 |
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| intergenic | T11A DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8 |
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| intergenic | A63T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8 |
| intergenic | F112F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.4,BA.4.1,DV.7.1,BA.5.2.20,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8 |
| intergenic | T175T FL.2.3,FL.8 |
| intergenic | R20R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.4,BA.1.18,BA.4.1,DV.7.1,CH.1.1.28,BA.1.15,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8 |
| intergenic | D61L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.4,BA.4.1,DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8 |
| intergenic | L18L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8 |
| intergenic | G8X EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8 |
| intergenic | g.A-3T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8 |
| intergenic | N8N BF.10,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,BA.5.6,FL.20.2,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8 |
| intergenic | P13L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8 |
| intergenic | T24I BA.5.2.34,BF.9,FL.8 |
| intergenic | E31_S33del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BF.28,BE.1.1,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8 |
| intergenic | P46S FL.8 |
| intergenic | N126K FL.8 |
| N | N126K FL.8 |
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| intergenic | T379N FL.8 |
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| intergenic | F924F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15 |
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| intergenic | S2822S FL.15 |
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| intergenic | P3134S EU.1.1,FL.15 |
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| intergenic | D3311D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15 |
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| intergenic | A3454A FL.15 |
| intergenic | D3508D FL.1.5,FL.8,FL.15 |
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| intergenic | V3593A FL.15 |
| intergenic | L3606F BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.2.8,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,DV.7.1,BA.5.2.20,BE.1.1,BF.26,BQ.1.13,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,FK.1.1,EG.6.1,BA.5.6,EG.5.1.6,FL.15 |
| intergenic | M3616I FL.15 |
| ORF1a | M3627V / NSP6 |
| intergenic | M3627V FL.15 |
| intergenic | P3642P BF.26,FL.15 |
| intergenic | 3676del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15 |
| intergenic | F3677del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15 |
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| intergenic | I4205I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15 |
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| intergenic | S371F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15 |
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| intergenic | Y421Y FL.15 |
| S | Y421Y FL.15 |
| intergenic | N440K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15 |
| intergenic | VG445PS EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15 |
| intergenic | LF455FL DV.7.1,DV.7.1.2,EG.5.1.8,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.15 |
| intergenic | N460K BA.2.86.1,BA.5,BQ.1.1.8,DV.7.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,CK.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15 |
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| intergenic | Y505H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15 |
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| intergenic | D614G BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15 |
| intergenic | H655Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15 |
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| intergenic | S413R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15 |
| intergenic | R20X FL.15 |
| ORF10 | R20X FL.15 |
| intergenic | L37F BA.5.1.10,BA.5.1.24,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.1.2,BA.5.1.30,BE.1.1,BA.5.6,FL.15 |
| intergenic | g.T29710A FL.15 |
| intergenic | g.CGAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTG29733C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BA.5.1.2,BF.9,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,DV.7.1.2,BF.10,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.15 |
| intergenic | g.C29769T DV.7.1,BA.5.2.20,BF.26,FL.15 |
| intergenic | g.C-25T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1 |
| intergenic | g.CGTCC-25_-21TGTCA FY.3.1 |
| intergenic | K47R DV.7.1,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1 |
| intergenic | S135R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1 |
| intergenic | H374H BA.5.1.10,FY.3.1 |
| ORF1a | T568K / NSP2 |
| intergenic | T568K FY.3.1 |
| intergenic | E750K FY.3.1 |
| intergenic | E755E FY.3.1 |
| intergenic | V757V BA.5.2.34,BF.26,FY.3.1 |
| intergenic | T842I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1 |
| intergenic | F924F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1 |
| intergenic | D930E FY.3.1 |
| intergenic | H1141H FY.3.1 |
| intergenic | P1220S FY.3.1 |
| ORF1a | D1282Y / NSP3 |
| intergenic | D1282Y FY.3.1 |
| intergenic | G1307S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1 |
| intergenic | A1352A BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1 |
| ORF1a | D1624D / NSP3 |
| intergenic | D1624D FY.3.1 |
| intergenic | N1749N BA.5.2.2,BF.28,BF.10,BA.5.5,EG.5.1,FD.1.1,BA.5.6,FY.3.1 |
| intergenic | T1760I BA.5.1.2,GA.4.1,FY.3.1 |
| intergenic | P1921L FY.3.1 |
| intergenic | I1990V FY.3.1 |
| ORF1a | E2031A / NSP3 |
| intergenic | E2031A BA.5.2.20,FY.3.1 |
| intergenic | T2154I BA.4.6,FY.3.1 |
| intergenic | D2299N FY.3.1 |
| ORF1a | F2314S / NSP3 |
| intergenic | F2314S FY.3.1 |
| intergenic | D2693D BA.5.1.30,FY.3.1 |
| intergenic | P2739L FY.3.1 |
| intergenic | I2806I BA.5.1.24,FY.3.1 |
| intergenic | L3027F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1 |
| intergenic | V3053V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1 |
| intergenic | T3090I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1 |
| intergenic | L3201F BA.2.12,DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1 |
| intergenic | T3255I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1 |
| intergenic | D3311D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1 |
| intergenic | P3395H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1 |
| intergenic | G3565G FY.3.1 |
| intergenic | 3676del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1 |
| intergenic | F3677del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1 |
| intergenic | S3675del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1 |
| intergenic | L3717L BA.2.12,FY.3.1 |
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| intergenic | A4094A FY.3.1 |
| intergenic | I4205I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1 |
| intergenic | P4312P BA.5.2.20,FY.3.1 |
| intergenic | P4715L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1 |
| intergenic | L4779L BA.4,BE.1.1,BA.5.5,BA.4.6,EG.5.1.3,EG.5.1.4,FY.3.1 |
| intergenic | Y4871Y BA.5.1.1,FY.3.1 |
| intergenic | G5063S BA.5.1.1,BA.5.1.30,DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1 |
| intergenic | L5150L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1 |
| intergenic | F5158F BA.1.14,BA.4,BQ.1.1.8,BF.26,BA.1.15,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1 |
| intergenic | D5225D BA.5.1.24,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1 |
| intergenic | P5310L BA.5.1.10,EG.6.1,FY.3.1 |
| intergenic | S5360P BA.5.1.24,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1 |
| intergenic | R5716C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1 |
| intergenic | Y5865Y EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1 |
| intergenic | I5967V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1 |
| intergenic | A6192S FY.3.1 |
| intergenic | P6354P EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1 |
| intergenic | V6385V FY.3.1 |
| ORF1b | S6549Y / NSP15 |
| intergenic | S6549Y FY.3.1 |
| intergenic | T6564I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1 |
| intergenic | E6597E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1 |
| ORF1b | I6758T / NSP15 |
| intergenic | I6758T FY.3.1 |
| intergenic | K6958R BA.5.2.3,BA.5,BA.4.1,BF.26,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.5.2.1,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.1.5.2,FK.1.1,FY.3.1 |
| intergenic | A6997A BA.4,BA.5,BA.5.1.1,EG.10.1,FY.3.1 |
| intergenic | T19I BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1 |
| intergenic | L24_A27delinsS BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1 |
| intergenic | K77T FY.3.1 |
| intergenic | V83A EG.10.1,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1 |
| intergenic | Q115Q GA.4.1,FY.3.1 |
| intergenic | G142_Y144delinsDV BA.2.86.1,BA.5.2.34,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,BF.28,BF.26,BQ.1.13,BF.10,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1 |
| intergenic | H146K EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,EG.6.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,EG.5.1.6,FL.15,FY.3.1 |
| intergenic | H146Q EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,EG.6.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,EG.5.1.6,FL.15,FY.3.1 |
| intergenic | Q183E EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1 |
| intergenic | Y200C FY.3.1 |
| intergenic | K206K FY.3.1 |
| intergenic | I210T FY.3.1 |
| intergenic | V213E BA.5.1.10,BA.5,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1 |
| intergenic | L244_H245delinsF FY.3.1 |
| intergenic | G252V EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1 |
| intergenic | G339H BA.2.86.1,DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1 |
| intergenic | R346T BA.4.1.8,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1 |
| intergenic | L368I EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.15,FY.3.1 |
| intergenic | S371F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1 |
| intergenic | S373P BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1 |
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| intergenic | N460K BA.2.86.1,BA.5,BQ.1.1.8,DV.7.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,CK.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1 |
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| intergenic | F486P BA.2.86.1,EG.10.1,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1 |
| intergenic | F490S EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EU.1.1,FL.14,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1 |
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| intergenic | N501Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1 |
| intergenic | Y505H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1 |
| intergenic | F543F BA.4.1.8,BA.5.1.10,BA.5.2.3,FY.3.1 |
| intergenic | D614G BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1 |
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| intergenic | T9I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1 |
| intergenic | T11A DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1 |
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| intergenic | Q19E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1 |
| intergenic | A63T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1 |
| intergenic | F112F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.4,BA.4.1,DV.7.1,BA.5.2.20,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1 |
| intergenic | R20R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.4,BA.1.18,BA.4.1,DV.7.1,CH.1.1.28,BA.1.15,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1 |
| intergenic | D61L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.4,BA.4.1,DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1 |
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| intergenic | G8X EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1 |
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| intergenic | P13L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1 |
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| intergenic | T842I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25 |
| intergenic | F924F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25 |
| intergenic | P943P FL.25 |
| intergenic | S1150S FL.25 |
| intergenic | K1233T FL.25 |
| intergenic | G1307S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25 |
| intergenic | A1352A BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25 |
| intergenic | L1438L BA.1.14,BA.5.2.2,BA.5.1.30,BA.4.6,FL.2.3,FL.25 |
| intergenic | S1510F FL.25 |
| intergenic | N1578N EG.5.1.6,FL.25 |
| intergenic | V1584V FL.25 |
| intergenic | G1819S DV.7.1,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FL.20.2,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FL.25 |
| intergenic | S2352S FL.25 |
| intergenic | R2985R BF.9,FL.25 |
| intergenic | L3027F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25 |
| intergenic | V3053V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25 |
| intergenic | T3090I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25 |
| intergenic | I3145T FL.25 |
| intergenic | L3201F BA.2.12,DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25 |
| intergenic | T3255I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25 |
| intergenic | D3311D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25 |
| intergenic | A3333V FL.25 |
| intergenic | P3395H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25 |
| ORF1a | Q3569Q / NSP5 |
| intergenic | Q3569Q FL.25 |
| intergenic | 3676del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25 |
| intergenic | F3677del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25 |
| intergenic | S3675del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25 |
| intergenic | D3897D BA.5.1.2,BQ.1.1.8,FL.1.5,FL.2.3,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,FL.15.1.1,FL.8,FL.15,FL.25 |
| intergenic | T4175I BA.2.86.1,BA.5.1.24,BA.5.1.2,DV.7.1,BA.5.2.20,BE.1.1,BF.26,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FL.20.2,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FL.25 |
| intergenic | A4194T FL.25 |
| intergenic | I4205I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25 |
| ORF1b | V4423V / NSP12 |
| intergenic | V4423V FL.25 |
| intergenic | P4715L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25 |
| intergenic | S5041L FL.25 |
| intergenic | G5063S BA.5.1.1,BA.5.1.30,DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25 |
| intergenic | L5150L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25 |
| intergenic | F5158F BA.1.14,BA.4,BQ.1.1.8,BF.26,BA.1.15,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25 |
| intergenic | A5189A FL.25 |
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| intergenic | L35L BA.5.2.2,BA.5.1.10,BF.20,BA.5.1.2,FK.1.1,FD.1.1,FL.25 |
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| intergenic | L5150L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1 |
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| intergenic | Q19E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1 |
| intergenic | A63T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1 |
| intergenic | A69V BA.2.12,FU.1 |
| intergenic | F112F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.4,BA.4.1,DV.7.1,BA.5.2.20,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1 |
| intergenic | L145L BA.5.1.30,FU.1 |
| intergenic | R200R FU.1 |
| intergenic | R20R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.4,BA.1.18,BA.4.1,DV.7.1,CH.1.1.28,BA.1.15,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1 |
| intergenic | D61L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.4,BA.4.1,DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1 |
| intergenic | g.C-1T BA.5,BA.5.5,FU.1 |
| intergenic | L96F DV.7.1.2,FU.1 |
| ORF7a | C113Y FU.1 |
| intergenic | L18L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1 |
| intergenic | L22I FU.1 |
| intergenic | G8X EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1 |
| intergenic | T11I FU.1 |
| ORF8 | L95V FU.1 |
| intergenic | L118V FU.1 |
| intergenic | F120fs EG.5.1.4,EG.5.1,FU.1 |
| intergenic | g.A-3T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1 |
| intergenic | N8N BF.10,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,BA.5.6,FL.20.2,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1 |
| intergenic | P13L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1 |
| intergenic | E31_S33del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BF.28,BE.1.1,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1 |
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| intergenic | RG203KR BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,DV.7.1,BA.5.2.20,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,BA.5.6,FL.20.2,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1 |
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| intergenic | K47R DV.7.1,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1 |
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| intergenic | A1352A BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1 |
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| intergenic | F3677del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1 |
| intergenic | S3675del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1 |
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| intergenic | P4715L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1 |
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| intergenic | I222V BA.5.1.1,FL.10.1,BA.2.3 |
| intergenic | S302F BA.5.1.24,BF.9,FU.1,BA.2.3 |
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| intergenic | T842I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3 |
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| intergenic | T1000I BA.2.3 |
| intergenic | T1168I BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.30,BA.5.2.20,BA.1.15,EG.5.2.1,FU.2,BA.2.3 |
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| intergenic | V3053V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3 |
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| intergenic | V3510I BA.2.3 |
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| intergenic | F3677del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3 |
| intergenic | S3675del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3 |
| intergenic | A3730A BA.2.12,EG.6.1,GA.4.1,BA.2.3 |
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| intergenic | T268M BA.2.3 |
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| intergenic | A63T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3 |
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| intergenic | g.A-3T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3 |
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| intergenic | S413R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3 |
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| intergenic | Q954H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1 |
| intergenic | N969K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1 |
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| intergenic | T3090I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1 |
| intergenic | L3201F BA.2.12,DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1 |
| intergenic | T3255I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1 |
| intergenic | D3311D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1 |
| intergenic | Q3332R GK.2.1 |
| intergenic | P3395H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1 |
| intergenic | L3641S GK.2.1 |
| intergenic | 3676del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1 |
| intergenic | F3677del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1 |
| intergenic | S3675del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1 |
| intergenic | N3774N GK.2.1 |
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| intergenic | I4205I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GK.2.1 |
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| intergenic | F5158F BA.1.14,BA.4,BQ.1.1.8,BF.26,BA.1.15,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1 |
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| intergenic | LF455FL DV.7.1,DV.7.1.2,EG.5.1.8,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.15,GK.2.1 |
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| intergenic | Q19E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1 |
| intergenic | A63T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1 |
| intergenic | F112F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.4,BA.4.1,DV.7.1,BA.5.2.20,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1 |
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| intergenic | R20R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.4,BA.1.18,BA.4.1,DV.7.1,CH.1.1.28,BA.1.15,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1 |
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| intergenic | G8X EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GK.2.1 |
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| intergenic | g.A-3T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1 |
| intergenic | N8N BF.10,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,BA.5.6,FL.20.2,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GK.2.1 |
| intergenic | P13L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1 |
| intergenic | E31_S33del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BF.28,BE.1.1,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1 |
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| intergenic | ST375FA BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20 |
| intergenic | D405N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20 |
| intergenic | R408S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20 |
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| intergenic | N440K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20 |
| intergenic | VG445PS EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20 |
| intergenic | N460K BA.2.86.1,BA.5,BQ.1.1.8,DV.7.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,CK.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20 |
| intergenic | ST477NK BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FY.4.1.1,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20 |
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| intergenic | Y505H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20 |
| intergenic | H519Q FL.20 |
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| intergenic | L560L BA.5.1.24,FL.20 |
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| intergenic | N679K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20 |
| intergenic | P681H BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20 |
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| intergenic | Q954H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20 |
| intergenic | N969K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20 |
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| intergenic | F8F BA.2.12,BA.4,DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20 |
| intergenic | V29I BA.2.12,FL.20.2 |
| intergenic | 66 FL.20 |
| intergenic | T64T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20 |
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| intergenic | Y145Y FL.20 |
| intergenic | T223I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BQ.1.1.8,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20 |
| intergenic | V256del BA.5.2.2,BA.5.1.30,EG.5.1.3,FL.20.2 |
| intergenic | g.C-17T FL.20 |
| intergenic | T9I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20 |
| intergenic | T11A DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20 |
| intergenic | S68F GK.2.1,FL.20 |
| intergenic | D3G BA.1.14,BA.1.17,BA.1.18,BA.1.15,FL.20 |
| intergenic | Q19E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20 |
| intergenic | C33F FL.20 |
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| intergenic | T77T BA.4.6,EG.5.1,FL.15,FL.20 |
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| intergenic | N8N BF.10,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,BA.5.6,FL.20.2,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GK.2.1,FL.20 |
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| intergenic | P13L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6 |
| intergenic | E31_S33del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BF.28,BE.1.1,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6 |
| intergenic | RG203KR BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,DV.7.1,BA.5.2.20,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,BA.5.6,FL.20.2,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,GJ.1,FL.20,GJ.1.2.6 |
| intergenic | S413R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6 |
| intergenic | g.G29706T FL.1.5,GJ.1,GJ.1.2.6 |
| intergenic | g.CGAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTG29733C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BA.5.1.2,BF.9,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,DV.7.1.2,BF.10,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6 |
| intergenic | g.C-63T BA.5.1.10,BA.4,EG.10.1,FL.1.5,EG.6.1,FL.15,GK.1.3 |
| intergenic | g.C-25T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3 |
| intergenic | K47R DV.7.1,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3 |
| intergenic | S135R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GK.1.3 |
| intergenic | R287G GK.1.3 |
| intergenic | L570L BA.5,BA.4.6,EG.5.1.3,EG.6.1,FD.1.1,GK.2.1,GK.1.3 |
| ORF1a | E633A / NSP2 |
| intergenic | E633A GK.1.3 |
| intergenic | T842I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3 |
| intergenic | V879V BA.2.12,BA.1.15,EG.7,GK.1.3 |
| intergenic | F924F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3 |
| ORF1a | A1049A / NSP3 |
| intergenic | A1049A GK.1.3 |
| intergenic | G1307S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3 |
| intergenic | A1352A BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3 |
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| intergenic | L1627P GK.1.3 |
| intergenic | D1671N GK.1.3 |
| ORF1a | N2023S / NSP3 |
| intergenic | N2023S GK.1.3 |
| intergenic | A2249V BF.28,EG.5.1,GK.1.3 |
| intergenic | T2283I BA.5.2.20,DV.7.1.2,BA.1.15,EG.5.1.4,FL.2.3,FD.1.1,GK.1.3 |
| intergenic | S2433S BA.5.6,GK.2.1,GK.1.3 |
| intergenic | A2584V BA.5.2.3,BA.5,DV.7.1,EG.7,EG.6.1,FL.10.1,GK.1.3 |
| intergenic | I2634V BA.5.1.24,GK.1.3 |
| intergenic | D2824D GK.2.1,GK.1.3 |
| intergenic | L3027F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3 |
| intergenic | V3053V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3 |
| intergenic | T3090I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3 |
| intergenic | L3201F BA.2.12,DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3 |
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| intergenic | D3311D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3 |
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| intergenic | Q183E EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,GK.2.1,FL.20,GK.1.3 |
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| intergenic | S371F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3 |
| intergenic | S373P BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3 |
| intergenic | ST375FA BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3 |
| intergenic | D405N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3 |
| intergenic | R408S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3 |
| intergenic | K417N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3 |
| intergenic | N440K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3 |
| intergenic | VG445PS EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3 |
| intergenic | LF455FL DV.7.1,DV.7.1.2,EG.5.1.8,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.15,GK.2.1,GK.1.3 |
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| intergenic | G1307S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1 |
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| intergenic | T19I BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1 |
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| intergenic | V70del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,BF.10,BA.5.5,CK.2,BQ.1.2.3,BA.5.6,BQ.1 |
| intergenic | T95A BA.2.12,BQ.1.1.8 |
| S | T95A BA.2.12,BQ.1.1.8 |
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| intergenic | G142_Y144delinsDV BA.2.86.1,BA.5.2.34,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,BF.28,BF.26,BQ.1.13,BF.10,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1 |
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| intergenic | S2433S BA.5.6,GK.2.1,GK.1.3,GK.1 |
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| intergenic | A2584V BA.5.2.3,BA.5,DV.7.1,EG.7,EG.6.1,FL.10.1,GK.1.3,GK.1 |
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| intergenic | V3053V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1 |
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| intergenic | L3201F BA.2.12,DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1 |
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| intergenic | T3287I GK.1 |
| intergenic | D3311D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1 |
| intergenic | P3395H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1 |
| intergenic | K3577K GK.1 |
| intergenic | L3588L GK.1 |
| intergenic | 3676del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,BQ.1,GK.1 |
| intergenic | F3677del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,BQ.1,GK.1 |
| intergenic | S3675del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,BQ.1,GK.1 |
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| intergenic | R408S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1 |
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| intergenic | LF455FL DV.7.1,DV.7.1.2,EG.5.1.8,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.15,GK.2.1,GK.1.3,GK.1 |
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| intergenic | L368I EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1 |
| intergenic | S371F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1 |
| intergenic | S373P BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1 |
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| intergenic | G381R GK.3.1 |
| intergenic | D405N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1 |
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| intergenic | K417N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1 |
| intergenic | N440K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1 |
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| intergenic | LF455FL DV.7.1,DV.7.1.2,EG.5.1.8,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.15,GK.2.1,GK.1.3,GK.1,GK.3.1 |
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| intergenic | A475V FL.15.1.1,GK.1,GK.3.1 |
| intergenic | ST477NK BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FY.4.1.1,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1 |
| intergenic | E484A BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1 |
| intergenic | F486P BA.2.86.1,EG.10.1,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1 |
| intergenic | F490S EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EU.1.1,FL.14,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1 |
| intergenic | N501Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1 |
| intergenic | Y505H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1 |
| intergenic | D614G BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1 |
| intergenic | H655Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1 |
| intergenic | N679K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1 |
| intergenic | P681H BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1 |
| intergenic | L753L GK.3.1 |
| intergenic | N764K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1 |
| intergenic | P809S GK.3.1 |
| intergenic | Q954H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1 |
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| intergenic | D1146D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1 |
| intergenic | S1161S GK.2.1,GK.1.3,GK.1,GK.3.1 |
| intergenic | Y1215Y BA.2.86.1,BA.5.1.1,BA.5.1.30,BF.28,FL.1.5,GK.3.1 |
| intergenic | F8F BA.2.12,BA.4,DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1 |
| intergenic | A39A GK.3.1 |
| intergenic | I63T FK.1.1,GK.3.1 |
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| intergenic | T217T GK.3.1 |
| intergenic | T223I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BQ.1.1.8,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1 |
| intergenic | T9I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1 |
| intergenic | T11A DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1 |
| intergenic | Q19E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1 |
| intergenic | A63T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,BQ.1,GK.1,GK.3.1 |
| intergenic | F112F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.4,BA.4.1,DV.7.1,BA.5.2.20,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1 |
| intergenic | Y179Y BA.5.2.2,BA.5,BA.5.2.20,BF.26,FK.1.1,GK.2.1,FL.20,GK.1.3,GK.1,GK.3.1 |
| intergenic | R20R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.4,BA.1.18,BA.4.1,DV.7.1,CH.1.1.28,BA.1.15,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1 |
| intergenic | D61L GK.3.1 |
| intergenic | D61_X62del GK.3.1 |
| intergenic | T11T GK.3.1 |
| intergenic | L18L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1 |
| intergenic | G8X EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GK.2.1,FL.20,GK.1.3,GK.1,GK.3.1 |
| intergenic | P38S BA.5.5,FL.1.5,GK.2.1,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1 |
| intergenic | H40Q EG.5.1,GK.3.1 |
| intergenic | I121fs BA.5,BA.5.1.1,BF.9,FL.15,FU.2,GK.1,GK.3.1 |
| intergenic | g.A-3T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1 |
| intergenic | Q9Q BF.26,GK.3.1 |
| intergenic | P13L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1 |
| intergenic | E31_S33del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BF.28,BE.1.1,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1 |
| intergenic | S184F GK.3.1 |
| intergenic | RG203KR BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,DV.7.1,BA.5.2.20,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,BA.5.6,FL.20.2,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,GJ.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1 |
| intergenic | T334T BE.1.1,GK.3.1 |
| intergenic | R385I GK.3.1 |
| intergenic | S413R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1 |
| intergenic | Q418L GK.3.1 |
| intergenic | g.C29719T GK.3.1 |
| intergenic | g.CGAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTG29733C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BA.5.1.2,BF.9,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,DV.7.1.2,BF.10,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1 |
| intergenic | g.C-25T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | K47R DV.7.1,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | S135R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | L570L BA.5,BA.4.6,EG.5.1.3,EG.6.1,FD.1.1,GK.2.1,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | T842I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | A876S GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | F924F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | G1307S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | G1308G GK.3.2 |
| intergenic | A1352A BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
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| intergenic | V3053V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | T3090I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | L3201F BA.2.12,DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | T3255I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | D3311D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | P3395H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | 3676del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | F3677del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | S3675del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | A4068S GK.2.1,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | I4205I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GK.2.1,FL.20,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | P4715L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | G5063S BA.5.1.1,BA.5.1.30,DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | L5150L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
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| intergenic | S5360P BA.5.1.24,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GK.2.1,FL.20,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | A5620A EU.1.1,FD.1.1,GK.2.1,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | R5716C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | Y5865Y EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | I5967V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | P6354P EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | T6500I GK.3.2 |
| intergenic | T6564I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | E6597E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | Y6645Y BA.5.2.2,GK.3.2 |
| intergenic | R7014R BA.5.2.34,BA.2.3,GK.3.2 |
| intergenic | T19I BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | L24_A27delinsS BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
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| intergenic | S371F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | S373P BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | ST375FA BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | D405N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | R408S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | K417N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | N440K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | VG445PS EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | LF455FL DV.7.1,DV.7.1.2,EG.5.1.8,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.15,GK.2.1,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | N460K BA.2.86.1,BA.5,BQ.1.1.8,DV.7.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,CK.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | ST477NK BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FY.4.1.1,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | E484A BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | F486P BA.2.86.1,EG.10.1,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | F490S EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EU.1.1,FL.14,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | N501Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | Y505H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | T572I FD.1.1,GK.3.2 |
| intergenic | D614G BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | H655Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | N679K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | P681H BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | N764K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | Q954H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | N969K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | D1146D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | S1161S GK.2.1,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | F8F BA.2.12,BA.4,DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | T64T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.2 |
| intergenic | T223I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BQ.1.1.8,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | T9I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | T11A DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | Q19E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | A63T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | L93L BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.8,EG.5.1,FL.25,BA.2.3,GK.3.2 |
| intergenic | F112F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.4,BA.4.1,DV.7.1,BA.5.2.20,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | Y179Y BA.5.2.2,BA.5,BA.5.2.20,BF.26,FK.1.1,GK.2.1,FL.20,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | R20R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.4,BA.1.18,BA.4.1,DV.7.1,CH.1.1.28,BA.1.15,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
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| intergenic | L18L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | G8X EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GK.2.1,FL.20,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | P38S BA.5.5,FL.1.5,GK.2.1,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | g.A-3T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | P13L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | E31_S33del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BF.28,BE.1.1,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | RG203KR BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,DV.7.1,BA.5.2.20,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,BA.5.6,FL.20.2,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,GJ.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | S413R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | g.A29700G BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.2,BQ.1.1.8,BE.1.1,BQ.1.13,BF.10,BA.5.5,BA.4.6,EG.5.2.1,FY.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | g.C-25T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | K47R DV.7.1,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | L92L BA.2.86.1,BA.5.2.34,BA.2.3,GW.5 |
| intergenic | S135R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | S302F BA.5.1.24,BF.9,FU.1,BA.2.3,GW.5 |
| intergenic | V597I GW.5 |
| intergenic | I694V GW.5 |
| intergenic | T842I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | F924F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | A964A BA.1.18,GW.5 |
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| intergenic | H1160Y BA.4.1.8,BA.4.1,GW.5 |
| intergenic | A1204V GW.5 |
| intergenic | G1307S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | A1352A BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
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| intergenic | T2872T EG.5.1.3,GK.2.1,GW.5 |
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| intergenic | V3053V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | T3090I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | L3201F BA.2.12,DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | T3255I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | S3259S GW.5 |
| intergenic | D3311D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | P3395H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | L3585L BA.5.1.10,BA.4,BA.5,BA.5.2.20,BF.26,FL.10.1,BQ.1,GW.5 |
| intergenic | L3588F BA.5.6,GW.5 |
| intergenic | 3676del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | F3677del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | S3675del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | L3691L GW.5 |
| intergenic | F3769F BA.5.1.30,BF.26,FD.1.1,BA.5.6,BQ.1,GK.3.1,GW.5 |
| intergenic | L3829F BA.5.1.24,BQ.1.1.8,DV.7.1,BE.1.1,BQ.1.13,BA.5.5,BA.4.6,BQ.1.2.3,EU.1.1,FK.1.1,FU.1,FU.2,FL.20,BQ.1,GW.5 |
| intergenic | P3831P BQ.1.2.3,EG.5.1,GW.5 |
| intergenic | L4070L BA.2.12,BQ.1.1.8,DV.7.1,BE.1.1,BA.4.6,EG.5.1.3,BA.5.6,FU.1,GW.5 |
| intergenic | P4120L GW.5 |
| intergenic | I4205I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GK.2.1,FL.20,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | P4220L BA.5.1.24,BA.5.1.1,GW.5 |
| intergenic | R4251R GW.5 |
| intergenic | L4481S GW.5 |
| intergenic | K4483K GW.5 |
| intergenic | D4532D BF.28,BF.26,BA.5.6,GW.5 |
| intergenic | Y4548Y GW.5 |
| intergenic | V4594V GW.5 |
| intergenic | P4715L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | V4802V EG.6.1,GW.5 |
| intergenic | G5063S BA.5.1.1,BA.5.1.30,DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | L5150L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | F5158F BA.1.14,BA.4,BQ.1.1.8,BF.26,BA.1.15,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | D5225D BA.5.1.24,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | S5360P BA.5.1.24,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GK.2.1,FL.20,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
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| intergenic | R5716C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | Y5865Y EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | I5967V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | P6354P EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | T6564I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | E6597E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
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| intergenic | V83A EG.10.1,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | S98S GW.5 |
| intergenic | G142_Y144delinsDV BA.2.86.1,BA.5.2.34,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,BF.28,BF.26,BQ.1.13,BF.10,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | G142fs EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EU.1.1,EG.6.1,EG.5.1.6,FL.15,FY.4.1.1,FU.2,GW.5 |
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| intergenic | Q183E EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,GK.2.1,FL.20,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
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| intergenic | V213E BA.5.1.10,BA.5,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
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| intergenic | R346T BA.4.1.8,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | L368I EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | S371F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | S373P BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
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| intergenic | D405N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | R408S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | K417N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | N440K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | VG445PS EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | LF455FL DV.7.1,DV.7.1.2,EG.5.1.8,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.15,GK.2.1,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | N460K BA.2.86.1,BA.5,BQ.1.1.8,DV.7.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,CK.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | A475V FL.15.1.1,GK.1,GK.3.1,GW.5 |
| intergenic | ST477NI GW.5 |
| intergenic | N481K FL.1.5.2,GW.5 |
| intergenic | E484A BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | F486P BA.2.86.1,EG.10.1,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | F490S EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EU.1.1,FL.14,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | N501Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | Y505H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | E554K BA.2.86.1,FL.10.1,GA.4.1,FL.25,FU.2,GJ.1,GK.1,GW.5 |
| intergenic | D614G BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | H655Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | N679K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | P681H BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | S735L BQ.1.1.8,GW.5 |
| intergenic | N764K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | N824N BA.4.1,GW.5 |
| intergenic | L828L GW.5 |
| intergenic | Q954H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | N969K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | M1050I GW.5 |
| intergenic | H1101H EG.10.1,EG.7,GK.1,GW.5 |
| intergenic | G1124A GW.5 |
| intergenic | D1146D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | F8F BA.2.12,BA.4,DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | T64T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | G100S GW.5 |
| intergenic | T223I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BQ.1.1.8,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | T9I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | T11A DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | Q19E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | L29F BA.5.2.20,GW.5 |
| intergenic | A63T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | F112F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.4,BA.4.1,DV.7.1,BA.5.2.20,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | R20R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.4,BA.1.18,BA.4.1,DV.7.1,CH.1.1.28,BA.1.15,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | D61L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.4,BA.4.1,DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | L18L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | F30C GW.5 |
| intergenic | G8X EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GK.2.1,FL.20,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | L60L GW.5 |
| intergenic | V62V BA.5.2.20,BE.1.1,EG.5.1.4,EU.1.1,FL.20,BQ.1,GW.5 |
| intergenic | g.A-3T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | N8N BF.10,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,BA.5.6,FL.20.2,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GK.2.1,FL.20,GK.1.3,GW.5 |
| intergenic | P13L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | E31_S33del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BF.28,BE.1.1,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | L56L BA.4.1,BA.5.1.30,FL.20.2,GW.5 |
| intergenic | P80S GW.5 |
| intergenic | D82D BA.5,DV.7.1,GW.5 |
| intergenic | G96D GW.5 |
| intergenic | K100Q GW.5 |
| intergenic | N150N GW.5 |
| N | T165T GJ.1.2,GW.5 |
| intergenic | RG203KR BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,DV.7.1,BA.5.2.20,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,BA.5.6,FL.20.2,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,GJ.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | T379I BF.28,FU.1,GW.5 |
| intergenic | S413R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | A419A BF.20,EG.5.1.4,GW.5 |
| intergenic | g.A29700G BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.2,BQ.1.1.8,BE.1.1,BQ.1.13,BF.10,BA.5.5,BA.4.6,EG.5.2.1,FY.3.1,GK.3.2,GW.5 |
| intergenic | g.CGAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTG29733C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BA.5.1.2,BF.9,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,DV.7.1.2,BF.10,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GW.5 |
| intergenic | g.G29810T GW.5 |
| intergenic | g.T-65C GS.3 |
| intergenic | g.C-25T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | K47R DV.7.1,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | S135R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | T403I BA.5.1.10,BQ.1,GK.3.1,GS.3 |
| intergenic | I463I GS.3 |
| intergenic | S505S BA.4,BA.5.1.30,DV.7.1.2,GS.3 |
| intergenic | G519S BA.5,BA.4.1,DV.7.1,BQ.1.13,EG.5.1.3,EG.7,EG.5.1,FL.15,FU.2,BA.2.3,GK.1,GS.3 |
| intergenic | L790L GS.3 |
| intergenic | T842I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | F924F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | S1106N BQ.1.2.3,GK.2.1,GS.3 |
| intergenic | D1258D FL.1.5,GS.3 |
| intergenic | L1296L GS.3 |
| intergenic | G1307S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | 1324 GS.3 |
| intergenic | D1323D GS.3 |
| intergenic | A1352A BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
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| intergenic | L1627L BA.5.1.30,FU.1,FU.2,GS.3 |
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| intergenic | G2091S GJ.1,GJ.1.2.6,GS.3 |
| intergenic | T2093I GS.3 |
| intergenic | V2866M GS.3 |
| intergenic | A2891A GS.3 |
| intergenic | L3027F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GS.3 |
| intergenic | V3053V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | T3090I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | L3201F BA.2.12,DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | T3255I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | D3311D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | L3338L BA.5.5,EG.5.1,FD.1.1,BQ.1,GS.3 |
| intergenic | P3371S BF.41,GS.3 |
| intergenic | P3395H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | L3588F BA.5.6,GW.5,GS.3 |
| intergenic | M3616T GS.3 |
| intergenic | 3676del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | F3677del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | S3675del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | I4205I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GK.2.1,FL.20,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | A4276S GS.3 |
| intergenic | F4448F GS.3 |
| intergenic | T4668T BA.1.15,GS.3 |
| intergenic | P4715L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | T4794T GS.3 |
| intergenic | G5063S BA.5.1.1,BA.5.1.30,DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | L5150L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | F5158F BA.1.14,BA.4,BQ.1.1.8,BF.26,BA.1.15,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | D5225D BA.5.1.24,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | I5239I EU.1.1,GS.3 |
| intergenic | D5425D GS.3 |
| intergenic | Y5444Y BA.5.1.10,GS.3 |
| intergenic | Y5541Y BA.2.12,BA.1.17,BA.4,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.2,BA.5.1.30,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,BF.26,BF.10,BA.5.5,BA.4.6,EG.5.1.3,EG.5.1.9,EG.5.1.4,EG.5.1,FL.14,FK.1.1,BA.5.6,FL.20.2,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FU.1,BA.2.3,BQ.1,GS.3 |
| intergenic | R5716C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | Y5865Y EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | I5967V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | E6002D GS.3 |
| intergenic | N6333N FL.8,GS.3 |
| intergenic | P6354P EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | F6459L GS.3 |
| intergenic | T6564I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | E6597E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | F6731L GS.3 |
| intergenic | T19I BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | L24_A27delinsS BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | V83A EG.10.1,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | G142_Y144delinsDV BA.2.86.1,BA.5.2.34,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,BF.28,BF.26,BQ.1.13,BF.10,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | H146Q EG.5.1.9,FL.1.5,FL.14,FL.10.1,FL.15.1.1,FL.8,FL.25,GJ.1,GK.2.1,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | Q183E EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,GK.2.1,FL.20,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | R190S BQ.1.2.3,GS.3 |
| intergenic | V213E BA.5.1.10,BA.5,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | D253G GJ.1,GJ.1.2.6,GS.3 |
| intergenic | G339H BA.2.86.1,DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | R346T BA.4.1.8,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | L368I EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | S371F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | S373P BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | ST375FA BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | D405N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | R408S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | K417N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | N440K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | VG445PS EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | N460K BA.2.86.1,BA.5,BQ.1.1.8,DV.7.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,CK.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | ST477NR CH.1.1.28,FL.20.2,GA.4.1,FU.1,FU.2,GJ.1.2.6,GS.3 |
| intergenic | E484A BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | F486P BA.2.86.1,EG.10.1,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | F490S EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EU.1.1,FL.14,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | N501Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | Y505H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | P521S EG.5.1.4,EU.1.1,GJ.1,GJ.1.2.6,GS.3 |
| intergenic | D614G BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | H655Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | N679K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | P681H BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | N764K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | I818I BA.5.2.20,GS.3 |
| intergenic | Q954H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | N969K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | D1146D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | F8F BA.2.12,BA.4,DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | T64T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | T223I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BQ.1.1.8,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | T9I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | T11A DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | Q19E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | F28F BF.28,GS.3 |
| intergenic | A63T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | F112F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.4,BA.4.1,DV.7.1,BA.5.2.20,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | R20R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.4,BA.1.18,BA.4.1,DV.7.1,CH.1.1.28,BA.1.15,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | D61L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.4,BA.4.1,DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | A13V GJ.1,GJ.1.2.6,GS.3 |
| intergenic | K72N FK.1.1,GS.3 |
| intergenic | L18L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | g.A-3T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | N8N BF.10,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,BA.5.6,FL.20.2,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GK.2.1,FL.20,GK.1.3,GW.5,GS.3 |
| intergenic | P13L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | E31_S33del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BF.28,BE.1.1,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | F66F BA.5.2.20,GS.3 |
| intergenic | N154Y GS.3 |
| intergenic | RG203KR BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,DV.7.1,BA.5.2.20,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,BA.5.6,FL.20.2,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,GJ.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | S413R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3 |
| intergenic | g.G29706T FL.1.5,GJ.1,GJ.1.2.6,GS.3 |
| intergenic | g.CGAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTG29733C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BA.5.1.2,BF.9,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,DV.7.1.2,BF.10,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GW.5,GS.3 |
| intergenic | g.C-25T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | K47R DV.7.1,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | G82D GS.4 |
| intergenic | L107L FD.1.1,GS.4 |
| intergenic | S135R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | A181T GS.4 |
| intergenic | D203G GS.4 |
| intergenic | K322R GS.4 |
| intergenic | S443S BA.5,EU.1.1,FU.2,GS.4 |
| intergenic | V627F BA.5,BA.4.1,GS.4 |
| intergenic | K684K EG.5.1,GS.4 |
| intergenic | L686L GS.4 |
| intergenic | T842I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | P892L GK.2.1,GS.4 |
| intergenic | F924F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | S944L BF.41,BA.4.6,EG.5.1.4,EG.5.1.6,GK.2.1,GK.3.1,GS.4 |
| intergenic | D954Y GS.4 |
| intergenic | S1106S EG.10.1,GS.4 |
| intergenic | V1173V GS.4 |
| intergenic | I1203T BA.4.6,GS.4 |
| intergenic | D1266D GS.4 |
| intergenic | G1307S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | D1323D BA.5.1.24,FL.10.1,GJ.1,GJ.1.2.6,GS.4 |
| intergenic | A1352A BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | R1467K GS.4 |
| intergenic | D1585D BE.1.1,GS.4 |
| intergenic | H1652H BQ.1.1.8,GS.4 |
| intergenic | T1788M BA.4.6,FL.20.2,GS.4 |
| intergenic | S2024L BA.5.2.2,FL.8,FL.20,GS.4 |
| intergenic | L2028L GS.4 |
| intergenic | G2091S GJ.1,GJ.1.2.6,GS.3,GS.4 |
| intergenic | T2124I BQ.1.1.8,EG.5.1.4,FL.2.3,FU.2,GS.4 |
| intergenic | V2252V GS.4 |
| intergenic | A2345V GS.4 |
| intergenic | A2557A BA.1.14,GS.4 |
| intergenic | L3027F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GS.3,GS.4 |
| intergenic | V3053V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | T3090I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | L3201F BA.2.12,DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | D3222D BA.5.1.24,BF.26,FU.2,GS.4 |
| intergenic | T3255I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | Y3300Y EG.5.1,GS.4 |
| intergenic | D3311D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | P3395H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | F3397F EG.5.1,FL.20,GS.4 |
| intergenic | L3591L DV.7.1.2,GS.4 |
| intergenic | 3676del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | F3677del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | S3675del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | R3756R GS.4 |
| intergenic | G3757S BA.4.1,GS.4 |
| intergenic | F3797F GS.4 |
| intergenic | D4166A GS.4 |
| intergenic | I4205I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GK.2.1,FL.20,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | T4355I BA.5,GK.3.1,GS.4 |
| intergenic | R4565H GS.4 |
| intergenic | T4640T BA.5.1.1,GS.4 |
| intergenic | T4668T BA.1.15,GS.3,GS.4 |
| intergenic | P4715L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | V4797F GS.4 |
| intergenic | G5063S BA.5.1.1,BA.5.1.30,DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | L5150L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | F5158F BA.1.14,BA.4,BQ.1.1.8,BF.26,BA.1.15,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | D5225D BA.5.1.24,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | T5563I GS.4 |
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| intergenic | R5716C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | L5762L BA.5.1.10,BA.5.1.30,BA.4.6,GS.4 |
| intergenic | Y5865Y EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | I5967V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | Y6160Y BF.28,FL.1.5,BA.5.6,FY.4.1.1,GS.4 |
| intergenic | A6192A GS.4 |
| intergenic | V6241I EG.5.1,FD.1.1,GS.4 |
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| intergenic | P6354P EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | D6374G GS.4 |
| intergenic | Y6540Y BQ.1.13,BF.10,FD.1.1,GJ.1,GJ.1.2.6,GK.3.1,GS.4 |
| intergenic | T6564I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | E6597E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | A6997A BA.4,BA.5,BA.5.1.1,EG.10.1,FY.3.1,GS.4 |
| intergenic | L5F BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.1,BA.5.1.2,BA.5.2.20,BE.1.1,BF.26,BA.5.5,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.14,EG.6.1,FD.1.1,FL.25,BA.2.3,BQ.1,GS.4 |
| intergenic | T19I BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | L24_A27delinsS BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | Y28Y BQ.1,GS.4 |
| intergenic | L56L GS.4 |
| intergenic | T76I BA.5.5,FL.14,GS.4 |
| intergenic | V83A EG.10.1,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | G142_Y144delinsDV BA.2.86.1,BA.5.2.34,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,BF.28,BF.26,BQ.1.13,BF.10,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | H146K EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,EG.6.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,EG.5.1.6,FL.15,FY.3.1,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,FL.20,GK.1,GS.4 |
| intergenic | H146Q EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,EG.6.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,EG.5.1.6,FL.15,FY.3.1,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,FL.20,GK.1,GS.4 |
| intergenic | Q183E EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,GK.2.1,FL.20,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | V213E BA.5.1.10,BA.5,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
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| intergenic | G339H BA.2.86.1,DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | R346T BA.4.1.8,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | L368I EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | S371F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | S373P BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | ST375FA BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | D405N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | R408S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | K417N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | N440K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | VG445PS EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | N460K BA.2.86.1,BA.5,BQ.1.1.8,DV.7.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,CK.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | ST477NR CH.1.1.28,FL.20.2,GA.4.1,FU.1,FU.2,GJ.1.2.6,GS.3,GS.4 |
| intergenic | E484A BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | F486P BA.2.86.1,EG.10.1,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | F490S EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EU.1.1,FL.14,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | N501Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | Y505H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | P521S EG.5.1.4,EU.1.1,GJ.1,GJ.1.2.6,GS.3,GS.4 |
| intergenic | D614G BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | H655Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | N679K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | P681H BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | S735S EG.7,GS.4 |
| intergenic | N764K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | T827I GS.4 |
| intergenic | Q954H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | N969K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | Y1110Y FD.1.1,GS.4 |
| intergenic | D1146D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | E1262E GS.4 |
| intergenic | F8F BA.2.12,BA.4,DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | T64T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | A103A GS.4 |
| intergenic | G172C BQ.1.13,GS.4 |
| intergenic | T175I BA.5.1.30,BF.26,EG.5.2.1,GJ.1.2.6,GS.4 |
| intergenic | T223I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BQ.1.1.8,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | V244V GS.4 |
| intergenic | S253S BA.2.12,BE.1.1,GS.4 |
| intergenic | T9I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | T11A DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | L21F EG.5.1.3,GS.4 |
| intergenic | Q19E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | A63T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | A104V BA.2.86.1,BE.1.1,BQ.1,GS.4 |
| intergenic | F112F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.4,BA.4.1,DV.7.1,BA.5.2.20,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | R20R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.4,BA.1.18,BA.4.1,DV.7.1,CH.1.1.28,BA.1.15,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | L29L BA.5,GS.4 |
| intergenic | D61L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.4,BA.4.1,DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | A13V GJ.1,GJ.1.2.6,GS.3,GS.4 |
| intergenic | H47N BA.5,BF.28,BA.4.6,GS.4 |
| intergenic | A79A GS.4 |
| intergenic | E91D EG.5.1.3,GS.4 |
| intergenic | I110I GS.4 |
| intergenic | L18L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | L32F BA.4,GS.4 |
| intergenic | Q91X GS.4 |
| intergenic | g.A-3T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | P13L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
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| intergenic | RG203KR BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,DV.7.1,BA.5.2.20,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,BA.5.6,FL.20.2,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,GJ.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4 |
| intergenic | Q242R GS.4 |
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| intergenic | g.C-25T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2 |
| intergenic | g.CG-25_-24TA GK.2 |
| intergenic | K47R DV.7.1,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2 |
| intergenic | G49G BA.5.1.24,GK.2 |
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| intergenic | G82_V86del BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5,BA.5.1.1,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,BE.1.1,BF.26,BQ.1.13,BF.10,BA.5.5,BA.4.6,BQ.1.2.3,FD.1.1,BA.5.6,BA.2.3,BQ.1,GK.2 |
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| intergenic | R124C CK.2,GK.2 |
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| intergenic | L570L BA.5,BA.4.6,EG.5.1.3,EG.6.1,FD.1.1,GK.2.1,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GK.2 |
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| intergenic | D762D BA.5.5,GK.2.1 |
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| intergenic | G1307S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2 |
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| intergenic | L1441L BA.5.1.30,DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.5.1,FK.1.1,GK.1,GK.2 |
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| intergenic | F2172F BQ.1.1.8,BQ.1.13,BF.10,BA.5.5,GK.2.1,GW.5 |
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| intergenic | D2492A GK.2 |
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| intergenic | F2979F GK.2 |
| intergenic | V3005I FU.1,GK.2.1 |
| intergenic | L3027F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GS.3,GS.4,GK.2 |
| intergenic | V3053V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2 |
| intergenic | T3090I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2 |
| intergenic | I3126I GK.2 |
| intergenic | L3198L BA.2.12,BA.5.2.8,FU.2,GK.2 |
| intergenic | L3201F BA.2.12,DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2 |
| intergenic | N3243N GK.2 |
| intergenic | T3255I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2 |
| intergenic | D3311D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2 |
| intergenic | L3313L FD.1.1,GK.2 |
| intergenic | K3353R BA.2.12,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.1.24,BA.5,DV.7.1,BA.5.2.20,CH.1.1.28,BF.10,BQ.1.2.3,BA.2.3,GK.2 |
| intergenic | P3359P GK.2 |
| intergenic | P3395H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2 |
| intergenic | F3397F EG.5.1,FL.20,GS.4,GK.2 |
| intergenic | L3585L BA.5.1.10,BA.4,BA.5,BA.5.2.20,BF.26,FL.10.1,BQ.1,GW.5,GK.2 |
| intergenic | L3606F BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.2.8,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,DV.7.1,BA.5.2.20,BE.1.1,BF.26,BQ.1.13,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,FK.1.1,EG.6.1,BA.5.6,EG.5.1.6,FL.15,FU.1,FU.2,BA.2.3,BQ.1,GK.2 |
| ORF1a | H3631H / NSP6 |
| intergenic | H3631H BQ.1.1.8,GJ.1.2.6,GK.2 |
| intergenic | T3646T FU.1,GK.2 |
| intergenic | 3676del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2 |
| intergenic | F3677del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2 |
| intergenic | S3675del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2 |
| intergenic | M3752I EG.5.1.8,GK.2 |
| intergenic | N3896N BA.5.1.1,GK.2 |
| intergenic | A4068S GK.2.1,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GK.2 |
| intergenic | Q4151R BA.5.2.8,GK.2 |
| intergenic | L4185L EG.7,EG.5.1,GK.2 |
| intergenic | D4190D GK.2 |
| intergenic | I4205I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GK.2.1,FL.20,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2 |
| intergenic | A4357A DV.7.1.2,EG.5.1,GK.2 |
| intergenic | D4384D EG.5.1,FL.15,GK.2.1 |
| intergenic | T4640T BA.5.1.1,GS.4,GK.2 |
| intergenic | T4711I GK.2 |
| intergenic | P4715L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2 |
| intergenic | N4748N GK.2 |
| intergenic | G4824G GK.2 |
| intergenic | I4886I BA.4.6,GK.2 |
| intergenic | G5063S BA.5.1.1,BA.5.1.30,DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2 |
| intergenic | L5150L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2 |
| intergenic | F5158F BA.1.14,BA.4,BQ.1.1.8,BF.26,BA.1.15,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2 |
| ORF1b | S5164C / NSP12 |
| intergenic | T5195T GK.2 |
| intergenic | D5225D BA.5.1.24,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2 |
| intergenic | Q5324Q GK.2 |
| intergenic | S5360P BA.5.1.24,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GK.2.1,FL.20,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GK.2 |
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| intergenic | N354N BA.5,EG.5.2.1,EG.6.1,BA.5.6,GK.2.1,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2 |
| intergenic | L368I EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2 |
| intergenic | S371F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2 |
| intergenic | S373P BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2 |
| intergenic | ST375FA BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2 |
| intergenic | D405N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2 |
| intergenic | R408S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2 |
| intergenic | K417N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2 |
| intergenic | N440K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2 |
| intergenic | VG445PS EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2 |
| intergenic | LF455FL DV.7.1,DV.7.1.2,EG.5.1.8,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.15,GK.2.1,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GK.2 |
| intergenic | N460K BA.2.86.1,BA.5,BQ.1.1.8,DV.7.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,CK.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2 |
| intergenic | ST477NK BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FY.4.1.1,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GK.2 |
| intergenic | N481D GK.2 |
| intergenic | E484A BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2 |
| intergenic | F486P BA.2.86.1,EG.10.1,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2 |
| intergenic | F490S EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EU.1.1,FL.14,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2 |
| intergenic | S494P EG.10.1,EG.5.1,EG.5.1.6,FY.4.1.1,GK.2 |
| intergenic | N501Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2 |
| intergenic | Y505H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2 |
| intergenic | V511I GK.2.1,GK.2 |
| intergenic | N606N DV.7.1.2,EG.5.1.6,GK.2 |
| intergenic | D614G BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2 |
| intergenic | F643del GK.2 |
| intergenic | H655Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2 |
| intergenic | N679K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2 |
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| intergenic | R20R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.4,BA.1.18,BA.4.1,DV.7.1,CH.1.1.28,BA.1.15,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2 |
| intergenic | E55D GK.2 |
| intergenic | D61L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.4,BA.4.1,DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2 |
| intergenic | g.G-4T GK.2 |
| ORF7a | A8E GK.2 |
| intergenic | T28I BA.5.2.3,BA.5,DV.7.1,FD.1.1,GK.2.1,GK.1 |
| intergenic | Y40Y BA.5.2.34,BA.5.2.3,BF.9,BA.5.2.20,BQ.1.13,CK.2,EG.6.1,GK.2 |
| intergenic | Q90Q GK.2 |
| intergenic | L18L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2 |
| intergenic | L34L BA.5.2.34,GK.2.1 |
| intergenic | G8X EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GK.2.1,FL.20,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GK.2 |
| intergenic | T11I FU.1,GK.2.1 |
| intergenic | Y31H GK.2 |
| intergenic | P38S BA.5.5,FL.1.5,GK.2.1,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GK.2 |
| intergenic | C90Y BE.1.1,EG.6.1,GK.2 |
| intergenic | C102F EG.7,GK.2 |
| intergenic | C102Y GK.2 |
| intergenic | F120F BA.5.1.2,BF.26,FL.1.5,EU.1.1,BA.2.3,GK.2.1,GK.1 |
| intergenic | g.A-3T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2 |
| intergenic | N8N BF.10,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,BA.5.6,FL.20.2,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GK.2.1,FL.20,GK.1.3,GW.5,GS.3 |
| intergenic | P13L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2 |
| intergenic | P20P BA.5.5,GK.2 |
| intergenic | E31_S33del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BF.28,BE.1.1,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GK.2 |
| intergenic | A50A BF.26,BA.2.3,GK.2.1 |
| intergenic | F66F BA.5.2.20,GS.3,GK.2 |
| intergenic | A90S GK.2 |
| intergenic | A152S BA.5.1.10,BA.5.1.2,GK.2.1 |
| intergenic | T166I DV.7.1,FL.15,GK.2 |
| intergenic | P168S GK.2 |
| intergenic | R195K GK.2 |
| intergenic | RG203KR BA.1.14,BA.5.1.10,BA.5.1.24,BA.1.18,BQ.1.1.8,BF.28,BE.1.1,EG.5.1.9,EG.5.1.4,FD.1.1,GA.4.1,FU.2,BA.2.3,GK.2.1 |
| intergenic | RG203KR BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,DV.7.1,BA.5.2.20,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,BA.5.6,FL.20.2,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,GJ.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2 |
| intergenic | A208A GK.2 |
| intergenic | T271I BA.5.1.10,EU.1.1,GK.2 |
| intergenic | P309P BA.4.1,BA.5.2.20,BF.10,BA.4.6,BQ.1,GK.2 |
| intergenic | L353L BA.5.2.34,GK.2 |
| intergenic | S413R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2 |
| intergenic | Q418L GK.3.1,GK.2 |
| intergenic | g.C-12T GK.2 |
| intergenic | g.G29688T BF.10,GK.2.1 |
| intergenic | g.CGAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTG29733C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BA.5.1.2,BF.9,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,DV.7.1.2,BF.10,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2 |
| intergenic | g.C-25T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | K47R DV.7.1,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | S74S CH.1.1.28,GZ.1 |
| intergenic | S135R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | S302F BA.5.1.24,BF.9,FU.1,BA.2.3,GW.5,GZ.1 |
| intergenic | T842I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | N869S FK.1.1,GZ.1 |
| intergenic | F924F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | S994N GZ.1 |
| intergenic | T1055I CH.1.1.28,GZ.1 |
| intergenic | N1109N GZ.1 |
| ORF1a | K1194K / NSP3 |
| intergenic | K1194K GZ.1 |
| intergenic | V1211L GZ.1 |
| intergenic | G1307S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | D1323D BA.5.1.24,FL.10.1,GJ.1,GJ.1.2.6,GS.4,GZ.1 |
| intergenic | A1352A BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
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| intergenic | G2091S GJ.1,GJ.1.2.6,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
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| intergenic | V3053V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | T3090I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | L3198L BA.2.12,BA.5.2.8,FU.2,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | L3201F BA.2.12,DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | T3255I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | D3311D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | P3395H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | 3676del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | F3677del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | S3675del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | N3801N BA.5.2.34,GZ.1 |
| intergenic | S3834S GZ.1 |
| intergenic | D3936D BA.5.1.2,GZ.1 |
| intergenic | I4205I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GK.2.1,FL.20,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | T4217I BA.5.1.2,GZ.1 |
| intergenic | P4619L BF.9,GK.3.1,GZ.1 |
| intergenic | P4715L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | T4736I BA.5.1.30,GZ.1 |
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| intergenic | L5150L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | F5158F BA.1.14,BA.4,BQ.1.1.8,BF.26,BA.1.15,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | D5225D BA.5.1.24,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | H5488Y BF.26,EG.5.1,BA.5.6,GZ.1 |
| ORF1b | T5675A / NSP13 |
| intergenic | T5675A GZ.1 |
| intergenic | R5716C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | Y5865Y EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | I5967V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | M6166T GZ.1 |
| ORF1b | P6267P / NSP14 |
| intergenic | P6267P BA.4.6,GZ.1 |
| intergenic | P6354P EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | I6537I BE.1.1,GZ.1 |
| intergenic | T6564I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | E6597E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| ORF1b | D6762Y / NSP15 |
| intergenic | D6762Y GZ.1 |
| intergenic | T19I BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | L24_A27delinsS BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | V83A EG.10.1,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GZ.1 |
| intergenic | G142_Y144delinsDV BA.2.86.1,BA.5.2.34,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,BF.28,BF.26,BQ.1.13,BF.10,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | H146Q EG.5.1.9,FL.1.5,FL.14,FL.10.1,FL.15.1.1,FL.8,FL.25,GJ.1,GK.2.1,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | Q183E EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,GK.2.1,FL.20,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | QG183EV GZ.1 |
| intergenic | F186L GK.1,GZ.1 |
| intergenic | D198G GZ.1 |
| intergenic | V213E BA.5.1.10,BA.5,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | D253G GJ.1,GJ.1.2.6,GS.3,GS.4,GZ.1 |
| intergenic | G339H BA.2.86.1,DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | R346T BA.4.1.8,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GZ.1 |
| intergenic | L368I GZ.1 |
| intergenic | S371F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | S373P BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | ST375FA BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | D405N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | R408S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | K417N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | N440K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | VG445PS EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | N460K BA.2.86.1,BA.5,BQ.1.1.8,DV.7.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,CK.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | ST477NQ GZ.1 |
| intergenic | E484A BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | F486P BA.2.86.1,EG.10.1,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | F490S EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EU.1.1,FL.14,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | N501Y GZ.1 |
| intergenic | Y505H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | P521S EG.5.1.4,EU.1.1,GJ.1,GJ.1.2.6,GS.3,GS.4,GZ.1 |
| intergenic | D614G BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | H655Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | N679K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | P681H BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | N764K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | T768S GZ.1 |
| intergenic | Q954H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | N969K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | T1009I GZ.1 |
| intergenic | V1129I BF.10,GZ.1 |
| intergenic | D1146D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | F8F BA.2.12,BA.4,DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | T64T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | T223I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BQ.1.1.8,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | T9I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | T11A DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | Q19E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | F53F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.4.1,BA.5.1.30,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.6,GA.4.1,EG.5.1.6,GZ.1 |
| intergenic | A63T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | F112F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.4,BA.4.1,DV.7.1,BA.5.2.20,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | R20R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.4,BA.1.18,BA.4.1,DV.7.1,CH.1.1.28,BA.1.15,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | D61L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.4,BA.4.1,DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | A13V GJ.1,GJ.1.2.6,GS.3,GS.4,GZ.1 |
| intergenic | 19 EG.5.1.4,FK.1.1,GZ.1 |
| intergenic | L18L EG.5.1.4,GZ.1 |
| intergenic | g.A-3T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | P13L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1 |
| intergenic | N27K GZ.1 |
| intergenic | E31_S33del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BF.28,BE.1.1,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GK.2,GZ.1 |
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| intergenic | A273S BA.5.2.34,GZ.1 |
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| intergenic | V3053V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7 |
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| intergenic | A3143V DV.7.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,EG.5.1.4,EG.5.1,EG.5.1.6,HK.7 |
| intergenic | L3201F BA.2.12,DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7 |
| intergenic | T3255I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7 |
| intergenic | D3311D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7 |
| intergenic | P3395H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7 |
| intergenic | Q3536L HK.7 |
| intergenic | 3676del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7 |
| intergenic | F3677del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7 |
| intergenic | S3675del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7 |
| intergenic | L3829F BA.5.1.24,BQ.1.1.8,DV.7.1,BE.1.1,BQ.1.13,BA.5.5,BA.4.6,BQ.1.2.3,EU.1.1,FK.1.1,FU.1,FU.2,FL.20,BQ.1,GW.5,HK.7 |
| intergenic | T4175I BA.2.86.1,BA.5.1.24,BA.5.1.2,DV.7.1,BA.5.2.20,BE.1.1,BF.26,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FL.20.2,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FL.25,BA.2.3,FL.20,GK.1,HK.7 |
| intergenic | I4205I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GK.2.1,FL.20,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7 |
| intergenic | G4222S HK.7 |
| intergenic | D4455N EG.5.1,HK.7 |
| intergenic | R4510C HK.7 |
| intergenic | E4669V HK.7 |
| intergenic | P4715L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7 |
| intergenic | G5063S BA.5.1.1,BA.5.1.30,DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7 |
| intergenic | L5150L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7 |
| intergenic | F5158F BA.1.14,BA.4,BQ.1.1.8,BF.26,BA.1.15,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7 |
| intergenic | T5198I HK.7 |
| intergenic | D5225D BA.5.1.24,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7 |
| intergenic | S5360P BA.5.1.24,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GK.2.1,FL.20,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GK.2,HK.7 |
| intergenic | T5538T EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,EG.7,EG.5.1.4,EG.5.1,EG.6.1,EG.5.1.6,HK.7 |
| intergenic | Y5593H HK.7 |
| intergenic | R5716C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7 |
| intergenic | Y5865Y EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7 |
| intergenic | I5967V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7 |
| intergenic | P6076P BA.2.86.1,EG.5.1.8,EG.5.1.3,EG.5.1.9,EG.5.1.4,EG.5.1,EG.5.1.6,HK.7 |
| intergenic | P6354P EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7 |
| intergenic | T6564I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7 |
| intergenic | E6597E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7 |
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| intergenic | L368I EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,HK.7 |
| intergenic | S371F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7 |
| intergenic | S373P BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7 |
| intergenic | ST375FA BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7 |
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| intergenic | D405N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7 |
| intergenic | R408S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7 |
| intergenic | K417N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7 |
| intergenic | N440K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7 |
| intergenic | VG445PS EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7 |
| intergenic | N460K BA.2.86.1,BA.5,BQ.1.1.8,DV.7.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,CK.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7 |
| intergenic | ST477NK BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FY.4.1.1,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GK.2,HK.7 |
| intergenic | E484A BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7 |
| intergenic | F486P BA.2.86.1,EG.10.1,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7 |
| intergenic | F490S EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EU.1.1,FL.14,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7 |
| intergenic | N501Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,HK.7 |
| intergenic | Y505H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7 |
| intergenic | D614G BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7 |
| intergenic | H655Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7 |
| intergenic | N679K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7 |
| intergenic | P681H BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7 |
| intergenic | I692I BA.5.1.10,BA.4.6,FL.14,EG.6.1,FU.2,GK.1.3,HK.7 |
| intergenic | N703K HK.7 |
| intergenic | N764K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7 |
| intergenic | Q954H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7 |
| intergenic | T961T HK.7 |
| intergenic | N969K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7 |
| intergenic | D1146D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7 |
| intergenic | G1267R HK.7 |
| intergenic | F8F BA.2.12,BA.4,DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7 |
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| intergenic | T64T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7 |
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| intergenic | Q19E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7 |
| intergenic | A63T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7 |
| intergenic | F112F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.4,BA.4.1,DV.7.1,BA.5.2.20,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7 |
| intergenic | I161I BA.5.2.3,BF.10,FD.1.1,HK.7 |
| intergenic | R20R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.4,BA.1.18,BA.4.1,DV.7.1,CH.1.1.28,BA.1.15,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7 |
| intergenic | D61L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.4,BA.4.1,DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7 |
| intergenic | G38G EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,EG.7,EG.5.1.4,EG.6.1,EG.5.1.6,HK.7 |
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| intergenic | G8X EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GK.2.1,FL.20,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GK.2,HK.7 |
| intergenic | P85S FD.1.1,FL.25,HK.7 |
| intergenic | g.A-3T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7 |
| intergenic | N8N BF.10,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,BA.5.6,FL.20.2,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GK.2.1,FL.20,GK.1.3,GW.5,GS.3,HK.7 |
| intergenic | P13L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7 |
| intergenic | PR13LC HK.7 |
| intergenic | E31_S33del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BF.28,BE.1.1,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GK.2,GZ.1,HK.7 |
| intergenic | RG203KR BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,DV.7.1,BA.5.2.20,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,BA.5.6,FL.20.2,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,GJ.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7 |
| intergenic | F274F BA.5.1.10,BA.5,BF.9,DV.7.1,BF.26,EG.5.1,BA.5.6,FL.15,HK.7 |
| intergenic | S413R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7 |
| intergenic | S23F BA.5,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,EG.5.1.4,EG.5.1,EG.5.1.6,HK.7 |
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| intergenic | T3090I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1 |
| intergenic | L3198L BA.2.12,BA.5.2.8,FU.2,GK.2,GZ.1,GK.1.1 |
| intergenic | L3201F BA.2.12,DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1 |
| intergenic | T3255I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1 |
| intergenic | N3291N BA.1.17,BA.4,BA.5.1.2,BF.9,BE.1.1,EG.5.1,FL.20,GK.3.1,GK.1.1 |
| intergenic | D3311D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1 |
| intergenic | A3357A BA.4,BQ.1.13,GK.1.1 |
| intergenic | R3368R BA.5.1.10,BA.4,BA.5.1.1,BA.4.1,BA.5.2.20,BE.1.1,BA.4.6,FU.2,BA.2.3,BQ.1,GK.1.1 |
| intergenic | A3379V GK.1.1 |
| intergenic | P3395H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1 |
| intergenic | L3606F BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.2.8,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,DV.7.1,BA.5.2.20,BE.1.1,BF.26,BQ.1.13,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,FK.1.1,EG.6.1,BA.5.6,EG.5.1.6,FL.15,FU.1,FU.2,BA.2.3,BQ.1,GK.2,GK.1.1 |
| intergenic | R3662C GK.1.1 |
| intergenic | 3676del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1 |
| intergenic | F3677del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1 |
| intergenic | S3675del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1 |
| intergenic | L3754L GK.1.1 |
| intergenic | L3781I GK.1.1 |
| intergenic | E3932G GK.1.1 |
| intergenic | T3940T CK.2,BA.4.6,BQ.1,GK.1.1 |
| intergenic | L4059L GK.1.1 |
| intergenic | I4061T GK.1.1 |
| intergenic | A4068S GK.2.1,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GK.2,GK.1.1 |
| intergenic | T4158N GK.1.1 |
| intergenic | T4175A FU.1,GK.1.1 |
| intergenic | I4205I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GK.2.1,FL.20,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1 |
| intergenic | P4715L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1 |
| intergenic | L4779L BA.4,BE.1.1,BA.5.5,BA.4.6,EG.5.1.3,EG.5.1.4,FY.3.1,GK.1.1 |
| intergenic | F4811F BA.2.12,GK.1.1 |
| intergenic | V4865I GK.1.1 |
| intergenic | D4891D FL.15,GK.1.1 |
| intergenic | L4919L GK.1.1 |
| intergenic | A4972A BA.4,BQ.1.13,GK.1.1 |
| intergenic | G5063S BA.5.1.1,BA.5.1.30,DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1 |
| intergenic | N5105N GK.1.1 |
| intergenic | L5150L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1 |
| intergenic | F5158F BA.1.14,BA.4,BQ.1.1.8,BF.26,BA.1.15,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1 |
| intergenic | S5160N GK.1.1 |
| intergenic | D5225D BA.5.1.24,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1 |
| intergenic | I5229I FL.15,GK.1.1 |
| intergenic | S5360P BA.5.1.24,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GK.2.1,FL.20,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GK.2,HK.7,GK.1.1 |
| intergenic | A5620A EU.1.1,FD.1.1,GK.2.1,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GK.2,GK.1.1 |
| intergenic | H5635H GK.1.1 |
| intergenic | V5680V BA.4.1.8,BF.28,FL.1.5,EG.7,FU.1,GK.1.1 |
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| intergenic | R5716C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1 |
| intergenic | V5808F GK.1.1 |
| intergenic | Y5865Y EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1 |
| intergenic | L5932L BA.5.2.34,BA.5.1.30,BA.5.2.20,BA.2.3,GJ.1,GK.1.1 |
| intergenic | T5956I BA.5.2.2,BA.5,FD.1.1,GK.1.1 |
| intergenic | I5967V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1 |
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| S | F32L GK.1.1 |
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| intergenic | S256L BA.5.1.2,BQ.1,GK.1.1 |
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| intergenic | R346T BA.4.1.8,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GZ.1,HK.7,GK.1.1 |
| intergenic | N354N BA.5,EG.5.2.1,EG.6.1,BA.5.6,GK.2.1,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GK.1.1 |
| intergenic | L368I EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,HK.7,GK.1.1 |
| intergenic | S371F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1 |
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| intergenic | ST375FA BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1 |
| intergenic | D405N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1 |
| intergenic | R408S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1 |
| intergenic | K417N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1 |
| intergenic | N440K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1 |
| intergenic | VG445PS EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1 |
| intergenic | LF455FL DV.7.1,DV.7.1.2,EG.5.1.8,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.15,GK.2.1,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GK.2,GK.1.1 |
| intergenic | N460K BA.2.86.1,BA.5,BQ.1.1.8,DV.7.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,CK.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1 |
| intergenic | ST477NK BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FY.4.1.1,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GK.2,HK.7,GK.1.1 |
| intergenic | STP477NKL GK.1.1 |
| intergenic | EGF484AGP EG.5.1.8,EG.7,GK.1.1 |
| intergenic | F490S EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EU.1.1,FL.14,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1 |
| intergenic | N501Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,HK.7,GK.1.1 |
| intergenic | Y505H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1 |
| intergenic | F559F GK.1.1 |
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| intergenic | E583D GK.1.1 |
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| intergenic | N679K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1 |
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| intergenic | N764K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1 |
| intergenic | N824N BA.4.1,GW.5,GK.1.1 |
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| intergenic | Q72H GK.1.1 |
| intergenic | g.A-3T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1 |
| intergenic | P13L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1 |
| intergenic | D22A GK.1.1 |
| intergenic | E31_S33del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BF.28,BE.1.1,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1 |
| intergenic | F53F BE.1.1,EG.5.1,GK.1.1 |
| intergenic | F110F BA.5.1.10,BA.5.2.8,BQ.1.1.8,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,DV.7.1.2,EG.5.1,BA.5.6,GK.1.1 |
| intergenic | P117P BA.2.12,GK.1.1 |
| intergenic | D128D BA.5.1.2,BA.5.1.30,DV.7.1,BQ.1.2.3,GK.1.3,GK.1,GK.1.1 |
| intergenic | A134A BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.2.3,BA.5.2.8,BA.5.1.2,BA.4.1,BA.5.1.30,BA.5.2.20,BF.28,BA.1.15,FK.1.1,FL.15,BA.2.3,GK.1.1 |
| intergenic | P162L GK.1.1 |
| intergenic | A173V BA.5.2.20,BA.4.6,EG.7,EG.5.1.4,EU.1.1,GK.1.1 |
| intergenic | Q181K GK.1.1 |
| intergenic | T198I GK.1.1 |
| intergenic | RG203KR BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,DV.7.1,BA.5.2.20,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,BA.5.6,FL.20.2,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,GJ.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1 |
| intergenic | G287G FL.10.1,EG.5.1.6,GK.1.1 |
| intergenic | T379T GK.1.1 |
| intergenic | S413R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1 |
| intergenic | C19C BA.2.86.1,BA.5.1.24,BA.5,BA.5.1.1,BA.4.1,BA.5.2.20,BF.28,BQ.1.13,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,FU.2,BQ.1,GK.1.1 |
| intergenic | g.G29706A BA.5.1.2,GK.1.1 |
| intergenic | g.CACCGAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTG29730CACC GK.1.1 |
| intergenic | g.CACCGAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTG29730TACC GK.1.1 |
| intergenic | g.C-160T BA.5.1.24,BE.1.1,BA.1.15,EG.5.1.3,GY.5 |
| intergenic | g.C-25T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5 |
| intergenic | K47R DV.7.1,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5 |
| intergenic | S135R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5 |
| intergenic | M297I GY.5 |
| intergenic | G327D GY.5 |
| intergenic | S443F BA.5.2.2,BF.41,BA.5.2.20,FL.20,GY.5 |
| intergenic | E444E GY.5 |
| intergenic | L450F EG.7,GY.5 |
| intergenic | V606I BF.9,GY.5 |
| intergenic | G715G BE.1.1,GY.5 |
| ORF1a | A735S / NSP2 |
| intergenic | A735S GY.5 |
| intergenic | I740I BA.2.12,BA.5,CK.2,BA.4.6,FU.2,GK.1,GY.5 |
| intergenic | T842I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5 |
| intergenic | E913D GY.5 |
| intergenic | F924F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5 |
| intergenic | P926H GY.5 |
| intergenic | S944L BF.41,BA.4.6,EG.5.1.4,EG.5.1.6,GK.2.1,GK.3.1,GS.4,GY.5 |
| ORF1a | D954D / NSP3 |
| intergenic | D954D GY.5 |
| intergenic | E1142K GY.5 |
| intergenic | R1170R BE.1.1,GY.5 |
| ORF1a | S1195N / NSP3 |
| intergenic | S1195N GY.5 |
| intergenic | E1205D GY.5 |
| intergenic | E1209E GY.5 |
| intergenic | G1307S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5 |
| intergenic | A1352A BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5 |
| ORF1a | T1474T / NSP3 |
| intergenic | T1474T GY.5 |
| intergenic | T1496I GY.5 |
| intergenic | I1505T GY.5 |
| intergenic | D1513N GY.5 |
| intergenic | R1628C BF.26,GK.3.1,GK.2,GY.5 |
| intergenic | Q1758Q BQ.1.1.8,GY.5 |
| intergenic | P1786L BA.5,GY.5 |
| intergenic | T1822I BA.1.18,BA.4.1,FU.1,BQ.1,GY.5 |
| intergenic | I2010V FL.20.2,FL.20,GY.5 |
| ORF1a | M2036L / NSP3 |
| intergenic | M2036L GY.5 |
| intergenic | V2061F GY.5 |
| intergenic | H2092H GK.2.1,HK.7,GY.5 |
| ORF1a | A2097T / NSP3 |
| intergenic | A2097T GY.5 |
| intergenic | N2272N BA.2.12,DV.7.1.2,GY.5 |
| intergenic | S2312L EG.7,GY.5 |
| intergenic | I2368L GY.5 |
| intergenic | D2592N GY.5 |
| ORF1a | A2704A / NSP3 |
| intergenic | A2704A GY.5 |
| intergenic | G2871G BA.5.1.2,GY.5 |
| intergenic | F2884F BF.28,BA.5.5,FL.8,GY.5 |
| intergenic | P2950P GY.5 |
| intergenic | V2975V EG.5.2.1,GW.5,GY.5 |
| intergenic | S2981S EG.10.1,FL.15.1.1,GY.5 |
| intergenic | L3027F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5 |
| ORF1a | A3049V / NSP4 |
| intergenic | A3049V GY.5 |
| intergenic | V3053V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5 |
| intergenic | V3056A GY.5 |
| intergenic | T3090I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5 |
| intergenic | L3201F BA.2.12,DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5 |
| intergenic | T3255I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5 |
| intergenic | D3311D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5 |
| intergenic | D3355D FD.1.1,GY.5 |
| intergenic | P3395H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5 |
| intergenic | A3523A EG.5.1.4,FD.1.1,FL.20.2,FL.20,GY.5 |
| intergenic | T3579I EG.5.1,EU.1.1,GY.5 |
| intergenic | L3606F BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.2.8,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,DV.7.1,BA.5.2.20,BE.1.1,BF.26,BQ.1.13,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,FK.1.1,EG.6.1,BA.5.6,EG.5.1.6,FL.15,FU.1,FU.2,BA.2.3,BQ.1,GK.2,GK.1.1,GY.5 |
| intergenic | A3610I GY.5 |
| intergenic | 3676del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5 |
| intergenic | F3677del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5 |
| intergenic | S3675del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5 |
| intergenic | L3829F GY.5 |
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| intergenic | 4157 GY.5 |
| intergenic | A4155A FU.1,FU.2,GY.5 |
| intergenic | T4202T BQ.1.1.8,GY.5 |
| intergenic | I4205I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GK.2.1,FL.20,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5 |
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| intergenic | F5158F BA.1.14,BA.4,BQ.1.1.8,BF.26,BA.1.15,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5 |
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| intergenic | S373P BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5 |
| intergenic | ST375FA BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5 |
| intergenic | D405N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5 |
| intergenic | R408S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5 |
| intergenic | K417N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5 |
| intergenic | V433V GY.5 |
| intergenic | N440K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5 |
| intergenic | VG445PS EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5 |
| intergenic | VG445SS FU.2,GY.5 |
| intergenic | N460K BA.2.86.1,BA.5,BQ.1.1.8,DV.7.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,CK.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5 |
| intergenic | ST477NR CH.1.1.28,FL.20.2,GA.4.1,FU.1,FU.2,GJ.1.2.6,GS.3,GS.4,GY.5 |
| intergenic | EGF484AGP EG.5.1.8,EG.7,GK.1.1,GY.5 |
| intergenic | F490S EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EU.1.1,FL.14,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5 |
| intergenic | N501Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,HK.7,GK.1.1,GY.5 |
| intergenic | Y505H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5 |
| intergenic | D614G BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5 |
| intergenic | P621S BA.2.86.1,GY.5 |
| intergenic | H655Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5 |
| intergenic | N679K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5 |
| intergenic | P681H BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5 |
| intergenic | N764K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5 |
| intergenic | Q954H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5 |
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| S | P1112S GY.5 |
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| intergenic | D1146D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5 |
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| intergenic | S60S BA.5.1.2,DV.7.1,BA.4.6,EG.5.1,EG.5.1.6,GK.2,HK.7,GY.5 |
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| intergenic | T223I BA.2.12,BA.5.1.30,EG.5.1.3,GY.5 |
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| intergenic | T11A DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5 |
| intergenic | Q19E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5 |
| intergenic | A63T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5 |
| intergenic | F112F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.4,BA.4.1,DV.7.1,BA.5.2.20,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5 |
| intergenic | H148Y FL.14,GY.5 |
| intergenic | R20R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.4,BA.1.18,BA.4.1,DV.7.1,CH.1.1.28,BA.1.15,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5 |
| intergenic | D61L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.4,BA.4.1,DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5 |
| intergenic | G38G EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,EG.7,EG.5.1.4,EG.6.1,EG.5.1.6,HK.7,GY.5 |
| intergenic | F59V GY.5 |
| ORF7a | F59V GY.5 |
| intergenic | D69D BA.1.14,BA.5.2.8,EG.5.1.6,GY.5 |
| intergenic | R118S GY.5 |
| intergenic | T120I BQ.1.1.8,BF.28,DV.7.1.2,GY.5 |
| intergenic | 19 EG.5.1.4,FK.1.1,GZ.1,HK.7,GY.5 |
| intergenic | L18L EG.5.1.4,GZ.1,HK.7,GY.5 |
| intergenic | X44QextX? GY.5 |
| intergenic | G8X EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GK.2.1,FL.20,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GK.2,HK.7,GK.1.1,GY.5 |
| intergenic | C37S GY.5 |
| intergenic | Q91X GS.4,GY.5 |
| intergenic | g.A-3T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5 |
| intergenic | N8N BF.10,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,BA.5.6,FL.20.2,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GK.2.1,FL.20,GK.1.3,GW.5,GS.3,HK.7,GY.5 |
| intergenic | P13L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5 |
| intergenic | E31_S33del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BF.28,BE.1.1,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5 |
| intergenic | Q58Q FU.1,FU.2,GK.1.3,GY.5 |
| intergenic | D128D BA.5.1.2,BA.5.1.30,DV.7.1,BQ.1.2.3,GK.1.3,GK.1,GK.1.1,GY.5 |
| intergenic | H145Y DV.7.1.2,GS.4,GY.5 |
| intergenic | RG203KR BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,DV.7.1,BA.5.2.20,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,BA.5.6,FL.20.2,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,GJ.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5 |
| intergenic | S206F GY.5 |
| intergenic | A208V GA.4.1,GY.5 |
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| intergenic | S413R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5 |
| intergenic | P10S BA.2.12,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5.2.8,GK.1,GY.5 |
| intergenic | S23F BA.5,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,EG.5.1.4,EG.5.1,EG.5.1.6,HK.7,GY.5 |
| intergenic | L37F BA.5.1.10,BA.5.1.24,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.1.2,BA.5.1.30,BE.1.1,BA.5.6,FL.15,GY.5 |
| intergenic | g.CGAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTG29733C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BA.5.1.2,BF.9,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,DV.7.1.2,BF.10,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GY.5 |
| intergenic | g.C-160G GE.1 |
| intergenic | g.C-25T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1 |
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| intergenic | V20I GE.1 |
| intergenic | R24S GE.1 |
| intergenic | L27L BA.5.1.24,FL.1.5.2,FL.10.1,GE.1 |
| ORF1a | F31L / NSP1 |
| intergenic | F31L GE.1 |
| intergenic | V38I GE.1 |
| intergenic | K47R DV.7.1,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1 |
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| intergenic | H81H BA.5.2.2,GE.1 |
| intergenic | M85_V86del BA.5.1.1,BA.5.1.30,BE.1.1,BQ.1.13,BA.4.6,FD.1.1,BA.5.6,BA.2.3,GE.1 |
| intergenic | M85del BA.2.12,BA.5,BA.5.1.1,BA.4.1,BQ.1.1.8,BE.1.1,BF.26,BA.4.6,FD.1.1,GE.1 |
| intergenic | E91K GE.1 |
| intergenic | E93K GE.1 |
| intergenic | Y97Y BA.5.1.24,EG.5.1.8,EG.5.2.1,GE.1 |
| intergenic | G112G BF.20,FL.1.5.2,GE.1 |
| intergenic | A117T BA.5,GE.1 |
| intergenic | S135R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1 |
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| intergenic | A260A GE.1 |
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| ORF1a | K322N / NSP2 |
| intergenic | K322N GE.1 |
| intergenic | C341C BA.5.2.34,BA.5.1.30,BF.28,BA.5.5,EG.5.1.8,EG.5.1.3,FK.1.1,GE.1 |
| intergenic | P361P BA.2.86.1,BA.5.1.1,BA.5.1.30,BA.5.6,GK.2.1,GK.1,GE.1 |
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| intergenic | A537A FL.15,GE.1 |
| intergenic | Q556K BA.4,BA.5,BQ.1.1.8,BE.1.1,BQ.1.13,BQ.1.2.3,BQ.1,GE.1 |
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| intergenic | H712H BA.5.2.34,GE.1 |
| ORF1a | T727T / NSP2 |
| intergenic | T727T GE.1 |
| intergenic | L730L BA.4,FL.2.3,GE.1 |
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| intergenic | L778L EG.5.1.8,GE.1 |
| intergenic | T842I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1 |
| intergenic | L864L BA.5.1.24,GE.1 |
| intergenic | F924F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1 |
| intergenic | A967V BA.4,FU.1,GE.1 |
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| intergenic | F490S EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EU.1.1,FL.14,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1 |
| intergenic | N501Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1 |
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| intergenic | 44 GE.1 |
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| intergenic | V256del BA.5.2.2,BA.5.1.30,EG.5.1.3,FL.20.2,GE.1 |
| intergenic | T9I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1 |
| intergenic | T11A DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1 |
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| intergenic | R146H DV.7.1,EG.6.1,GE.1 |
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| intergenic | D61L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.4,BA.4.1,DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1 |
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| intergenic | D3D GE.1 |
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| intergenic | P13L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1 |
| intergenic | E31_S33del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BF.28,BE.1.1,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1 |
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| intergenic | g.GAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTGTAC29734TAT BA.5.2.3,BA.4.1,BA.5.2.20,BQ.1.13,EG.5.1.8,EG.5.1.3,EG.5.1.4,EG.5.1,FD.1.1,GE.1 |
| intergenic | g.C-25T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11 |
| intergenic | K47R DV.7.1,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11 |
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| intergenic | V3053V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11 |
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| intergenic | A3143V DV.7.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,EG.5.1.4,EG.5.1,EG.5.1.6,HK.7,HK.11 |
| intergenic | L3201F BA.2.12,DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11 |
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| intergenic | D3311D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11 |
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| intergenic | Y3502Y HK.11 |
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| intergenic | F5158F BA.1.14,BA.4,BQ.1.1.8,BF.26,BA.1.15,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11 |
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| intergenic | T19I BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11 |
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| intergenic | L368I EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11 |
| intergenic | S371F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11 |
| intergenic | S373P BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11 |
| intergenic | ST375FA BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11 |
| intergenic | D405N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11 |
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| intergenic | K417N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11 |
| intergenic | T430I HK.11 |
| intergenic | N440K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11 |
| intergenic | VG445PS EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11 |
| intergenic | LF455FL DV.7.1,DV.7.1.2,EG.5.1.8,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.15,GK.2.1,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GK.2,GK.1.1,HK.11 |
| intergenic | N460K BA.2.86.1,BA.5,BQ.1.1.8,DV.7.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,CK.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11 |
| intergenic | ST477NK BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FY.4.1.1,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GK.2,HK.7,GK.1.1,HK.11 |
| intergenic | E484A BA.5,BA.4.1,HK.11 |
| intergenic | VE483FA HK.11 |
| intergenic | F486P BA.2.86.1,EG.10.1,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GE.1,HK.11 |
| intergenic | F490S EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EU.1.1,FL.14,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11 |
| intergenic | N501Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11 |
| intergenic | Y505H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11 |
| intergenic | D614G BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11 |
| intergenic | H655Y BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11 |
| intergenic | N679K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11 |
| intergenic | P681H BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11 |
| intergenic | N764K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11 |
| intergenic | Y789Y BQ.1.2.3,HK.11 |
| intergenic | Q954H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11 |
| intergenic | N969K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11 |
| intergenic | S1051S EG.5.1.6,HK.11 |
| intergenic | V1065L HK.11 |
| intergenic | D1146D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11 |
| intergenic | F8F BA.2.12,BA.4,DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11 |
| intergenic | A59T HK.11 |
| intergenic | S60S BA.5.1.2,DV.7.1,BA.4.6,EG.5.1,EG.5.1.6,GK.2,HK.7,GY.5,HK.11 |
| intergenic | T64T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11 |
| intergenic | S171L GK.2,HK.11 |
| intergenic | G187V HK.11 |
| intergenic | T223I BA.2.12,BA.5.1.30,EG.5.1.3,GY.5,HK.11 |
| intergenic | T9I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11 |
| intergenic | T11A DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11 |
| intergenic | R69X HK.11 |
| intergenic | Q19E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11 |
| intergenic | A38S HK.11 |
| intergenic | A63T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11 |
| intergenic | F112F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.4,BA.4.1,DV.7.1,BA.5.2.20,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11 |
| intergenic | R20R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.4,BA.1.18,BA.4.1,DV.7.1,CH.1.1.28,BA.1.15,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11 |
| intergenic | D61L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.4,BA.4.1,DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11 |
| intergenic | G38G EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,EG.7,EG.5.1.4,EG.6.1,EG.5.1.6,HK.7,GY.5,HK.11 |
| intergenic | Q90L HK.11 |
| intergenic | V108V HK.11 |
| intergenic | T111K HK.11 |
| intergenic | L18L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GK.1.1,GE.1,HK.11 |
| intergenic | G8X EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GK.2.1,FL.20,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GK.2,HK.7,GK.1.1,GY.5,HK.11 |
| intergenic | G77G HK.11 |
| intergenic | g.A-3T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11 |
| intergenic | N8N BF.10,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,BA.5.6,FL.20.2,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GK.2.1,FL.20,GK.1.3,GW.5,GS.3,HK.7,GY.5,HK.11 |
| intergenic | P13L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11 |
| intergenic | E31_S33del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BF.28,BE.1.1,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11 |
| intergenic | A134A BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.2.3,BA.5.2.8,BA.5.1.2,BA.4.1,BA.5.1.30,BA.5.2.20,BF.28,BA.1.15,FK.1.1,FL.15,BA.2.3,GK.1.1,HK.11 |
| intergenic | N154S HK.11 |
| intergenic | A155A HK.11 |
| intergenic | S194A HK.11 |
| intergenic | RG203KR BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,DV.7.1,BA.5.2.20,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,BA.5.6,FL.20.2,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,GJ.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11 |
| intergenic | P383S BA.4.1,HK.11 |
| intergenic | S413R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11 |
| intergenic | S23F BA.5,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,EG.5.1.4,EG.5.1,EG.5.1.6,HK.7,GY.5,HK.11 |
| intergenic | g.CGAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTG29733C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BA.5.1.2,BF.9,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,DV.7.1.2,BF.10,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GY.5,HK.11 |
| intergenic | g.C-25T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1 |
| intergenic | K47R DV.7.1,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1 |
| ORF1a | H81Q / NSP1 |
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| intergenic | N348N FL.10.1,GV.1 |
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| intergenic | A482V CK.2,GV.1 |
| intergenic | G519S BA.5,BA.4.1,DV.7.1,BQ.1.13,EG.5.1.3,EG.7,EG.5.1,FL.15,FU.2,BA.2.3,GK.1,GS.3,GK.1.1,GE.1,GV.1 |
| intergenic | L530R GV.1 |
| intergenic | K672N GV.1 |
| intergenic | T842I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1 |
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| intergenic | L893L GV.1 |
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| intergenic | Y1174C GV.1 |
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| intergenic | T3255I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1 |
| intergenic | D3311D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1 |
| intergenic | L3313L FD.1.1,GK.2,GV.1 |
| intergenic | P3395H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1 |
| intergenic | T3459T BA.5.1.1,BE.1.1,EG.7,GV.1 |
| intergenic | L3606F BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.2.8,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,DV.7.1,BA.5.2.20,BE.1.1,BF.26,BQ.1.13,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,FK.1.1,EG.6.1,BA.5.6,EG.5.1.6,FL.15,FU.1,FU.2,BA.2.3,BQ.1,GK.2,GK.1.1,GY.5,GE.1,GV.1 |
| ORF1a | A3645S / NSP6 |
| intergenic | A3645S GV.1 |
| intergenic | 3676del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1 |
| intergenic | F3677del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1 |
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| intergenic | P4715L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1 |
| intergenic | A4774V GV.1 |
| intergenic | P4804S GV.1 |
| intergenic | F4820F BA.5.1.10,BA.4.1,BF.26,BQ.1.2.3,EG.5.1,BA.2.3,GV.1 |
| intergenic | N5020N BA.1.17,BA.5,BA.4.6,GV.1 |
| intergenic | G5063S BA.5.1.1,BA.5.1.30,DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1 |
| intergenic | L5150L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1 |
| intergenic | F5158F BA.1.14,BA.4,BQ.1.1.8,BF.26,BA.1.15,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1 |
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| intergenic | V5493F CH.1.1.28,GV.1 |
| intergenic | N5503N GV.1 |
| intergenic | Y5541Y BA.2.12,BA.1.17,BA.4,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.2,BA.5.1.30,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,BF.26,BF.10,BA.5.5,BA.4.6,EG.5.1.3,EG.5.1.9,EG.5.1.4,EG.5.1,FL.14,FK.1.1,BA.5.6,FL.20.2,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FU.1,BA.2.3,BQ.1,GS.3,GV.1 |
| intergenic | A5620A EU.1.1,FD.1.1,GK.2.1,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GK.2,GK.1.1,GV.1 |
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| intergenic | Y5865Y EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1 |
| intergenic | T5956I BA.5.2.2,BA.5,FD.1.1,GK.1.1,GV.1 |
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| intergenic | P6354P EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,HK.11,GV.1 |
| intergenic | T6564I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1 |
| intergenic | E6597E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1 |
| intergenic | V3A GV.1 |
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| intergenic | E12D GV.1 |
| M | E12D GV.1 |
| intergenic | Q19E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1 |
| intergenic | A63T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1 |
| intergenic | F112F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.4,BA.4.1,DV.7.1,BA.5.2.20,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1 |
| intergenic | R20R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.4,BA.1.18,BA.4.1,DV.7.1,CH.1.1.28,BA.1.15,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1 |
| intergenic | D61L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.4,BA.4.1,DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1 |
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| intergenic | K44R GV.1 |
| intergenic | T87fs GV.1 |
| intergenic | g.A-3T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1 |
| intergenic | N8N BF.10,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,BA.5.6,FL.20.2,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GK.2.1,FL.20,GK.1.3,GW.5,GS.3,HK.7,GY.5,HK.11,GV.1 |
| intergenic | P13L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1 |
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| intergenic | A134V GV.1 |
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| intergenic | S413R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1 |
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| intergenic | S135R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1 |
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| intergenic | F924F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1 |
| intergenic | G1101D HF.1.1 |
| intergenic | G1307S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1 |
| intergenic | A1352A BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1 |
| intergenic | L1963L HF.1.1 |
| intergenic | T2121I EG.5.1.3,HF.1.1 |
| intergenic | T2247T FK.1.1,EG.6.1,HF.1.1 |
| intergenic | L3027F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1 |
| intergenic | V3053V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1 |
| intergenic | T3090I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1 |
| intergenic | L3201F BA.2.12,DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1 |
| intergenic | F3241F HF.1.1 |
| intergenic | T3255I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1 |
| intergenic | D3311D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1 |
| intergenic | P3395H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1 |
| intergenic | 3676del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1 |
| intergenic | F3677del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1 |
| intergenic | S3675del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1 |
| intergenic | L3829F BA.5.1.24,BQ.1.1.8,DV.7.1,BE.1.1,BQ.1.13,BA.5.5,BA.4.6,BQ.1.2.3,EU.1.1,FK.1.1,FU.1,FU.2,FL.20,BQ.1,GW.5,HK.7,GV.1,HF.1.1 |
| intergenic | D3897D BA.5.1.2,BQ.1.1.8,FL.1.5,FL.2.3,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,FL.15.1.1,FL.8,FL.15,FL.25,FU.1,FU.2,FL.20,GY.5,HF.1.1 |
| intergenic | A4155A FU.1,FU.2,GY.5,HF.1.1 |
| intergenic | I4205I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GK.2.1,FL.20,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1 |
| intergenic | A4577V BA.5.1.30,GY.5,HF.1.1 |
| intergenic | P4715L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1 |
| intergenic | A4791T HF.1.1 |
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| intergenic | S371F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1 |
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| intergenic | ST375FA BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1 |
| intergenic | D405N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1 |
| intergenic | R408S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1 |
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| intergenic | N440K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1 |
| intergenic | VG445PS EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1 |
| intergenic | N460K BA.2.86.1,BA.5,BQ.1.1.8,DV.7.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,CK.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1 |
| intergenic | ST477NR CH.1.1.28,FL.20.2,GA.4.1,FU.1,FU.2,GJ.1.2.6,GS.3,GS.4,GY.5,GE.1,GV.1,HF.1.1 |
| intergenic | E484A BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GE.1,GV.1,HF.1.1 |
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| intergenic | Q19E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1 |
| intergenic | A63T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1 |
| intergenic | F112F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.4,BA.4.1,DV.7.1,BA.5.2.20,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1 |
| intergenic | R20R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.4,BA.1.18,BA.4.1,DV.7.1,CH.1.1.28,BA.1.15,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1 |
| intergenic | D61L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.4,BA.4.1,DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1 |
| intergenic | L18L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GK.1.1,GE.1,HK.11,HF.1.1 |
| intergenic | G8X HF.1.1 |
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| intergenic | S67S HF.1.1 |
| intergenic | g.A-3T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1 |
| intergenic | P6L HF.1.1 |
| intergenic | N8N BF.10,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,BA.5.6,FL.20.2,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GK.2.1,FL.20,GK.1.3,GW.5,GS.3,HK.7,GY.5,HK.11,GV.1,HF.1.1 |
| intergenic | P13L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1 |
| intergenic | E31_S33del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BF.28,BE.1.1,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1 |
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| intergenic | RG203KR BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,DV.7.1,BA.5.2.20,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,BA.5.6,FL.20.2,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,GJ.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1 |
| intergenic | N213N HF.1.1 |
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| intergenic | S413R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1 |
| intergenic | g.CGAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTG29733C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BA.5.1.2,BF.9,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,DV.7.1.2,BF.10,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GY.5,HK.11,GV.1,HF.1.1 |
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| intergenic | V5F HK.1 |
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| intergenic | K47R DV.7.1,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1,HK.1 |
| intergenic | S135R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1,HK.1 |
| intergenic | I473I BA.5.2.3,BF.9,BE.1.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,EG.6.1,BA.5.6,FL.15.1.1,EG.5.1.6,BA.2.3,HK.1 |
| intergenic | Q526H HK.1 |
| intergenic | S549S BA.5.2.3,BA.5.1.30,BA.5.2.20,EG.5.1,EU.1.1,FL.20.2,FL.20,BQ.1,HK.11 |
| intergenic | G604S FL.25,FU.1,HK.1 |
| intergenic | A690V DV.7.1,BA.5.2.20,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,EG.5.1.4,EG.5.1,EG.6.1,EG.5.1.6,BA.2.3,HK.7,HK.11,HK.1 |
| intergenic | G696G BA.5.2.20,HK.11 |
| intergenic | L758L HK.1 |
| intergenic | T842I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1,HK.1 |
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| intergenic | V3053V BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1,HK.1 |
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| intergenic | L3201F BA.2.12,DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1,HK.1 |
| intergenic | T3255I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1,HK.1 |
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| intergenic | D3311D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1,HK.1 |
| intergenic | P3395H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1,HK.1 |
| intergenic | 3676del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1,HK.1 |
| intergenic | F3677del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1,HK.1 |
| intergenic | S3675del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1,HK.1 |
| intergenic | F3838F HK.1 |
| intergenic | P3952S BA.5.6,GK.1.3,HK.11 |
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| intergenic | E484A BA.5,BA.4.1,HK.11 |
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| intergenic | T223I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BQ.1.1.8,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,GK.1.1,GE.1,GV.1,HF.1.1,HK.1 |
| intergenic | T9I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1,HK.1 |
| intergenic | T11A DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1,HK.1 |
| intergenic | Q19E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1,HK.1 |
| intergenic | A63T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1,HK.1 |
| intergenic | F112F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.4,BA.4.1,DV.7.1,BA.5.2.20,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1,HK.1 |
| intergenic | R20R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.4,BA.1.18,BA.4.1,DV.7.1,CH.1.1.28,BA.1.15,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1,HK.1 |
| intergenic | D61L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.4,BA.4.1,DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1,HK.1 |
| intergenic | G38G EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,EG.7,EG.5.1.4,EG.6.1,EG.5.1.6,HK.7,GY.5,HK.11,HK.1 |
| intergenic | S81P HK.1 |
| intergenic | L18L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GK.1.1,GE.1,HK.11,HF.1.1,HK.1 |
| intergenic | A43V BF.41,GK.1.1,HK.1 |
| intergenic | G8X EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GK.2.1,FL.20,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GK.2,HK.7,GK.1.1,GY.5,HK.11,HK.1 |
| intergenic | g.A-3T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1,HK.1 |
| intergenic | N8N BF.10,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,BA.5.6,FL.20.2,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GK.2.1,FL.20,GK.1.3,GW.5,GS.3,HK.7,GY.5,HK.11,GV.1,HF.1.1,HK.1 |
| intergenic | P13L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1,HK.1 |
| intergenic | E31_S33del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BF.28,BE.1.1,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1,HK.1 |
| intergenic | A134A BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.2.3,BA.5.2.8,BA.5.1.2,BA.4.1,BA.5.1.30,BA.5.2.20,BF.28,BA.1.15,FK.1.1,FL.15,BA.2.3,GK.1.1,HK.11 |
| intergenic | RG203KR BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,DV.7.1,BA.5.2.20,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,BA.5.6,FL.20.2,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,GJ.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1,HK.1 |
| intergenic | P383S BA.4.1,HK.11 |
| intergenic | S413R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1,HK.1 |
| intergenic | S23F BA.5,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,EG.5.1.4,EG.5.1,EG.5.1.6,HK.7,GY.5,HK.11,HK.1 |
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| intergenic | P3302P GK.3.1,HF.1 |
| intergenic | D3311D BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1,HK.1,HF.1 |
| ORF1a | M3345I / NSP5 |
| intergenic | M3345I BA.5.1.24,BQ.1.2.3,HF.1 |
| intergenic | P3395H BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1,HK.1,HF.1 |
| intergenic | K3532K HF.1 |
| intergenic | F3568F BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.4.6,EG.5.1.6,HF.1 |
| intergenic | L3585L BA.5.1.10,BA.4,BA.5,BA.5.2.20,BF.26,FL.10.1,BQ.1,GW.5,GK.2,GE.1,HF.1 |
| intergenic | L3606F BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.2.8,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,DV.7.1,BA.5.2.20,BE.1.1,BF.26,BQ.1.13,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,FK.1.1,EG.6.1,BA.5.6,EG.5.1.6,FL.15,FU.1,FU.2,BA.2.3,BQ.1,GK.2,GK.1.1,GY.5,GE.1,GV.1,HF.1 |
| intergenic | 3676del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1,HK.1,HF.1 |
| intergenic | F3677del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1,HK.1,HF.1 |
| intergenic | S3675del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1,HK.1,HF.1 |
| intergenic | L3829F BA.5.1.24,BQ.1.1.8,DV.7.1,BE.1.1,BQ.1.13,BA.5.5,BA.4.6,BQ.1.2.3,EU.1.1,FK.1.1,FU.1,FU.2,FL.20,BQ.1,GW.5,HK.7,GV.1,HF.1.1,HF.1 |
| intergenic | D3897D BA.5.1.2,BQ.1.1.8,FL.1.5,FL.2.3,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,FL.15.1.1,FL.8,FL.15,FL.25,FU.1,FU.2,FL.20,GY.5,HF.1.1,HF.1 |
| intergenic | M3921I HF.1 |
| intergenic | M3997I HF.1 |
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| intergenic | P4058P BA.4.1,BA.5.1.30,EG.5.1,HF.1 |
| intergenic | T4090A HF.1 |
| intergenic | A4155A FU.1,FU.2,GY.5,HF.1.1,HF.1 |
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| intergenic | K4176K HF.1 |
| intergenic | I4205I BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GK.2.1,FL.20,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1,HK.1,HF.1 |
| intergenic | G4378V HF.1 |
| intergenic | D4562N HF.1 |
| intergenic | A4568T HF.1 |
| intergenic | A4577V BA.5.1.30,GY.5,HF.1.1 |
| intergenic | P4715L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1,HK.1,HF.1 |
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| intergenic | V4864V FU.1,FU.2,GY.5,GE.1,HF.1.1,HF.1 |
| intergenic | G5063S BA.5.1.1,BA.5.1.30,DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1,HK.1,HF.1 |
| intergenic | L5150L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1,HK.1,HF.1 |
| intergenic | F5158F BA.1.14,BA.4,BQ.1.1.8,BF.26,BA.1.15,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1,HK.1,HF.1 |
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| intergenic | A5342V BA.4,BF.9,BF.26,HF.1 |
| intergenic | S5360P BA.5.1.24,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GK.2.1,FL.20,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GK.2,HK.7,GK.1.1,GY.5,HK.11,GV.1,HF.1.1,HK.1,HF.1 |
| intergenic | G5378V HF.1 |
| intergenic | T5465I BA.5.1.24,HF.1 |
| intergenic | L5551L EG.7,FL.14,FL.10.1,FU.2,HF.1 |
| intergenic | L5576L HF.1 |
| ORF1b | V5629L / NSP13 |
| intergenic | V5629L HF.1.1,HF.1 |
| intergenic | T5691A HF.1 |
| intergenic | R5716C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1,HK.1,HF.1 |
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| intergenic | G5895G HF.1.1,HF.1 |
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| intergenic | S373P BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1,HF.1 |
| intergenic | ST375FA BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1,HK.1,HF.1 |
| intergenic | D405N BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1,HK.1,HF.1 |
| intergenic | R408S BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1,HK.1,HF.1 |
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| intergenic | N440K BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1,HK.1,HF.1 |
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| intergenic | N460K BA.2.86.1,BA.5,BQ.1.1.8,DV.7.1,CH.1.1.28,BQ.1.13,DV.7.1.2,CK.2,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1,HK.1,HF.1 |
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| intergenic | L518P HF.1 |
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| intergenic | Q19E BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1,HK.1,HF.1 |
| intergenic | A63T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1,HK.1,HF.1 |
| intergenic | W75L GK.2,HF.1 |
| intergenic | L93L BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.8,EG.5.1,FL.25,BA.2.3,GK.3.2,GK.1.1,GE.1,HF.1 |
| intergenic | F112F BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.4,BA.4.1,DV.7.1,BA.5.2.20,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1,HK.1,HF.1 |
| intergenic | E13X HF.1 |
| intergenic | R20R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.4,BA.1.18,BA.4.1,DV.7.1,CH.1.1.28,BA.1.15,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1,HK.1,HF.1 |
| intergenic | P57fs HF.1 |
| intergenic | D61L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.4,BA.4.1,DV.7.1,CH.1.1.28,DV.7.1.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,GK.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1,HK.1,HF.1 |
| intergenic | R25T BA.4.1,BA.5.2.20,HF.1 |
| intergenic | N52N BF.26,EG.5.1.3,HF.1 |
| intergenic | A79A GS.4,HF.1 |
| intergenic | L18L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GK.1.1,GE.1,HK.11,HF.1.1,HK.1,HF.1 |
| intergenic | G8X EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GK.2.1,FL.20,GK.1.3,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GK.2,HK.7,GK.1.1,GY.5,HK.11,HK.1,HF.1 |
| intergenic | T11I FU.1,GK.2.1,HF.1.1 |
| intergenic | g.A-3T BA.5.2.3,BA.5,HF.1 |
| intergenic | g.CTA-5_-3TTT BA.5.2.3,BA.5,HF.1 |
| intergenic | g.TA-4_-3CT HF.1 |
| intergenic | g.A-3T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1,HK.1 |
| intergenic | N8N BF.10,EG.10.1,EG.5.1.8,EG.5.2.1,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,BA.5.6,FL.20.2,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,GK.2.1,FL.20,GK.1.3,GW.5,GS.3,HK.7,GY.5,HK.11,GV.1,HF.1.1,HK.1,HF.1 |
| intergenic | P13L BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1,HK.1,HF.1 |
| intergenic | D22G BA.5.1.1,DV.7.1,HF.1 |
| intergenic | E31_S33del BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BF.28,BE.1.1,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1,HK.1,HF.1 |
| intergenic | A35T HF.1.1,HF.1 |
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| intergenic | G164E HF.1 |
| intergenic | RG203KR BA.1.14,BA.5.1.10,BA.5.1.24,BA.1.18,BQ.1.1.8,BF.28,BE.1.1,EG.5.1.9,EG.5.1.4,FD.1.1,GA.4.1,FU.2,BA.2.3,GK.2.1,HF.1 |
| intergenic | RG203KR BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,DV.7.1,BA.5.2.20,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,BA.5.6,FL.20.2,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,GJ.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1,HK.1 |
| intergenic | G321S HF.1 |
| intergenic | D371D FU.1,FU.2,GK.1.3,GY.5,HF.1.1,HF.1 |
| intergenic | S413R BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1,HK.1,HF.1 |
| intergenic | g.CGAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTG29733C BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.2.12,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.1.1,BA.5.2.8,BA.5.1.2,BF.9,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,DV.7.1.2,BF.10,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,FL.2.3,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GY.5,HK.11,GV.1,HF.1.1,HK.1 |
| intergenic | g.GAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTGTAC29734TAC BA.5.2.3,BA.5,BA.4.1,BA.5.2.20,BQ.1.13,EG.5.1.8,EG.5.1.3,EG.5.1.4,EG.5.1,FD.1.1,GE.1,HF.1 |
| intergenic | g.GAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTGTAC29734TAT BA.5.2.3,BA.4.1,BA.5.2.20,BQ.1.13,EG.5.1.8,EG.5.1.3,EG.5.1.4,EG.5.1,FD.1.1,GE.1,HF.1 |
| intergenic | g.C-126A HK.6 |
| intergenic | g.C-25T BA.2.86.1,BA.4.1.8,BA.1.14,BA.2.12,BA.1.17,BA.5.2.2,BA.5.1.10,BA.4,BA.5.2.34,BA.5.1.24,BA.5.2.3,BA.5,BA.5.1.1,BA.1.18,BA.5.2.8,BF.20,BA.5.1.2,BF.41,BF.9,BA.4.1,BA.5.1.30,BQ.1.1.8,DV.7.1,BA.5.2.20,BF.28,BE.1.1,CH.1.1.28,BF.26,BQ.1.13,DV.7.1.2,BA.1.15,BF.10,BA.5.5,CK.2,EG.10.1,BA.4.6,EG.5.1.8,EG.5.2.1,BQ.1.2.3,EG.5.1.3,EG.5.1.9,FL.1.5,EG.7,EG.5.1.4,FL.2.3,EG.5.1,EU.1.1,FL.14,FL.1.5.2,FK.1.1,EG.6.1,FL.10.1,FD.1.1,BA.5.6,FL.20.2,GA.4.1,FL.15.1.1,EG.5.1.6,FL.8,FL.15,FY.3.1,FL.25,FU.1,FY.4.1.1,FU.2,BA.2.3,GJ.1,GK.2.1,FL.20,GJ.1.2.6,GK.1.3,BQ.1,GK.1,GK.3.1,GK.3.2,GW.5,GS.3,GS.4,GK.2,GZ.1,HK.7,GK.1.1,GY.5,GE.1,HK.11,GV.1,HF.1.1,HK.1,HF.1,HK.6 |
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| intergenic |