covidmvp-2023-11-14

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intergenic F120F GK.1
intergenic I121fs GK.1
intergenic g.A-3T EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1
intergenic P13L EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1
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intergenic E31_S33del EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1
intergenic D98D GK.1
intergenic D128D GK.1
intergenic G179S GK.1
intergenic RG203KR EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1
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S S12A XBB.1.42.1
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intergenic K47R EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
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intergenic L580F XBB.1.16.15
intergenic M598I XBB.1.16.15
intergenic D629D XBB.1.16.15
intergenic L730F XBB.1.16.15
intergenic I740I GK.1,XBB.1.16.15
intergenic T753I XBB.1.16.15
intergenic T842I EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
intergenic A872T XBB.1.16.15
intergenic F924F EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
intergenic S944L GK.2.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
intergenic L960L XBB.1.16.15
intergenic A968V XBB.1.16.15
intergenic P971S XBB.1.16.15
intergenic T1001I XBB.1.16.15
intergenic G1069R XBB.1.16.15
intergenic H1113Y GK.1,XBB.1.16.15
intergenic G1119C XBB.1.16.15
intergenic P1158L XBB.1.16.15
intergenic S1189S XBB.1.16.15
intergenic I1203I XBB.1.16.15
intergenic A1268A XBB.1.16.15
intergenic G1307S EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
intergenic A1352A EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
intergenic K1428R XBB.1.16.15
intergenic P1472S XBB.1.16.15
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intergenic S1517F XBB.1.16.15
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intergenic K1655N XBB.1.16.15
intergenic N1672S XBB.1.16.15
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intergenic S2030L GK.1.1,XBB.1.16.15
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intergenic L2518L JE.1,XBB.1.16.15
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intergenic P2950H XBB.1.16.15
intergenic M2957V XBB.1.16.15
intergenic V2996I XBB.1.16.15
intergenic L3027F EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
intergenic V3053V EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
intergenic T3090I EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
intergenic G3169S XBB.1.16.15
intergenic L3201F EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
intergenic T3255I EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
intergenic N3291N GK.1.1,XBB.1.16.15
intergenic D3311D EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
intergenic N3326N XBB.1.16.15
intergenic R3368R GK.1.1,XBB.1.16.15
intergenic P3395H EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
intergenic D3439D XBB.1.16.15
ORF1a A3497A / NSP5
intergenic A3497A XBB.1.16.15
intergenic F3568F EG.5.1.6,XBB.1.16.15
intergenic L3606F EG.5.1.8,GK.1.1,EG.5.1.6,XBB.1.16.15
intergenic 3676del EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
intergenic F3677del EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
intergenic S3675del EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
intergenic V3708V XBB.1.16.15
intergenic M3752I EG.5.1.8,XBB.1.16.15
intergenic I3758S XBB.1.16.15
intergenic Y3765C XBB.1.16.15
intergenic L3829F XBB.1.16.15
intergenic D3897D XBB.1.16.15
intergenic E4019E XBB.1.16.15
intergenic P4058P XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
intergenic N4142N XBB.1.16.15
intergenic A4155A XBB.1.16.15
intergenic G4178V XBB.1.16.15
intergenic I4205I EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
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intergenic T4477I XBB.1.16.15
intergenic N4601N XBB.1.16.15
intergenic N4605N XBB.1.16.15
intergenic R4641M XBB.1.16.15
intergenic K4655N XBB.1.16.15
intergenic P4715L EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
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intergenic G5063S EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
intergenic M5147L XBB.1.16.15
intergenic L5150L EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
intergenic F5158F EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
intergenic T5198A XBB.1.16.15
intergenic D5225D EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
intergenic A5232A EG.5.1.8,XBB.1.16.15
intergenic P5310P XBB.1.16.15
intergenic C5353C XBB.1.16.15
intergenic S5360P EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
intergenic P5371L XBB.1.16.15
intergenic S5398L XBB.1.16.15
intergenic Q5412Q XBB.1.16.15
intergenic V5478L XBB.1.16.15
intergenic N5581N XBB.1.16.15
intergenic V5680V GK.1.1,XBB.1.16.15
intergenic V5711V XBB.1.16.15
intergenic R5716C EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
intergenic G5724G XBB.1.16.15
intergenic K5738K XBB.1.16.15
intergenic M5798V XBB.1.16.15
intergenic Y5865Y EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
intergenic T5923I XBB.1.16.15
intergenic I5967V XBB.1.16.15
intergenic E6002D XBB.1.16.15
intergenic D6147Y XBB.1.16.15
intergenic S6180I XBB.1.16.15
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intergenic D6249D XBB.1.16.15
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intergenic P6354P EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
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intergenic V6474L XBB.1.16.15
intergenic D6530Y XBB.1.16.15
intergenic A6546T XBB.1.16.15
intergenic T6564I EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
intergenic E6597E EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
intergenic N6729S XBB.1.16.15
intergenic K6741_V6743delinsM XBB.1.16.15
intergenic P7034P GK.1,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
intergenic T19I EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
intergenic L24_A27delinsS EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
intergenic L54L XBB.1.16.15
intergenic V83A HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.16.15
intergenic G142_Y144delinsDV EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
intergenic HK146QN XBB.1.16.15
intergenic E180V XBB.1.16.15
intergenic Q183E EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
intergenic V213E EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
intergenic G252V EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
intergenic S255F XBB.1.16.15
intergenic L276L XBB.1.16.15
intergenic F306F EG.5.1.8,HK.1,EG.5.1.6,XBB.1.16.15
intergenic G339H EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
intergenic R346T EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
intergenic L368I EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
intergenic S371F EG.5.1.8,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
intergenic S373P EG.5.1.8,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
intergenic ST375FA EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
intergenic D405N EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
intergenic R408S EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
intergenic K417N EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
intergenic N440K EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
intergenic VG445PS EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
intergenic N460K EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
intergenic ST477NR JE.1,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
intergenic E484A HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
intergenic F486P HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
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intergenic N501Y EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
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intergenic P521S JE.1,XBB.1.16.15
intergenic G566S XBB.1.16.15
intergenic D614G EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.16.15
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intergenic NSP679KSH XBB.1.16.15
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intergenic T732I XBB.1.16.15
intergenic N764K EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
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intergenic Q954H EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
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intergenic D1146D EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
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intergenic T223I EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
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intergenic V62F XBB.1.16.15
intergenic D3D XBB.1.16.15
intergenic Q19E EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
intergenic A63T EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
intergenic S108S XBB.1.16.15
intergenic F112F EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
intergenic N121N JE.1,XBB.1.16.15
intergenic P132P EG.5.1.6,XBB.1.16.15
intergenic L164L XBB.1.16.15
intergenic R20R EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
intergenic D61L EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
intergenic I10V XBB.1.16.15
intergenic Y40Y XBB.1.16.15
intergenic E92D XBB.1.16.15
intergenic A15V XBB.1.16.15
intergenic L18L EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
intergenic G8X EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
intergenic V13I XBB.1.16.15
intergenic Q23Q XBB.1.16.15
intergenic C102F XBB.1.16.15
intergenic F120_I121del XBB.1.16.15
intergenic g.A-3T EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
intergenic P6P XBB.1.16.15
intergenic N8N EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.2.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
intergenic P13L EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
intergenic E31_S33del EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
intergenic L45L XBB.1.16.15
intergenic Q58Q XBB.1.16.15
intergenic T115T XBB.1.16.15
intergenic G129G XBB.1.16.15
intergenic P168S XBB.1.16.15
intergenic S194P XBB.1.16.15
intergenic RG203KR EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
intergenic A211S XBB.1.16.15
intergenic S318S XBB.1.16.15
intergenic T362K XBB.1.16.15
intergenic E367Q XBB.1.16.15
intergenic D371D XBB.1.16.15
intergenic A381A XBB.1.16.15
intergenic S413R EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
intergenic g.A29700G XBB.1.42.1,XBB.1.16.15
intergenic g.GAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTGT29734C XBB.1.16.15
intergenic g.GAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTGT29734T XBB.1.16.15
intergenic g.-187delA XBB.1.9.2
intergenic g.C-126T XBB.1.9.2
intergenic g.C-25T EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
ORF1a D33Y / NSP1
intergenic K47R EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic H81R XBB.1.9.2
intergenic V86I XBB.1.9.2
intergenic S135R EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic D139N XBB.1.9.2
intergenic L140L XBB.1.9.2
intergenic K141_F143del GK.1.1,XBB.1.42.1,XBB.1.9.2
intergenic D144D XBB.1.9.2
intergenic Y241Y XBB.1.9.2
intergenic T265I XBB.1.9.2
intergenic T265T XBB.1.9.2
intergenic V274L XBB.1.9.2
intergenic S279S XBB.1.9.2
ORF1a M315T / NSP2
ORF1a C316F / NSP2
intergenic C316F XBB.1.9.2
ORF1a D324A / NSP2
intergenic G334G XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic T346I GK.1,XBB.1.9.2
intergenic T350I XBB.1.9.2
intergenic N389N XBB.1.9.2
intergenic R398R XBB.1.9.2
intergenic L450I XBB.1.9.2
intergenic A478A XBB.1.9.2
ORF1a N522S / NSP2
intergenic N522S XBB.1.9.2
ORF1a E539K / NSP2
intergenic E539K XBB.1.9.2
intergenic F548S XBB.1.9.2
intergenic T554I XBB.1.9.2
intergenic L624F XBB.1.9.2
intergenic T708I XBB.1.9.2
intergenic G728C XBB.1.9.2
ORF1a L752L / NSP2
intergenic L752L XBB.1.9.2
intergenic A773A XBB.1.9.2
intergenic K798K XBB.1.9.2
ORF1a D828N / NSP3
intergenic D828N XBB.1.9.2
intergenic T842I EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic V879V XBB.1.9.2
intergenic F924F EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic P971L XBB.1.9.2
intergenic V1057F XBB.1.9.2
intergenic S1106S XBB.1.9.2
ORF1a E1244E / NSP3
intergenic G1307S EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic A1352A EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
ORF1a S1427S / NSP3
intergenic S1427S XBB.1.9.2
intergenic T1542I XBB.1.9.2
ORF1a G1548G / NSP3
intergenic G1548G XBB.1.9.2
intergenic F1594F XBB.1.9.2
intergenic E1630E XBB.1.9.2
intergenic A1670V XBB.1.9.2
ORF1a A1712A / NSP3
intergenic A1712A XBB.1.9.2
intergenic N1719N XBB.1.9.2
intergenic Q1759R XBB.1.9.2
intergenic G1819S EG.5.1.8,HK.1,EG.5.1.6,XBB.1.9.2
intergenic P1921Q XBB.1.9.2
intergenic T1945A XBB.1.9.2
intergenic K1980R XBB.1.9.2
intergenic L2044L XBB.1.9.2
intergenic S2048S XBB.1.9.2
ORF1a A2097S / NSP3
intergenic L2119F XBB.1.9.2
intergenic L2122F GK.1.1,XBB.1.9.2
intergenic A2128S XBB.1.9.2
intergenic P2134H XBB.1.9.2
intergenic A2142A XBB.1.9.2
intergenic P2260H XBB.1.9.2
intergenic S2273S XBB.1.9.2
intergenic T2306T XBB.1.9.2
intergenic Y2435Y XBB.1.9.2
ORF1a I2490V / NSP3
intergenic I2490V XBB.1.9.2
ORF1a K2497N / NSP3
intergenic K2497N XBB.1.9.2
ORF1a N2498N / NSP3
intergenic N2498N XBB.1.9.2
intergenic N2523N XBB.1.42.1,XBB.1.9.2
intergenic L2609F XBB.1.9.2
intergenic V2629I XBB.1.9.2
ORF1a F2641V / NSP3
intergenic F2641V XBB.1.9.2
intergenic T2777_L2778del XBB.1.9.2
intergenic V2865V XBB.1.9.2
intergenic T2872M XBB.1.9.2
intergenic I2895I XBB.1.9.2
intergenic T2906I XBB.1.9.2
intergenic P2929S XBB.1.9.2
intergenic L3027F EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic I3052V XBB.1.9.2
intergenic V3053V EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
ORF1a C3059Y / NSP4
intergenic N3081N XBB.1.9.2
intergenic T3090I EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic L3201F EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic T3255I EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic I3257I XBB.1.9.2
ORF1a T3287T / NSP5
intergenic D3311D EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic V3349I XBB.1.9.2
intergenic K3353R XBB.1.9.2
intergenic R3368R GK.1.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic P3395H EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic F3397F XBB.1.9.2
ORF1a C3419S / NSP5
intergenic C3419S XBB.1.9.2
intergenic V3420V XBB.1.9.2
ORF1a V3496M / NSP5
intergenic A3497A XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic Y3502Y XBB.1.9.2
intergenic A3523V XBB.1.9.2
intergenic C3563C XBB.1.9.2
intergenic L3606F EG.5.1.8,GK.1.1,EG.5.1.6,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
ORF1a P3613A / NSP6
intergenic P3613A XBB.1.9.2
intergenic 3676del EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic F3677del EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic S3675del EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic F3770F EG.5.1.6,XBB.1.9.2
intergenic R3802R XBB.1.9.2
intergenic D3897D XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic S3920S XBB.1.9.2
intergenic A3943A XBB.1.9.2
ORF1a K4069R / NSP8
intergenic T4090I XBB.1.9.2
ORF1a E4143E / NSP9
intergenic E4143E XBB.1.9.2
intergenic T4161I XBB.1.9.2
intergenic T4175I EG.5.1.8,HK.1,BA.2.86.1,GK.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.9.2
intergenic I4205I EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic S4398S XBB.1.9.2
ORF1b A4438S / NSP12
intergenic A4438S XBB.1.9.2
intergenic D4545G XBB.1.9.2
ORF1b W4554C / NSP12
intergenic W4554C XBB.1.9.2
intergenic Y4686Y XBB.1.42.1,XBB.1.9.2
intergenic P4715L EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
ORF1b S4717S / NSP12
intergenic K4803K XBB.1.9.2
intergenic N5003N XBB.1.9.2
intergenic G5063S EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic V5092I XBB.1.9.2
intergenic L5150L EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic F5158F EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic T5195I XBB.1.9.2
intergenic D5225D EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic Y5276Y EG.5.1.6,XBB.1.9.2
intergenic L5287L XBB.1.9.2
intergenic S5360P EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic P5371P EG.5.1.6,XBB.1.9.2
intergenic N5375N XBB.1.9.2
intergenic A5432A XBB.1.9.2
ORF1b K5455K / NSP13
intergenic E5466E XBB.1.9.2
intergenic N5501N XBB.1.9.2
intergenic Y5522Y XBB.1.9.2
intergenic T5538T EG.5.1.8,HK.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.9.2
intergenic Y5548Y XBB.1.9.2
intergenic C5633C XBB.1.9.2
ORF1b A5703S / NSP13
intergenic R5716C EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic L5762L XBB.1.9.2
intergenic K5784R XBB.1.9.2
ORF1b K5801K / NSP13
intergenic K5801K XBB.1.9.2
intergenic T5805M XBB.1.9.2
intergenic Y5865Y EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic I5967V XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic R6023I XBB.1.9.2
intergenic P6067L XBB.1.9.2
intergenic P6076P EG.5.1.8,HK.1,BA.2.86.1,EG.5.1.6,XBB.1.9.2
intergenic D6097D XBB.1.9.2
intergenic P6128L XBB.1.9.2
intergenic A6139A XBB.1.9.2
intergenic C6141C XBB.1.9.2
intergenic G6157G XBB.1.9.2
intergenic S6180S XBB.1.9.2
ORF1b H6208N / NSP14
intergenic H6208N XBB.1.9.2
intergenic N6333N XBB.1.9.2
intergenic P6354P EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic H6466Y XBB.1.9.2
intergenic T6564I EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic T6566M XBB.1.9.2
intergenic T6572T XBB.1.9.2
intergenic D6584D XBB.1.9.2
intergenic E6597E EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
ORF1b D6897D / NSP16
intergenic L6981L XBB.1.9.2
ORF1b A6986T / NSP16
intergenic A6997A XBB.1.9.2
intergenic G7063S XBB.1.9.2
intergenic N7084N XBB.1.9.2
intergenic L5F GK.1.1,XBB.1.9.2
intergenic Q14H XBB.1.9.2
intergenic T19I EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic L24_A27delinsS EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic D40D XBB.1.9.2
intergenic Q52H EG.5.1.8,EG.5.1.6,XBB.1.9.2
intergenic G75V XBB.1.9.2
intergenic V83A HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic G142_Y144delinsDV EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic G142fs EG.5.1.8,FY.4.1.1,GK.1.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.9.2
intergenic H146H XBB.1.9.2
intergenic H146K EG.5.1.8,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.9.2
intergenic H146Q EG.5.1.8,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.9.2
intergenic Q183E EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic V213E EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic L216F BA.2.86.1,GK.2.1,XBB.1.9.2
intergenic G252V EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic T286T XBB.1.9.2
intergenic F306F EG.5.1.8,HK.1,EG.5.1.6,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic I312I JE.1,XBB.1.9.2
intergenic C336C XBB.1.9.2
intergenic G339H EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic R346T EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic L368I EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic S371F EG.5.1.8,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic S373P EG.5.1.8,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic ST375FA EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic D405N EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic R408S EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
S A411T XBB.1.9.2
intergenic K417N EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic N440K EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic VG445PS EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic N460K EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic A475A XBB.1.9.2
intergenic ST477NK EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,EG.5.1.6,XBB.1.9.2
intergenic E484A HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic F486P HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic F490S EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic N501Y EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic Y505H EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic E583Q GK.1,XBB.1.9.2
intergenic E583D GK.1.1,XBB.1.9.2
intergenic T588I XBB.1.9.2
intergenic D614G EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic R646H XBB.1.9.2
intergenic H655Y HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic N679K EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.9.2
intergenic P681H EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.9.2
intergenic P715P EG.5.1.6,XBB.1.9.2
intergenic L752F XBB.1.9.2
intergenic N764K EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic K825K XBB.1.9.2
S K825K XBB.1.9.2
intergenic D848D XBB.1.9.2
intergenic A852S XBB.1.9.2
intergenic D867D XBB.1.9.2
intergenic Q954H EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic N969K EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic A1016V XBB.1.9.2
S A1016V XBB.1.9.2
intergenic H1101H GK.1,XBB.1.42.1,XBB.1.9.2
intergenic V1122L XBB.1.9.2
intergenic D1146D EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic K1149K XBB.1.9.2
intergenic N1178N GK.1.1,XBB.1.9.2
intergenic D1260E XBB.1.9.2
intergenic V1264L XBB.1.9.2
intergenic M5T XBB.1.9.2
intergenic F8F EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic A23V XBB.1.9.2
intergenic V29L XBB.1.9.2
intergenic L41L XBB.1.9.2
intergenic S60F XBB.1.9.2
intergenic T64T EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic F105F XBB.1.9.2
intergenic M125I XBB.1.9.2
intergenic C148C XBB.1.9.2
intergenic Y215C XBB.1.9.2
ORF3a Y215C XBB.1.9.2
intergenic T223I EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic P240S XBB.1.9.2
intergenic D250N XBB.1.9.2
ORF3a D250N XBB.1.9.2
intergenic T269M XBB.1.9.2
intergenic T271I XBB.1.9.2
intergenic T9I EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic T11A EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic F23F XBB.1.9.2
E N66K XBB.1.9.2
intergenic A2A XBB.1.9.2
intergenic K15N XBB.1.9.2
intergenic Q19E EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic A63T EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic M91L XBB.1.9.2
M M91L XBB.1.9.2
intergenic F112F EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic L181L GK.1.1,XBB.1.9.2
intergenic R20R EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic D61L EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic g.C-5T JE.1,XBB.1.9.2
intergenic G38G EG.5.1.8,HK.1,EG.5.1.6,XBB.1.9.2
intergenic L56fs XBB.1.9.2
ORF7a L56fs XBB.1.9.2
intergenic L18L EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic F3S XBB.1.9.2
ORF8 F3S XBB.1.9.2
intergenic G8X EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic V13L XBB.1.9.2
intergenic P36P XBB.1.9.2
intergenic P38L XBB.1.9.2
intergenic S43F XBB.1.9.2
intergenic A55V XBB.1.9.2
intergenic P70P XBB.1.9.2
intergenic P85S XBB.1.9.2
intergenic S97G XBB.1.9.2
ORF8 S97G XBB.1.9.2
intergenic D113D XBB.1.9.2
intergenic g.A-3T EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic N8N EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.2.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic P13L EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic P20P XBB.1.9.2
intergenic D22G XBB.1.9.2
intergenic E31_S33del EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic T49I XBB.1.9.2
intergenic F53F GK.1.1,XBB.1.9.2
intergenic Q58Q XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
N P67H XBB.1.9.2
intergenic P80Q XBB.1.9.2
intergenic F110F GK.1.1,XBB.1.42.1,XBB.1.9.2
intergenic P122H XBB.1.9.2
N P122H XBB.1.9.2
intergenic P142S XBB.1.9.2
intergenic I146I XBB.1.9.2
intergenic RG203KR GK.2.1,XBB.1.9.2
intergenic A211T XBB.1.9.2
intergenic L219F XBB.1.9.2
intergenic G287G GK.1.1,EG.5.1.6,XBB.1.9.2
intergenic G321S XBB.1.9.2
N I351V XBB.1.9.2
intergenic D371D XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic S413R EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic F7F XBB.1.9.2
intergenic g.A29684G XBB.1.9.2
intergenic g.A29695G XBB.1.9.2
intergenic g.A29700G XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2
intergenic g.CGAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTG29733C HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.9.2
intergenic g.C-36T EG.5.1.4
intergenic g.C-25T EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4
intergenic R24C XBB.1.42.1,EG.5.1.4
intergenic K47R EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4
intergenic A79V XBB.1.16.15,EG.5.1.4
intergenic H81H EG.5.1.4
intergenic M85_E87delinsK EG.5.1.4
intergenic E91A EG.5.1.4
intergenic L92F EG.5.1.4
intergenic V121I EG.5.1.4
intergenic S135R EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4
intergenic L320L EG.5.1.4
intergenic R398C XBB.1.42.1,EG.5.1.4
intergenic G400S EG.5.1.4
intergenic F548L EG.5.1.4
intergenic E673V EG.5.1.4
intergenic A690V EG.5.1.8,HK.1,EG.5.1.6,EG.5.1.4
intergenic V823I EG.5.1.4
intergenic T842I EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4
intergenic V868L EG.5.1.4
intergenic A872A EG.5.1.4
intergenic F924F EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4
intergenic D930N EG.5.1.4
intergenic S944L GK.2.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,EG.5.1.4
intergenic E961E EG.5.1.4
intergenic G1155C EG.5.1.4
intergenic Y1174Y EG.5.1.4
intergenic G1307S EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4
intergenic A1352A EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4
intergenic H1381Y EG.5.1.4
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intergenic Y1906Y EG.5.1.4
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intergenic T2283I EG.5.1.4
intergenic S2389S EG.5.1.4
intergenic T2495I EG.5.1.8,EG.5.1.4
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intergenic L3027F EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4
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intergenic I3055I EG.5.1.8,BA.2.86.1,EG.5.1.4
intergenic A3061A EG.5.1.4
intergenic T3090I EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4
intergenic F3100F EG.5.1.4
intergenic A3143V EG.5.1.8,HK.1,EG.5.1.6,EG.5.1.4
intergenic L3198I EG.5.1.4
intergenic L3201F EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4
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intergenic g.A-3T EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4
intergenic N8N EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.2.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4
intergenic P13L EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4
intergenic E31_S33del EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4
intergenic P162P EG.5.1.4
intergenic A173V GK.1.1,EG.5.1.4
intergenic RG203KR GK.2.1,XBB.1.9.2,EG.5.1.4
intergenic H300Y EG.5.1.4
intergenic S413R EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4
intergenic A419A EG.5.1.4
intergenic S23F EG.5.1.8,HK.1,EG.5.1.6,EG.5.1.4
intergenic N25N GK.1,EG.5.1.4
intergenic g.GAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTGTAC29734TAC EG.5.1.8,EG.5.1.4
intergenic g.GAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTGTAC29734TAT EG.5.1.8,EG.5.1.4
intergenic g.C-222T GJ.1.2
intergenic g.C-25T EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic g.CGTCC-25_-21TGTCT GJ.1.2
intergenic g.C-12T GJ.1.2
intergenic Q22H GJ.1.2
intergenic K47R EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic V84A GJ.1.2
intergenic Y97Y EG.5.1.8,GJ.1.2
intergenic A117T GJ.1.2
intergenic S135R EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic L149F GJ.1.2
ORF1a A181A / NSP2
intergenic R207C GJ.1.2
intergenic C231C GJ.1.2
intergenic H388Y GJ.1.2
intergenic A405A GJ.1.2
intergenic S428S JE.1,GJ.1.2
intergenic S443S GJ.1.2
intergenic L446F GJ.1.2
intergenic I473I HK.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,GJ.1.2
intergenic T484I GJ.1.2
intergenic I523V GK.1,GJ.1.2
intergenic F536F GJ.1.2
intergenic L578L GJ.1.2
intergenic V627I GJ.1.2
ORF1a F651C / NSP2
intergenic F651C GJ.1.2
ORF1a G662V / NSP2
ORF1a A668E / NSP2
intergenic P748P GJ.1.2
intergenic A773A XBB.1.9.2,GJ.1.2
intergenic T842I EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic H919Y GJ.1.2
intergenic F924F EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic D992D GJ.1.2
intergenic P1018L GJ.1.2
intergenic A1049V GJ.1.2
intergenic V1057I GJ.1.2
intergenic G1069E GJ.1.2
intergenic T1093I GJ.1.2
intergenic V1143I GJ.1.2
intergenic L1148L GJ.1.2
intergenic K1197K GJ.1.2
intergenic I1203I XBB.1.16.15,GJ.1.2
intergenic A1204V GJ.1.2
intergenic G1307S EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic D1323D JE.1,GJ.1.2
intergenic A1352A EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic P1497S GJ.1.2
intergenic V1535V GJ.1.2
intergenic L1546L GJ.1.2
ORF1a T1581R / NSP3
intergenic H1636H GJ.1.2
intergenic H1652H GJ.1.2
intergenic Y1700Y GJ.1.2
intergenic N1749N GJ.1.2
intergenic V1751V GJ.1.2
ORF1a Y1831Y / NSP3
intergenic Y1831Y EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic Y1868Y GJ.1.2
intergenic Y1873Y GJ.1.2
ORF1a D1893N / NSP3
ORF1a K1988K / NSP3
intergenic K2029K GJ.1.2
intergenic L2044L XBB.1.9.2,GJ.1.2
ORF1a N2082T / NSP3
intergenic N2082T GJ.1.2
intergenic G2091S JE.1,GJ.1.2
intergenic H2092H HK.1,GK.2.1,GJ.1.2
intergenic M2096V GJ.1.2
intergenic L2127L GJ.1.2
intergenic N2155N GJ.1.2
intergenic I2244T GJ.1.2
intergenic C2282C GJ.1.2
intergenic T2283I EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic S2303F GJ.1.2
intergenic T2306T XBB.1.9.2,GJ.1.2
ORF1a F2358F / NSP3
intergenic Y2391Y GJ.1.2
intergenic I2490V XBB.1.9.2,GJ.1.2
intergenic L2518L JE.1,XBB.1.16.15,GJ.1.2
intergenic K2555K GJ.1.2
intergenic A2584V GK.1,GJ.1.2
intergenic R2875C GJ.1.2
intergenic H2986H GJ.1.2
intergenic L3027F EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic V3053V EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic T3090I EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic A3143V EG.5.1.8,HK.1,EG.5.1.6,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic R3163K GJ.1.2
intergenic S3171S GJ.1.2
intergenic L3201F EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic D3222N GJ.1.2
ORF1a S3244T / NSP4
intergenic S3244T GJ.1.2
intergenic T3255I EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
ORF1a T3289T / NSP5
intergenic D3311D EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic T3356I GJ.1.2
intergenic P3395H EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic P3395Y GJ.1.2
intergenic F3397F XBB.1.9.2,GJ.1.2
intergenic D3450D GJ.1.2
intergenic L3606F EG.5.1.8,GK.1.1,EG.5.1.6,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,GJ.1.2
ORF1a M3621I / NSP6
intergenic M3621I GJ.1.2
intergenic 3676del EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic F3677del EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic S3675del EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic V3721V GJ.1.2
intergenic T3741T GJ.1.2
intergenic F3769F GJ.1.2
intergenic F3785F EG.5.1.4,GJ.1.2
ORF1a T3807T / NSP6
intergenic T3807T GJ.1.2
intergenic C3867C GJ.1.2
intergenic L3951L GJ.1.2
intergenic T4010T GJ.1.2
intergenic L4040L GJ.1.2
intergenic T4129I GK.1,GJ.1.2
intergenic T4158T GJ.1.2
intergenic C4163C GJ.1.2
intergenic I4205V JE.1,GJ.1.2
intergenic L4237I GJ.1.2
intergenic L4252L GJ.1.2
ORF1a A4277T / NSP10
intergenic H4301H GJ.1.2
intergenic D4317E GJ.1.2
ORF1b D4547N / NSP12
intergenic Y4548C GJ.1.2
intergenic R4565C GJ.1.2
intergenic Y4567Y GJ.1.2
intergenic G4612G GJ.1.2
intergenic A4642T GJ.1.2
intergenic P4715L EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
ORF1b R4905R / NSP12
intergenic R4905R GJ.1.2
intergenic Q5053Q GJ.1.2
intergenic G5063S EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic L5150L EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic F5158F EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
ORF1b H5202H / NSP12
intergenic H5202H GJ.1.2
intergenic S5206S GJ.1.2
intergenic D5225D EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic Q5335Q GJ.1.2
intergenic V5381I GJ.1.2
intergenic S5398P GJ.1.2
intergenic D5437D GJ.1.2
intergenic N5501N XBB.1.9.2,GJ.1.2
ORF1b V5511I / NSP13
intergenic V5511I JE.1,GJ.1.2
intergenic S5560N GJ.1.2
intergenic V5565M GJ.1.2
intergenic D5698D GJ.1.2
ORF1b A5703T / NSP13
intergenic R5716C EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
ORF1b K5832R / NSP13
intergenic Y5865Y EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic D5955E GJ.1.2
intergenic T5956I GK.1.1,GJ.1.2
intergenic I5967V EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,GJ.1.2
intergenic N5988N GJ.1.2
intergenic R6001R GJ.1.2
intergenic G6018G GJ.1.2
intergenic D6051D GJ.1.2
intergenic L6102F GJ.1.2
intergenic H6239H GJ.1.2
intergenic Q6279H GJ.1.2
intergenic P6354P EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic H6466Y XBB.1.9.2,GJ.1.2
intergenic Y6540Y JE.1,GJ.1.2
intergenic T6564I EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic E6597E EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic F6628F GK.1.1,GJ.1.2
intergenic P6714S GJ.1.2
intergenic T6733T GJ.1.2
intergenic S6760S GJ.1.2
intergenic M6815I GJ.1.2
intergenic D6824D GJ.1.2
intergenic F6985F GJ.1.2
intergenic T19I EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic L24_A27delinsS EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,GJ.1.2
intergenic V62L GJ.1.2
intergenic V62A GJ.1.2
S H66D GJ.1.2
intergenic V70V EG.5.1.6,GJ.1.2
intergenic V83A HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic T95I EG.5.1.8,GJ.1.2
intergenic A123A GJ.1.2
intergenic G142D EG.5.1.8,FY.4.1.1,EG.5.1.6,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic G142_Y144delinsDV EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic H146K EG.5.1.8,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic H146Q EG.5.1.8,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic K150I GJ.1.2
intergenic M153I GJ.1.2
intergenic KQ182NE JE.1,GJ.1.2
intergenic R190M GJ.1.2
intergenic I197T GJ.1.2
intergenic V213E EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic A222V GJ.1.2
intergenic D253G JE.1,GJ.1.2
intergenic G339H EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic R346T GJ.1.2
intergenic S349P GJ.1.2
intergenic L368I EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic S371F EG.5.1.8,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic S373P EG.5.1.8,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic ST375FA EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic D398D GJ.1.2
intergenic D405N EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic R408S EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic K417N EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic N440K EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic VG445PS EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic N460K EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic Y473Y GJ.1.2
intergenic ST477NK EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,EG.5.1.6,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic ST477NR JE.1,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,GJ.1.2
intergenic E484A HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic F486P HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic F490S EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic N501Y EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,GJ.1.2
intergenic Y505H EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic P521S JE.1,XBB.1.16.15,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic N542N GJ.1.2
intergenic N556N GJ.1.2
intergenic D614G EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic T618K GJ.1.2
intergenic P631P GJ.1.2
intergenic H655Y HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,GJ.1.2
intergenic Q675K GJ.1.2
intergenic N679K EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic P681H EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic S689I GJ.1.2
intergenic I692I XBB.1.16.15,GJ.1.2
intergenic A701V GJ.1.2
intergenic N764K EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic A845V GJ.1.2
intergenic Q954H EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic N969K EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic V991V GJ.1.2
intergenic A1080A GJ.1.2
intergenic T1117I GK.1,GJ.1.2
intergenic D1146D EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic F8F EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic D22D GJ.1.2
intergenic A23A GJ.1.2
intergenic F56F GJ.1.2
intergenic S60T GJ.1.2
intergenic T64I GJ.1.2
intergenic T64T GJ.1.2
intergenic S74F GJ.1.2
intergenic S74S EG.5.1.6,XBB.1.16.15,GJ.1.2
intergenic L95F GK.1,GJ.1.2
intergenic G100D GJ.1.2
intergenic L101L GJ.1.2
intergenic L106F EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic L108P GJ.1.2
intergenic V112V GJ.1.2
intergenic Y154Y GJ.1.2
intergenic F207F XBB.1.16.15,GJ.1.2
intergenic T223I EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic D238D GJ.1.2
intergenic T9I EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic T11A EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic g.T-25G GJ.1.2
intergenic Q19E EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic A40S GJ.1.2
intergenic A63T EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic 113 GJ.1.2
intergenic F112F GJ.1.2
intergenic H125Y GJ.1.2
intergenic V9A GJ.1.2
intergenic R20R EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
ORF6 L44P GJ.1.2
intergenic P57L GJ.1.2
intergenic D61L EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic A13V JE.1,GJ.1.2
ORF7a G38X GJ.1.2
intergenic T39I GJ.1.2
intergenic D51G GJ.1.2
intergenic D69D EG.5.1.6,GJ.1.2
intergenic L18L EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,GJ.1.2
intergenic L32F GK.1.1,GJ.1.2
ORF8 F16fs GJ.1.2
intergenic Q18X GJ.1.2
intergenic I74I GJ.1.2
intergenic E106Q JE.1,GJ.1.2
ORF8 V117_I121delinsL GJ.1.2
intergenic g.A-3T EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic P13L EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic E31_S33del EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic R36R GJ.1.2
intergenic F110F GK.1.1,XBB.1.42.1,XBB.1.9.2,GJ.1.2
intergenic Y111Y GJ.1.2
intergenic D128D GK.1,GK.1.1,GJ.1.2
intergenic T148T GJ.1.2
intergenic P199S GJ.1.2
intergenic RG203KR EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,GJ.1.2
intergenic A217A GJ.1.2
intergenic K249K GJ.1.2
intergenic H300R GJ.1.2
N H300R GJ.1.2
intergenic N345N GJ.1.2
intergenic I357V GJ.1.2
intergenic T362I GJ.1.2
intergenic Q409R GJ.1.2
intergenic S413R GJ.1.2
intergenic g.G29688C EG.5.1.8,GJ.1.2
intergenic g.G29706T JE.1,GJ.1.2
intergenic g.GAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTGTAC29734TAC EG.5.1.8,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic g.GAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTGTAC29734TAT EG.5.1.8,EG.5.1.4,GJ.1.2
intergenic g.C-222T GJ.1.2,XCH.1
intergenic g.C-25T EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1
intergenic G7G XCH.1
intergenic K47R EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1
intergenic M85del XCH.1
intergenic H110Y XCH.1
intergenic S135R EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1
intergenic G137V XCH.1
intergenic R287G XCH.1
intergenic L454F XCH.1
intergenic L570L GK.1,GK.1.1,GK.2.1,XCH.1
intergenic L580L XCH.1
intergenic E633A XCH.1
intergenic T842I EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1
intergenic F924F EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1
intergenic E940G XCH.1
intergenic D981Y XCH.1
intergenic H1067Y XCH.1
intergenic L1144L XCH.1
intergenic G1307S EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1
intergenic A1352A EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1
intergenic V1629I XCH.1
intergenic N1922N XBB.1.16.15,XCH.1
intergenic G2091C XCH.1
intergenic T2124T XCH.1
intergenic S2433S GK.1,GK.1.1,GK.2.1,XCH.1
intergenic C2445C XCH.1
intergenic D2824D GK.1,GK.1.1,GK.2.1,XCH.1
intergenic R2985R XCH.1
intergenic L3027F EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1
intergenic V3053V EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1
intergenic T3090I EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1
intergenic A3143V EG.5.1.8,HK.1,EG.5.1.6,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1
intergenic L3201F EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1
intergenic A3229A XCH.1
intergenic T3255I EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1
intergenic F3271F FY.4.1.1,XCH.1
intergenic N3291N GK.1.1,XBB.1.16.15,XCH.1
intergenic D3311D EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1
intergenic K3353R XBB.1.9.2,XCH.1
intergenic P3395H EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1
intergenic N3494N XCH.1
intergenic A3648A XCH.1
intergenic L3667L XCH.1
intergenic 3676del EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1
intergenic F3677del EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1
intergenic S3675del EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1
intergenic L3829F XBB.1.16.15,XCH.1
intergenic V3875I XCH.1
intergenic A4068S GK.1,GK.1.1,GK.2.1,XCH.1
intergenic L4149L XCH.1
intergenic I4205I EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,XCH.1
intergenic K4377N XCH.1
intergenic V4488I XCH.1
intergenic P4715L EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1
intergenic G5063S EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1
intergenic A5094A XCH.1
intergenic L5150L EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1
intergenic F5158F EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1
intergenic D5225D EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1
intergenic E5249E XCH.1
intergenic E5314E XCH.1
intergenic S5360P EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,XCH.1
intergenic D5531G XCH.1
intergenic A5620A GK.1,GK.1.1,GK.2.1,XCH.1
intergenic T5675I XBB.1.42.1,XCH.1
intergenic A5703A XCH.1
intergenic R5716C EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1
intergenic V5721V XCH.1
intergenic Y5865Y EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1
intergenic I5967V EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,GJ.1.2,XCH.1
intergenic D5973D XCH.1
intergenic I6167I XCH.1
intergenic V6188V XCH.1
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intergenic g.CGAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTG29733C HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.9.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3
intergenic g.T29765C HK.3
intergenic g.C-156T FL.1.5.1
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intergenic g.C-36T EG.5.1.4,FL.1.5.1
intergenic g.C-25T EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1
intergenic K47R EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1
intergenic G82_V86del FL.1.5.1
intergenic K120N FL.1.5.1
intergenic S135R EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1
intergenic K141_F143del GK.1.1,XBB.1.42.1,XBB.1.9.2,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1
intergenic G146G FL.1.5.1
intergenic N160N FL.1.5.1
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intergenic S216S FL.1.5.1
intergenic L219L FL.1.5.1
ORF1a T253T / NSP2
intergenic T253T FL.1.5.1
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intergenic T403I FL.1.5.1
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intergenic V488V FL.1.5.1
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ORF1a A776D / NSP2
intergenic D795D FL.1.5.1
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ORF1a D877G / NSP3
intergenic D877G FL.1.5.1
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intergenic C936C FL.1.5.1
ORF1a L969H / NSP3
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ORF1a I1023_N1026del / NSP3
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intergenic L1313L FL.1.5.1
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intergenic I1360I FL.1.5.1
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ORF1a Y1836Y / NSP3
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intergenic V3053V EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1
intergenic A3061A EG.5.1.4,FL.1.5.1
ORF1a A3070V / NSP4
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intergenic D3240D FL.1.5.1
intergenic T3255I EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1
intergenic D3311D EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1
intergenic P3395H EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1
ORF1a M3428I / NSP5
ORF1a V3572M / NSP6
intergenic L3606F EG.5.1.8,GK.1.1,EG.5.1.6,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,GJ.1.2,HK.3,FL.1.5.1
intergenic A3625V JD.1.1,FL.1.5.1
intergenic 3676del EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,HK.3,FL.1.5.1
intergenic F3677del EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,HK.3,FL.1.5.1
intergenic S3675del EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,HK.3,FL.1.5.1
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ORF1a F3838C / NSP6
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intergenic T4175I EG.5.1.8,HK.1,BA.2.86.1,GK.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,HK.3,FL.1.5.1
intergenic 4206 FL.1.5.1
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ORF1b Y4609Y / NSP12
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intergenic V5092V JE.1,FL.1.5.1
intergenic L5150L EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1
intergenic F5158F EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1
intergenic D5225D EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1
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intergenic S5360P EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1
intergenic A5434T FL.1.5.1
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intergenic A5703A XCH.1,FL.1.5.1
intergenic R5716C EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1
ORF1b D5790Y / NSP13
intergenic D5790Y FL.1.5.1
intergenic A5833S FL.1.5.1
intergenic Y5865Y EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1
ORF1b N5886N / NSP13
intergenic N5886N FL.1.5.1
intergenic G5942G FL.1.5.1
intergenic I5967V EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1
ORF1b N5992D / NSP14
intergenic T6131T EG.5.1.8,FL.1.5.1
intergenic C6132C FL.1.5.1
intergenic T6175I XBB.1.42.1,FL.1.5.1
intergenic G6176C FL.1.5.1
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intergenic H6239H GJ.1.2,FL.1.5.1
intergenic Q6268Q FL.1.5.1
intergenic Y6317Y FL.1.5.1
intergenic P6354P EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1
intergenic Y6372Y FL.1.5.1
ORF1b A6396T / NSP14
ORF1b E6415D / NSP14
intergenic L6420L HK.3,FL.1.5.1
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intergenic T6564I EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1
intergenic T6566T FL.1.5.1
intergenic V6573V HK.3,FL.1.5.1
intergenic V6579F FL.1.5.1
intergenic E6597E EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1
intergenic S6599I FL.1.5.1
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ORF1b D6719G / NSP15
intergenic D6719G FL.1.5.1
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intergenic N6899N FL.1.5.1
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intergenic R7014N FL.1.5.1
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ORF1b I7069V / NSP16
intergenic N7095N FL.1.5.1
intergenic L5F GK.1.1,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1
intergenic T19I EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1
intergenic L24_A27delinsS EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,GJ.1.2,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1
intergenic F43F FL.1.5.1
intergenic D53D XBB.1.42.1,FL.1.5.1
intergenic L54L XBB.1.16.15,FL.1.5.1
intergenic H69Y EG.5.1.8,FL.1.5.1
intergenic V83A HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1
intergenic G142D EG.5.1.8,FY.4.1.1,EG.5.1.6,EG.5.1.4,GJ.1.2,JD.1.1,FL.1.5.1
intergenic G142_Y144delinsDV EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1
intergenic H146K EG.5.1.8,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1
intergenic H146Q EG.5.1.8,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1
intergenic KQ182EE FL.1.5.1
intergenic Q183E FL.1.5.1
intergenic R190K FL.1.5.1
intergenic V213E EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1
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intergenic S256P FL.1.5.1
intergenic G339H EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1
intergenic R346T EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1
intergenic L368I EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1
intergenic S371F EG.5.1.8,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1
intergenic S373P EG.5.1.8,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1
intergenic ST375FA EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1
intergenic D405N EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1
intergenic R408S EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1
intergenic K417N EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1
intergenic N440K EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1
intergenic VG445PS EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1
intergenic N460K EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1
intergenic ST477NR JE.1,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,GJ.1.2,XCH.1,FL.1.5.1
intergenic E484A HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1
intergenic F486P HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1
intergenic F490S EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1
intergenic S494P HK.1,FY.4.1.1,EG.5.1.6,FL.1.5.1
intergenic N501Y EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1
intergenic Y505H EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1
intergenic E554K BA.2.86.1,GK.1,FL.1.5.1
intergenic N556N GJ.1.2,FL.1.5.1
intergenic D614G EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1
intergenic H655Y HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1
intergenic A672V FL.1.5.1
intergenic N679K EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,HK.3,FL.1.5.1
intergenic P681H EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1
intergenic A701V GJ.1.2,FL.1.5.1
intergenic N764K EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1
intergenic NRA764KRS FL.1.5.1
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S Q913Q FL.1.5.1
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intergenic N969K EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1
intergenic G1085A FL.1.5.1
intergenic D1146D EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1
intergenic M1229I FL.1.5.1
intergenic V1264L XBB.1.9.2,FL.1.5.1
intergenic F8F EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1
intergenic T24I FL.1.5.1
intergenic A54V GK.1.1,FL.1.5.1
intergenic T64T EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1
intergenic A99V FL.1.5.1
intergenic L106L HK.1,FL.1.5.1
intergenic R126M FL.1.5.1
intergenic D210Y FL.1.5.1
ORF3a L214L FL.1.5.1
intergenic T221I FL.1.5.1
intergenic T223I EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1
intergenic E241D FL.1.5.1
ORF3a E241D XBB.1.5,FL.1.5.1
intergenic N257N FL.1.5.1
intergenic g.G-10T FL.1.5.1
intergenic T9I EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1
intergenic T11A EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1
intergenic Q19E EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1
intergenic A63T EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1
intergenic I76I FL.1.5.1
intergenic I80F FL.1.5.1
intergenic F112F EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1
intergenic N117N FL.1.5.1
intergenic L124L GK.1,FL.1.5.1
intergenic L138L FL.1.5.1
intergenic G202G FL.1.5.1
ORF6 F7Y FL.1.5.1
intergenic A12T FL.1.5.1
intergenic L15L FL.1.5.1
intergenic R20R EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1
intergenic N34N FL.1.5.1
intergenic N47N FL.1.5.1
intergenic D53D FL.1.5.1
intergenic D61L EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1
intergenic L5P FL.1.5.1
intergenic T14I FL.1.5.1
intergenic A79A HK.3,FL.1.5.1
intergenic F19L FL.1.5.1
intergenic L18L EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1
intergenic A43V HK.1,GK.1.1,FL.1.5.1
intergenic G8X EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,XCH.1,FL.1.5.1
intergenic T11I GK.2.1,FL.1.5.1
intergenic T87I FL.1.5.1
intergenic F104S FL.1.5.1
intergenic Y105Y FL.1.5.1
intergenic F120F GK.1,GK.2.1,FL.1.5.1
intergenic g.A-3T EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1
intergenic P6P XBB.1.16.15,FL.1.5.1
intergenic N8N EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.2.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,XCH.1,HK.3,FL.1.5.1
intergenic P13L EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1
intergenic E31_S33del JD.1.1,FL.1.5.1
intergenic R32_G34del JD.1.1,FL.1.5.1
intergenic G34G GK.2.1,FL.1.5.1
intergenic F66F FL.1.5.1
intergenic Y86Y FL.1.5.1
intergenic P122S FL.1.5.1
N Q163R FL.1.5.1
intergenic R185C FL.1.5.1
intergenic S193N FL.1.5.1
intergenic RG203KR EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,GJ.1.2,XCH.1,HK.3,FL.1.5.1
N A208G FL.1.5.1
intergenic S232N FL.1.5.1
intergenic Q281L FL.1.5.1
intergenic P302P FL.1.5.1
intergenic P326S FL.1.5.1
intergenic I337V FL.1.5.1
intergenic D341D FL.1.5.1
intergenic P365S FL.1.5.1
intergenic T366I HK.3,FL.1.5.1
intergenic P383L EG.5.1.6,FL.1.5.1
intergenic S413R EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1
intergenic N22K FL.1.5.1
intergenic R24C FL.1.5.1
intergenic A28V XBB.1.42.1,FL.1.5.1
intergenic g.C29675A FL.1.5.1
intergenic g.G29690T FL.1.5.1
intergenic g.C29721T FL.1.5.1
intergenic g.GAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTGTAC29734TAC EG.5.1.8,EG.5.1.4,GJ.1.2,FL.1.5.1
intergenic g.GAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTGTAC29734TAT EG.5.1.8,EG.5.1.4,GJ.1.2,FL.1.5.1
intergenic g.C29769T FL.1.5.1
intergenic g.G29779T JD.1.1,FL.1.5.1
intergenic g.C-222T GJ.1.2,XCH.1,HK.3,EG.5.1
intergenic g.C-25T EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1,EG.5.1
ORF1a S17C / NSP1
intergenic R24C XBB.1.42.1,EG.5.1.4,JD.1.1
intergenic K47R EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1,EG.5.1
intergenic V56V EG.5.1
intergenic A79V XBB.1.16.15,EG.5.1.4
intergenic S135R EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1,EG.5.1
intergenic A138A EG.5.1
intergenic N188N EG.5.1
intergenic L198L EG.5.1
intergenic H234H EG.5.1
ORF1a K247R / NSP2
intergenic K247R EG.5.1
intergenic G268V EG.5.1
intergenic G268G EG.5.1
ORF1a L293P / NSP2
intergenic L293P EG.5.1
intergenic A339A EG.5.1
intergenic R398C XBB.1.42.1,EG.5.1.4
intergenic H417Y EG.5.1
ORF1a N470S / NSP2
intergenic I473I HK.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,GJ.1.2
intergenic V488M EG.5.1
intergenic G519S GK.1,GK.1.1,XBB.1.16.15,JD.1.1,EG.5.1
intergenic R542C EG.5.1
intergenic S549S EG.5.1
intergenic I569T EG.5.1
intergenic A599V HK.3,EG.5.1
intergenic P626P GK.1.1,EG.5.1
intergenic L628F HK.3,EG.5.1
intergenic L642F GK.1,EG.5.1.6
ORF1a A656T / NSP2
intergenic C667S EG.5.1
intergenic K684K EG.5.1
ORF1a F685L / NSP2
intergenic F685L EG.5.1
intergenic A690V EG.5.1.8,HK.1,EG.5.1.6,EG.5.1.4,HK.3,EG.5.1
intergenic T753I XBB.1.16.15,EG.5.1
intergenic L815L EG.5.1
intergenic V839V EG.5.1
intergenic T842I EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1,EG.5.1
intergenic F924F EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1,EG.5.1
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ORF1a D935D / NSP3
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intergenic F3677del EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,HK.3,FL.1.5.1,EG.5.1
intergenic S3675del EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,HK.3,FL.1.5.1,EG.5.1
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intergenic N3937N EG.5.1
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intergenic T4175I EG.5.1.8,HK.1,BA.2.86.1,GK.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,HK.3,FL.1.5.1
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intergenic F5158F EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1,EG.5.1
intergenic L5167L EG.5.1
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intergenic A5232A EG.5.1.8,XBB.1.16.15,EG.5.1
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intergenic S5360P EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1,EG.5.1
intergenic P5371P EG.5.1.6,XBB.1.9.2,EG.5.1
intergenic P5377S GK.2.1,EG.5.1
intergenic H5488Y FL.1.5.1,EG.5.1
intergenic T5538T EG.5.1.8,HK.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,HK.3,EG.5.1
intergenic Y5541Y EG.5.1.6,XBB.1.42.1,EG.5.1.4,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1,EG.5.1
ORF1b L5543L / NSP13
intergenic L5580L HK.1,EG.5.1.4
intergenic A5636A EG.5.1
intergenic R5716C EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1,EG.5.1
intergenic K5784R XBB.1.9.2,EG.5.1
intergenic A5829D EG.5.1
intergenic G5862G EG.5.1
intergenic Y5865Y EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1,EG.5.1
ORF1b I5889I / NSP13
intergenic I5889I GK.1,EG.5.1
intergenic L5905F EG.5.1.6,EG.5.1.4
intergenic I5967V XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4
intergenic I5967V EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1,EG.5.1
intergenic P6046S GK.1,EG.5.1.4
intergenic V6050V EG.5.1
intergenic P6076P EG.5.1.8,HK.1,BA.2.86.1,EG.5.1.6,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,EG.5.1
intergenic M6078I EG.5.1
intergenic D6097D XBB.1.9.2,EG.5.1.4
intergenic V6107I EG.5.1
intergenic P6128P EG.5.1
intergenic L6184L EG.5.1
intergenic V6188V XCH.1,EG.5.1
intergenic N6191D EG.5.1
intergenic V6241I JD.1.1,EG.5.1
intergenic P6252S EG.5.1
intergenic P6354P EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1,EG.5.1
intergenic L6420L HK.3,FL.1.5.1,EG.5.1
intergenic A6511S EG.5.1
ORF1b A6560S / NSP15
intergenic T6564I EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1,EG.5.1
intergenic T6566M XBB.1.9.2,EG.5.1
ORF1b V6583L / NSP15
intergenic E6597E EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1,EG.5.1
intergenic A6623A GK.1.1,EG.5.1.4
ORF1b Q6660P / NSP15
intergenic Q6660P EG.5.1
intergenic M6661I EG.5.1
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intergenic S6872S EG.5.1
intergenic I6926V GK.1,EG.5.1
intergenic K6935K EG.5.1
intergenic K6958R HK.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.4,FL.1.5.1
intergenic L5F GK.1.1,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1,EG.5.1
intergenic T19I EG.5.1
intergenic T19L EG.5.1
intergenic T19I EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1
intergenic L24_A27delinsS EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,GJ.1.2,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1,EG.5.1
intergenic T29I EG.5.1.8,EG.5.1
intergenic Q52H EG.5.1.8,EG.5.1.6,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,HK.3,EG.5.1
intergenic F55F EG.5.1
intergenic V83A HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1,EG.5.1
intergenic S116S EG.5.1
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intergenic G142_Y144delinsDV EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1,EG.5.1
intergenic G142fs EG.5.1.8,FY.4.1.1,GK.1.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.9.2,JD.1.1
intergenic H146K EG.5.1.8,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1,EG.5.1
intergenic H146Q EG.5.1.8,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1,EG.5.1
intergenic Q183E EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,XCH.1,JD.1.1,HK.3,EG.5.1
intergenic V213E EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1,EG.5.1
intergenic D215Y FL.1.5.1,EG.5.1
intergenic G252V EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1,EG.5.1
intergenic S255F XBB.1.16.15,EG.5.1
intergenic A260D EG.5.1
intergenic G261V EG.5.1
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S A288S EG.5.1
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intergenic H125Y GJ.1.2,JD.1.1,EG.5.1
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intergenic G38G EG.5.1.8,HK.1,EG.5.1.6,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,HK.3
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intergenic G212G EG.5.1
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N K373Q EG.5.1
intergenic A381A XBB.1.16.15,EG.5.1
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intergenic N25N GK.1,EG.5.1.4
intergenic Q29R EG.5.1
ORF10 Q29R GJ.1.2,EG.5.1
intergenic g.C29675T EG.5.1
intergenic g.CGAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTG29733C HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.9.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3
intergenic g.GAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTGTAC29734TAC EG.5.1.8,EG.5.1.4,GJ.1.2,FL.1.5.1,EG.5.1
intergenic g.GAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTGTAC29734TAT EG.5.1.8,EG.5.1.4,GJ.1.2,FL.1.5.1,EG.5.1
intergenic g.A29771G EG.5.1
intergenic g.G29779T JD.1.1,FL.1.5.1,EG.5.1
intergenic g.C-168T FD.1.1
intergenic g.C-25T EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1,EG.5.1,FD.1.1
intergenic P6S FD.1.1
intergenic L16F GK.1,FD.1.1
intergenic V35V FD.1.1
intergenic K47R EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1,EG.5.1,FD.1.1
intergenic P80L FD.1.1
intergenic G82_M85delinsV FD.1.1
intergenic G82_V86del FL.1.5.1,FD.1.1
intergenic M85_V86del FD.1.1
intergenic M85del FD.1.1
intergenic R99C FD.1.1
intergenic L107L FD.1.1
intergenic A131V FD.1.1
intergenic S135R EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1,EG.5.1,FD.1.1
intergenic K141_F143del GK.1.1,XBB.1.42.1,XBB.1.9.2,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1,FD.1.1
intergenic G146G FL.1.5.1,FD.1.1
intergenic Y182Y XBB.1.42.1,FD.1.1
ORF1a R226M / NSP2
intergenic R226M FD.1.1
intergenic I281V FD.1.1
intergenic R550H FD.1.1
intergenic S558F FD.1.1
ORF1a V559L / NSP2
intergenic V559L FD.1.1
intergenic L570L GK.1,GK.1.1,GK.2.1,XCH.1,FD.1.1
intergenic W630R FD.1.1
intergenic T814I FD.1.1
intergenic T842I EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1,EG.5.1,FD.1.1
intergenic F924F EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1,EG.5.1,FD.1.1
intergenic Y955Y EG.5.1.6,FD.1.1
intergenic N997N FD.1.1
intergenic Y1183Y FD.1.1
intergenic G1307S EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1,EG.5.1,FD.1.1
intergenic A1352A EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1,EG.5.1,FD.1.1
intergenic N1439N FD.1.1
intergenic A1473V EG.5.1,FD.1.1
ORF1a K1512R / NSP3
intergenic K1512R FD.1.1
intergenic T1543I FD.1.1
intergenic N1576N GK.1.1,FD.1.1
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intergenic I1607T FD.1.1
intergenic T1665I FD.1.1
intergenic N1673N FD.1.1
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ORF1a A1716V / NSP3
intergenic A1716V FD.1.1
intergenic N1749N GJ.1.2,EG.5.1,FD.1.1
intergenic P1810S FD.1.1
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intergenic L2253L FD.1.1
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intergenic I2286M FD.1.1
intergenic S2293G FD.1.1
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intergenic L2318L FD.1.1
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ORF1a L2773L / NSP4
intergenic L2773L FD.1.1
intergenic L3027F EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1,EG.5.1,FD.1.1
intergenic V3053V EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1,EG.5.1,FD.1.1
intergenic H3076Y FD.1.1
intergenic T3090I EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1,EG.5.1,FD.1.1
intergenic L3201F EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1,EG.5.1,FD.1.1
intergenic T3202T FD.1.1
intergenic T3255I EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1,EG.5.1,FD.1.1
intergenic I3257I XBB.1.9.2,FD.1.1
intergenic D3311D EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1,EG.5.1,FD.1.1
intergenic L3313L FD.1.1
intergenic L3338L EG.5.1,FD.1.1
intergenic D3355D FD.1.1
intergenic T3374T FD.1.1
intergenic P3395H EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1,EG.5.1,FD.1.1
intergenic A3473A FD.1.1
intergenic A3523A EG.5.1.4,HK.3,FD.1.1
intergenic A3615V EG.5.1.8,FD.1.1
ORF1a M3661T / NSP6
intergenic M3661T FD.1.1
intergenic 3676del EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,HK.3,FL.1.5.1,EG.5.1,FD.1.1
intergenic F3677del EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,HK.3,FL.1.5.1,EG.5.1,FD.1.1
intergenic S3675del EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,HK.3,FL.1.5.1,EG.5.1,FD.1.1
intergenic Y3744Y FD.1.1
intergenic F3769F GJ.1.2,FD.1.1
intergenic F3770F EG.5.1.6,XBB.1.9.2,FD.1.1
intergenic F3785F EG.5.1.4,GJ.1.2,FD.1.1
intergenic R3802C FD.1.1
intergenic L3829L EG.5.1.4,FD.1.1
intergenic D3897D XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,FL.1.5.1,FD.1.1
intergenic A3967A FD.1.1
intergenic D4020D EG.5.1,FD.1.1
intergenic S4027S FD.1.1
intergenic T4031I JD.1.1,FD.1.1
intergenic T4159I FD.1.1
intergenic T4174I FD.1.1
intergenic K4192K FD.1.1
intergenic I4205I EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,XCH.1,JD.1.1,HK.3,EG.5.1,FD.1.1
ORF1a V4225V / NSP9
intergenic V4225V FD.1.1
intergenic L4237L EG.5.1.8,FD.1.1
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intergenic V4520V FD.1.1
ORF1b N4550N / NSP12
intergenic N4550N FD.1.1
intergenic N4605N XBB.1.16.15,FD.1.1
ORF1b Q4684E / NSP12
intergenic Q4684E FD.1.1
intergenic Y4686Y XBB.1.42.1,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,FD.1.1
intergenic P4715L EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1,EG.5.1,FD.1.1
intergenic V4745I FD.1.1
intergenic G5063S EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1,EG.5.1,FD.1.1
intergenic F5086Y FD.1.1
intergenic L5150L EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1,EG.5.1,FD.1.1
intergenic F5158F EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1,EG.5.1,FD.1.1
intergenic D5225D EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1,EG.5.1,FD.1.1
intergenic G5231G FD.1.1
intergenic G5233G FD.1.1
intergenic S5360P EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1,EG.5.1,FD.1.1
ORF1b P5499P / NSP13
intergenic P5499P FD.1.1
intergenic L5551L FD.1.1
intergenic E5585G FD.1.1
intergenic A5620A GK.1,GK.1.1,GK.2.1,XCH.1,JD.1.1,FD.1.1
intergenic R5716C EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1,EG.5.1,FD.1.1
intergenic F5746F FD.1.1
ORF1b G5763V / NSP13
intergenic G5763V FD.1.1
intergenic Y5865Y EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1,EG.5.1,FD.1.1
intergenic L5905F EG.5.1.6,EG.5.1.4,FD.1.1
intergenic T5956I GK.1.1,GJ.1.2,FD.1.1
intergenic I5967V XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,FD.1.1
intergenic IP5967VL FD.1.1
intergenic E6024E FD.1.1
intergenic R6137I FD.1.1
intergenic S6180I XBB.1.16.15,FD.1.1
intergenic H6208Y FD.1.1
intergenic V6241I JD.1.1,EG.5.1,FD.1.1
intergenic N6259N FD.1.1
intergenic L6308L GK.2.1,XCH.1,FD.1.1
intergenic DRYP6315EGCH FD.1.1
intergenic P6354P EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1,EG.5.1,FD.1.1
intergenic G6406S FD.1.1
intergenic T6485I EG.5.1.4,FD.1.1
ORF1b T6500T / NSP15
intergenic T6500T FD.1.1
intergenic Y6540Y JE.1,GJ.1.2,FD.1.1
intergenic A6544V FD.1.1
intergenic T6564I EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1,EG.5.1,FD.1.1
intergenic E6597E EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1,EG.5.1,FD.1.1
ORF1b F6868F / NSP16
intergenic F6868F FD.1.1
intergenic L7042L FD.1.1
intergenic L5F GK.1.1,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1,EG.5.1,FD.1.1
intergenic T19I EG.5.1,FD.1.1
intergenic T19L EG.5.1,FD.1.1
intergenic L24_A27delinsS EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,GJ.1.2,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1,EG.5.1,FD.1.1
intergenic I68T FD.1.1
intergenic V83A HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1,EG.5.1,FD.1.1
intergenic S98F GK.1.1,FD.1.1
intergenic R102G FD.1.1
S R102G FD.1.1
intergenic S116S EG.5.1,FD.1.1
intergenic G142_Y144delinsDV EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1,EG.5.1,FD.1.1
intergenic H146K EG.5.1.8,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1,EG.5.1,FD.1.1
intergenic H146Q EG.5.1.8,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1,EG.5.1,FD.1.1
intergenic D178N FD.1.1
intergenic Q183E EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,XCH.1,JD.1.1,HK.3,EG.5.1,FD.1.1
intergenic V213E EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1,EG.5.1,FD.1.1
intergenic VR213EH FD.1.1
S VR213EH FD.1.1
intergenic G252V EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1,EG.5.1,FD.1.1
intergenic G339H EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1,EG.5.1,FD.1.1
intergenic N343N FD.1.1
intergenic R346T GJ.1.2,FD.1.1
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intergenic Y505H EG.5.1.8,HK.1,FY.4.1.1,BA.2.86.1,GK.1,GK.1.1,GK.2.1,JE.1,EG.5.1.6,XBB.1.42.1,XBB.1.16.15,XBB.1.9.2,EG.5.1.4,GJ.1.2,XCH.1,JD.1.1,HK.3,FL.1.5.1,EG.5.1,FD.1.1
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ORF7a S60_V74del FD.1.1
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ORF7b g.GATTG-136_-132CATTT FD.1.1
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